scholarly journals Multilocus Sequence Typing for Candida albicans Isolates from Candidemic Patients: Comparison with Southern Blot Hybridization and Pulsed-field Gel Electrophoresis Analysis

2011 ◽  
Vol 31 (2) ◽  
pp. 107-114 ◽  
Author(s):  
Myoung Youn ◽  
Jong Hee Shin ◽  
Jin Sol Lee ◽  
Soo Hyun Kim ◽  
Myung Geun Shin ◽  
...  
Keyword(s):  
Candida Albicans ◽  
Southern Blot ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Multilocus Sequence Typing ◽  
Blot Hybridization ◽  
Southern Blot Hybridization ◽  
Pulsed Field Gel Electrophoresis ◽  
Pulsed Field

scholarly journals Emergence of mcr-1-Harboring Salmonella enterica Serovar Sinstorf Type ST155 Isolated From Patients With Diarrhea in Jiangsu, China

2021 ◽  
Vol 12 ◽  
Author(s):  
Guoye Liu ◽  
Huimin Qian ◽  
Jingwen Lv ◽  
Benshun Tian ◽  
Changjun Bao ◽  
...  
Keyword(s):  
Southern Blot ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Blot Hybridization ◽  
Southern Blot Hybridization ◽  
Pulsed Field Gel Electrophoresis ◽  
Sequencing Analysis ◽  
Colistin Resistance ◽  
Pulsed Field ◽  
Extended Spectrum Beta Lactamase ◽  
Pcr Method

Background: This study analyzed the antimicrobial resistance phenotypes and mechanisms of quinolone, cephalosporins, and colistin resistance in nontyphoidal Salmonella from patients with diarrhea in Jiangsu, China.Methods: A total of 741 nontyphoidal Salmonella isolates were collected from hospitals in major cities of Jiangsu Province, China between 2016 and 2017. Their susceptibility to commonly used antibiotics was evaluated by broth micro-dilution and sequencing analysis of resistance genes screened by a PCR method. For mcr-1 positive isolates, genetic relationship study was carried out by pulsed-field gel electrophoresis and multiloci sequence typing analysis. The transferability of these plasmids was measured with conjugation experiments and the genetic locations of mcr-1 were analyzed by pulsed-field gel electrophoresis profiles of S1-digested genomic DNA and subsequent Southern blot hybridization.Results: Among 741 nontyphoidal Salmonella isolates, the most common serotypes identified were S. Typhimurium (n=257, 34.7%) and S. Enteritidis (n=127, 17.1%), and the isolates showed 21.7, 20.6, and 5.0% resistance to cephalosporins, ciprofloxacin, and colistin, respectively. Among the 335 nalidixic acid-resistant Salmonella, 213 (63.6%) and 45 (13.4%) had at least one mutation in gyrA and parC. Among the plasmid-borne resistance, qnrS1 (85; 41.9%) and aac(6')-Ib-cr4 (75; 36.9%) were the most common quinolone resistance (PMQR) genes, while blaCTX-M-14 (n=35) and blaCTX-M-55 (n=46) were found to be dominant extended-spectrum beta-lactamase (ESBL) genes in nontyphoidal Salmonella. In addition, eight mcr-1-harboring strains were detected since 2016 and they were predominate in children under the age of 7years. Conjugation assays showed the donor Salmonella strain has functional and transferable colistin resistance and Southern blot hybridization revealed that mcr-1 was located in a high molecular weight plasmid.Conclusion: In nontyphoidal Salmonella, there is a rapidly increasing trend of colistin resistance and this is the first report of patients harboring mcr-1-positive Salmonella with a new ST type ST155 and new serotype S. Sinstorf. These findings demonstrate the necessity for cautious use and the continuous monitoring of colistin in clinical applications.

scholarly journals Phenotypic and Molecular Analysis of Penicillin-Nonsusceptible Streptococcus pneumoniae Isolates in Poland

