Development of a RT-PCR for the Detection of European Brown Hare Syndrome Virus

2011 ◽  
Vol 271-273 ◽  
pp. 410-416 ◽  
Author(s):  
Yang Ze Xiao ◽  
Li Rui Li ◽  
Yin Wang ◽  
Xue Ping Yao ◽  
Xue Qing Han ◽  
...  
Keyword(s):  
Pasteurella Multocida ◽  
Brown Hare ◽  
Rt Pcr ◽  
European Brown Hare ◽  
Vp60 Gene ◽  
Specificity And Sensitivity ◽  
Overlap Extension ◽  
Pcr Method ◽  
European Brown Hare Syndrome

To develop the reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) for the detection of European brown hare syndrome virus (EBHSV), 3 specific primers and 9 overlapping oligo primers were designed to amplify a fragment of 335 nucleotides from the genome of EBHSV according to the genome sequences published in GenBank, and a 359 bp DNA fragment of the capsid protein(VP60)gene of EBHSV was synthesized in vitro by using overlap extension PCR to construct the recombinant plasmids pGM-T-EBHSV, then the RT-PCR method was described through the optimization of reaction conditions, sensitivity and specificity tests. Results showed the RT-PCR method was supplied for the detection of EBHSV with good specificity and sensitivity. The sensitivity of the RT-PCR could reach about 50 copies of cloned viral genomic fragments (pGM-T-EBHSV), and no amplifications for RHDV, Pasteurella multocida, E.coliandSalmonellafrom rabbits detection by this approach.

The genetic analysis of new Polish strains of European brown hare syndrome virus

2014 ◽  
Vol 17 (2) ◽  
pp. 353-355
Author(s):  
E. Kwit ◽  
M. Chrobocińska ◽  
Z. Grądzki ◽  
Ł. Jarosz ◽  
B. Majer-Dziedzic ◽  
...  
Keyword(s):  
Genetic Analysis ◽  
Phylogenetic Position ◽  
Brown Hare ◽  
Gene Encoding ◽  
European Brown Hare ◽  
Close Relationship ◽  
Provinces Of Poland ◽  
Pcr Method ◽  
European Brown Hare Syndrome ◽  
Hare Population

Abstract In this paper we describe recently occurring outbreaks of European brown hare syndrome (EBHS) in a captive hare population. The aim of our study was to evaluate the phylogenetic position of detected Polish strains compared to other European strains of EBHSV. Investigations were undertaken in hares from different provinces of Poland. Liver or spleen samples were tested for viral RNA using the RT-nested PCR method and the products were subsequently sequenced. The genetic analysis was based on the fragment of gene encoding viral capsid protein; it revealed a high homology and close relationship between Polish and European EBHSV strains isolated between 2001 and 2011

scholarly journals Phylogenetic Analysis of European Brown Hare Syndrome Virus Strains from Poland (1992–2004)

Viruses ◽  
2021 ◽  
Vol 13 (10) ◽  
pp. 1999
Author(s):  
Andrzej Fitzner ◽  
Ewa Kwit ◽  
Wiesław Niedbalski ◽  
Ewelina Bigoraj ◽  
Andrzej Kęsy ◽  
...  
Keyword(s):  
Phylogenetic Analysis ◽  
Amino Acid ◽  
Amino Acid Sequence ◽  
Single Amino Acid ◽  
Brown Hare ◽  
European Brown Hare ◽  
Genetic Groups ◽  
Vp60 Gene ◽  
European Brown Hare Syndrome ◽  
Virus Strains

