Σύμπλοκες ενώσεις του ουρανυλίου και του κοβαλτίου με μη-στεροειδή αντιφλεγμονώδη φάρμακα

2021 ◽  
Author(s):  
Σπυρίδων Περόντσης
Keyword(s):  
In Silico ◽  
Pbr322 Dna ◽  
Ct Dna

Στην παρούσα διδακτορική διατριβή περιγράφεται η σύνθεση, ο δομικός χαρακτηρισμός και η μελέτη της βιολογικής δραστικότητας τριανταπέντε συμπλόκων ενώσεων του ουρανυλίου(II) και του κοβαλτίου με ligand μια σειρά από μη-στεροειδή αντιφλεγμονώδη φάρμακα παρουσία ή απουσία co-ligand ως δότες ατόμων Ν. Ο χαρακτηρισμός των συμπλόκων έγινε µε μετρήσεις µοριακής αγωγιµότητας, μαγνητικές μετρήσεις σε θερμοκρασία περιβάλλοντος, µε φασµατοσκοπία ΙR, UV-vis και (για τα σύμπλοκα του ουρανυλίου(II)) 1Η NMR και µε κρυσταλλογραφία ακτίνων–Χ.Η μελέτη της βιολογικής δράσης των συμπλόκων περιελάμβανε την αλληλεπίδρασή τους με το CT DNA, με το pBR322 πλασμιδιακό DNA, με τις αλβουμίνες του ορού BSA και HSA και τη διερεύνηση της αντιοξειδωτικής τους δράσης. Η μελέτη της αλληλεπίδρασης με το CT DNA πραγματοποιήθηκε με φασματοσκοπία UV-vis, ιξωδομετρία, ανταγωνιστική δράση με το ΕΒ και κυκλική βολταμμετρία για τα σύμπλοκα του κοβαλτίου. Η ικανότητα διάσπασης του pBR322 DNA εξετάστηκε με ηλεκτροφόρηση σε πηκτή αγαρόζης. Η αλληλεπίδραση με τις αλβουμίνες του ορού έλαβε χώρα με φασματοσκοπία φθορισμού όπου εξετάστηκε η ισχύς σύνδεσης των ενώσεων, και προσδιορίστηκε η πιθανή θέση σύνδεσης στα μόρια των αλβουμινών. Τα αποτελέσματα έδειξαν ισχυρή σύνδεση των ενώσεων στο CT DNA και στις αλβουμίνες ενώ μεταξύ των συμπλόκων της παρούσας διατριβής υπολογίστηκε και η υψηλότερη σταθερά σύνδεσης στο DNA από όλα τα σύμπλοκα Co-ΜΣΑΦ της βιβλιογραφίας. Η ικανότητα διάσπασης του υπερελικωμένου pBR322 DNA ήταν χαμηλή έως μέτρια ενώ τα σύμπλοκα της εργασίας έδειξαν εκλεκτικότητα ως προς την δέσμευση της ρίζας ABTS και αναγωγής του Η2Ο2 έναντι της ρίζας DPPH. Οι in silico μοριακές μελέτες πρόσδεσης έδειξαν εσωτερική συναρμογή των συμπλόκων στην διπλή έλικα του CT DNA και σύνδεση τους σε μια θέση στο μόριο των αλβουμινών, η οποία βρίσκεται κοντά στη θέση δέσμευσης του ibuprofen χωρίς όμως να ταυτίζονται οι θεωρητικά υπολογισμένες ενέργειες δέσμευσης με τις σταθερές σύνδεσης που υπολογίστηκαν από τα in vitro πειράματα.

scholarly journals H2O2:HCl Catalyzed Synthesis of 5-(3-Substituted-Thiophene) Pyrimidine Derivatives and Evaluation for Their Pharmacological Effects

2021 ◽  
Author(s):  
Sukanya S H ◽  
Talavara Venkatesh ◽  
Adithya Rao S J ◽  
Shivakumara N
Keyword(s):  
In Silico ◽  
Condensation Reaction ◽  
Cancer Cell Line ◽  
Assay Method ◽  
Pharmacological Effects ◽  
Bacterial Strains ◽  
Zone Of Inhibition ◽  
Pyrimidine Derivatives ◽  
Ct Dna