2006 ◽  
Vol 51 (1) ◽  
pp. 40-47 ◽  
Author(s):  
Ewa Sadowy ◽  
Radosław Izdebski ◽  
Anna Skoczyńska ◽  
Paweł Grzesiowski ◽  
Marek Gniadkowski ◽  
...  
Keyword(s):  
Streptococcus Pneumoniae ◽  
Molecular Analysis ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Multilocus Sequence Typing ◽  
Susceptibility Testing ◽  
Bacterial Pathogen ◽  
Pulsed Field Gel Electrophoresis ◽  
Pulsed Field ◽  
Related Clone ◽  
Sequence Types

ABSTRACT β-Lactams are the drugs of choice for the treatment of infections caused by the important bacterial pathogen Streptococcus pneumoniae. The recent growth of resistance of this organism to penicillin observed worldwide is of the highest concern. In this study, using 887 surveillance pneumococcal isolates recovered in Poland from 1998 to 2002, we observed the increase in penicillin nonsusceptibility from 8.7% to 20.3%. All of the 109 penicillin-nonsusceptible S. pneumoniae (PNSP) isolates identified, together with 22 archival PNSP isolates from 1995 to 1997, were subsequently analyzed by susceptibility testing, serotyping, profiling of pbp genes, pulsed-field gel electrophoresis, and multilocus sequence typing (MLST). Four predominant serotypes, serotypes 6B, 9V, 14, and 23F, characterized 85.5% of the isolates. MLST revealed the presence of 34 sequence types, 15 of which were novel types. Representatives of seven multiresistant international clones (Spain23F-1, Spain6B-2, Spain9V-3, Taiwan23F-15, Poland23F-16, Poland6B-20, and Sweden15A-25) or their closely related variants comprised the majority of the study isolates. The spread of Spain9V-3 and its related clone of serotype 14/ST143 has remarkably contributed to the recent increase in penicillin resistance in pneumococci in the country.

scholarly journals Coagulase gene variants associated with distinct populations of Staphylococcus aureus

2003 ◽  
Vol 130 (2) ◽  
pp. 207-219 ◽  
Author(s):  
P. E. CARTER ◽  
K. BEGBIE ◽  
F. M. THOMSON-CARTER
Keyword(s):  
Staphylococcus Aureus ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Multilocus Sequence Typing ◽  
Clonal Complex ◽  
Protein A ◽  
Pulsed Field Gel Electrophoresis ◽  
Gene Variants ◽  
Pfge Analysis ◽  
Pulsed Field ◽  
Clonal Distribution

An identifying characteristic of Staphylococcus aureus is the production of staphylocoagulase (coagulase). The aim of this study was to determine the clonal distribution of coagulase gene (coa) variants within populations of S. aureus defined by multilocus sequence typing (MLST), pulsed-field gel electrophoresis (PFGE), and protein A variation. The N-terminal region of the coa gene from 43 methicillin-susceptible (MSSA) and 252 methicillin-resistant (MRSA) S. aureus human isolates and 9 animal S. aureus isolates was amplified and digested with HinfI. Twelve types were identified amongst the MSSA isolates and the majority (93%) of MRSA isolates were assigned to 5 of the 12 types. MLST and PFGE analysis identified epidemic populations of MRSA and each epidemic population was characterized by a different coagulase type. Nine of the 12 MLST-defined clonal complex ancestral genotypes recently described each carried a different coagulase type suggesting that coagulase evolution and the evolution of the clonal complexes are intimately related.

scholarly journals Nosocomial Spread of Colistin-Only-Sensitive Sequence Type 235 Pseudomonas aeruginosa Isolates Producing the Extended-Spectrum β-Lactamases GES-1 and GES-5 in Spain

2009 ◽  
Vol 53 (11) ◽  
pp. 4930-4933 ◽  
Author(s):  
Esther Viedma ◽  
Carlos Juan ◽  
Joshi Acosta ◽  
Laura Zamorano ◽  
Joaquín R. Otero ◽  
...  
Keyword(s):  
Pseudomonas Aeruginosa ◽  
Gel Electrophoresis ◽  
Multilocus Sequence Typing ◽  
Resistance Mechanisms ◽  
Pulsed Field Gel Electrophoresis ◽  
Sequence Type ◽  
Pulsed Field ◽  
Resistance Determinants ◽  
Extended Spectrum ◽  
Spanish Hospital

