Comparative evaluation of cleavase fragment length polymorphism with PCR-SSCP and PCR-RFLP to detect antimicrobial agent resistance in Mycobacterium tuberculosis

1998 ◽  
Vol 3 (2) ◽  
pp. 81-91 ◽  
Author(s):  
S SREEVATSAN ◽  
J BOOKOUT ◽  
F RINGPIS ◽  
S MOGAZEH ◽  
B KREISWIRTH ◽  
...  
Keyword(s):  
Mycobacterium Tuberculosis ◽  
Antimicrobial Agent ◽  
Length Polymorphism ◽  
Fragment Length ◽  
Comparative Evaluation ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Pcr Rflp

scholarly journals Το κληρονομικό αγγειοοίδημα στην Ελλάδα και ο ρόλος των γενετικών βλαβών γονιδίων που κωδικοποιούν ένζυμα της οδού καλλικρεϊνης -βραδυκινίνης στην κλινική έκφρασή του

2016 ◽  
Author(s):  
Νικόλαος Κουτσοστάθης
Keyword(s):  
Restriction Fragment Length Polymorphism ◽  
Restriction Fragment ◽  
Length Polymorphism ◽  
Fragment Length ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Pcr Rflp ◽  
Restriction Fragment Length

ΣΚΟΠΟΣ Η παρουσίαση των πρώτων αποτελεσμάτων της πανελλήνιας καταγραφής ασθενών με κληρονομικό αγγειοοίδημα (ΚΑΟ) κατά την τελευταία τετραετία (Ιούλιος 2010 – Ιούνιος 2014) και η αναζήτηση της συσχέτισης των πολυμορφισμών γονιδίων, τα οποία παράγουν πρωτεΐνες της οδού του συστήματος κινινών- καλλικρεΐνης, με φαινοτυπικά χαρακτηριστικά του ΚΑΟ.ΥΛΙΚΟ-ΜΕΘΟΔΟΙ Έγινε πανελλήνια συστηματική καταγραφή των περιπτώσεων ΚΑΟ μέσω ευρείας συνεργασίας με ιατρούς και νοσοκομεία σε όλη τη χώρα. Σε όσους ασθενείς συμμετείχαν στην μελέτη συμπληρώθηκε: α) τυποποιημένο ερωτηματολόγιο για την καταγραφή δημογραφικών - κλινικών και θεραπευτικών χαρακτηριστικών της νόσου και β) γενεαλογικό δέντρο σε κάθε οικογένεια. Σε κάθε συμμετέχοντα ασθενή έγινε λήψη περιφερικού αίματος για τον προσδιορισμό των πολυμορφισμών F12-5046T>C (rs1801020), BDKRB1-(-699G>C) (rs4905475), SERPING1-21963G>A (p.V480M, rs4926) και ACE I/D (rs1799752). Η ανίχνευση των πολυμορφισμών έγινε με την τεχνική PCR-RFLP (restriction fragment length polymorphism), δηλ. μέσω ενίσχυσης τμημάτων DNA με PCR και εν συνεχεία πέψης με ένζυμα περιορισμού για τους τρεις πρώτους και με απλή PCR για τον τελευταίο. Σε ορισμένα δείγματα χρησιμοποιήθηκε ανάλυση αλληλουχίας βάσεων για την επιβεβαίωση των αποτελεσμάτων. Ως μάρτυρες χρησιμοποιήθηκαν δείγματα περιφερικού αίματος από υγιείς δότες. ΑΠΟΤΕΛΕΣΜΑΤΑ Καταγράφηκαν 128 ασθενείς με ΚΑΟ τύπου Ι και ΙΙ που ανήκουν σε 42 μη συγγενείς οικογένειες (επιπολασμός της νόσου στην Ελλάδα 1:84.000). Επιπρόσθετα καταγράφηκε και μια οικογένεια με 3 μέλη με ΚΑΟ με φυσιολογικό C1-INH. Σε 85 από τους ως άνω ασθενείς, από 34 οικογένειες, έγινε γενετική ανάλυση. Η μέση καθυστέρηση της διάγνωσης της νόσου ήταν τα 17.5 έτη (εύρος 0-58 έτη) , αλλά η διάγνωση ασθενών με ΚΑΟ έχει σαφώς αυξηθεί την τελευταία δεκαετία. 