scholarly journals DETECCIÓN SATELITAL Y MOLECULAR DEL VIROIDE DE LA MANCHA DE SOL DEL AGUACATE (Avocado Sunblotch Viroid, ASBVd)

2014 ◽  
Vol 37 (1) ◽  
pp. 21
Author(s):  
Hugo Beltrán-Peña ◽  
Jesús Soria-Ruiz ◽  
Daniel Téliz-Ortiz ◽  
Daniel L. Ochoa-Martínez ◽  
Cristian Nava-Díaz ◽  
...  
Keyword(s):  
Persea Americana ◽  
Rt Pcr ◽  
La Mancha ◽  
Avocado Sunblotch Viroid

El objetivo de este estudio fue determinar si la reflectancia espectral de imágenes de satélite QuickBird permite diferenciar árboles de aguacate (Persea americana Mill.) infectados por el viroide de la mancha de sol, ASBVd (Avocado sunblotch viroid) de árboles sanos o asintomáticos, así como diferenciar árboles de aguacate de otras especies presentes en el huerto. En una imagen de alta resolución espacial se obtuvieron firmas espectrales y mediante clasificación digital se generaron clases como: árbol de aguacate, árbol de encino (Quercus sp), suelo desnudo, y otros usos. Después, con el clasificador de máxima probabilidad/verosimilitud, se intentó diferenciar árboles sanos e infectados con el ASBVd. En un muestreo de nueve árboles con síntomas de la enfermedad y verificados molecularmente como positivos mediante RT-PCR, 20 d antes de la captura de la imagen, la técnica satelital los identificó como positivos. A los 14 y 24 meses después de la captura de la imagen, 112 árboles sintomáticos y asintomáticos verificados por RT-PCR, se detectaron satelitalmente con una precisión de 70.4 %. La técnica satelital podría ser más eficiente para detectar árboles infectados con el ASBVd si el muestreo, los análisis moleculares y la captura de la imagen se realizan simultáneamente o muy próximos entre sí. Este es el primer reporte de la aplicación de imágenes de satélite de alta resolución espacial y espectral para detectar ASBVd en aguacate. La técnica satelital diferenció árboles de aguacate de otros árboles, por lo que puede aplicarse para estimar la superficie cultivada en una región.

scholarly journals First Report of Avocado sunblotch viroid in Avocado from Michoacán, México

Plant Disease ◽  
2009 ◽  
Vol 93 (2) ◽  
pp. 202-202 ◽  
Author(s):  
R. De La Torre-A ◽  
D. Téliz-Ortiz ◽  
V. Pallás ◽  
J. A. Sánchez-Navarro
Keyword(s):  
Blot Analysis ◽  
The State ◽  
Persea Americana ◽  
Rt Pcr ◽  
Dot Blot ◽  
First Report ◽  
Deep Yellow ◽  
Hass Avocado ◽  
Dot Blot Analysis ◽  
Avocado Sunblotch Viroid

The State of Michoacán, México cultivates approximately 100,000 ha of avocados (Persea americana M.) (4). During a survey from 2006 to 2007 in cv. Hass avocado groves in Tingambato County, in the State of Michoacán, deep yellow spots and streaks, which sometimes became necrotic or reddish, were observed on the skin of fruits and the pulp of the fruit also showed big yellow spots. Some young shoots developed fine, yellow streaks, and leaves of symptomatic trees sometimes showed irregular, white-to-yellow spots. These symptoms were similar to those recorded for Avocado sunblotch viroid (ASBVd) (3). To determine if ABSVd was associated with these symptoms, total RNA extracted (1) from the skin and pulp of symptomatic and asymptomatic fruits and also from leaves and bark of shoots from five trees collected in a commercial plot in Tingambato County was tested by a one-step reverse transcription (RT)-PCR protocol using one primer pair to amplify specifically the complete ASBVd genome sequence (3). All 30 samples of skin and pulp of fruits, leaves, and cortex of shoots from symptomatic trees yielded two PCR fragments with estimated sizes of 250 and 500 base pairs (bp) corresponding to the putative monomeric and dimeric forms of ASBVd, respectively. The 500-bp RT-PCR fragments obtained from the different samples were purified from an agarose gel and cloned. The 249-bp nucleotide sequence of the ASBVd genomic monomer was determined using the clones from the fruit skin from sample Arb No. 3 (GenBank Accession No. EU888588), pulp from sample Arb No. 5 (GenBank Accession No. EU888590), leaves from samples Arb No. 15 (GenBank Accession No. EU888589) and Arb No. 8 (GenBank Accession Nos. EU888591 and EU888592), and cortex of shoots from sample Arb No. 16 (GenBank Accession Nos. EU888593, EU888594, EU888595, EU888596, and EU888597). BLAST analysis of the ASBVd sequences showed a range of 98 to 100% nucleotide identity to ASBVd sequences (GenBank Accession Nos. AF404064, AF404051, or AF229821). A clone of the Michoacán ASBVd (GenBank Accession No. EU888593) was used to synthesize a Dig-High Prime-UTP-T7 (Roche, Mannheim, Germany) fluorescent riboprobe complementary to the ASBVd plus strand to perform a dot-blot analysis as described previously (2). All ASBVd samples positive by RT-PCR gave a strong signal in the dot-blot analysis. This riboprobe will be used to index the ASBVd in other commercial avocado groves in Michoacán. To our knowledge, this is the first report of ASBVd in Michoacán, México. References: (1) D. J. Mackenzie et al. Plant Dis. 81:222, 1997. (2) J. A. Sánchez-Navarro et al. Plant Pathol. 47:780, 1998. (3) R. J. Schnell et al. Plant Dis. 81:1023, 1997. (4) D. Téliz and A. Mora. El aguacate y su Manejo Integrado. Mundiprensa, Mexico City, 2007.

