Biji kakao adalah salah satu komoditas utama di dunia yang hingga saat ini masih memiliki masalah penurunan produksi yang mayoritas disebabkan oleh serangan hama dan penyakit. Mengembangkan kultivar kakao yang secara genetik tahan terhadap serangan hama dan penyakit adalah salah satu solusi yang ideal dalam mengatasi permasalahan tersebut. Penelitian ini bertujuan untuk mengetahui gen-gen Theobroma cacao pada database genom kakao yang homolog dengan gen yang terlibat dalam sistem ketahanan terhadap hama dan penyakit pada tumbuhan lain melalui analisis in silico. Survei informasi dasar dan identifikasi gen yang terlibat dalam sistem ketahanan tumbuhan model Arabidopsis thaliana dan Oryza sativa dilakukan pada GenBank dan The Arabidopsis Information Resource. Analisa in silico yang dilakukan berupa BLAST urutan protein, uji homologi protein kandidat masing-masing gen, dan identifikasi gen homolog pada Cacao Genome Database menggunakan sumber data genom “Theobroma cacao cv. Matina 1-6 v1.1”. Berdasarkan hasil identifikasi, gen Thecc1EG006332t1 (PR-1), Thecc1EG024509t1 (PR-2), Thecc1EG024514t1 (PR-2), Thecc1EG026942t1 (CTL1), Thecc1EG021326t1 (CTL1), dan Thecc1EG033984t1 (PR-5) pada Cacao Genome Database (CGD) adalah gen Theobroma cacao yang homolog dengan gen yang terlibat dalam sistem ketahanan tumbuhan terhadap hama dan penyakit, serta kemungkinan besar memiliki fungsi yang sama dengan gen homolognya masing-masing.
In silico analysis of promoter regions from cold-induced genes in rice (Oryza sativa L.) and Arabidopsis thaliana reveals the importance of combinatorial control