NIR-responsive DNA hybridization detection by high efficient FRET from 10-nm upconversion nanoparticles to SYBR green I

2018 ◽  
Vol 255 ◽  
pp. 2853-2860 ◽  
Author(s):  
Bo Wu ◽  
Ziquan Cao ◽  
Qing Zhang ◽  
Guojie Wang
Keyword(s):  
Dna Hybridization ◽  
Sybr Green ◽  
Sybr Green I ◽  
Upconversion Nanoparticles ◽  
High Efficient ◽  
Hybridization Detection

Detection of phospholipase A2 in serum based on LRET mechanism between upconversion nanoparticles and SYBR green I

2021 ◽  
Vol 1143 ◽  
pp. 37-44
Author(s):  
Dengwang Luo ◽  
Chaoyu Zhang ◽  
Yao Fang ◽  
Yiping Shen ◽  
Yuan Liang ◽  
...  
Keyword(s):  
Phospholipase A2 ◽  
Sybr Green ◽  
Sybr Green I ◽  
Upconversion Nanoparticles

Evaluation of a new fluorimetric DNA–DNA hybridization method

2011 ◽  
Vol 57 (3) ◽  
pp. 250-255 ◽  
Author(s):  
Jennifer Loveland-Curtze ◽  
Vanya I. Miteva ◽  
Jean E. Brenchley
Keyword(s):  
Dna Hybridization ◽  
Bacterial Species ◽  
Sybr Green ◽  
Sybr Green I ◽  
Rrna Gene ◽  
A New Technique ◽  
Thermal Cycler ◽  
Close Relatives ◽  
Taxonomic Groups ◽  
Species Descriptions

Standardized procedures must be followed when characterizing, officially describing, and validly naming novel bacteria. For species descriptions, DNA–DNA hybridization still is needed for whole-genome comparisons between close relatives, but many established hybridization methods have drawbacks, such as requiring labeled or large amounts of DNA. We evaluated a new technique based on the spectrophotometric method in which renaturation rates are used for calculating the degree of binding, which estimates relatedness. In this new approach, DNA is denatured and reassociated in a real-time PCR thermal cycler and the process monitored fluorimetrically using SYBR Green I dye that selectively binds to double-stranded DNA. We investigated the effects of different parameters on the renaturation rates, such as the quantities of DNA and SYBR Green I used. Then using this technique, we calculated the percent binding for pairs of selected bacterial species representing different taxonomic groups and compared our results with published values. We demonstrated that the SYBR Green I method is useful for describing new species and as a screening tool to quickly identify the relatedness of uncharacterized isolates with similar 16S rRNA gene sequences.

The influence of SYBR Green I on isothermal amplification with Bst exo DNA polymerase.

Biomics ◽  
2018 ◽  
Vol 10 (3) ◽  
pp. 268-273
Author(s):  
A.R. Gilvanov ◽  
A.R. Sakhabutdinova ◽  
A.V. Chemeris ◽  
R.R. Garafutdinov
Keyword(s):  
Dna Polymerase ◽  
Sybr Green ◽  
Isothermal Amplification ◽  
Sybr Green I

Development and Characterization of SYBR Green I Based RT-PCR Assay for Detection of Omsk Hemorrhagic Fever Virus

2021 ◽  
Author(s):  
Ya-Nan Zhang ◽  
Si-Qing Liu ◽  
Cheng-Lin Deng ◽  
Zhi-Ming Yuan ◽  
Bo Zhang ◽  
...  
Keyword(s):  
Hemorrhagic Fever ◽  
Sybr Green ◽  
Fever Virus ◽  
Sybr Green I ◽  
Rt Pcr ◽  
Pcr Assay ◽  
Hemorrhagic Fever Virus ◽  
Omsk Hemorrhagic Fever

Label-free fluorescence assay coupled exonuclease reaction and SYBR Green I for the detection of T4 polynucleotide kinase activity

2020 ◽  
Vol 12 (6) ◽  
pp. 807-812
Author(s):  
Xu Wu ◽  
Shuyi He ◽  
Julia Xiaojun Zhao
Keyword(s):  
Kinase Activity ◽  
Sybr Green ◽  
Fluorescence Assay ◽  
Sybr Green I ◽  
Label Free ◽  
Cleavage Reaction ◽  
Polynucleotide Kinase ◽  
T4 Polynucleotide Kinase

A sensitive label-free fluorescence assay for monitoring T4 polynucleotide kinase (T4 PNK) activity and inhibition was developed based on a coupled λ exonuclease cleavage reaction and SYBR Green I.

