Σκοπός της διατριβής ήταν η απομόνωση Gram-αρνητικών στελεχών από περιστατικά ωτίτιδας στο σκύλο ανθεκτικών σε ευρέος φάσματος αντιμικροβιακά, συγκεκριμένα στις φθοριοκινολόνες και στα νεότερα β-λακταμικά αντιμικροβιακά, η διερεύνηση και ο καθορισμός του γενότυπου αντοχής τους με κύριο στόχο τη μελέτη του επιπολασμού και της διασποράς των γενετικών τους στοιχείων αντοχής. Όλα τα Gram-αρνητικά στελέχη που απομονώνονταν εξετάζονταν καταρχήν με τη μέθοδο Kirby-Bauer ως προς την αντοχή τους στο ναλιδιξικό οξύ, στις φθοριοκιονολόνες (σιπροφλοξακίνη, ενροφλοξακίνη, μαρμποφλοξακίνη και πραδοφλοξακίνη), στα β-λακταμικά αντιμικροβιακά (αμπικιλλίνη, αμοξυκιλλίνη-κλαβουλανικό οξύ, πιπερακιλλίνη-ταζομπακτάμη, κεφοξιτίνη, κεφουροξίμη, κεφταζιδίμη, κεφοπεραζόνη, κεφτριαξόνη, κεφοταξίμη, κεφεπίμη, αζτρεονάμη, ιμιπενέμη και μεροπενέμη) και σε άλλα αντιμικροβιακά σύμφωνα με τις συστάσεις του CLSI και του EUCAST. Ακολούθως, σε όλα τα ωτικά στελέχη προσδιορίστηκε η ελάχιστη ανασταλτική συγκέντρωση (MIC) του ναλιδιξικού οξέος και των φθοριοκινολονών, σιπροφλοξακίνη, ενροφλοξακίνη, μαρμποφλοξακίνη και πραδοφλοξακίνη με τη μέθοδο των διαδοχικών μικροαραιώσεων. Επιπλέον, σε επιλεγμένα στελέχη της Ε. coli υπολογίστηκε η MIC των φθοριοκινολονών, παρουσία ενός αναστολέα αντλίας εκροής, με σκοπό τον καθορισμό της υπερέκφρασης της αντλίας εκροής. Όλα τα στελέχη που απομονώθηκαν εξετάστηκαν με τεχνικές της PCR για την ανίχνευση των PMQR γονιδίων. Ακολούθως, όλα τα στελέχη που εμφάνιζαν αντοχή σε όλες τις φθοριοκινολόνες που εξετάστηκαν ή αντοχή μόνο σε μία φθοριοκινολόνη ή που έφεραν PMQR γονίδιο(α), εξετάστηκαν με τεχνικές της PCR, για την ενίσχυση τμημάτων των γονιδίων, συμπεριλαμβανομένης της QRDR περιοχής, για την ανίχνευση των μεταλλάξεων στα ένζυμα στόχους (DNA γυράση και τοποϊσομεράση IV) των φθοριοκινολονών. Επιπρόσθετα, ανιχνεύτηκαν και χαρακτηρίστηκαν οι μηχανισμοί αντοχής στις εκτεταμένου φάσματος κεφαλοσπορίνες σε τρία κλινικά στελέχη και σε επτά στελέχη κοπράνων της E. coli που παρουσίαζαν πολυανθεκτικότητα και τα οποία είχαν απομονωθεί από σκύλο που έπασχε από υποτροπιάζουσα ωτίτιδα και στον οποίο είχαν χορηγηθεί φθοριοκινολόνες και αναστολέας των β-λακταμών με αποτέλεσμα να αποικιστεί για μεγάλο χρονικό διάστημα. Ο προσδιορισμός της MIC έγινε με τη μέθοδο των διαδοχικών μικροαραιώσεων. Η φαινοτυπική ανίχνευση της παραγωγής των β-λακταμασών διενεργήθηκε με τη δοκιμή συνέργειας του διπλού δίσκου, τη δοκιμή των τριών-διαστάσεων, τη δοκιμή βορονικού οξέος και με την αναλυτική ισοηλεκτρική εστίαση. Όλα τα στελέχη της E. coli εξετάστηκαν με τεχνικές της PCR με σκοπό την ανίχνευση των γονιδίων που κωδικοποιούν AmpCs και ESBLs. Η μεταβίβαση των bla γονιδίων μέσω πλασμιδίων μελετήθηκε με την εφαρμογή πειραμάτων σύζευξης. Η ταυτοποίηση των πλασμιδίων έγινε με τις μεθόδους PCR-based-replicon-typing, S1-νουκλεάση-PFGE και plasmid-multilocus sequence typing. Το γενετικό περιβάλλον των bla γονιδίων καθορίστηκε με PCR χαρτογράφηση. Ο προσδιορισμός της γενετικής σχέσης των στελεχών της E. coli έγινε με τις μεθόδους multilocus sequence typing, ERIC2 PCR και Pulsed Field Gel Electrophoresis. Επιπλέον, αναλύθηκαν οι μηχανισμοί αντοχής στις εκτεταμένου φάσματος κεφαλοσπορίνες σε κλινικό ωτικό στέλεχος του P. mirabilis που έφερε χρωμοσωμικά εντοπισμένο blaCMY-2 γονίδιο. Ο προσδιορισμός της MIC έγινε με τη μέθοδο των διαδοχικών μικροαραιώσεων. Η φαινοτυπική ανίχνευση της παραγωγής των β-λακταμασών συνδυάστηκε με τις γενοτυπικές αναλύσεις (PCRs, ανάλυσης της αλληλουχίας, πειράματα σύζευξης, S1-νουκλεάση-PFGE και PCR χαρτογράφηση), η χρωμοσωμική έναντι της πλασμιδιακής εντόπισης εκτιμήθηκε με τη διεξαγωγή της I-CeuI ανάλυσης. Τέλος, σε δύο στελέχη του E. cloacae που παρουσίαζαν αντοχή στους αναστολείς των β-λακταμασών και στις κεφαμυκίνες έγινε έλεγχος παραγωγής επαγώγιμων ή σταθερά παραγόμενων AmpC β-λακταμασών. Ο προσδιορισμός της MIC έγινε με τη μέθοδο των διαδοχικών μικροαραιώσεων και εφαρμόστηκε το D-test με σκοπό τη φαινοτυπική ανίχνευση της παραγωγής των επαγώγιμων β-λακταμασών.
Comparison of PCR Binary Typing (P-BIT), a New Approach to Epidemiological Subtyping of Campylobacter jejuni, with Serotyping, Pulsed-Field Gel Electrophoresis, and Multilocus Sequence Typing Methods
