Kinerja suatu organisasi adalah salah satu tolak ukur keberhasil ataupun kegagalan dari organisasi tersebut dalam menjalankan fungsi-fungsi organisasinya. Balanced scorecard adalah salah satu cara untuk mengukur kinerja. Pada balanced scorecard kinerja diukur dari empat (4) perspektif yaitu perspektif keuangan, pelanggan, proses bisnis internal dan pertumbuhan pembelajaran. Jika pada balanced scorecard kriteria diukur dengan mencari rata-rata skor maka salah satu cara untuk mencari nilai skor bisa digunakan neuro fuzzy dalam hal ini ANFIS.Pada ANFIS nilai skor didapat dari hasil training yang dilakukan untuk mendapatkan rule yang sehingga didapat skor dari kinerja. Pada evaluasi kinerja di STIKes Hang Tuah Pekanbaru didapat perbedaan hasil dengan menggunakan perhitungan balanced scorecard dan ANFIS. Selesih output pada balance scorecard dan ANFIS pada perspektif keuangan sebesar 0,33, pada perspektif pelanggan 0,15 – 0,43, pada proses bisnis internal 0,5 dan pada pertumbuhan dan pembelajaran sebesar 0,5. Walaupun terjadi perbedaan pada output hal ini tidak menyebabkan kriteria pada masing-masing perspektif berbeda antara balanced scorecard dan ANFIS. Pada balanced scorecard dan ANFIS hasil perhitungan menunjukkan bahwa perspektif keuangan mempunyai kriteria cukup, perspektif pelanggan kriterianya cukup, perspektif proses bisnis internal kriteria cukup dan perspektif pertumbuhan dan pembelajaran kriteria cukup.
