Epidemiology and clinical features of intestinal protozoan infections detected by Real-Time PCR in non-native children within an Italian tertiary care children’s hospital: a cross-sectional study

Author(s):  
Elisabetta Venturini ◽  
Salvatore Scarso ◽  
Ginevra Alfa Prelazzi ◽  
Claudia Niccolai ◽  
Leila Bianchi ◽  
...  
2013 ◽  
Author(s):  
Δήμητρα-Τζιμούλα Κοτρώτσιου

Εισαγωγή: Το U.urealyticum spp. είναι ένας μικροοργανισμός πολύ διαδεδομένος στον άνθρωπο, που αποικίζει διάφορες περιοχές του σώματός του και συχνά προκαλεί οξείες ή χρόνιες λοιμώξεις. Καθώς ο μικροοργανισμός στερείται κυτταρικού τοιχώματος, η αντιμετώπιση των λοιμώξεων που προκαλεί περιορίζεται κυρίως στις κινολόνες, τις μακρολίδες και τις τετρακυκλίνες. Η περιορισμένη πλέον παραγωγή νέων αντιμικροβιακών καθιστά επιτακτική την ανάγκη ορθής και αποτελεσματικής χορήγησης αυτών που υπάρχουν. Η παγκόσμια επιστημονική κοινότητα είναι ήδη ευαισθητοποιημένη, καθώς τα ουρεαπλάσματα έχουν ήδη από ετών αποκτήσει ικανά επίπεδα ανθεκτικότητας σε ορισμένα από τα χορηγούμενα αντιμικροβιακά. Σκοπός: Σκοπός αυτής της έρευνας ήταν να ελέγξει την ανθεκτικότητα των στελεχών του U.urealyticum spp., που κυκλοφορούν στη Βόρεια Ελλάδα, στα χρησιμοποιούμενα αντιμικροβιακά φάρμακα, σε φαινοτυπικό όσο και σε γονιδιακό επίπεδο.Υλικό και μέθοδος: Επρόκειτο για συγχρονική μελέτη (cross-sectional study) χρονικής στιγμής σε σχέση με τον επιπολασμό, η οποία περιλαμβάνει έλεγχο της ανθεκτικότητας του U.urealyticum spp. στα χρησιμοποιούμενα αντιμικροβιακά με συμβατικές και μοριακές τεχνικές. Το υλικό της εργασίας αποτέλεσαν 100 θετικά δείγματα για U.urealyticum spp. που προήλθαν από νοσοκομεία της Θεσσαλονίκης, το διάστημα 2010-2011. Τα κλινικά δείγματα ήταν τραχηλικά επιχρίσματα γυναικών και ουρηθρικά εκκρίματα ανδρών, στα οποία ο μικροοργανισμός απομονώθηκε με καλλιέργεια σε άγαρ Α7. Και τα 100 θετικά δείγματα για U.urealyticum spp. που επιλέχθηκαν είχαν συγκέντρωση μικροβίου >104 CFU/ml και δεν υπήρχε συλλοίμωξη του γεννητικού συστήματος των ασθενών με άλλο γεννητικό μυκόπλασμα. Ακολούθησε φαινοτυπικός έλεγχος ανθεκτικότητας του μικροοργανισμού με προτυποποιημένη μέθοδο. Επιβεβαιωτικά έγινε ανίχνευση του γονιδίου της ουρεάσης με real-time PCR στα δείγματα με θετική καλλιέργεια. Πραγματοποιήθηκε μοριακός διαχωρισμός του U.urealyticum spp. στα είδη του και μοριακός διαχωρισμός στελεχών U.parvum στους γονοτύπους τους. Για την ανίχνευση πιθανών μεταλλάξεων στις υπομονάδες-στόχους των χρησιμοποιούμενων αντιμικροβιακών, έγινε ενίσχυση όλων των υπομονάδων-στόχων των κινολονών σε όλα τα στελέχη, όλων των υπομονάδων-στόχων των μακρολιδών στα μη ευαίσθητα στελέχη και του γονιδίου tetM για τις τετρακυκλίνες σε όλα τα στελέχη. Η ανίχνευση των γονιδίων ουρεάσης και tetM πραγματοποιήθηκε για πρώτη φορά βιβλιογραφικά με εφαρμογή τεχνικών Real Time PCR. Ακολούθησε αλληλούχηση των προϊόντων ενίσχυσης για τις κινολόνες και τις