Predicting genes from phenotypes using Human Phenotype Ontology (HPO) terms

2021 ◽  
Vol 132 ◽  
pp. S149
Author(s):  
Anne Slavotinek ◽  
Hannah Prasad ◽  
Hannah Hoban ◽  
Tiffany Yip ◽  
Shannon Rego ◽  
...  
2013 ◽  
Vol 6 ◽  
pp. BII.S10729
Author(s):  
Tudor Groza ◽  
Jane Hunter ◽  
Andreas Zankl

Over the course of the last few years there has been a significant amount of research performed on ontology-based formalization of phenotype descriptions. The intrinsic value and knowledge captured within such descriptions can only be expressed by taking advantage of their inner structure that implicitly combines qualities and anatomical entities. We present a meta-model (the Phenotype Fragment Ontology) and a processing pipeline that enable together the automatic decomposition and conceptualization of phenotype descriptions for the human skeletal phenome. We use this approach to showcase the usefulness of the generic concept of phenotype decomposition by performing an experimental study on all skeletal phenotype concepts defined in the Human Phenotype Ontology.


2015 ◽  
Vol 97 (1) ◽  
pp. 111-124 ◽  
Author(s):  
Tudor Groza ◽  
Sebastian Köhler ◽  
Dawid Moldenhauer ◽  
Nicole Vasilevsky ◽  
Gareth Baynam ◽  
...  

2014 ◽  
Vol 15 (1) ◽  
pp. 248 ◽  
Author(s):  
Aaron J Masino ◽  
Elizabeth T Dechene ◽  
Matthew C Dulik ◽  
Alisha Wilkens ◽  
Nancy B Spinner ◽  
...  

2016 ◽  
Vol 36 (03) ◽  
pp. 161-166 ◽  
Author(s):  
Michael Laffan ◽  

ZusammenfassungDie Sequenzierung von hunderttausenden menschlichen Exomen und Gesamtgenomen bietet einen immer genaueren und vollständigeren Katalog menschlicher Genvarianten. Die ersten Studien zum Verständnis von Thrombozytenstörungen anhand von genomweiten Daten wurden als genomweite Assoziationsstudien durchgeführt, in denen Loci identifiziert wurden, die mit Variationen der Blutzellparameter assoziiert sind. In diesen Studien wurden Norm-varianten genutzt, um die entsprechenden genetische Variation zu finden. Als nächstes wollten wir die genetische Grundlage von Gerinnungsstörungen untersuchen, die einen Schlüssel für neue Gene liefern könnte, welche Thrombozyten- und Gerinnungsfunktionen steuern. Das BRIDGE-Konsortium (www.bridgestudy. org) wird vom NIHR finanziert und bringt 13 Genforschungsprojekte zu seltenen Krankheiten zusammen. Ziel dieser Projekte ist die Erforschung bislang unterdiagnostizierter seltener Erbkrankheiten und die Identifizierung der zugrunde liegenden Mutationen. Wir verwendeten eine Cluster-Analyse, basierend auf der Human Phenotype Ontology, kombiniert mit Next-Generation Sequenzierungstechniken, um Patienten mit ähnlichen Phänotypen, die vermutlich aus den gleichen Gendefekten hervorgehen, leichter zu identifizieren. Vorläufige Ergebnisse bestätigen dieses Vorgehen in Clustern und ergaben auch eine Reihe neuer Gene, die für die normale und die pathologische Thrombozytenphysiologie wichtig sind.


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