16.7% των ασθενών είχαν υποβληθεί σε διασωλήνωση της τραχείας ή τραχειοτομή λόγω οιδήματος λάρυγγα και 23.5% είχαν υποβληθεί σε άσκοπες χειρουργικές επεμβάσεις λόγω κρίσεων αγγειοοιδήματος στο πεπτικό. Η συχνότητα των θανάτων λόγω ΚΑΟ ήταν περίπου 1 ανά 3 οικογένειες και αφορούσε στην πλειοψηφία τους μη διαγνωσμένους ασθενείς. Το 10.4% των ασθενών δήλωσαν ότι δεν είχε οποιοδήποτε φάρμακο για την αντιμετώπιση των επεισοδίων ΑΟ και 84.7% ανέφεραν ότι η ζωή τους ήταν επηρεασμένη από μέτρια ως σοβαρά λόγω της νόσου. Η παρουσία του πολυμορφισμού F12-5046T>C και του BDKRB1-(-699G>C) καθυστερούσε την έναρξη του ΚΑΟ κατά 4.6 έτη (p=0.03) και κατά 9.4 έτη (p=0.02) αντίστοιχα. Στους ομόζυγους ή ετερόζυγους με πολυμορφισμό V480M στο SERPING1 κυριαρχούσαν οι κρίσεις από το δέρμα. ΣΥΜΠΕΡΑΣΜΑΤΑ Η παρούσα διατριβή, η οποία αποτέλεσε την πρώτη προσπάθεια πανελλαδικής καταγραφής ασθενών με ΚΑΟ, κατάφερε να καλύψει το μεγαλύτερο τμήμα της χώρας. Στην Ελλάδα υπήρχε σημαντική καθυστέρηση της διάγνωσης του ΚΑΟ, από τις μεγαλύτερες παγκοσμίως, η οποία την τελευταία δεκαετία φαίνεται να αναστρέφεται θεαματικά. Το γεγονός αυτό σε συνδυασμό με την θεραπευτική αντιμετώπιση, η οποία σαφώς υπολείπεται της διεθνούς πραγματικότητας, έχουν δυσμενείς συνέπειες για τους ασθενείς. Έτσι αναδεικνύεται η ανάγκη για την προώθηση πρακτικών αντιμετώπισης του προβλήματος. Τα υπόλοιπα επιδημιολογικά και κλινικά χαρακτηριστικά του ΚΑΟ στη χώρα μας δε διαφέρουν από τα αναφερόμενα διεθνώς. Οι πολυμορφισμοί F12-5046T>C και του BDKRB1-(-699G>C) σχετίζονται σημαντικά με καθυστερημένη έναρξη της νόσου και άρα ηπιότερη νόσηση από ΚΑΟ, ενώ ο SERPING1-21963G>A με εντόπιση κρίσεων αγγειοοιδήματος στο δέρμα. Σε πολύ πρόσφατη πολυκεντρική Ευρωπαϊκή μελέτη, προέκταση της παρούσας μελέτης, επιβεβαιώθηκε ότι ο πολυμορφισμός F12-5046T>C αποτελεί τον μοναδικό, μέχρι στιγμής, ανεξάρτητο γενετικό παράγοντα με τόσο ισχυρή επίδραση στον φαινότυπο και την πρόγνωση της νόσου.

scholarly journals Simultaneous Infection with Two Drug-SusceptibleMycobacterium tuberculosis Strains in an Immunocompetent Host

1999 ◽  
Vol 37 (12) ◽  
pp. 4156-4157 ◽  
Author(s):  
Marion Pavlic ◽  
Franz Allerberger ◽  
Manfred P. Dierich ◽  
Wolfgang M. Prodinger
Keyword(s):  
Mycobacterium Tuberculosis ◽  
Restriction Fragment Length Polymorphism ◽  
Length Polymorphism ◽  
Fragment Length ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Epidemiological Data ◽  
Immunocompetent Patient ◽  
Immunocompetent Host ◽  
Simultaneous Infection ◽  
Restriction Fragment Length

An important assumption for DNA fingerprinting ofMycobacterium tuberculosis is that patients are infected with only one strain at a time. Nonetheless, we demonstrate a case of simultaneous infection with two drug-susceptible strains of M. tuberculosis in an immunocompetent patient by IS6110restriction fragment length polymorphism and spoligotyping. Epidemiological data prove the patient's involvement in two independent clusters. Thus, double infections should be suspected with fingerprints showing divergent band intensities.

