scholarly journals Biological characterization of expression quantitative trait loci (eQTLs) showing tissue-specific opposite directional effects

2019 ◽  
Vol 27 (11) ◽  
pp. 1745-1756 ◽  
Author(s):  
Akira Mizuno ◽  
Yukinori Okada
2015 ◽  
Author(s):  
Christine Peterson ◽  
Susan Service ◽  
Anna Jasinska ◽  
Fuying Gao ◽  
Ivette Zelaya ◽  
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The observation that variants regulating gene expression (expression quantitative trait loci, eQTL) are at a high frequency among SNPs associated with complex traits has made the genome-wide characterization of gene expression an important tool in genetic mapping studies of such traits. As part of a study to identify genetic loci contributing to bipolar disorder and a wide range of BP-related quantitative traits in members of 26 pedigrees from Costa Rica and Colombia, we measured gene expression in lymphoblastoid cell lines derived from 786 pedigree members. The study design enabled us to comprehensively reconstruct the genetic regulatory network in these families, provide estimates of heritability, identify eQTL, evaluate missing heritability for the eQTL, and quantify the number of different alleles contributing to any given locus.


PLoS Genetics ◽  
2016 ◽  
Vol 12 (5) ◽  
pp. e1006046 ◽  
Author(s):  
Christine B. Peterson ◽  
Susan K. Service ◽  
Anna J. Jasinska ◽  
Fuying Gao ◽  
Ivette Zelaya ◽  
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2015 ◽  
Vol 21 (2) ◽  
pp. 251-256 ◽  
Author(s):  
Tarjinder Singh ◽  
Adam P. Levine ◽  
Philip J. Smith ◽  
Andrew M. Smith ◽  
Anthony W. Segal ◽  
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2013 ◽  
Vol 368 (1620) ◽  
pp. 20120362 ◽  
Author(s):  
Alexandra C. Nica ◽  
Emmanouil T. Dermitzakis

The last few years have seen the development of large efforts for the analysis of genome function, especially in the context of genome variation. One of the most prominent directions has been the extensive set of studies on expression quantitative trait loci (eQTLs), namely, the discovery of genetic variants that explain variation in gene expression levels. Such studies have offered promise not just for the characterization of functional sequence variation but also for the understanding of basic processes of gene regulation and interpretation of genome-wide association studies. In this review, we discuss some of the key directions of eQTL research and its implications.


Crop Science ◽  
2014 ◽  
Vol 54 (1) ◽  
pp. 127-142 ◽  
Author(s):  
Santiago X. Mideros ◽  
Marilyn L. Warburton ◽  
Tiffany M. Jamann ◽  
Gary L. Windham ◽  
W. Paul Williams ◽  
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2017 ◽  
Vol 136 (11-12) ◽  
pp. 1477-1487 ◽  
Author(s):  
Elena Grassi ◽  
Elisa Mariella ◽  
Mattia Forneris ◽  
Federico Marotta ◽  
Marika Catapano ◽  
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2007 ◽  
Vol 36 (suppl) ◽  
pp. 211-218 ◽  
Author(s):  
Guilherme Jordão de Magalhães Rosa

Genética genômica é um termo utilizado para representar o estudo de processos genéticos controladores de caracteres fenotípicos de herança complexa, a partir da análise conjunta de informação relativa a fenótipos, estruturas de parentesco, marcadores moleculares e expressão gênica. Estudos de genética genômica são utilizados, por exemplo, para a estimação da herdabilidade de níveis de transcrição, para o mapeamento de locos controladores da expressao gênica (eQTL, do inglês expression Quantitative Trait Loci), e para o estudo de redes regulatórias. Genética genômica geralmente envolve experimentos com microarrays, os quais são ainda bastante caros e trabalhosos, limitando o tamanho amostral e conseqüentemente o poder estatístico de tais estudos. Desta maneira, é essencial que tais experimentos sejam otimizados do ponto de vista do delineamento, a partir de criteriosa escolha das amostras (indivíduos) a serem utilizadas, e do controle rigoroso dos vários fatores que podem afetar as variáveis-resposta de interesse. Outro ponto fundamental na condução de tais experimentos refere-se à marcação das amostras de mRNA com os fluoróforos e ao pareamento das mesmas em cada lâmina de microarray, os quais devem ser cuidadosamente planejados para que não haja confundimento entre estes efeitos e os fatores biológicos de interesse. Nesta apresentação serão discutidas algumas estratégias para o planejamento de estudos de genética genômica, incluindo a seleção de indivíduos objetivando-se a maximização da dissimilaridade genética ou do número de eventos de recombinação, bem como a condução eficiente dos ensaios com microarrays para diferentes objetivos experimentais.


2012 ◽  
Vol 2 (2) ◽  
pp. 213-221 ◽  
Author(s):  
Daniel Bottomly ◽  
Martin T. Ferris ◽  
Lauri D. Aicher ◽  
Elizabeth Rosenzweig ◽  
Alan Whitmore ◽  
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