ABSTRACT The mechanisms responsible for the increasing prevalence of colistin-only-sensitive (COS) Pseudomonas aeruginosa isolates in a Spanish hospital were investigated. Pulsed-field gel electrophoresis revealed that 24 (50%) of the studied isolates belonged to the same clone, identified as the internationally spread sequence type 235 (ST235) through multilocus sequence typing. In addition to several mutational resistance mechanisms, an integron containing seven resistance determinants was detected. Remarkably, the extended-spectrum β-lactamase GES-1 and its Gly170Ser carbapenem-hydrolyzing derivative GES-5 were first documented to be encoded in a single integron. This work is the first to describe GES enzymes in Spain and adds them to the growing list of β-lactamases of concern (PER, VIM, and OXA) detected in ST235 clone isolates.

scholarly journals Απομόνωση και καθορισμός του γενότυπου αντοχής Gram-αρνητικών βακτηρίων από ωτίτιδα σκύλου ανθεκτικών στα νεότερα β-λακταμικά αντιμικροβιακά και τις φθοριοκινολόνες

2014 ◽  
Author(s):  
Ελπίδα Βιγγοπούλου
Keyword(s):  
Gel Electrophoresis ◽  
Multilocus Sequence Typing ◽  
Pulsed Field Gel Electrophoresis ◽  
Pulsed Field ◽  
E Coli