μακρολίδες σε επιλεγμένα στελέχη και έγινε σύγκριση των αλληλουχιών με αυτές των αντίστοιχων πρότυπων στελεχών. Για τη στατιστική ανάλυση χρησιμοποιήθηκε η μέθοδος χ2 και οι παραλλαγές της και το στατιστικό πρόγραμμα SPSS 17.0. Αποτελέσματα: Η συχνότητα ανεύρεσης του U.urealyticum spp. σε υγιείς ασυμπτωματικές γυναίκες ηλικίας 20-70 ετών στην Βόρεια Ελλάδα βρέθηκε σε ποσοστό 16,13%. Οι υγιείς φορείς του μικροοργανισμού σε υψηλές συγκεντρώσεις (≥104CFU/ml) είναι στην πλειοψηφία τους γυναίκες σε αναπαραγωγική ηλικία, ενώ το κυρίαρχο είδος στα στελέχη του μικροοργανισμού βρέθηκε το U.parvum. Η ομάδα των τετρακυκλινών προκρίνεται, ως η πιο αποτελεσματική φαινοτυπικώς θεραπευτική αγωγή (αντοχή 0%), ακολουθούμενη από τις μακρολίδες (αντοχή 4%), ενώ αντίθετα η ανθεκτικότητα του μικροοργανισμού στις κινολόνες είναι ιδιαίτερα υψηλή (>50%). Η οφλοξασίνη υπερέχει στατιστικά σημαντικά της σιπροφλοξασίνης ως προς την ευαισθησία στο σύνολο των θετικών δειγμάτων για U.urealyticum spp., και στα δύο είδη του μικροοργανισμού. Οι περισσότερες νουκλεοτιδικές/αμινοξικές αλλαγές που σχετίζονται με ανθεκτικότητα στις κινολόνες σημειώνονται στις πρωτεϊνικές υπομονάδες της τοποϊσομεράσης IV, ειδικότερα στην υπομονάδα ParC. Σε ότι αφορά τις μακρολίδες, στελέχη με χαμηλές MIC εμφανίζουν μεταλλάξεις στους γνωστούς στόχους των εν λόγω αντιβιοτικών. Σε περισσότερα από το ένα τρίτο των φαινοτυπικώς ευαίσθητων στελεχών του U.urealyticum spp. στις τετρακυκλίνες ανιχνεύθηκε το γονίδιο ανθεκτικότητας tetM. Ανιχνεύθηκαν 11 νέοι πολυμορφισμοί στην υπομονάδα ParC, 1 στην υπομονάδα ParE για τις κινολόνες και 1 στο γονίδιο της πρωτεΐνης L22 για τις μακρολίδες, που αναφέρονται για πρώτη φορά διεθνώς. Δεν υπάρχει συσχέτιση μεταξύ της κλινικής εικόνας και της παρουσίας ή όχι μεταλλάξεων και γονιδίων ανθεκτικότητας.Συμπεράσματα: Οι υγιείς φορείς του μικροοργανισμού υπολογίζονται σε περίπου μία στις 6 γυναίκες στη Βόρεια Ελλάδα, με το υψηλότερο ποσοστό στην αναπαραγωγική ηλικία. Οι κινολόνες θα πρέπει να χρησιμοποιούνται με περίσκεψη και αν υπάρχει η δυνατότητα επιλογής, συνιστάται η οφλοξασίνη. Τα στελέχη που απομονώθηκαν από ασθενείς και φορείς δεν διέφεραν στατιστικά ως προς την ευαισθησία στις κινολόνες. Ανιχνεύθηκαν νέοι πολυμορφισμοί που αναφέρονται για πρώτη φορά διεθνώς. Διαπιστώθηκε ότι στελέχη με την ίδια φαινοτυπική ευαισθησία παρουσιάζουν διαφορετικές μεταλλάξεις, που οδηγούν στην υπόθεση ότι όλες οι μεταλλάξεις δεν σχετίζονται ισχυρά με ανθεκτικότητα. Επίσης, η σημασία της παρουσίας του γονιδίου tetM αξιολογείται με περίσκεψη. Συμπερασματικά: α) η χορηγούμενη θεραπευτική αγωγή καλόν είναι να βασίζεται στον έλεγχο φαινοτυπικής ευαισθησίας του μικροοργανισμού, αντί της εμπειρικής θεραπείας που συνήθως δίνεται στην καθ’ημέρα κλινική πράξη β) για την επιδημιολογική επιτήρηση του U.urealyticum spp. έχει σημασία η συσχέτιση της φαινοτυπικής ανθεκτικότητας με το γονοτυπικό του προφίλ.