Abstract A series of 5-(3-substituted-thiophene) pyrimidine derivatives (3a-d) were synthesized via Knoevenagel condensation reaction in aqueous ethanol using H2O2:HCl as a green halogenating catalyst and evaluated for their pharmacological effects. The structures of the targets were confirmed by analytical and spectroscopic methods. From antibacterial activity result reveals that, all the four compounds showed appreciable activity with varied zone of inhibition, in that the compounds 3b & 3d exhibited most effective zone of inhibition against bacterial strains E. coli & S. aureus respectively. In-vitro cytotoxicity was carried by MTT assay method against MCF-7 (Breast cancer) cell line and results of all the four compounds showed excellent selectivity, in that compound 3a exhibited excellent cytotoxicity with minimum cell viability range of 23.68 to 44.16 %. The interaction of compounds with CT-DNA was determined by using UV-absorption spectroscopy and results were confirmed that, all the synthesized compounds interacted strongly with CT-DNA through electrostatic or groove binding. In-silico ADME-toxicology results indicated that, all the targets are non-toxic, good oral bioavailability and druglikeness score indicated that they are suitable as drug-leads. From In-silico molecular docking results showed compound 3b was bound with GlcN-6-P and P38 MAPk with least binding energy of -7.9 and -6.4 kcal/mol respectively.

scholarly journals Χρήση συμπλόκων ενώσεων ως μοριακών διακοπτών και ανιχνευτών στο DNA

2014 ◽  
Author(s):  
Μιχαήλ Καπλάνης
Keyword(s):  
Pbr322 Dna ◽  
Ct Dna ◽  
Mcf 7

