Metabolic heat responses of Kluyveromyces marxianus and Saccharomyces cerevisiae during Carboxypeptidase Y Enzyme production

2022 ◽  
Vol 112 ◽  
pp. 71-79
Author(s):  
Sivanesh Nanjan Easwaran ◽  
Anusha Subramanian Mohanakrishnan ◽  
Leelaram Santharam ◽  
Saravana Raj Adimoolam ◽  
Surianarayanan Mahadevan
Author(s):  
Sivanesh Nanjan Easwaran ◽  
Anusha Subramanian Mohanakrishnan ◽  
Leelaram Santharam ◽  
Saravana Raj Adimoolam ◽  
Surianarayanan Mahadevan

2018 ◽  
Vol 23 (3) ◽  
pp. 133-138 ◽  
Author(s):  
IZUMI MATSUMOTO ◽  
TAKAHIRO ARAI ◽  
YUI NISHIMOTO ◽  
VICHAI LEELAVATCHARAMAS ◽  
MASAKAZU FURUTA ◽  
...  

1991 ◽  
Vol 11 (12) ◽  
pp. 5801-5812
Author(s):  
R A Preston ◽  
M F Manolson ◽  
K Becherer ◽  
E Weidenhammer ◽  
D Kirkpatrick ◽  
...  

The Saccharomyces cerevisiae PEP3 gene was cloned from a wild-type genomic library by complementation of the carboxypeptidase Y deficiency in a pep3-12 strain. Subclone complementation results localized the PEP3 gene to a 3.8-kb DNA fragment. The DNA sequence of the fragment was determined; a 2,754-bp open reading frame predicts that the PEP3 gene product is a hydrophilic, 107-kDa protein that has no significant similarity to any known protein. The PEP3 predicted protein has a zinc finger (CX2CX13CX2C) near its C terminus that has spacing and slight sequence similarity to the adenovirus E1a zinc finger. A radiolabeled PEP3 DNA probe hybridized to an RNA transcript of 3.1 kb in extracts of log-phase and diauxic lag-phase cells. Cells bearing pep3 deletion/disruption alleles were viable, had decreased levels of protease A, protease B, and carboxypeptidase Y antigens, had decreased repressible alkaline phosphatase activity, and contained very few normal vacuolelike organelles by fluorescence microscopy and electron microscopy but had an abundance of extremely small vesicles that stained with carboxyfluorescein diacetate, were severely inhibited for growth at 37 degrees C, and were incapable of sporulating (as homozygotes). Fractionation of cells expressing a bifunctional PEP3::SUC2 fusion protein indicated that the PEP3 gene product is present at low abundance in both log-phase and stationary cells and is a vacuolar peripheral membrane protein. Sequence identity established that PEP3 and VPS18 (J. S. Robinson, T. R. Graham, and S. D. Emr, Mol. Cell. Biol. 11:5813-5824, 1991) are the same gene.


2002 ◽  
Vol 42 (5) ◽  
pp. 252-259 ◽  
Author(s):  
Kaoru Takegawa ◽  
Sanae Tokudomi ◽  
M. Shah Alam Bhuiyan ◽  
Mitsuaki Tabuchi ◽  
Yasuko Fujita ◽  
...  

Genetics ◽  
1997 ◽  
Vol 147 (2) ◽  
pp. 467-478 ◽  
Author(s):  
Gene C Webb ◽  
Marloes Hoedt ◽  
Lynn J Poole ◽  
Elizabeth W Jones

The PEP7 gene from Saccharomyces cerevisiae encodes a 59-kD hydrophilic polypeptide that is required for transport of soluble vacuolar hydrolase precursors from the TGN to the endosome. This study presents the results of a high-copy suppression analysis of pep7-20 mutant phenotypes. This analysis demonstrated that both VPS45 and PEP12 are allele-specific high-copy suppressors of pep7-20 mutant phenotypes. Overexpression of VPS45 was able to completely suppress the Zn2+ sensitivity and partially suppress the carboxypeptidase Y deficiency. Overexpression of PEP12 was able to do the same, but to a lesser extent. Vps45p and Pep12p are Sec1p and syntaxin (t-SNARE) homologues, respectively, and are also thought to function in transport between the TGN and endosome. Two additional vacuole pathway SNARE complex homologues, Vps33p (Sec1p) and Pth1p (syntaxin), when overexpressed, were unable to suppress pep7-20 or any other pep7 allele, further supporting the specificity of the interactions of pep7-20 with PEP12 and VPS45. Because several other vesicle docking/fusion reactions take place in the cell without discernible participation of Pep7p homologues, we suggest that Pep7p is a step-specific regulator of docking and/or fusion of TGN-derived transport vesicles onto the endosome.


