De acuerdo al departamento de planeación nacional DNP, en Colombia 972 de los 1102 municipios son de sexta categoría, en el departamento del Tolima 43 de las 47 áreas son de sexta categoría. Además, dentro de las oficinas de control interno de estos municipios se ha demostrado que existe ineficiencia en el cumplimiento de roles (liderazgo estratégico, enfoque preventivo, evaluación de la gestión de riesgos, evaluación y seguimiento (Auditorías internas), relación con las entidades de control externo) Esto ocurre por diferentes razones (Métodos, procesos y personal). Por esto, esta investigación tiene como objetivo mejorar este proceso, desarrollando una herramienta para realizar auditorías internas integrales en municipios de sexta categoría, tomando como referencia las normas técnicas: NTC ISO 19011:2018, NTC ISO 45001:2018, NTC ISO 14001:2015, NTC ISO 18091:2019, articulado con la guía de autoría para entidades publicas, Decreto 1072 de 2017, Ley 99 de 1993 y el Modelo Integrado de Planificación y Gestión - MIPG v2 respectivamente. La investigación se desarrollará a través de un enfoque cualitativo de carácter exploratorio y descriptivo, analizando el proceso de auditoría e identificando el cumplimiento y prioridades de las referidas normas técnicas versus la legislación, para posteriormente diseñar y validar una aplicación que permita orientar al auditor interno de los alcaldes y oficinas de control interno de los municipios de sexta categoría en el cumplimiento de sus funciones. Es importante resaltar que realizar procesos de auditoría integral con el apoyo de la herramienta propuesta conlleva los siguientes beneficios: integra información para la toma de decisiones, prevención de ocurrencia de riesgos, favorece el logro de los objetivos institucionales, aumenta el índice de transparencia, mejora la planificación y los recursos gestión, reduce tiempos y esfuerzos de operación, reduce sobre costos por actividades redundantes, mejora el control de procesos, favorece el cumplimiento legal y otros grupos de interés, facilita la apropiación. Con la investigación y desarrollo de la herramienta se concluyó que en la mayoría de los países latinoamericanos no existen sistemas estructurados de evaluación del desempeño de los municipios que integran el sistema, o se encuentran en etapas iniciales. Los municipios de sexta categoría tienen deficiencias en el ejercicio de las auditorías internas debido a diferentes factores internos y externos, provocando una mala práctica del ejercicio, que, con la ayuda de una herramienta de planificación y realización de auditorías internas integrales, permite a los municipios de sexta categoría cumplir adecuadamente con las regulaciones y proporcionar valiosos aportes a la alta dirección para la toma de decisiones.