Author(s):  
Olga Lucia Herrán Ramírez ◽  
Huarrisson Azevedo Santos ◽  
Patrícia Gonzaga Paulino ◽  
Carolina Soares van der Meer ◽  
José Luis Rodríguez Bautista ◽  
...  

2016 ◽  
Vol 5 (3) ◽  
Author(s):  
Eka Kurniawan ◽  
Raveinal Raveinal ◽  
Fauzar Fauzar ◽  
Zulkarnain Arsyad

 AbstrakTuberkulosis (TB) paru adalah penyakit menular yang disebabkan oleh kuman Mycobacterium tuberkulosis. TB masih tetap menjadi masalah kesehatan dunia karena lebih kurang 1/3 penduduk dunia terinfeksi oleh kuman ini dan sumber penularannya berasal dari Basil Tahan Asam (BTA) positif maupun negatif. TB paru BTA negatif didiagnosis berdasarkan gambaran klinis dan rontgen torak yang sesuai TB serta pertimbangan dokter sehingga hal ini dapat menimbulkan under atau over diagnosis TB. GeneXpert merupakan pemeriksaan molekuler dengan metode “real time“ PCR dan merupakan penemuan terobosan untuk mendiagnosis TB secara cepat. Tujuan penelitiian ini adalah melakukan penilaian validitas GeneXpert pada TB paru BTA negatif dibandingkan dengan kultur Loweinstein Jensen. Desain penelitian uji diagnostik ini adalah cross sectional study. Penelitian dilakukan terhadap 40 orang pasien TB paru BTA negatif di Puskesmas sekitar kota Padang dan pasien yang dirawat di Bagian Penyakit Dalam RS dr. M. Djamil Padang. Dilakukan pemeriksaan sputum dengan GeneXpert dan dibandingkan dengan kultur Loweinstein Jensen. Hasil uji diagnostik dengan GeneXpert untuk mendiagnosis TB paru BTA negatif didapatkan sensitivitas 83.33%, spesifisitas 95.46%, nilai prediksi positif 93.75%, nilai prediksi negatif 87.5% dan akurasi 90% serta hasil uji kappa didapatkan 0.796. Disimpulkan GeneXpert memiliki sensitivitas, spesifisitas, nilai prediksi positif, nilai prediksi negatif dan akurasi yang tinggi pada TB paru BTA negatif.Kata kunci: nilai diagnostik, TB paru BTA negatif, GeneXpert AbstractPulmonary tuberculosis is an infectious disease caused by Mycobacterium tuberculosis. TB is still a global health problem. Approximately one third of the world population is infected by Mycobacterium tuberculosis and the source of infection came from smear positive and negative patient. Smear negative pulmonary TB can be considered based on clinical symptom and chest x-ray as well as description of TB and it’s depend on doctor's decision, so this can lead to under or over-diagnosis. Molecular examination with real time PCR method of GeneXpert is a breakthrough invention to diagnose TB quickly. The objective of this study was to assess the validity of GeneXpert in smear negative pulmonary TB and it’s compared with Loweinstein Jensen culture. Study design was diagnostic test with cross sectional study. Research conducted on 40 patients with smear negative pulmonary TB in public health centers around the city of Padang and the patients who were treated at the Internal Medicine department of dr. M. Djamil hospital Padang. Sputum examination conducted by GeneXpert compared with Loweinstein Jensen culture. Diagnostic value of GeneXpert for diagnosing smear negative pulmonary tuberculosis are sensitivity 83.33%, specificity 95.46%, positive predictive value 93.75%, negative predictive value 87.5% and accuracy 90%. Kappa value is 0.796. GeneXpert has a high sensitivity, specificity, positive predictive value, negative predictive value and accuracy on smear negative pulmonary tuberculosis.Keywords: diagnostic value, smear negative pulmonary tuberculosis, GeneXpert


Pathogens ◽  
2021 ◽  
Vol 10 (6) ◽  
pp. 722
Author(s):  
Tanja Hoffmann ◽  
Imke Carsjens ◽  
Raphaël Rakotozandrindrainy ◽  
Mirko Girmann ◽  
Njary Randriamampionona ◽  
...  