Στην παρούσα διατριβή ουσιαστικά επιχειρείται ο σχεδιασμός και η μελέτη νέων συμπλόκων ενώσεων, που μπορούν να δράσουν ως μοριακοί ανιχνευτές στο DNA και πιθανοί χημειοθεραπευτικοί παράγοντες. Για το σκοπό αυτό συντέθηκε μια σειρά νέων συμπλόκων και χαρακτηρίστηκαν πλήρως με φασματοσκοπία IR, NMR, UV-Vis, ενώ οι φωτοφυσικές τους ιδιότητες μελετήθηκαν με φασματοσκοπία εκπομπής. Παρουσιάζεται επίσης η κρυσταλλική δομή του συμπλόκου [Re(CO)3(pq)(py)]PF6. Η αλληλεπίδρασή τους με το DNA μελετήθηκε με διάφορες τεχνικές όπως CD, ιξωδομετρία, CV, Tm, τιτλοδότηση UV-Vis και εκπομπής. Επιπλέον, μελετήθηκε η φωτο-διασπαστική τους ικανότητα και η in vitro αντικαρκινική τους δράση έναντι τριών καρκινικών σειρών ανθρώπινης προέλευσης. Επιπλέον, μελετήθηκε η δράση τους έναντι του PAF και των ενζυματικών του διεργασιών.Η αλληλεπίδραση των συμπλόκων του τύπου fac-[Re(CO)3(a-diimine)L]0/+ με CT-DNA γίνεται κυρίως μέσω συναρμογής στην αύλακα, εκτός από το - υποκατεστημένο με δύο εστερομέδες - dppz σύμπλοκο που η δέσμευση είναι παρεμβολικής φύσεως. Αν και το dppz παράγωγο αλληλεπιδρά ισχυρότερα από τα υπόλοιπα σύμπλοκα του τύπου αυτού και συμπεριφέρεται ως μοριακός διακόπτης φωτός, εντούτοις είναι δύσκολο να προκαλέσει άμεση φωτοδιάσπαση του DNA. Τα υπόλοιπα διιμινικά σύμπλοκα του Re(I) προκαλούν ικανοποιητική διάσπαση του ενός κλώνου του πλασμιδιακού pBR322 DNA. Μηχανιστικές μελέτες έδειξαν ότι τα pq σύμπλοκα διασπούν του DNA μέσω παραγωγής δραστικών ειδών οξυγόνου. Το φαινανθρολινικού τύπου σύμπλοκο προκαλεί φωτοδιάσπαση ανεξάρτητη από το οξυγόνο.Οι DNA-δεσμευτικές μελέτες του νέου τετραρηνικού πορφυρινικού συμπλόκου {H2TPyP[Re(CO)3(pq)]4}∙4PF6 έδειξαν ισχυρή αλληλεπίδραση με την αύλακα του DNA. Η μιας τάξης μεγέθους μεγαλύτερη σταθερά σύνδεσης του με το DNA, συγκριτικά με τα μονομερή σύμπλοκα οφείλεται στις ισχυρές ηλεκτροστατικές αλληλεπιδράσεις με τις φωσφορικές ομάδες του σκελετού του DNA. Το πορφυρινικό αυτό παράγωγο επιδεικνύει περισσότερο αποτελεσματική φωτοδιάσπαση του πλασμιδίου pBR322, συγκριτικά με τα παραπάνω σύμπλοκα του τύπου fac-[Re(CO)3(a-diimine)L]0/+. Η μεταλλοπορφυρίνη (TPyP)GaCl δεσμεύεται εξωτερικά μέσω στοιβάγματος στο DNA. Η χαμηλή συγγένεια δέσμευσης, δεν επηρεάζει την ικανότητα του συμπλόκου να επάγει την διάσπαση και των δύο κλώνων του πλασμιδίου, μέσω μηχανισμού που περιλαμβάνει την παραγωγή μονήρους οξυγόνου.Χρησιμοποιώντας την ΜΤΤ μέθοδο, μελετήθηκε η in vitro κυτταροτοξική δράση των συμπλόκων έναντι τριών καρκινικών σειρών ανθρώπινης προέλευσης, μαστού (MCF-7), προστάτη (PC3) και γλοιοβλάστωμα (T98G). Η σύμπλεξη του Re(I) μειώνει σημαντικά την τοξικότητα του ελεύθερου υποκαταστάτη phendione. Αντίθετα, τα pq σύμπλοκα επιδεικνύουν ισχυρή τοξικότητα, συγκριτικά με τον ελεύθερο pq υποκαταστάτη που είναι μη τοξικός. Τα αποτελέσματα των συμπλόκων του τύπου [Re(CO)3(pq)(L)]0/+ (όπου L=Cl, MeCN, py), υποδεικνύουν την κρισιμότητα του αξονικού υποκαταστάτη και του φορτίου του συμπλόκου στην κυτταροτοξικότητα τους. Η πορφυρίνη του Ga(III) έδειξε ισχυρή τοξικότητα έναντι των MCF-7 και PC3 κυττάρων και μέτρια τοξικότητα έναντι των T98G κυττάρων.Τα σύμπλοκα [Re(CO)3(phendione)Cl] και [Re(CO)3[dppz(COOEt)2]Cl], αλλά κυρίως το πρόδρομο σύμπλοκο [Re(CO)5Cl] παρουσιάζουν ισχυρή αναστολή της συσσώρευσης των αιμοπεταλίων που προκαλείται από τον PAF, σε αντίθεση με τους ελεύθερους υποκαταστάτες. Επιπλέον, τα σύμπλοκα επιδρούν στα βιοσυνθετικά ένζυμα του PAF, lyso-PAF-AT και PAF-CPT, ενώ το [Re(CO)3(phendione)Cl] αυξάνει τη δραστικότητα του καταβολικού ενζύμου LP-PLA2.

Nizatidine interacts with ct-DNA causing genotoxicity and cytotoxicity: an assessment by in vitro, in vivo, and in silico studies

2021 ◽  
pp. 1-12
Author(s):  
Yusra Rahman ◽  
Shumaila Afrin ◽  
Ahmad Perwez ◽  
Mohd Owais Ansari ◽  
Tarique Sarwar ◽  
...  
Keyword(s):  
In Silico ◽  
In Silico Studies ◽  
Ct Dna

Multi-spectroscopic and molecular modelling studies on the interaction of esculetin with calf thymus DNA

2015 ◽  
Vol 11 (2) ◽  
pp. 522-531 ◽  
Author(s):  
Tarique Sarwar ◽  
Mohammed Amir Husain ◽  
Sayeed Ur Rehman ◽  
Hassan Mubarak Ishqi ◽  
Mohammad Tabish
Keyword(s):  
Molecular Modelling ◽  
In Silico ◽  
Minor Groove ◽  
Minor Groove Binding ◽  
Groove Binding ◽  
Calf Thymus ◽  
Molecular Modelling Studies ◽  
Modelling Studies ◽  
Ct Dna

Minor groove binding of esculetin with Ct-DNA was established by a series of in vitro experiments and in silico analyses.