European brown hare syndrome (EBHS) is lethal to several species of free-living hares worldwide. The genetic characterization of its virus (EBHSV) strains in European circulation and epidemiological knowledge of EBHSV infections is not yet complete. The study determined the nucleotide sequences of the genomes of EBHSV strains from Poland and analyzed their genetic and phylogenetic relationships to a group of hare lagoviruses. The genome of five virus strains detected in Poland between 1992 and 2004 was obtained by RT-PCR and sequencing of the obtained amplicons. The genetic relationships of the EBHSV strains were analyzed using the full genome and VP60 gene sequences. Additionally, the amino acid sequence of the VP60 gene was analyzed to identify mutations specific to recognized EBHSV subgroups. Partial amplification of the virus open reading frame (ORF)1 and ORF2 regions obtained nearly complete nucleotide genome sequences of the EBHSV strains. Phylogenetic analysis placed them in a GII.1 cluster with other European strains related to nonpathogenic hare caliciviruses. VP60 gene analysis allocated these EBHSV strains to the G1.2, G2.2–2.3 or G3 virus genetic groups. The amino acid sequence differences in the entire genome ranged from 1.1 to 2.6%. Compared to a reference French EBHSV-GD strain, 22 variable amino acid sites were identified in the VP60 region of the Polish strains, but only six were in VP10. Single amino acid changes appeared in different sequence positions among Polish and other European virus strains from different genetic groups, as well as in VP10 sequences of nonpathogenic hare caliciviruses. The results of the study showed a high genetic homogeneity of EBHSV strains from Poland despite their different location occurrence and initial detection times. These strains are also phylogenetically closely related to other EBHSV strains circulating in Europe, likely confirming the slow evolutionary dynamics of this lagovirus species.

scholarly journals Potent protease inhibitors of deadly lagoviruses: rabbit hemorrhagic disease virus and European brown hare syndrome virus

2022 ◽  
Author(s):  
Krishani D Perera ◽  
David K Johnson ◽  
Scott Lovell ◽  
William Groutas ◽  
Kyeong-Ok Chang ◽  
...  
Keyword(s):  
Protease Inhibitors ◽  
Homology Modelling ◽  
Rabbit Hemorrhagic Disease Virus ◽  
Hemorrhagic Disease ◽  
Brown Hare ◽  
European Brown Hare ◽  
Rabbit Hemorrhagic Disease ◽  
The Us ◽  
European Brown Hare Syndrome

Rabbit hemorrhagic disease (RHD) and European brown hare syndrome (EBHS) are highly contagious diseases caused by lagoviruses in the Caliciviridae family and mainly affect rabbits and hares, respectively. These infectious diseases are associated with high mortality and a serious threat to domesticated (farmed and pet) and wild rabbits and hares, including endangered species such as Riparian brush rabbits. In the US, only isolated cases of RHD had been reported until Spring 2020. However, RHD caused by RHD type 2 virus (RHDV2) was unexpectedly reported in April 2020 in New Mexico and has subsequently spread to several US states infecting wild rabbits and hares. Since it is almost impossible to control and eradicate the virus from wild animals, it is highly likely RHD will become endemic in the US. Vaccines are available for RHD, however, there is no specific treatment for these deadly diseases. RHDV and EBHSV encode a 3C-like protease (3CLpro), which is essential for virus replication and a promising target for antiviral drug development. We have previously generated focused small molecule libraries of 3CLpro inhibitors and demonstrated the in vitro potency and in vivo efficacy of some protease inhibitors against viruses that encode 3CLpro including caliciviruses and coronaviruses. Here we established the enzyme assay and cell-based assays for these uncultivable viruses to determine the in vitro activity of 3CLpro inhibitors, including GC376, a protease inhibitor being developed for feline infectious peritonitis, and identified potent inhibitors of RHDV1 and 2 and EBHSV. In addition, structure-activity relationship study and homology modelling of the 3CLpros and inhibitors revealed that lagoviruses share similar structural requirements for 3CLpro inhibition with other caliciviruses.

scholarly journals Ecology and management of european brown hare syndrome in mediterranean ecosystems

2014 ◽  
Author(s):  
Χρήστος Σώκος
Keyword(s):  
Mediterranean Ecosystems ◽  
Lepus Europaeus ◽  
Brown Hare ◽  
Rt Pcr ◽  
European Brown Hare ◽  
European Brown Hare Syndrome