scholarly journals Application of RT-PCR for Indexing Avocado Sunblotch Viroid

Plant Disease ◽  
1997 ◽  
Vol 81 (9) ◽  
pp. 1023-1026 ◽  
Author(s):  
R. J. Schnell ◽  
D. N. Kuhn ◽  
C. M. Ronning ◽  
D. Harkins
Keyword(s):  
Rt Pcr ◽  
Amplification Product ◽  
Chain Reaction ◽  
Pcr Assay ◽  
Specific Primers ◽  
Pcr Product ◽  
Polymerase Chain ◽  
Dideoxynucleotide Chain Termination Method ◽  
Slab Gels ◽  
Avocado Sunblotch Viroid

A method for the routine detection of avocado sunblotch viroid (ASBVd) in nucleic acid extracts of infected avocado tissues by reverse transcription-polymerase chain reaction (RT-PCR) was developed using ASBVd-specific primers. Amplified cDNA products were analyzed by electrophoresis on nondenaturing 6% polyacrylamide slab gels. The size of the major RT-PCR product from ASBVd-infected tissue was estimated to be 250 bp. This product was absent from amplified extracts of uninfected tissue. The amplification product from ASBVd was sequenced by the dideoxynucleotide chain termination method, and the sequence was over 97% identical to the published sequence. The RT-PCR assay is sensitive enough to allow viroid detection without requiring large amounts of tissue, highly purified ASBVd, or molecular hybridization.

scholarly journals ETIQUETAS DE SECUENCIAS EXPRESADAS DIFERENCIALES DE FRUTOS DE AGUACATE RAZA MEXICANA (Persea americana Mill. var. drymifolia)

2018 ◽  
Vol 40 (1) ◽  
Author(s):  
Enrique Ignacio Sánchez-González ◽  
Sanjuana Hernández-Delgado ◽  
Víctor Eustorgio Aguirre-Arzola ◽  
Jorge Ariel Torres-Castillo ◽  
Adriana Gutiérrez-Díez
Keyword(s):  
Persea Americana ◽  
Rt Pcr ◽  
Nuevo Leon ◽  
Nuevo León

RESUMEN En este estudio se desarrollaron e identificaron etiquetas de secuencias expresadas diferencialmente (ESTs) de frutos inmaduros de Persea americana Mill. var. drymifolia del estado de Nuevo León, México. Diez genotipos con frutos de forma y tamaño diferentes fueron seleccionados para generar ESTs por la técnica de despliegue diferencial.Se obtuvieron en total 393 fragmentos diferenciales amplificados, 82 fragmentos diferenciales fueron secuenciados y editados para identificación y comparación en las bases de datos para nucleótidos y proteínas del NCBI. Cuarenta secuencias mostraron similitud significativa con secuencias de ARNm y/o secuencias de proteínas hipotéticas o predichas pertenecientes a P. americana y/o a otros géneros. Algunas secuencias estuvieron relacionadas a enzimas como flavanona-3-hidroxilasa (F3H), lecitina-colesterol aciltransferasa, glutatión-S-transferasamicrosomal y proteína pleiotrópica de resistencia a drogas. Con la información de la composición nucleotídica de las ESTs se podrán diseñar iniciadores para cuantificar niveles de expresión por RT-PCR en tiempo real de los genes, en diferentes etapas fenológicas del fruto y hacer comparaciones entre los genotipos que permitan determinar usos alternos de sus frutos.

