scholarly journals PENENTUAN SUBTIPE VIRUS AVIAN INFLUENZA DENGAN METODE SINGLE STEP MULTIPLEX REVERSE TRANSCRIPTASE- POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-PCR) ISOLAT ASAL PROVINSI ACEH

2014 ◽  
Vol 8 (1) ◽  
Author(s):  
Teuku Zahrial Helmi ◽  
Rini Widayanti ◽  
Aris Haryanto
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Avian Influenza ◽  
Reverse Transcriptase ◽  
Influenza A ◽  
Deoxyribonucleic Acid ◽  
Single Step ◽  
Rt Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain ◽  
Virus Influenza

Tujuan dari penelitian ini adalah mengidentifikasi keberadaan gen M, H5, dan N1 virus avian influenza (AI) melalui metode single step multiplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction (RT-PCR), sebagai acuan untuk peneguhan diagnosis secara molekuler virus AI di Provinsi Aceh. Penelitian ini menggunakan 11 isolat virus AI asal Provinsi Aceh yang diperoleh dari Laboratorium Balai Penyidikan dan Pengujian Veteriner (BPPV) Regional I Medan di Sumatera Utara dari tahun 2006-2008. Penelitian dilakukan di Laboratorium Virologi BPPV Regional I di Medan, Sumatera Utara. Amplifikasi terhadap gen matriks (M) virus AI menggunakan metode simplex RT-PCR. Hasil simplex RT-PCR terhadap gen M diperoleh 10 isolat yang menunjukkan pita deoxyribonucleic acid (DNA) pada 276 bp dan satu isolat yang tidak muncul, kemudian dilanjutkan dengan metode single step multiplex RT-PCR menggunakan pasangan primer gen penyandi protein N1, H5, dan M. Produk PCR 131 bp (N1), 189 bp (H5), dan 276 bp (M) muncul sebagai hasil elektroforesis dari semua isolat virus AI. Semua virus AI yang mewabah dari tahun 2006-2008 di Provinsi Aceh termasuk ke dalam virus influenza A subtipe H5N1.

scholarly journals DETEKSI VIRUS AVIAN INFLUENZA SUBTIPE H5N1 DI BEBERAPA PASAR UNGGAS HIDUP DALAM WILAYAH PROVINSI JAWA BARAT SEKITARNYA

2015 ◽  
Vol 9 (1) ◽  
Author(s):  
Atik Ratnawati ◽  
NLP Indi Dharmayanti
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Avian Influenza ◽  
Reverse Transcriptase ◽  
Ribonucleic Acid ◽  
Rt Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain

Pada penelitian ini dilakukan identifikasi virus avian influenza (AI) subtipe H5N1 pada unggas dan lingkungan pasar untuk mengetahui peran pasar sebagai sumber penularan virus. Metode yang digunakan dalam penelitian ini adalah pengambilan sampel swab kloaka unggas dan lingkungan di beberapa pasar di wilayah Jawa Barat dan Tangerang. Sampel selanjutnya dilakukan isolasi ribonucleic acid (RNA) dan dilakukan reverse transcriptase polymerase chain reaction (RT-PCR) dengan menggunakan primer AI subtipe H5N1. Hasil penelitian menunjukkan bahwa virus AI/H5N1 terdeteksi pada unggas dan lingkungan pasar. Disimpulkan bahwa pasar dapat menjadi sumber penularan virus AI subtipe H5N1 terhadap unggas lainnya.

scholarly journals IDENTIFIKASI MOLEKULER VIRUS SUBTIPE H3 DAN H10 PADA UNGGAS

2014 ◽  
Vol 8 (1) ◽  
Author(s):  
Indi Dharmayanti ◽  
Risa Indriani
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Reverse Transcription ◽  
Deoxyribonucleic Acid ◽  
Rt Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Virus H5n1 ◽  
Polymerase Chain ◽  
Virus Influenza

Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi molekuler virus-virus influenza yang tidak dapat diidentifikasi dengan primer H5N1 sehingga perlu dilakukan identifikasi lanjutan dengan primer virus influenza lainnya untuk mengetahui jenis subtipe virus influenza yang bersirkulasi di lapang. Sampel yang digunakan adalah lima sampel cairan alantois (Kode B1-B5) yang diduga mengandung virus influenza selain virus H5N1. Metode yang digunakan pada penelitian ini adalah dengan reverse transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) menggunakan beberapa set primer influenza dan konfirmasi dilakukan dengan pengurutan deoxyribonucleic acid (DNA). Dari hasil analisis RT-PCR dan pengurutan DNA menunjukkan bahwa sampel dengan kode B1 dan B2 menunjukkan homologi tertinggi dengan data virus yang terdaftar di GenBank (NCBI) yaitu dengan virus influenza subtipe H3 sedangkan sampel dengan kode B4 mempunyai homologi tertinggi dengan virus influenza subtipe H10. Dari identifikasi dan karakterisasi tersebut kemungkinan bahwa virus sampel kode B1 (A/Chicken/Buleleng/BBVD488-9/2009) dan (B2) A/Duck/Tabanan/BBVD573-10/2009 adalah virus (AI) subtipe H3 sedangkan sampel kode B4 (A/Chicken/Klungkung/ BBVD006-1/2010) adalah virus AI subtipe H10.

scholarly journals The Single-Step Multiplex Reverse Transcription- Polymerase Chain Reaction Assay for Detecting H5 and H7 Avian Influenza A Viruses

2007 ◽  
Vol 211 (1) ◽  
pp. 75-79 ◽  
Author(s):  
Aunyaratana Thontiravong ◽  
Sunchai Payungporn ◽  
Juthatip Keawcharoen ◽  
Salin Chutinimitkul ◽  
Sumitra Wattanodorn ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Avian Influenza ◽  
Reverse Transcription ◽  
Polymerase Chain Reaction Assay ◽  
Influenza A ◽  
Single Step ◽  
Influenza A Viruses ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain

Single-Step Multiplex Reverse Transcription–Polymerase Chain Reaction (RT-PCR) for Influenza A Virus Subtype H5N1 Detection

2004 ◽  
Vol 17 (4) ◽  
pp. 588-593 ◽  
Author(s):  
Sunchai Payungporn ◽  
Piraya Phakdeewirot ◽  
Salin Chutinimitkul ◽  
Apiradee Theamboonlers ◽  
Juthatip Keawcharoen ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Influenza A Virus ◽  
Reverse Transcription ◽  
Influenza A ◽  
Single Step ◽  
Rt Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain ◽  
Virus Subtype

scholarly journals A meta-analysis of accuracy and sensitivity of chest CT and RT-PCR in COVID-19 diagnosis

2020 ◽  
Vol 10 (1) ◽  
Author(s):  
Fatemeh Khatami ◽  
Mohammad Saatchi ◽  
Seyed Saeed Tamehri Zadeh ◽  
Zahra Sadat Aghamir ◽  
Alireza Namazi Shabestari ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Reverse Transcriptase ◽  
Ct Scan ◽  
Predictive Value ◽  
Meta Analysis ◽  
Chest Ct ◽  
Rt Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain ◽  
Chest Ct Scan

