В статье изложены инновационные методы контроля знаний и компетенций студентов – составление итогового портфолио со сравнительными таблицами, написание учебной истории болезни и моделирование клинической ситуации на основе кейс-метода, рефлексивная практика после онлайн-лекции, примененные на кафедре клинической иммунологии и аллергологии с курсом ФПК и ПК ВГМУ в условиях управляемой самостоятельной работы студентов с использованием системы дистанционного обучения Moodle. Цель исследования – разработать и применить эффективные методы контроля знаний и компетенций студентов в процессе преподавания дисциплины «Клиническая иммунология, аллергология» в условиях управляемой самостоятельной работы с использованием системы дистанционного обучения Moodle. Результаты. Разработан и применен метод оценки уровня знаний студентов и способности к критическому анализу большого количества учебного материала с помощью составления обобщающих таблиц и формирования итогового портфолио по всем занятиям цикла «Клиническая иммунология, аллергология». Предложен метод промежуточного контроля в виде рефлексивной дискуссии после онлайн-лекций. В качестве определения сформированности профессиональных компетенций рекомендовано использовать кейс-метод для всестороннего анализа клинического случая в контексте реальной медицинской практики с обязательной формулировкой диагноза, разработкой лечения и рекомендаций при выписке, а также обратный кейс-метод с моделированием студентами клинической ситуации. Педагогическому тестированию отведена роль дополнительного элемента контроля знаний по дисциплине «Клиническая иммунология, аллергология». Заключение. На кафедре клинической иммунологии и аллергологии с курсом ФПК и ПК ВГМУ успешно разработаны и применены эффективные методы контроля знаний и компетенций студентов по дисциплине «Клиническая иммунология, аллергология», а именно: составление итогового портфолио со сравнительными таблицами, написание учебной истории болезни и моделирование клинической ситуации с применением кейс-метода, рефлексивная дискуссия после онлайн-лекции, педагогическое тестирование.