Clinostomum complanatum Rudolphi, 1814 é um trematódeo digenético que infecta moluscos, diversas espécies de peixes de água doce e pássaros piscívoros. Em seu ciclo de vida, o C. complanatum possui como segundo hospedeiro intermediário alguns peixes de água doce, dentre os quais o Jundiá (Rhamdia quelen). Desse modo, o objetivo do presente estudo foi avaliar a prevalência de infecções por Clinostomum em Jundiás capturados na região estuária de Pelotas/RS e padronizar a Reação em Cadeia da Polimerase (PCR) para diagnóstico da presença de metacercárias em amostras de tecidos de peixes capturados neste estuário. Para a realização do estudo transversal e padronização da PCR, utilizou-se 174 amostras de Jundiás (Rhamdia quelen), capturados por pescadores amadores em 5 diferentes pontos em locais próximos à Laguna dos Patos, Lagoa Mirim ou o Canal São Gonçalo. A prevalência de parasitismo por Clinostomum spp. com diagnóstico através de chaves parasitológicas foi de 36,21%, com variações da prevalência de acordo com os pontos relatados de captura dos espécimes de Jundiá, sendo confirmado a partir da PCR padronizada. Conclui-se que a prevalência é alta nos jundiás analisados e a PCR pode ser uma ferramenta auxiliar no diagnóstico desse parasita elevando não só a sensibilidade, mas também a rapidez do teste. Tais fatores serão de grande importância para futuros estudos epidemiológicos, assim como para saúde pública, visto que o consumo de peixes de água doce, típico da culinária oriental, encontra-se em expansão no Rio Grande do Sul e no Brasil.