Σκοπός της διατριβής ήταν η απομόνωση Gram-αρνητικών στελεχών από περιστατικά ωτίτιδας στο σκύλο ανθεκτικών σε ευρέος φάσματος αντιμικροβιακά, συγκεκριμένα στις φθοριοκινολόνες και στα νεότερα β-λακταμικά αντιμικροβιακά, η διερεύνηση και ο καθορισμός του γενότυπου αντοχής τους με κύριο στόχο τη μελέτη του επιπολασμού και της διασποράς των γενετικών τους στοιχείων αντοχής. Όλα τα Gram-αρνητικά στελέχη που απομονώνονταν εξετάζονταν καταρχήν με τη μέθοδο Kirby-Bauer ως προς την αντοχή τους στο ναλιδιξικό οξύ, στις φθοριοκιονολόνες (σιπροφλοξακίνη, ενροφλοξακίνη, μαρμποφλοξακίνη και πραδοφλοξακίνη), στα β-λακταμικά αντιμικροβιακά (αμπικιλλίνη, αμοξυκιλλίνη-κλαβουλανικό οξύ, πιπερακιλλίνη-ταζομπακτάμη, κεφοξιτίνη, κεφουροξίμη, κεφταζιδίμη, κεφοπεραζόνη, κεφτριαξόνη, κεφοταξίμη, κεφεπίμη, αζτρεονάμη, ιμιπενέμη και μεροπενέμη) και σε άλλα αντιμικροβιακά σύμφωνα με τις συστάσεις του CLSI και του EUCAST. Ακολούθως, σε όλα τα ωτικά στελέχη προσδιορίστηκε η ελάχιστη ανασταλτική συγκέντρωση (MIC) του ναλιδιξικού οξέος και των φθοριοκινολονών, σιπροφλοξακίνη, ενροφλοξακίνη, μαρμποφλοξακίνη και πραδοφλοξακίνη με τη μέθοδο των διαδοχικών μικροαραιώσεων. Επιπλέον, σε επιλεγμένα στελέχη της Ε. coli υπολογίστηκε η MIC των φθοριοκινολονών, παρουσία ενός αναστολέα αντλίας εκροής, με σκοπό τον καθορισμό της υπερέκφρασης της αντλίας εκροής. Όλα τα στελέχη που απομονώθηκαν εξετάστηκαν με τεχνικές της PCR για την ανίχνευση των PMQR γονιδίων. Ακολούθως, όλα τα στελέχη που εμφάνιζαν αντοχή σε όλες τις φθοριοκινολόνες που εξετάστηκαν ή αντοχή μόνο σε μία φθοριοκινολόνη ή που έφεραν PMQR γονίδιο(α), εξετάστηκαν με τεχνικές της PCR, για την ενίσχυση τμημάτων των γονιδίων, συμπεριλαμβανομένης της QRDR περιοχής, για την ανίχνευση των μεταλλάξεων στα ένζυμα στόχους (DNA γυράση και τοποϊσομεράση IV) των φθοριοκινολονών. Επιπρόσθετα, ανιχνεύτηκαν και χαρακτηρίστηκαν οι μηχανισμοί αντοχής στις εκτεταμένου φάσματος κεφαλοσπορίνες σε τρία κλινικά στελέχη και σε επτά στελέχη κοπράνων της E. coli που παρουσίαζαν πολυανθεκτικότητα και τα οποία είχαν απομονωθεί από σκύλο που έπασχε από υποτροπιάζουσα ωτίτιδα και στον οποίο είχαν χορηγηθεί φθοριοκινολόνες και αναστολέας των β-λακταμών με αποτέλεσμα να αποικιστεί για μεγάλο χρονικό διάστημα. Ο προσδιορισμός της MIC έγινε με τη μέθοδο των διαδοχικών μικροαραιώσεων. Η φαινοτυπική ανίχνευση της παραγωγής των β-λακταμασών διενεργήθηκε με τη δοκιμή συνέργειας του διπλού δίσκου, τη δοκιμή των τριών-διαστάσεων, τη δοκιμή βορονικού οξέος και με την αναλυτική ισοηλεκτρική εστίαση. Όλα τα στελέχη της E. coli εξετάστηκαν με τεχνικές της PCR με σκοπό την ανίχνευση των γονιδίων που κωδικοποιούν AmpCs και ESBLs. Η μεταβίβαση των bla γονιδίων μέσω πλασμιδίων μελετήθηκε με την εφαρμογή πειραμάτων σύζευξης. Η ταυτοποίηση των πλασμιδίων έγινε με τις μεθόδους PCR-based-replicon-typing, S1-νουκλεάση-PFGE και plasmid-multilocus sequence typing. Το γενετικό περιβάλλον των bla γονιδίων καθορίστηκε με PCR χαρτογράφηση. Ο προσδιορισμός της γενετικής σχέσης των στελεχών της E. coli έγινε με τις μεθόδους multilocus sequence typing, ERIC2 PCR και Pulsed Field Gel Electrophoresis. Επιπλέον, αναλύθηκαν οι μηχανισμοί αντοχής στις εκτεταμένου φάσματος κεφαλοσπορίνες σε κλινικό ωτικό στέλεχος του P. mirabilis που έφερε χρωμοσωμικά εντοπισμένο blaCMY-2 γονίδιο. Ο προσδιορισμός της MIC έγινε με τη μέθοδο των διαδοχικών μικροαραιώσεων. Η φαινοτυπική ανίχνευση της παραγωγής των β-λακταμασών συνδυάστηκε με τις γενοτυπικές αναλύσεις (PCRs, ανάλυσης της αλληλουχίας, πειράματα σύζευξης, S1-νουκλεάση-PFGE και PCR χαρτογράφηση), η χρωμοσωμική έναντι της πλασμιδιακής εντόπισης εκτιμήθηκε με τη διεξαγωγή της I-CeuI ανάλυσης. Τέλος, σε δύο στελέχη του E. cloacae που παρουσίαζαν αντοχή στους αναστολείς των β-λακταμασών και στις κεφαμυκίνες έγινε έλεγχος παραγωγής επαγώγιμων ή σταθερά παραγόμενων AmpC β-λακταμασών. Ο προσδιορισμός της MIC έγινε με τη μέθοδο των διαδοχικών μικροαραιώσεων και εφαρμόστηκε το D-test με σκοπό τη φαινοτυπική ανίχνευση της παραγωγής των επαγώγιμων β-λακταμασών.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document