Πολλές πτυχές των νοσημάτων των αγρίων ζώων, ιδίως των μεσογειακών οικοσυστημάτων, δεν έχουν εξεταστεί. Ο Ευρωπαϊκός λαγός (Lepus europaeus) είναι ένα σημαντικό είδος της άγριας πανίδας, λαμβάνοντας υπόψη ότι είναι λεία για πολλά είδη αρπάγων, αλλά και κύριο θηρεύσιμο είδος, το οποίο συμβάλλει στην οικονομία της υπαίθρου. Η ευρεία θνησιμότητα από το Σύνδρομο του λαγού (European Brown Hare Syndrome, EBHS), αναδεικνύει την ίωση αυτή ως το πιο σημαντικό νόσημα για τους λαγούς στην Ευρώπη. Η παρούσα διδακτορική διατριβή παρουσιάζει μια σειρά από έρευνες οι οποίες μελετούν την οικολογία και τη διαχείριση του λαγού και του νοσήματος στη Μακεδονία, Ελλάδα.Τα μεσογειακά οικοσυστήματα χαρακτηρίζονται από μια ποικιλία οικοτόπων. Η ελεύθερη πρόσβαση των κυνηγών στην ύπαιθρο έδωσε την ευκαιρία να συσχετισθεί η θηρευτική κάρπωση στο λαγό, η πληθυσμιακή αφθονία των λαγών και ο επιπολασμός (ποσοστό θετικών λαγών στον ιό) από τον ιό της EBHS (EBHSV) σε διαφορετικούς τύπους οικοτόπων. Κατά τη διάρκεια της έρευνας, 291 λαγοί συλλέχθηκαν από τους κυνηγούς. O οικότοπος, όπου κάθε λαγός εντοπίστηκε αρχικά, καταγράφηκε και ο πληθυσμός των λαγών εκτιμήθηκε με συνδυασμό μεθόδων. Επιπλέον, η μέθοδος της Αντίστροφης Τρανσκριπτάσης - Αλυσιδωτή Αντίδραση της Πολυμεράσης (RT-PCR) χρησιμοποιήθηκε για την ανίχνευση του EBHSV. Η μεγαλύτερη κάρπωση στη μονάδα επιφάνειας καταγράφηκε σε περιοχές με μωσαϊκό σιτηρών και ξυλώδους βλάστησης, αντίθετα μικρότερη κάρπωση βρέθηκε σε δάση. Ο EBHSV είχε ευρεία κατανομή, ακόμη και σε απομονωμένες περιοχές και ο επιπολασμός βρέθηκε σε ενδημική σταθερότητα σε ποσοστό 17,8%. Ο επιπολασμός ήταν υψηλότερος σε ελαιώνες, και ακολούθησαν οι μικτές καλλιέργειες και οι θαμνότοποι. Η αφθονία του πληθυσμού σχετίζεται θετικά με τον επιπολασμό και την κάρπωση, ενώ η τελευταία δεν σχετίζεται σημαντικά με τον επιπολασμό. Σε ένα δεύτερο στάδιο, μια πιο λεπτομερής έρευνα πραγματοποιήθηκε με τη συμβολή των πολυμεταβλητών στατιστικών μεθόδων και των Γεωγραφικών Συστημάτων Πληροφοριών (GIS). Διαπιστώθηκε υψηλότερος επιπολασμός σε περιοχές με μεγαλύτερη αφθονία λαγών, κοντά σε ασφαλτοστρωμένο οδικό δίκτυο και σε χαμηλότερα υψόμετρα. Στη συνέχεια, ένας πιθανός χάρτης κατανομής συντάχθηκε για να δείξει το σχετικό κίνδυνο από τον EBHSV στην ευρύτερη γεωγραφική περιοχή της Μακεδονίας.Οι σχέσεις του επιπολασμού, του φύλου, της ηλικίας, της σωματικής κατάστασης και της μάζας του σπλήνα εξετάστηκαν σε 259 λαγούς. Τα δεδομένα έδειξαν διπλάσιο αριθμό αρσενικών λαγών να έχουν προσβληθεί από τον EBHSV σε σχέση με τους θηλυκούς, δείχνοντας μια διαφοροποίηση στην έκθεση της νόσου ή στην ευαισθησία στη νόσο ανάλογα με το φύλο. Ο επιπολασμός δεν είχε σχέση με τη σωματική κατάσταση του ζώου, και μια καλύτερη σωματική κατάσταση βρέθηκε στους αρσενικούς λαγούς. Οι ενήλικοι λαγοί είχαν υψηλότερο ποσοστό μολυσμένων ζώων σε σχέση με τους ανήλικους, αλλά αυτή η διαφορά δεν ήταν στατιστικά σημαντική. Οι ενήλικοι λαγοί είχαν επίσης μεγαλύτερο σπλήνα υποδεικνύοντας παρελθούσες λοιμώξεις. Μεγαλύτεροι σπλήνες εντοπίστηκαν πιο συχνά στους θετικούς για EBHSV λαγούς, ενώ μια αρνητική σχέση βρέθηκε μεταξύ της μάζας του σπλήνα και της σωματικής κατάστασης υποδεικνύοντας έτσι την κατανάλωση ενέργειας για την άμυνα του ανοσοποιητικού συστήματος.