This work was conducted as a cross sectional study to define the disease burden of schistosomiasis in pregnant Madagascan women and to evaluate serological and molecular diagnostic assays. A total of 1154 residual EDTA blood samples from pregnant Madagascan women were assessed. The nucleic acid extractions were subjected to in-house real-time PCRs specifically targeting S. mansoni complex, S. haematobium complex, and African Schistosoma spp. on genus level, while the EDTA plasma samples were analyzed using Schistosoma-specific IgG and IgM commercial ELISA and immunofluorescence assays. The analyses indicated an overall prevalence of schistosomiasis in Madagascan pregnant women of 40.4%, with only minor regional differences and differences between serology- and blood PCR-based surveillance. The S. mansoni specific real-time PCR showed superior sensitivity of 74% (specificity 80%) compared with the genus-specific real-time PCR (sensitivity 13%, specificity 100%) in blood. The laborious immunofluorescence (sensitivity IgM 49%, IgG 87%, specificity IgM 85%, IgG 96%) scored only slightly better than the automatable ELISA (sensitivity IgM 38%, IgG 88%, specificity IgM 78%, IgG 91%). Infections with S. mansoni were detected only. The high prevalence of schistosomiasis recorded here among pregnant women in Madagascar calls for actions in order to reduce the disease burden.


2021 ◽  
Vol 2021 ◽  
pp. 1-9
Author(s):  
Frederick Nchang Cho ◽  
Humphrey Ngala Ngala ◽  
Ranibell Tung Bongazi ◽  
Rogers Sanga Kinsam ◽  
Beltha Tahnteng Tata ◽  
...  

Introduction. Soil-transmitted helminths (STH) remain a public health problem worldwide especially in low-income countries. Soil-transmitted helminths are known to affect both growth and haemoglobin levels. In this study, we determine the prevalence of intestinal parasites and explored its association with anaemia in school-aged children (SAC). Methodology. A cross-sectional study was carried out amongst pupils selected from 18 primary schools in four communities of the North West Region. Stool samples were examined using direct wet mount and formol-ether concentration techniques, while finger prick was performed for the measurement of haemoglobin with a haemoglobinometer. Results. The results showed significant variation of STHs, intestinal protozoan prevalence, and anaemia between age, sex, and communities. The prevalence of Ascaris lumbricoides, Trichuris trichiura, and hookworms was 15.1%, 0.8%, and 2%, respectively, with an overall STH prevalence of 18.3% across the four communities. Soil-transmitted helminths were more prevalent in Mbessa (30.2%) in comparison to Nkor (26.7%), Djottin (17.5%), and Kumbo (9.6%) communities. The prevalence of Entamoeba histolytica/dispar was 25.4% and Giardia duodenalis (6.9%), with an overall intestinal protozoa prevalence of 31% across the four communities. The prevalence of anaemia in the study population was 23.1%. Conclusion. Soil-transmitted helminths, intestinal protozoan infections, and anaemia are prevalent in the study area. Anaemia was observed to be associated with STH, intestinal protozoa, and the communities under study. This study recommends continuous deworming and health education on personal sanitation and environmental sanitation.


2021 ◽  
Vol 10 (02) ◽  
pp. 89-93
Author(s):  
Shaista Bakhat ◽  
Yasmeen Taj ◽  
Faisal Hanif ◽  
Saman Nadeem

Objective: To determine the prevalence of carbapenem resistance in strains of Pseudomonas aeruginosa at a molecular level by detecting OXA-48 gene which transcribe for resistance to the antibiotic carbapenem among indoor patients of a tertiary care hospital Karachi. Study Design and Setting: This observational cross-sectional study was conducted from September 2018 to May 2019 at PNS Shifa hospital of Karachi. Methodology: Total 140 strains of Pseudomonas aeruginosa were received and cultured from pus samples. These samples were collected from different wards like medicine, surgery, burn unit, ICU, ENT, plastic surgery, paedriatic and family ward. Carbapenem resistance was screened phenotypically by AST (Antibiotic susceptibility test), MHT (Modified Hodge test) and mCIM (Modified Carbapenem Inactivation Method) in all samples. Only in resistant cases OXA-48 gene was detected by real time PCR (polymerase chain reaction). Data was analyzed by following the proper loading sequence on product specification sheet. Data was statistically analyzed by SPSS version 23.0. Results were expressed as frequencies (percentages). Results: Out of 140, 17 (12%) were found to be resistant to carbapenem by AST, 20 (14%) by MHT, 25 (17.8%) by mCIM. Out of 25 resistant cases, 4 (16%) presence of OXA-48 gene by real time PCR were detected. Conclusion: OXA-48 gene showed 16% carbapenem resistance in this study. Pseudomonas aeruginosa is an opportunistic organism which causes multidrug resistance especially in hospitalized patients. Carbapenem is the last resort for serious infections


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document