scholarly journals Interactions of the anti-tumor sesquiterpene hydroquinone avarol with DNA in vitro

2007 ◽  
Vol 72 (12) ◽  
pp. 1265-1269 ◽  
Author(s):  
Miroslava Vujcic ◽  
Srdjan Tufegdzic ◽  
Zoran Vujcic ◽  
Miroslav Gasic ◽  
Dusan Sladic
Keyword(s):  
Ethidium Bromide ◽  
Uv Spectrophotometry ◽  
Plasmid Pbr322 ◽  
Reaction Conditions ◽  
Supercoiled Plasmid ◽  
Micromolar Concentration ◽  
Pbr322 Dna ◽  
Ct Dna ◽  
Electrophoresis Pattern

Changes in electrophoresis pattern after interaction of supercoiled plasmid pBR322 DNA with avarol was studied at a micromolar concentration of reactants under mild reaction conditions. Interactions of avarol with linear high-molecular CT-DNA at millimolar concentrations were analyzed by electrophoresis and UV spectrophotometry. It was observed that avarol is capable of quenching ethidium bromide fluorescence in DNA bands. An increase in the absorbance of DNA was detected. The results indicate the binding of avarol to DNA and/or modification of nucleotide bases.

IN VITRO/IN SILICO CHARACTERIZATION OF ACTIVE AND PASSIVE STRESSES IN CARDIAC MUSCLE

2012 ◽  
Vol 10 (2) ◽  
pp. 171-188 ◽  
Author(s):  
Markus Boel ◽  
Oscar J. Abilez ◽  
Ahmed N Assar ◽  
Christopher K. Zarins ◽  
Ellen Kuhl
Keyword(s):  
Cardiac Muscle ◽  
In Silico ◽  
In Silico Characterization

Role of 4-O Galloylchlorogenic Acid in Lung Cancer- An Insilico Approach

2017 ◽  
Vol 9 (5) ◽  
Author(s):  
Jaynthy C. ◽  
N. Premjanu ◽  
Abhinav Srivastava
Keyword(s):  
Lung Cancer ◽  
Cell Proliferation ◽  
In Silico ◽  
Computational Study ◽  
Regulation Mechanism ◽  
Down Regulation ◽  
Fruit Extract ◽  
In Vitro Techniques ◽  
Discovery Studio

Cancer is a major disease with millions of patients diagnosed each year with high mortality around the world. Various studies are still going on to study the further mechanisms and pathways of the cancer cell proliferation. Fucosylation is one of the most important oligosaccharide modifications involved in cancer and inflammation. In cancer development increased core fucosylation by FUT8 play an important role in cell proliferation. Down regulation of FUT8 expression may help cure lung cancer. Therefore the computational study based on the down regulation mechanism of FUT8 was mechanised. Sapota fruit extract, containing 4-Ogalloylchlorogenic acid was used as the inhibitor against FUT-8 as target and docking was performed using in-silico tool, Accelrys Discovery Studio. There were several conformations of the docked result, and conformation 1 showed 80% dock score between the ligand and the target. Further the amino acids of the inhibitor involved in docking were studied using another tool, Ligplot. Thus, in-silico analysis based on drug designing parameters shows that the fruit extract can be studied further using in-vitro techniques to know its pharmacokinetics.

Discovery of New AKT1 Inhibitors by Combination of In silico Structure Based Virtual Screening Approaches and Biological Evaluations

2019 ◽  
Author(s):  
Filip Fratev ◽  
Denisse A. Gutierrez ◽  
Renato J. Aguilera ◽  
suman sirimulla
Keyword(s):  
Virtual Screening ◽  
Success Rate ◽  
Protein Interactions ◽  
In Silico ◽  
Biological Data ◽  
In Vitro Binding ◽  
Vitro Binding ◽  
Screening Protocol ◽  
Screening Approaches

AKT1 is emerging as a useful target for treating cancer. Herein, we discovered a new set of ligands that inhibit the AKT1, as shown by in vitro binding and cell line studies, using a newly designed virtual screening protocol that combines structure-based pharmacophore and docking screens. Taking together with the biological data, the combination of structure based pharamcophore and docking methods demonstrated reasonable success rate in identifying new inhibitors (60-70%) proving the success of aforementioned approach. A detail analysis of the ligand-protein interactions was performed explaining observed activities.<br>

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document