Οι διαταραχές στα οικοσυστήματα, όπως είναι οι δασικές πυρκαγιές, είναι δυνάμεις που καθορίζουν τις οικολογικές διαδικασίες, συμπεριλαμβανομένων των νοσημάτων των αγρίων ζώων. Τα είδη ανταποκρίνονται διαφορετικά στις πυρκαγιές, και έχουν διαφορετική πληθυσμιακή αφθονία μετά την πυρκαγιά. Η σχετική αφθονία των λαγών, η αναλογία των ηλικιών και φύλου, η ποιότητα τροφής, η σωματική κατάσταση και τα νοσήματα διερευνήθηκαν μετά από πυρκαγιά στην Κασσάνδρα Χαλκιδικής. Η σφοδρή διατάραξη των οικοτόπων από πυρκαγιά, αρχικά μείωσε την αφθονία των λαγών, ωστόσο μετά από ένα έτος και για τέσσερα συνεχόμενα έτη οι λαγοί ήταν αφθονότεροι στις καμένες εκτάσεις. Η πυρκαγιά δεν επηρέασε τον επιπολασμό του EBHSV μεταξύ καμένων και μη καμένων περιοχών.Οι απογραφές κατά τη διάρκεια της νύχτας συνιστούν κοινή μέθοδο απογραφής για πολλά είδη θηλαστικών και χρησιμοποιούνται επίσης για τη συλλογή δειγμάτων. Η γνώση της επίδρασης των αβιοτικών παραγόντων μπορεί να είναι απαραίτητη για τον κατάλληλο σχεδιασμό των απογραφών. Ωστόσο, η μέθοδος αυτή δεν έχει εξεταστεί επαρκώς σε σχέση με αβιοτικούς παράγοντες όπως οι καιρικές συνθήκες και το φεγγάρι. Η διερεύνηση στην περίπτωση του λαγού έδειξε πως η ένταση και η διεύθυνση του ανέμου είχαν επίδραση, με τους ισχυρότερους ανέμους να μειώνουν τον εντοπισμό των νεαρών λαγών, ενώ περισσότεροι λαγοί μετρήθηκαν όταν ο άνεμος φυσούσε από το λαγό προς το όχημα απογραφής. Δεν βρέθηκαν σημαντικές επιδράσεις από άλλους παράγοντες, κάτι που πιθανόν να οφείλεται στο έντονο ανάγλυφο, στην πυκνή βλάστηση των περιοχών έρευνας και στις σχετικά ήπιες καιρικές συνθήκες του μεσογειακού οικοσυστήματος.H εκτροφή και η απελευθέρωση λαγών είναι κοινές πρακτικές, χιλιάδες λαγοί απελευθερώνονται ετησίως, κυρίως για κυνηγετικούς σκοπούς. Τα ποσοστά επιβίωσης στη φύση είναι μικρά για τους λαγούς εντατικής εκτροφής σε κλουβιά, αλλά βελτιώνονται για τους λαγούς που εκτρέφονται εκτενώς σε περιφράξεις και για τους άγριους λαγούς οι οποίοι συλλαμβάνονται και μεταφέρονται. Τα οφέλη από τις απελευθερώσεις λαγών είναι σοβαρά λιγότερα σε σχέση με το κόστος και τους κινδύνους υλοποίησης της δράσης. Οι απελευθερώσεις λαγών δεν αποδεικνύεται να αυξάνουν τον πληθυσμό των άγριων λαγών ή την κυνηγετική κάρπωση σε περιοχές όπου εφαρμόστηκαν. Η γενετική υποβάθμιση και η μετάδοση παθογόνων συνιστούν κινδύνους με σοβαρές επιπτώσεις στους άγριους πληθυσμούς του λαγού.Συμπερασματικά, ο επιπολασμός του EBHSV στους πληθυσμούς λαγού είναι μεταβλητός. Οι ανωτέρω έρευνες παράσχουν τεκμηρίωση σχετικά με αυτήν τη μεταβλητότητα και τις οικολογικές παραμέτρους της, διαφωτίζοντας για το πώς μπορεί να αλληλεπιδρούν επιδημιολογικοί και περιβαλλοντικοί παράμετροι στην περίπτωση της οικολογίας ασθενειών των αγρίων ζώων. Λαμβάνοντας τες υπόψη, η πρόληψη και ο περιορισμός των επιπτώσεων από τα νοσήματα καθίστανται εφικτές ενέργειες με τη λήψη των ενδεδειγμένων μέτρων διαχείρισης της άγριας πανίδας.