2013 ◽  
Author(s):  
Θεόδωρος Αγγελόπουλος

Στόχος της διατριβής ήταν η ανάπτυξη μιας ολοκληρωμένης μεθοδολογίας βιοτεχνολογικής αξιοποίησης μικτών στερεών και υγρών αποβλήτων της βιομηχανίας τροφίμων (ζύθου, γάλακτος, ζάχαρης), μαζικής εστίασης ή χωματερών για την παραγωγή προϊόντων προστιθέμενης αξίας. Συγκεκριμένα τα απόβλητα που χρησιμοποιήθηκαν ήταν οι φλοιοί και τα ριζίδια βύνης (BSG και MSR αντίστοιχα), το τυρόγαλα, η μελάσσα και οι πούλπες πορτοκαλιού και πατάτας. Έτσι, μελετήθηκε η χρήση μικτών αποβλήτων της βιομηχανίας τροφίμων για την παραγωγή προϊόντων προστιθέμενης αξίας με βάση την SCP, χρησιμοποιώντας τέσσερεις μικροοργανισμούς, το αλκοολανθεκτικό και κρυοανθεκτικό στέλεχος Saccharomyces cerevisiae AXAZ-1, το θερμόφιλο στέλεχος Kluyveromyces marxianus, τη φυσική μικτή καλλιέργεια κεφίρ και το εδώδιμο μανιτάρι Pleurotus ostreatus. Αναλυτικότερα, αρχικά αναλύθηκε η σύσταση των αγροτοβιομηχανικών αποβλήτων ως προς την υγρασία τους, τα ξηρά συστατικά, την πρωτεΐνη και τα σάκχαρα που αυτά περιέχουν, το λίπος, το C.O.D. καθώς και τα φαινολικά συστατικά αλλά και την αντιοξειδωτική ικανότητα που αυτά διαθέτουν. Επιπλέον, τα 6 απόβλητα αναλύθηκαν ως προς την περιεκτικότητά τους σε μέταλλα και αρωματικά συστατικά. Και τα 6 απόβλητα περιείχαν σημαντική ποσότητα σακχάρου αλλά και πρωτεΐνης. Επίσης, όλα τα απόβλητα είχαν υψηλό C.O.D, κάτι που αποδεικνύει το πόσο σημαντικοί ρύποι είναι τα συγκεκριμένα απόβλητα. Επίσης περιείχαν σημαντική συγκέντρωση φαινολικών συστατικών, ακόμη και το τυρόγαλα για το οποίο ήταν κάτι αξιοσημείωτο. Παρόλα αυτά, η αντιοξειδωτική τους ικανότητα ήταν μηδαμινή. Το περιεχόμενο των αποβλήτων σε μέταλλα ήταν αρκετά υψηλό με κύριο συστατικό το μαγνήσιο. Τέλος, τα 6 απόβλητα ήταν πλούσια σε πτητικά συστατικά όπως αυτά προσδιορίστηκαν με ανάλυση headspace SPME GC/MS. Επίσης, μελετήθηκε η χρήση μικτών αποβλήτων ως υποστρώματα παραγωγής SCP με ζυμώσεις υγρής (SmF) και στερεάς κατάστασης (SSF) χρησιμοποιώντας τους μικροοργανισμούς, S. cerevisiae AXAZ-1, K. marxianus ΙΜΒ3, κεφίρ και P. ostreatus. Το υπόστρωμα που παρείχε την μεγαλύτερη απόδοση βιομάζας (g βιομάζας/ g καταναλωθέντος σακχάρου) S. cerevisiae AXAZ-1 μέσω υγρής ζύμωσης ήταν 100 mL πούλπα πορτοκαλιού, 50 mL μελάσσα 4 οBe και 50 mL νερό ενώ για την ζύμωση στερεάς κατάστασης οι ίδιες ποσότητες με την προσθήκη 70 g BSG. Οι βέλτιστες συνθήκες παραγωγής SCP ήταν θερμοκρασία 30 οC και pH 5,5. Όσον αφορά τον K. marxianus, το βέλτιστο υπόστρωμα παραγωγής SCP ήταν 100 mL πούλπα πορτοκαλιού, 30 mL τυρόγαλα, 10 mL μελάσσα, 10 mL πούλπα πατάτας και 50 mL νερό για υγρή ζύμωση, ενώ για την στερεή το βέλτιστο υπόστρωμα περιείχε και 80 g BSG. Οι βέλτιστες συνθήκες παραγωγής SCP ήταν 30 οC και pH 7. Το υπόστρωμα που παρείχε την μεγαλύτερη απόδοση βιομάζας κεφίρ ήταν 100 mL τυρόγαλα, 30 mL πούλπα πορτοκαλιού, 10 mL μελάσσα, 10 mL πούλπα πατάτας και 50 mL νερό, όσον αφορά την υγρή ζύμωση, ενώ για την στερεή ζύμωση προστέθηκαν 60 g BSG και 25 g MSR. Οι βέλτιστες συνθήκες παραγωγής SCP ήταν θερμοκρασία 30 οC και pH 5,5. Όσον αφορά τον μύκητα P. ostreatus το υπόστρωμα το οποίο παρείχε την μεγαλύτερη κατανάλωση σακχάρου και ταυτόχρονα αύξηση της περιεχόμενης πρωτεΐνης αλλά και μεγαλύτερη απόδοση μυκηλίου ήταν 20 mL μελάσσα, 20 mL πούλπα πατάτας, 5 mL τυρόγαλα, 5 mL πούλπα πορτοκαλιού, 