DNA hybridization detection by label free versus impedance amplifying label with impedance spectroscopy

2006 ◽  
Vol 114 (1) ◽  
pp. 58-64 ◽  
Author(s):  
Kuo-Sheng Ma ◽  
Hong Zhou ◽  
Jim Zoval ◽  
Marc Madou
Keyword(s):  
Impedance Spectroscopy ◽  
Dna Hybridization ◽  
Label Free ◽  
Hybridization Detection

Μελέτη επιγενετικών και φαρμακοεπιγενετικών βιοδεικτών στο σακχαρώδη Διαβήτη τύπου ΙΙ

2019 ◽  
Author(s):  
Μακρίνα Καραγλάνη
Keyword(s):  
Sybr Green ◽  
Sybr Green I

Ο ΣΔΤ2 χαρακτηρίζεται από ανεπαρκή λειτουργία των παγκρεατικών β-κυττάρων, αντίσταση στην ινσουλίνη και χρόνια φλεγμονή, τα οποία οδηγούν προοδευτικά στην εμφάνιση της υπεργλυκαιμίας. Η φαρμακοθεραπεία του ΣΔΤ2, ως χρόνια νόσος, πρέπει να είναι αποτελεσματική και με ελάχιστες παρενέργειες. Η έγκαιρη ανίχνευση του συνεχιζόμενου β-κυτταρικού θανάτου θα επέτρεπε έγκαιρες θεραπευτικές παρεμβάσεις πριν από την εμφάνιση υπεργλυκαιμίας και των επιπλοκών της, όταν ακόμα θα υπάρχει ένας σημαντικός αριθμός β-κυττάρων. Γνωρίζουμε ότι το επιγονιδίωμα του β-κυττάρου παίζει καθοριστικό ρόλο στην παθοφυσιολογία του ΣΔΤ2, ιδιαίτερα οι αλλαγές στα πρότυπα της DNA μεθυλίωσης. Τα τελευταία χρόνια δόθηκε ιδιαίτερη προσοχή στην ανάπτυξη ελάχιστα επεμβατικών βιοδεικτών υγρής βιοψίας. Το ccfDNA προτείνεται ότι αντανακλά αξιόπιστα τα επιγενετικά γεγονότα που λαμβάνουν χώρα στον πάσχοντα ιστό. Σκοπός της παρούσας διδακτορικής διατριβής ήταν η ανάδειξη ελάχιστα επεμβατικών επιγενετικών και φαρμακοεπιγενετικών βιοδεικτών στον ΣΔΤ2. Συγκεκριμένα, στόχος της επιγενετικής μελέτης ήταν η μελέτη της δομής του ccfDNA με στόχο την ανάπτυξη και την επικύρωση ενός παγκρεατικού β-κυτταροειδικού μοντέλου/προτύπου ταξινόμησης (ταξινομητή) βασισμένου στην DNA μεθυλίωση του ccfDNA ως βιοδείκτη του ΣΔΤ2. Στην φαρμακοεπιγενετική μελέτη στόχος ήταν να διερευνηθεί αν η ανάπτυξη υπογλυκαιμίας κατά την αγωγή με σουλφονυλουρίες επηρεάζεται από επιγενετικούς παράγοντες ανεξάρτητα ή σε συνδυασμό με γενετικούς.Στην επιγενετική μελέτη, αρχικά, ποσοτικοποιήθηκαν τα επίπεδα του συνολικού ccfDNA με φασματομετρία φθορισμού (δοκιμασία Qubit) και παρατηρήθηκε ότι τα διάμεσα επίπεδα αυτού δεν διέφεραν μεταξύ των ασθενών και των υγιών μαρτύρων αλλά και των ατόμων με προδιαβήτη. Ακολούθησε η ανάλυση του μεγέθους των θραυσμάτων του ccfDNA με τριχοειδή ηλεκτροφόρηση σε επιλεγμένα δείγματα, προκειμένου να αποκαλυφθούν για πρώτη φορά πληροφορίες σχετικά με την κυτταρική διαδικασία απελευθέρωσης του ccfDNA από τον/τους ιστό/ούς προέλευσης του στον ΣΔ. Στην ομάδα των ασθενών με ΣΔΤ2 εντοπίστηκαν συχνότερα κορυφές μεγέθους ~160bp σε σχέση με τους υγιείς μάρτυρες, γεγονός που υποδηλώνει κυτταρική απελευθέρωση του ccfDNA κατά τη διάρκεια της απόπτωσης πιθανόν λόγω του συνεχιζόμενου θανάτου των παγκρεατικών β-κυττάρων (η παρατήρηση αυτή ήταν ποιοτική). Επίσης, αναλύθηκε για πρώτη φορά με φασματοσκοπία Raman το ccfDNA μικρού αριθμού επιλεγμένων δειγμάτων προκειμένου να εκτιμηθεί το ολικό φορτίο της DNA μεθυλίωσης όπως και γενικά μοτίβα χημικών δεσμών. Στα δείγματα ccfDNA των ασθενών παρατηρήθηκε να είναι υψηλότερη η κορυφή του φάσματος που