AbstractNowadays there is an ongoing acute respiratory outbreak caused by the novel highly contagious coronavirus (COVID-19). The diagnostic protocol is based on quantitative reverse-transcription polymerase chain reaction (RT-PCR) and chests CT scan, with uncertain accuracy. This meta-analysis study determines the diagnostic value of an initial chest CT scan in patients with COVID-19 infection in comparison with RT-PCR. Three main databases; PubMed (MEDLINE), Scopus, and EMBASE were systematically searched for all published literature from January 1st, 2019, to the 21st May 2020 with the keywords "COVID19 virus", "2019 novel coronavirus", "Wuhan coronavirus", "2019-nCoV", "X-Ray Computed Tomography", "Polymerase Chain Reaction", "Reverse Transcriptase PCR", and "PCR Reverse Transcriptase". All relevant case-series, cross-sectional, and cohort studies were selected. Data extraction and analysis were performed using STATA v.14.0SE (College Station, TX, USA) and RevMan 5. Among 1022 articles, 60 studies were eligible for totalizing 5744 patients. The overall sensitivity, specificity, positive predictive value, and negative predictive value of chest CT scan compared to RT-PCR were 87% (95% CI 85–90%), 46% (95% CI 29–63%), 69% (95% CI 56–72%), and 89% (95% CI 82–96%), respectively. It is important to rely on the repeated RT-PCR three times to give 99% accuracy, especially in negative samples. Regarding the overall diagnostic sensitivity of 87% for chest CT, the RT-PCR testing is essential and should be repeated to escape misdiagnosis.

scholarly journals Use of immunodot blot and multiplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction in dengue virus detection in macerates of Aedes aegypti larvae

2012 ◽  
Vol 3 (1) ◽  
pp. 13
Author(s):  
Aline T.A. Chagas ◽  
Michelle D. Oliveira ◽  
Jose M.S. Mezencio ◽  
Eduardo A.M. Silva ◽  
Leandro L. Oliveira ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Aedes Aegypti ◽  
Dengue Virus ◽  
Reverse Transcriptase ◽  
Epidemiological Surveillance ◽  
Rt Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Denv Serotypes ◽  
Polymerase Chain ◽  
Pcr Techniques

The <em>Dengue virus</em> is the main arbovirus that affects man in terms of morbidity and mortality. The detection of the virus is very important for epidemiological surveillance, so here we propose to standardize and compare the immunodot blot (IDB) and multiplex reverse transcriptase-polymerase chain reaction (M-RT-PCR) techniques to detect and characterize the dengue virus (DENV) serotypes in samples of <em>Aedes aegypti</em> larvae. Thus, the IDB and M-RT-PCR techniques were standardized using macerated samples of larvae collected in nature. The use of monoclonal antibodies in IDB has not shown great results, but DENV detection through this method was possible using polyclonal antibodies. The distinction of serotypes 1, 2 and 3 was carried out by M-RT-PCR.

scholarly journals Deteksi Molekuler Virus Dengue dan Chikungunya pada Nyamuk Aedes spp. di Kecamatan Cilongok

2020 ◽  
Vol 2 (2) ◽  
pp. 181
Author(s):  
Dwi Iva Fitriana ◽  
Endang Srimurni Kusmintarsih ◽  
Trisnowati Budi Ambarningrum
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Reverse Transcriptase ◽  
Rt Pcr ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain

DBD dan chikungunya merupakan salah satu penyakit yang masih menjadi masalah di Indonesia. Kecamatan Cilongok merupakan salah kecamatan endemis DBD dan pernah mengalami KLB chikungunya. Deteksi virus pada nyamuk sebelum menginfeksi manusia penting sebagai peringatan dini dalam upaya pencegahan wabah di daerah endemis. Tujuan penelitian ini adalah mengetahui infeksi virus Dengue dan Chikungunya pada nyamuk Aedes spp. yang ditangkap. Penelitian ini dilakukan di empat desa di Kecamatan Cilongok yang meliputi Desa Cilongok, Pernasidi, Kalisari, dan Jatisaba, pengambilan sampel dilakukan secara purposive. Deteksi virus Dengue dan Chikungunya pada nyamuk dilakukan menggunakan metode Reverse-Transcriptase Polymerase Chain Reaction (RT-PCR). Hasil positifitas virus dianalisis secara deskriptif untuk menggambarkan potensi transmisi virus. Hasil penelitian menunjukkan bahwa nyamuk Aedes spp. yang tertangkap tidak mengandung virus Dengue dan Chikungunya.  

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document