30 g BSG και 5 g MSR. Οι βέλτιστες συνθήκες ανάπτυξης μυκηλίου ήταν θερμοκρασία 30 οC και pH 4. Σε όλες τις περιπτώσεις παραγωγής SCP διαπιστώθηκε πως η πούλπα πορτοκαλιού και τα BSG είχαν την δράση προωθητή της παραγωγής SCP. Ακόμη, μελετήθηκε η παραγωγή εδώδιμών μανιταριών P. ostreatus με χρήση τριών τύπων αντιδραστήρων (σακούλα πολυαιθυλενίου, αλουμινένια οριζόντια δοχεία, κάθετοι πλαστικοί αντιδραστήρες) οι οποίοι συμπληρώθηκαν με 1 Kg αποστειρωμένου μικτού στερεού υποστρώματος και στη συνέχεια αφέθηκαν για επώαση στους 25 οC. Μετά το πέρας 40 ημερών δεν διαπιστώθηκε εμφάνιση καρποφοριών. Ακόμη, οι SCP που παράχθηκαν μέσω ζύμωσης μικτών αποβλήτων αξιολογήθηκαν ως τρόφιμο ή ζωοτροφή, αναλύοντας την ποιότητά τους. Παρουσίασαν υψηλή περιεκτικότητα σε πρωτεΐνη, λίπος και μέταλλα, συστατικά που είναι σημαντικά τόσο για την ανθρώπινη διατροφή όσο και για την διατροφή των ζώων. Επίσης, περιείχαν αρκετά πτητικά συστατικά, που προσέδιδαν ιδιαίτερο άρωμα, κυρίως φρούτων. Η παραγόμενες SCP στη συνέχεια υπέστησαν αυτόλυση και λυοφιλίωση και αξιολογήθηκαν ως εκχύλισμα μικροβιολογίας για την ανάπτυξη βιομάζας S. cerevisiae AXAZ-1 σε συνθετικό θρεπτικό γλυκόζης. Επίσης, για σύγκριση χρησιμοποιήθηκε εμπορικό yeast extract. Τα εκχυλίσματα και το εμπορικό yeast extract χρησιμοποιήθηκαν σε τρείς συγκεντρώσεις (0,3%, 0,4% και 0,5% w/v) και η βιομάζα που παράχθηκε μετά από 48 h ζύμωσης προσδιορίστηκε με προσδιορισμό της οπτικής πυκνότητας με τη βοήθεια πρότυπης καμπύλης απορρόφησης αλλά και σταθμικά μετά από φυγοκέντριση. Τα εκχυλίσματα SCP από υγρές ζυμώσεις αποδείχτηκαν καλύτερα από το εμπορικό yeast extract δίνοντας μεγαλύτερη παραγωγικότητα βιομάζας σε όλες τις συγκεντρώσεις που μελετήθηκαν. Όσον αφορά τα εκχυλίσματα SCP από στερεές ζυμώσεις μόνο αυτό του K. marxianus ήταν καλύτερο σε όλες τις συγκεντρώσεις από το εμπορικό. Αντίθετα, το εκχύλισμα κεφίρ SSF ήταν χειρότερο από το εμπορικό σε όλες τις συγκεντρώσεις που μελετήθηκε.Τέλος, μελετήθηκε η περιεκτικότητα της SCP σε RNA, έτσι ώστε τα εκχυλίσματα SCP να χρησιμοποιηθούν στη συνέχεια ως ενισχυτικό γεύσης σε σούπες καρότου σε σύγκριση με αλάτι και γλουταμινικό μονονάτριο. Η περιεκτικότητα σε RNA ήταν πολύ υψηλή (264-1400 mg/100 g ξηρής SCP) με τις υψηλότερες τιμές να προσδιορίζονται στις SCP από στερεή ζύμωση. Στη συνέχεια τα εκχυλίσματα προστέθηκαν σε σούπα καρότου σε συγκέντρωση 0,5% w/w και σε ίδια ποσότητα προστέθηκαν σε δύο ακόμη σούπες αλάτι και γλουταμινικό νάτριο, αντίστοιχα. Οι σούπες δόθηκαν σε έξι κριτές για αξιολόγηση οι οποίοι βαθμολόγησαν τις σούπες με βάση μια κλίμακα προτίμησης 1-10 (10= Άριστη, 8= Πολύ καλή, 7= Καλή, 6= Μέτρια, 5= Αδιάφορη, 3= Κακή και 1= Πολύ κακή). Οι κριτές βαθμολόγησαν υψηλότερα τις σούπες που περιείχαν γλουταμινικό νάτριο, εκχύλισμα K. marxianus από στερεή ζύμωση και αλάτι ενώ όλες οι άλλες σούπες βαθμολογήθηκαν πιο χαμηλά. Ακολούθως, πραγματοποιήθηκε ανάλυση των αρωματικών ενώσεων με GC/MS όπου διαπιστώθηκε πως οι σούπες που περιείχαν εκχυλίσματα SCP ως ενισχυτικό γεύσης περιείχαν μεγαλύτερη συγκέντρωση πτητικών ενώσεων από αυτή με γλουταμινικό. Έτσι, φαίνεται πως το γλουταμινικό νάτριο μπορεί να αντικατασταθεί επιτυχώς από τα εκχυλίσματα μονοκυτταρικής πρωτεΐνης και έτσι να εξαλειφθούν τα «συμπτώματα του Kινέζικου εστιατορίου» για τα οποία έχει κατηγορηθεί


