scholarly journals Estuarine fishes associated with intertidal oyster reefs characterized using environmental DNA and baited remote underwater video

2021 ◽  
Author(s):  
Victoria J. Cole ◽  
David Harasti ◽  
Rose Lines ◽  
Michael Stat
Author(s):  
V.K. Fishchenko ◽  
P.S. Zimin ◽  
A.V. Zatserkovnyy ◽  
A.E. Subote ◽  
A.V. Golik ◽  
...  

В Тихоокеанском океанологическом институте (ТОИ) ДВО РАН с 2012 г. ведутся разработки и исследования возможностей технологий стационарного подводного видеонаблюдения. Развернуты три подводныхкомплекса: два в бухте Алексеева (о-в Попова) и один в бухте Витязь (зал. Посьета). К настоящему времени накоплены значительные объемы информации в виде моментальных снимков и видеозаписей подводныхсцен. Разработаны интерфейсы для предоставления этой информации пользователям по каналам сети Интернет. Разработаны технологии поддержки работы территориально разнесенных экспертов, составляющихбиологические описания видеоматериалов, подобных тем, которые разрабатываются в ведущих зарубежныхорганизациях по морской биологии. Разработаны и апробированы методики оценивания по видеоинформации параметров жизнедеятельности некоторых видов морских гидробионтов. Благодаря непрерывностинаблюдения зафиксировано нескольких редких случаев, представляющих интерес для морских биологов. Разработаны и апробированы методики оценивания гидрологических характеристик среды на основе анализавидеотрансляций с подводных камер. Эти результаты представляются важными в контексте сопровождениянаблюдений за жизнедеятельностью морской биоты данными о внешних условиях, в которых она происходит. Продемонстрирована возможность использования звукового канала камер для регистрации и анализаакустических шумов от морских судов. Продемонстрирована возможность применения подводных видеокомплексов для организации экспериментов по изучению реакции морских гидробионтов на воздействие целенаправленных физических сигналов.Since 2012, the Pacific Oceanological Institute of FarEastern Branch of the Russian Academy of Science has beendeveloping and studying the capabilities of technologies ofstationary underwater video surveillance. Three of the underwatercomplexes have been deployed in different waterareas: two in the Alekseev Bay (Popova Island) and one inVityaz Bay (Posyet Gulf). At this point, complexes have accumulateda significant amount of data in the form of snapshotsand video recordings of underwater scenes, which canbe accessed through designed Internet-based interfaces. Allthe surveillance systems contain technologies as a support ofthe work of geographically dispersed experts involved in thebiological description of video materials, similar to ones developedin leading worldwide marine biology organizations.Besides, the estimation of vital parameters of some marinelife species by the video recordings can be performed usingdeveloped and tested methods. Thanks to continuous observation,the designed systems have already recorded severalrare cases of interest for marine biologists. Hydrologicalcharacteristics of surrounding media can be studied usingdeveloped and tested methods of analysis of video streamingfrom underwater cameras. These results are especially crucialfor accompanying observations of the vital activity ofmarine organisms with data on external conditions in whichthey occur. Cameras built-in audio channels can be used forrecording and analyzing noises of marine vessels. Designedunderwater video complexes provide an opportunity forconducting experiments on studying the reaction of marineorganisms to dedicated physical signals.


Author(s):  
Yoshihisa AKAMATSU ◽  
Takayoshi TSUZUKI ◽  
Ryota YOKOYAMA ◽  
Yayoi FUNAHASHI ◽  
Munehiro OHTA ◽  
...  

Author(s):  
Pierre Taberlet ◽  
Aurélie Bonin ◽  
Lucie Zinger ◽  
Eric Coissac

Chapter 10 “Environmental DNA for functional diversity” discusses the potential of environmental DNA to assess functional diversity. It first focuses on DNA metabarcoding and discusses the extent to which this approach can be used and/or optimized to retrieve meaningful information on the functions of the target community. This knowledge usually involves coarsely defined functional groups (e.g., woody, leguminous, graminoid plants; shredders or decomposer soil organisms; pathogenicity or decomposition role of certain microorganisms). Chapter 10 then introduces metagenomics and metatranscriptomics approaches, their advantages, but also the challenges and solutions to appropriately sampling, sequencing these complex DNA/RNA populations. Chapter 10 finally presents several strategies and software to analyze metagenomes/metatranscriptomes, and discusses their pros and cons.


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document