Avocado sunblotch viroid. [Distribution map].

2013 ◽  
Author(s):  
Keyword(s):  
South Africa ◽  
North America ◽  
South America ◽  
Geographical Distribution ◽  
Persea Americana ◽  
Distribution Map ◽  
New Distribution ◽  
Distribution In Europe ◽  
Avocado Sunblotch Viroid

Abstract A new distribution map is provided for Avocado sunblotch viroid. Avsunviroidae: Avsunviroid. Host: avocado (Persea americana). Information is given on the geographical distribution in Europe (Spain), Asia (Israel), Africa (Ghana, South Africa), North America (Mexico, USA, California, Florida), South America (Peru, Venezuela), Oceania (Australia).

scholarly journals First Report of Avocado Sunblotch Viroid (ASBVd) Naturally Infecting Avocado (Persea americana) in Greece

Plant Disease ◽  
2018 ◽  
Vol 102 (7) ◽  
pp. 1470 ◽  
Author(s):  
L. Lotos ◽  
N. Kavroulakis ◽  
B. Navarro ◽  
F. Di Serio ◽  
A. Olmos ◽  
...  
Keyword(s):  
Persea Americana ◽  
First Report ◽  
Avocado Sunblotch Viroid

scholarly journals Expresión diferencial de genes de defensa en aguacate en respuesta a la infección del viroide de la mancha de sol del aguacate

2017 ◽  
Vol 36 (1) ◽  
Author(s):  
Luis Alberto López-Rivera ◽  
Iván Ramírez-Ramírez ◽  
Víctor Arturo González-Hernández ◽  
Nicacio Cruz-Huerta ◽  
Daniel Téliz-Ortiz
Keyword(s):  
La Mancha ◽  
Avocado Sunblotch Viroid

<p>En aguacate se ha demostrado la participación de proteínas relacionadas con patogénesis en la defensa contra algunos de sus patógenos más importantes. Sin embargo, en la enfermedad de la mancha de sol del aguacate causada por el <em>Avocado sunblotch viroid</em> (ASBVd) aún quedan algunos componentes de la respuesta de defensa por aclarar. En particular, la infección por ASBVd puede ser asintomática o causar síntomas, lo cual genera incógnitas sobre el mecanismo de defensa de la planta. En esta investigación se analiza la expresión de genes codificantes de proteínas de defensa, <em>PaNPR1</em>, <em>EREBP</em>, <em>PR-5</em> y <em>PR-6</em> en hojas y frutos de aguacate infectado por ASBVd, en condición sintomática y asintomática. El análisis de datos muestra que la infección de ASBVd modifica la expresión de los genes <em>PR-5 </em>y <em>PR-6</em>, mientras que la de <em>PaNPR1 </em>y <em>EREBP </em>no se modifica. Se encontraron diferencias en la expresión en frutos, siendo notable con <em>PR-5 </em>en frutos de árboles asintomáticos; a su vez, <em>PR-6</em> se expresa más en frutos infectados pero sin diferencias entre sintomático y asintomático. La expresión coordinada de ambos genes en frutos sugiere la activación de un mecanismo sinérgico de respuesta de defensa a la infección de ASBVd.</p>

scholarly journals A Highly Sensitive Method to Detect Avocado Sunblotch Viroid for the Maintenance of Infection-Free Avocado Germplasm Collections

Viruses ◽  
2019 ◽  
Vol 11 (6) ◽  
pp. 512
Author(s):  
David N. Kuhn ◽  
Barbie Freeman ◽  
Andrew Geering ◽  
Alan H. Chambers
Keyword(s):  
Agricultural Research ◽  
Germplasm Collection ◽  
The United States ◽  
Persea Americana ◽  
Molecular Diagnostic ◽  
Taqman Assay ◽  
Research Station ◽  
United States Department ◽  
The Creation ◽  
Avocado Sunblotch Viroid

The United States Department of Agriculture (USDA) Agricultural Research Service (ARS) Subtropical Horticulture Research Station (SHRS) in Miami, FL holds a large germplasm collection of avocado (Persea americana). The recent threat of infection by laurel wilt has encouraged the creation of a backup collection at a disease-free site. Creating the backup collection is complicated by infection of some trees in the germplasm collection with avocado sunblotch viroid (ASBVd). Infected trees are frequently asymptomatic, necessitating the use of a molecular diagnostic assay. Although a reverse-transcription based assay already exists and has been used to assay all germplasm at the station, some trees showed inconsistent results. We have developed a more sensitive and specific assay involving pre-amplification of the entire viroid cDNA followed by detection using real-time PCR and a TaqMan assay. A second screening of all germplasm identified additional ASBVd -infected trees and allowed us to confidently remove these trees from the station. This method enables avocado germplasm curators to proceed with the creation of a viroid-free backup collection.