1998 ◽  
Vol 140 (3) ◽  
pp. 577-590 ◽  
Author(s):  
Wolfgang Voos ◽  
Tom H. Stevens

The dynamic vesicle transport processes at the late-Golgi compartment of Saccharomyces cerevisiae (TGN) require dedicated mechanisms for correct localization of resident membrane proteins. In this study, we report the identification of a new gene, GRD19, involved in the localization of the model late-Golgi membrane protein A-ALP (consisting of the cytosolic domain of dipeptidyl aminopeptidase A [DPAP A] fused to the transmembrane and lumenal domains of the alkaline phosphatase [ALP]), which localizes to the yeast TGN. A grd19 null mutation causes rapid mislocalization of the late-Golgi membrane proteins A-ALP and Kex2p to the vacuole. In contrast to previously identified genes involved in late-Golgi membrane protein localization, grd19 mutations cause only minor effects on vacuolar protein sorting. The recycling of the carboxypeptidase Y sorting receptor, Vps10p, between the TGN and the prevacuolar compartment is largely unaffected in grd19Δ cells. Kinetic assays of A-ALP trafficking indicate that GRD19 is involved in the process of retrieval of A-ALP from the prevacuolar compartment. GRD19 encodes a small hydrophilic protein with a predominantly cytosolic distribution. In a yeast mutant that accumulates an exaggerated form of the prevacuolar compartment (vps27), Grd19p was observed to localize to this compartment. Using an in vitro binding assay, Grd19p was found to interact physically with the cytosolic domain of DPAP A. We conclude that Grd19p is a component of the retrieval machinery that functions by direct interaction with the cytosolic tails of certain TGN membrane proteins during the sorting/budding process at the prevacuolar compartment.


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document