scholarly journals P03.18 Detection of human brain cancer in pathological slides using hyperspectral images

2017 ◽  
Vol 19 (suppl_3) ◽  
pp. iii37-iii37 ◽  
Author(s):  
S. Ortega ◽  
H. Fabelo ◽  
R. Camacho ◽  
M. L. Plaza ◽  
G. M. Callico ◽  
...  
2018 ◽  
Author(s):  
Μαριάμ-Ελένη Ωραιοπούλου

Το Γλοιοβλάστωμα (ΓΒ) συνιστά τον πιο κακοήθη και επιθετικό καρκίνο του εγκεφάλου και μέχρι σήμερα, δε θεωρείται ιάσιμη ασθένεια. Ένα διεπιστημονικό πλαίσιο που ολοκληρώνει τόσο τη Βασική όσο και τη Μεταφραστική έρευνα παρουσιάζεται στοχεύοντας στην επαλήθευση υπολογιστικών προβλέψεων για την ανάπτυξη του ΓΒ. Εξατομικευμένες κυτταροκαλλιέργειες εγκαθιδρύθηκαν ανά ασθενή που συνδυάστηκαν σε πειραματικές διεργασίες σε σχέση με παθοφυσιολογικούς παράγοντες του ΓΒ και ακολούθως, προβλεπτικοί αλγόριθμοι παραμετροποιήθηκαν, αρχικοποιήθηκαν και επαληθεύθηκαν, ανάλογα. Επικεντρωνόμενοι αρχικά στον κυτταρικό πολλαπλασιασμό, η συνδυαστική in vitro-in silico προσέγγιση υποστήριξε ότι η ετερογένεια εντός του όγκου μαζί με το συνολικό πολλαπλασιασμό που αντανακλώνται τόσο στο ρυθμό πολλαπλασιασμού όσο και στη μηχανική κυτταρική αναστολή λόγω επαφής, δύνανται να προβλέψουν την εργαστηριακή εξέλιξη των διάφορων κυτταροσειρών ΓΒ που μεγαλώνουν υπό τις ίδιες 3Δ συνθήκες.Παρουσιάσαμε ότι τα πρωτογενή σφαιρίδια υιοθέτησαν ένα νέο, συνεκτικό μοτίβο που φαίνεται να μιμείται την περιαγγειακή διήθηση στον εγκέφαλο, ενώ τα U87MG και τα T98G σφαιρίδια υιοθετούν το τυπικό, ακτινωτό, διηθητικό μοτίβο. Η προτεινόμενη μαθηματική προσέγγιση δεικνύει ότι επιτρέποντας φαινοτυπική ετερογένεια στον καρκινικό πληθυσμό είναι ικανό ώστε να αναδειχτούν διάφορες διηθητικές μορφολογίες.Η επικουρική χημειοθεραπεία κατά του ΓΒ περιλαμβάνει την Τεμοζολαμίδη (ΤΜΖ)- ωστόσο, δεν είναι όλοι οι ασθενείς ευαίσθητοι. Οι πιο πρόσφατες κλινικές μελέτες του ΓΒ συχνά αναφέρονται στη Δοξορουμπικίνη (ΔΟΞ)- ωστόσο, είναι αδύνατο να περάσει επαρκώς τον αιματεγκεφαλικό φραγμό. Ένα εύρος συγκεντρώσεων ΤΜΖ και ΔΟΞ χρησιμοποιήθηκαν σε πρωτογενή σφαιρίδια. Οι αποτελεσματικές συγκεντρώσεις της ΔΟΞ και της ΤΜΖ διαφοροποιήθηκαν κατά τέσσερις τάξεις μεγέθους. Χρησιμοποιήσαμε Απεικόνιση Λεπτής Δέσμης Φθορισμού ώστε να οπτικοποιήσουμε τη διείσδυση του φαρμάκου και τη νέκρωση. Η ΔΟΞ ήταν ικανή να προκαλέσει νέκρωση με σωρευτικό τρόπο. Στα ΤΜΖ-σφαιρίδια, μη σημαντικά ανασταλτικά αυξητικά φαινόμενα παρατηρήθηκαν σε μη συστηματικό δοσοεξαρτώμενο τρόπο. Έχουμε ενδείξεις για ένα θεραπευτικό σχήμα που συνδυάζει ΤΜΖ-ΔΟΞ. Ένα εργαστηριακό εργαλείο διαλογής φαρμάκων προτάθηκε και επιπλέον, προτείνουμε σε επόμενο στάδιο να επεκτείνουμε αυτές τις παρατηρήσεις στο υβριδικό διακριτό-συνεχές υπολογιστικό μοντέλο.Συγκεντρωτικά, ισχυριζόμαστε πως η μελλοντική έρευνα οφείλει να βασίζεται σε πρωτογενή κύτταρα και οι κοινές κυτταροσειρές θα πρέπει να εξυπηρετούν μόνο ως σημεία αναφοράς. Τα υπολογιστικά μοντέλα μπορούν να εξυπηρετήσουν ως προβλεπτικά εργαλεία όχι μόνο της καρκινικής εξέλιξης, αλλά και του σχεδιασμού στοχευμένων βιολογικών πειραμάτων και να επιτρέψουν την καλύτερη κατανόηση των εμπλεκόμενων βιολογικών φαινομένων. Οι προσομοιώσεις της καρκινικής εξέλιξης δεν πρέπει πλέον να εξαρτώνται από θεωρητικές τιμές, ιδίως όσον αφορά την κλινική μεταφραστικότητα.


Author(s):  
A. Winter ◽  
J. Laing ◽  
R. Paglione ◽  
F. Sterzer ◽  
P. Engler
Keyword(s):  

PLoS ONE ◽  
2018 ◽  
Vol 13 (3) ◽  
pp. e0193721 ◽  
Author(s):  
Himar Fabelo ◽  
Samuel Ortega ◽  
Daniele Ravi ◽  
B. Ravi Kiran ◽  
Coralia Sosa ◽  
...  

Electronics ◽  
2019 ◽  
Vol 8 (12) ◽  
pp. 1494 ◽  
Author(s):  
Abelardo Baez ◽  
Himar Fabelo ◽  
Samuel Ortega ◽  
Giordana Florimbi ◽  
Emanuele Torti ◽  
...  

Currently, high-level synthesis (HLS) methods and tools are a highly relevant area in the strategy of several leading companies in the field of system-on-chips (SoCs) and field programmable gate arrays (FPGAs). HLS facilitates the work of system developers, who benefit from integrated and automated design workflows, considerably reducing the design time. Although many advances have been made in this research field, there are still some uncertainties about the quality and performance of the designs generated with the use of HLS methodologies. In this paper, we propose an optimization of the HLS methodology by code refactoring using Xilinx SDSoCTM (Software-Defined System-On-Chip). Several options were analyzed for each alternative through code refactoring of a multiclass support vector machine (SVM) classifier written in C, using two different Zynq®-7000 SoC devices from Xilinx, the ZC7020 (ZedBoard) and the ZC7045 (ZC706). The classifier was evaluated using a brain cancer database of hyperspectral images. The proposed methodology not only reduces the required resources using less than 20% of the FPGA, but also reduces the power consumption −23% compared to the full implementation. The speedup obtained of 2.86× (ZC7045) is the highest found in the literature for SVM hardware implementations.


2011 ◽  
Vol 108 (10) ◽  
pp. 2504-2508 ◽  
Author(s):  
Charles Margraves ◽  
Kenneth Kihm ◽  
Sang Youl Yoon ◽  
Chang Kyoung Choi ◽  
Seong-ho Lee ◽  
...  

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document