scholarly journals Detección de Iris yellow spot virus en cebolla cultivada en Tepalcingo, Morelos, México

2016 ◽  
Vol 34 (3) ◽  
Author(s):  
Sergio Ramírez-Rojas ◽  
Katya Ornelas-Ocampo ◽  
Felipe De Jesús Osuna-Canizalez ◽  
Juan Carlos Bartolo-Reyes ◽  
Vicente Varela-Loza ◽  
...  
Keyword(s):  
Allium Cepa ◽  
Thrips Tabaci ◽  
Iris Yellow Spot Virus ◽  
Yellow Spot ◽  
Rt Pcr ◽  
Spot Virus ◽  
La Mancha

En el estado de Morelos recientemente se han observado enfermedades virales en cebolla (<em>Allium cepa</em>); una de ellas es la mancha amarilla causada por el <em>Iris yellow spot virus</em> perteneciente a la familia <em>Bunyaviridae</em> del género Tospovirus, el cual se trasmite a la cebolla por Thrips tabaci Lindeman (Thysanoptera: Thripidae). En el 2012 la incidencia de esta enfermedad fue de 100 % en las 2,500 ha cultivadas en la entidad con una severidad superior a 90 %. El objetivo de este trabajo fue detectar mediante RT-PCR en tiempo real y secuenciar la presencia de IYSV. Para su identificación se tomaron muestras de hojas de cebolla con manchas amarillentas alargadas, desde el trasplante hasta la cosecha en Tepalcingo, Morelos. La extracción de ARN total se realizó utilizando TRIzol® Reagent. La detección del virus se realizó con primers específicos al gen de la nucleoproteína de IYSV dando como resultado la amplificación de un producto específico mediante RT-PCR en tiempo real y una banda esperada de 896 pb la cual mediante secuenciación confirmó 99 % de identidad con el gen de la nucleoproteína de este virus. El IYSV fue detectado en plantas de cebolla en Tepalcingo, Morelos y su secuencia se registró en la base de datos del GenBank (JX946658).

scholarly journals Actinobacterias de la rizosfera del aguacate: actividad antagónica contra Colletotrichum gloeosporioides y Xanthomonas sp.

2021 ◽  
Vol 39 ◽  
Author(s):  
Jesús Rafael Trinidad-Cruz ◽  
Gabriel Rincón-Enríquez ◽  
Zahaed Evangelista-Martínez ◽  
Cecilia Guízar-González ◽  
Jhony Navat Enríquez-Vara ◽  
...  
Keyword(s):  
Colletotrichum Gloeosporioides ◽  
Persea Americana ◽  
La Mancha

Las actinobacterias de la rizosfera de cultivos agrícolas son una fuente potencial de antagonistas contra microorganismos f itopatógenos. El objetivo de este estudio fue caracterizar la actividad antagónica in vitro de actinobacterias de la rizosfera de árboles de aguacate (Persea americana) contra Colletotrichum gloeosporioides y Xanthomonas sp. Las actinobacterias fueron aisladas de muestras de suelo rizosférico de árboles de aguacate var. Hass colectadas de una huerta en el municipio de Ziracuaretiro, Michoacán. Las cepas aisladas fueron evaluadas contra C. gloeosporioides y Xanthomonas sp. mediante ensayos de confrontación in vitro. La actividad antagónica se determinó midiendo el radio y diámetro de la zona de inhibición del crecimiento de C. gloeosporioides y Xanthomonas sp., respectivamente. Se aislaron un total de 41 cepas de actinobacterias, de las cuales el 44% inhibió el crecimiento de al menos uno de los dos f itopatógenos. En específ ico, el 15% de los aislados inhibió el crecimiento de C. gloeosporioides, el 22% a Xanthomonas sp. y el 7% a ambos f itopatógenos. El radio de inhibición del crecimiento miceliar de C. gloeosporioides fluctuó de entre 6.6 a 15.5 mm, mientras que en Xanthomonas sp. la zona de inhibición fue de entre 15.5 a 62.7 mm. Estos resultados indican la importancia de las actinobacterias de la rizosfera como antagonistas de microorganismos f itopatógenos, algunas de las cuales podrían ser utilizadas como potenciales agentes de control biológico contra la antracnosis y la mancha bacteriana.

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