Morphologic and Immunohistochemical Characterization of the Hepatic Lesions Associated with European Brown Hare Syndrome

1994 ◽  
Vol 31 (3) ◽  
pp. 327-334 ◽  
Author(s):  
D. Gavier-Widén
Keyword(s):  
Fatty Degeneration ◽  
Lepus Europaeus ◽  
Coagulation Necrosis ◽  
Brown Hare ◽  
Electron Microscopic ◽  
European Brown Hare ◽  
European Brown Hare Syndrome ◽  
Hepatic Lesions ◽  
Living Adult

Liver lesions were studied in 40 free-living adult European brown hares ( Lepus europaeus) and varying hares ( Lepus timidus) of both sexes that had died in Sweden with the viral infection European brown hare syndrome (EBHS). The lesions were characterized by their histopathologic, immunohistochemical, and electron microscopic findings. Periportal to massive coagulation necrosis was a distinctive feature of EBHS. Lytic necrosis, inflammation, fatty degeneration, and cholangitis occurred variably. Accumulation of basophilic granules in the cytoplasm of hepatocytes was commonly observed; these lesions corresponded ultrastructurally to mitochondrial calcification. Viral antigen was revealed in the cytoplasm and nucleus of hepatocytes and in the cytoplasm of macrophages.

scholarly journals NEW VARIANTS OF EUROPEAN BROWN HARE SYNDROME VIRUS STRAINS IN FREE-RANGING EUROPEAN BROWN HARES (LEPUS EUROPAEUS) FROM SLOVAKIA

2007 ◽  
Vol 43 (1) ◽  
pp. 89-96 ◽  
Author(s):  
Kai Frölich ◽  
Jörns Fickel ◽  
Arne Ludwig ◽  
Dietmar Lieckfeldt ◽  
Wolf Jürgen Streich ◽  
...  
Keyword(s):  
Lepus Europaeus ◽  
Brown Hare ◽  
European Brown Hare ◽  
European Brown Hare Syndrome ◽  
Free Ranging ◽  
Virus Strains

Hare demography, physiology and European Brown Hare Syndrome virus infection: is there an association?

2015 ◽  
Vol 298 (2) ◽  
pp. 150-157 ◽  
Author(s):  
C. Sokos ◽  
A. Touloudi ◽  
C. Iakovakis ◽  
K. Papaspyropoulos ◽  
A. Giannakopoulos ◽  
...  
Keyword(s):  
Virus Infection ◽  
Brown Hare ◽  
European Brown Hare ◽  
European Brown Hare Syndrome
Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document