scholarly journals Steroid catabolism in bacteria: Genetic and functional analyses of stdH and stdJ in Pseudomonas putida DOC21

2018 ◽  
Vol 2 (1) ◽  
pp. 88-99 ◽  
Author(s):  
Elías R. Olivera ◽  
Manuel de la Torre ◽  
Álvaro Barrientos ◽  
José M. Luengo
2020 ◽  
Vol 48 (17) ◽  
pp. 9918-9930
Author(s):  
Philippe Carpentier ◽  
Chloé Leprêtre ◽  
Christian Basset ◽  
Thierry Douki ◽  
Stéphane Torelli ◽  
...  

Abstract MiaE (2-methylthio-N6-isopentenyl-adenosine37-tRNA monooxygenase) is a unique non-heme diiron enzyme that catalyzes the O2-dependent post-transcriptional allylic hydroxylation of a hypermodified nucleotide 2-methylthio-N6-isopentenyl-adenosine (ms2i6A37) at position 37 of selected tRNA molecules to produce 2-methylthio-N6–4-hydroxyisopentenyl-adenosine (ms2io6A37). Here, we report the in vivo activity, biochemical, spectroscopic characterization and X-ray crystal structure of MiaE from Pseudomonas putida. The investigation demonstrates that the putative pp-2188 gene encodes a MiaE enzyme. The structure shows that Pp-MiaE consists of a catalytic diiron(III) domain with a four alpha-helix bundle fold. A docking model of Pp-MiaE in complex with tRNA, combined with site directed mutagenesis and in vivo activity shed light on the importance of an additional linker region for substrate tRNA recognition. Finally, krypton-pressurized Pp-MiaE experiments, revealed the presence of defined O2 site along a conserved hydrophobic tunnel leading to the diiron active center.


2017 ◽  
Vol 17 (2) ◽  
pp. 166-173 ◽  
Author(s):  
Joseph M. Lambert ◽  
Crystal I. Finley ◽  
Carmen E. Caruthers
Keyword(s):  

2004 ◽  
Vol 53 (3-4) ◽  
pp. 367-376 ◽  
Author(s):  
A. A. Khalif ◽  
H. Abdorhim ◽  
Hosam E. H. T. Bayoumi ◽  
Anna Füzy ◽  
Mihály Kecskés

Üvegházi körülmények között savanyú barna erdotalajban nevelt fehér here (Trifolium repens L.) növények rizoszférájának sókezelés hatására bekövetkezo változását ellenoriztük. Megvizsgáltuk a különbözo sókoncentrációknak (0, 0,2, 0,4, 0,6 és 0,8 tömeg %) a baktériumnépesség összetételére és a különbözo talajenzimek aktivitására gyakorolt hatását.  Megállapítottuk, hogy a talaj sótartalma közvetlenül befolyásolta a rizoszférában található fluoreszkáló pszeudomonaszok csíraszámát. A legsurubb populáció a 0,2% NaCl-ot tartalmazó talajban volt mérheto, ahol a fluoreszkáló pszeudomonaszok között a Pseudomonas putida és a P. fluorescens fordultak elo a legnagyobb számban. A pszeudomonaszok ily módon jól tolerálják a talaj magas NaCl-tartalmát, és gyökérkolonizáló tevékenységet képesek kifejteni a magas NaCl-tartalmú talajban is. A sókoncentráció növelésével kezdetben (a 0,2-0,4%-os tartományban) jelentosen növekedett a dehidrogenáz, kataláz, és ureáz enzimek aktivitása. A proteáz enzimek aktivitásmaximuma a 0,1-0,2% NaCl-koncentráció tartományba esett. A 0,4%-nál magasabb koncentrációkban a kontrollhoz hasonló mértékure csökkent mind a négy enzim aktivitása, és a baktériumok száma is. A foszfatáz- és a b-glükozidáz-tevékenység viszont a NaCl-dózis növelése következtében a koncentrációval arányosan, jelentosen csökkent a kontrollhoz viszonyítva.  Feltételezésünk szerint az enzimaktivitások változását is a sókezelés hatására bekövetkezo mikrobióta összetételének megváltozása okozta.


2003 ◽  
Author(s):  
Charles Thomas Parker ◽  
Dorothea Taylor ◽  
George M Garrity
Keyword(s):  

2020 ◽  
Vol 13 (2) ◽  
pp. 83-92 ◽  
Author(s):  
A. Adam

SummaryEnhancement of the resistance level in plants by rhizobacteria has been proven in several pathosystems. This study investigated the ability of four rhizobacteria strains (Pseudomonas putida BTP1 and Bacillus subtilis Bs2500, Bs2504 and Bs2508) to promote the growth in three barley genotypes and protect them against Cochliobolus sativus. Our results demonstrated that all tested rhizobacteria strains had a protective effect on barley genotypes Arabi Abiad, Banteng and WI2291. However, P. putida BTP1 and B. subtilis Bs2508 strains were the most effective as they reduced disease incidence by 53 and 38% (mean effect), respectively. On the other hand, there were significant differences among the rhizobacteria-treated genotypes on plant growth parameters, such as wet weight, dry weight, plant height and number of leaves. Pseudomonas putida BTP1 strain was the most effective as it significantly increased plant growth by 15-32%. In addition, the susceptible genotypes Arabi Abiad and WI2291 were the most responsive to rhizobacteria. This means that these genotypes have a high potential for increase of their resistance against the pathogen and enhancement of plant growth after the application of rhizobacteria. Consequently, barley seed treatment with the tested rhizobacteria could be considered as an effective biocontrol method against C. sativus.


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document