αντιστοιχεί στη δομή των μεθυλομάδων σε σχέση με τους υγιείς μάρτυρες, γεγονός που υποδηλώνει ότι το ccfDNA των ασθενών είναι περισσότερο μεθυλιωμένο. Επιπλέον, αναλύθηκε το προφίλ της DNA μεθυλίωσης πέντε παγκρεατικών β-κυτταροειδικών γονιδίων (INS, IAPP, GCK, KCNJ11 και ABCC8) στο ccfDNA με ποσοτική qMSP με χρήση της φθορίζουσας χρωστικής SYBR Green I. Στην ομάδα ανάπτυξης, για σχεδόν όλα τα υπό μελέτη γονίδια, τα μη μεθυλιωμένα αλληλόμορφα (που υποδηλώνουν προέλευση από τα παγκρεατικά β κύτταρα) ήταν στατιστικώς σημαντικά αυξημένα στους ασθενείς με ΣΔΤ2 έναντι των υγιών μαρτύρων, πιθανώς λόγω του συνεχιζόμενου θανάτου των παγκρεατικών β-κυττάρων. Η ανάλυση των αποτελεσμάτων και των πέντε γονιδίων με χρήση της λογιστικής παλινδρόμησης, οδήγησε σε έναν ταξινομητή με πολύ υψηλή ακρίβεια, ευαισθησία και ειδικότητα ως βιοδείκτη του ΣΔΤ2, που μπορεί να αποτελέσει ένα χρήσιμο ελάχιστα επεμβατικό εργαλείο στην κλινική διαχείριση του ΣΔΤ2 αλλά και του ΣΔ γενικότερα. Προκειμένου να επικυρωθεί ο ταξινομητής, χρησιμοποιήθηκε μία δεύτερη ανεξάρτητη ομάδα μελέτης (η οποία περιλάμβανε άτομα με προδιαβήτη), στην οποία αναλύθηκε το προφίλ της DNA μεθυλίωσης για τα πέντε β-κυτταροειδικά γονίδια και τα αποτελέσματα εισήχθησαν στον ανεπτυγμένο ταξινομητή. Παρατηρήθηκε ότι η απόδοση του ταξινομητή μειώθηκε αρκετά, πιθανώς εξαιτίας του μικρού αριθμού ατόμων αυτής της ομάδας μελέτης και της μη ειδικής συλλογής και αποθήκευσης δειγμάτων με τα βελτιστοποιημένα πρωτόκολλα.Στην φαρμακοεπιγενετική μελέτη αναλύθηκε το προφίλ της DNA μεθυλίωσης των γονιδίων KCNJ11 και ABCC8 σε gDNA λευκοκυττάρων περιφερικού αίματος απομονωμένο από ασθενείς με ΣΔT2 που λάμβαναν σουλφονυλουρίες ως θεραπευτική αγωγή. Τα αποτελέσματα ανέδειξαν ότι μόνο η μεθυλίωση του γονιδίου ABCC8 μπορεί να επηρεάσει την εμφάνιση υπογλυκαιμικών ανεξαρτήτως του γονότυπου KCNJ11 Ε23Κ του ασθενούς. Ωστόσο, η παρουσία μεθυλίωσης σε τουλάχιστον έναν υποκινητή (KCNJ11 ή ABCC8) συσχετίστηκε σημαντικά με τους μη υπογλυκαιμικούς ασθενείς οι οποίοι είναι φορείς του αλληλομόρφου KCNJ11 EK.Η μελέτη αυτή ήταν η πρώτη που παρήγαγε πειραματικά δεδομένα υγρής βιοψίας σε συνδυασμό με τη DNA μεθυλίωση, τα οποία αφενός εμπλούτισαν τη γνώση μας για τη βιολογία του ccfDNA στον ΣΔΤ2, αφετέρου ανέδειξαν νέες παραμέτρους με πιθανή κλινική αξία. Συγκεκριμένα, ήταν η πρώτη μελέτη που διερεύνησε και χρησιμοποίησε τη διαφορική μεθυλίωση β-κυτταροειδικών γονιδίων στο ccfDNA για την ανάπτυξη μιας παγκρεατικής β-κυτταρικής υπογραφής με μεγάλη κλινική αξία στον ΣΔ. Η επικύρωση σε μεγαλύτερο αριθμό δειγμάτων ασθενών με ΣΔ, καθώς και σε προοπτικά συλλεγμένα δείγματα δύναται να αναδείξουν περαιτέρω την κλινική αξία της υπογραφής στην έγκαιρη διάγνωση, ανίχνευση και παρακολούθηση αυτής της σημαντικής νοσολογικής οντότητας. Ακόμη, η μελέτη αυτή ήταν η πρώτη που αξιολόγησε την επίδραση της μεθυλίωσης στους υποκινητές γονιδίων-στόχων σχετικών με την θεραπεία του ΣΔΤ2. Επιπλέον, τα ευρήματα μας ανοίγουν τον δρόμο για ανάλογες μελέτες σε μεγαλύτερους πληθυσμούς ασθενών με αυξημένη κλινική βαρύτητα.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document