Comparative Fingerprinting Analysis ofCampylobacter jejuni subsp. jejuni Strains by Amplified-Fragment Length Polymorphism Genotyping

2000 ◽  
Vol 38 (9) ◽  
pp. 3379-3387 ◽  
Author(s):  
Bjørn-Arne Lindstedt ◽  
Even Heir ◽  
Traute Vardund ◽  
Kjetil K. Melby ◽  
Georg Kapperud
Keyword(s):  
Length Polymorphism ◽  
Fragment Length ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Amplified Fragment Length Polymorphism ◽  
Epidemiological Surveillance ◽  
Aflp Analysis ◽  
Polymorphism Analysis ◽  
Pcr Rflp ◽  
Pcr Products ◽  
Ofcampylobacter Jejuni

Amplified-fragment length polymorphism (AFLP) analysis with the endonucleases BglII and MfeI was used to genotype 91 Campylobacter jejuni subsp. jejunistrains from outbreaks and sporadic cases. AFLP-generated fragments were labeled with fluorescent dye and separated by capillary electrophoresis. The software packages GeneScan and GelCompar II were used to calculate AFLP pattern similarities and to investigate phylogenetic relationships among the genotyped strains. The AFLP method was compared with two additional DNA-based typing methods, pulsed-field gel electrophoresis (PFGE) using SmaI and restriction fragment length polymorphism analysis on PCR products (PCR-RFLP) of theflaA and flaB genes. We found that AFLP analysis of C. jejuni strains is a rapid method that offers better discriminatory power than do both PFGE and PCR-RFLP. AFLP and, to a lesser extent, PCR-RFLP could differentiate strains within the same PFGE profiles, which also makes PCR-RFLP an alternative to PFGE. We were able to clearly distinguish 9 of 10 recognized outbreaks by AFLP and to identify similarities among outbreak and sporadic strains. Therefore, AFLP is suitable for epidemiological surveillance ofC. jejuni and will be an excellent tool for source identification in outbreak situations.

scholarly journals Identification of Pneumococcal Serotypes by PCR–Restriction Fragment Length Polymorphism

Diagnostics ◽  
2019 ◽  
Vol 9 (4) ◽  
pp. 196 ◽  
Author(s):  
García-Suárez ◽  
González-Rodríguez ◽  
Cima-Cabal ◽  
Yuste ◽  
Vazquez ◽  
...  
Keyword(s):  
Restriction Fragment Length Polymorphism ◽  
Restriction Fragment ◽  
Length Polymorphism ◽  
Dna Sequences ◽  
Fragment Length ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Rflp Analysis ◽  
Restriction Enzymes ◽  
Pcr Rflp ◽  
Restriction Fragment Length

Streptococcus pneumoniae shows more than 90 capsular serotypes that can be distinguished by their reactivity against antisera. The main objective of this work was the development of a molecular method for serotyping without the use of antisera. A computer program containing an algorithm was used to search in a database for potentially useful enzymes for Restriction Fragment Length Polymorphism-RFLP typing, in order to maximize the discrimination between different serotypes. DNA sequences of 90 serotypes for the region between dexB and aliA genes were compiled, and a computer screening of restriction enzymes was performed. The wzg–wzh–wzd–wze region and Sse9I restriction predicted unique PCR-RFLP patterns for 39 serotypes and eight serogroups. A second restriction enzyme resolved fragment specific patterns for 25 serotypes. The method was tested with 98 serotype-unknown clinical isolates. PCR-RFLP analysis deduced correct serotypes that were confirmed by Quellung reaction for 78.5% of the isolates.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document