Systematic mapping of rRNA 2'-O methylation during frog development and involvement of the methyltransferase Fibrillarin in eye and craniofacial development in Xenopus laevis

Ribosomes are essential nanomachines responsible for protein production. Although ribosomes are present in every living cell, ribosome biogenesis dysfunction diseases, called ribosomopathies, impact particular tissues specifically. Here, we evaluate the importance of the box C/D snoRNA-associated ribosomal RNA methyltransferase fibrillarin (Fbl) in the early embryonic development of Xenopus laevis. We report that in developing embryos, the neural plate, neural crest cells (NCCs), and NCC derivatives are rich in fbl transcripts. Fbl knockdown leads to striking morphological defects affecting the eyes and craniofacial skeleton, due to lack of NCC survival caused by massive p53-dependent apoptosis. Fbl is required for efficient pre-rRNA processing and 18S rRNA production, which explains the early developmental defects. Using RiboMethSeq, we systematically reinvestigated ribosomal RNA 2'-O methylation in X. laevis, confirming all 89 previously mapped sites and identifying 15 novel putative positions in 18S and 28S rRNA. Twenty-three positions, including 10 of the new ones, were validated orthogonally by low dNTP primer extension. Bioinformatic screening of the X. laevis transcriptome revealed candidate box C/D snoRNAs for all methylated positions. Mapping of 2'-O methylation at six developmental stages in individual embryos indicated a trend towards reduced methylation at specific positions during development. We conclude that fibrillarin knockdown in early Xenopus embryos causes reduced production of functional ribosomal subunits, thus impairing NCC formation and migration.

Interleukin-17 receptor D (Sef) is a multi-functional regulator of cell signaling

Interleukin-17 receptor D (IL17RD or IL-17RD) also known as Sef (similar expression to fibroblast growth factor), is a single pass transmembrane protein that is reported to regulate several signaling pathways . IL17RD was initially described as a feedback inhibitor of fibroblast growth factor (FGF) signaling during zebrafish and frog development. It was subsequently determined to regulate other receptor tyrosine kinase signaling cascades as well as several proinflammatory signaling pathways including Interleukin-17A (IL17A), Toll-like receptors (TLR) and Interleukin-1α (IL1α) in several vertebrate species including humans. This review will provide an overview of IL17RD regulation of signaling pathways and functions with emphasis on regulation of development and pathobiological conditions. We will also discuss gaps in our knowledge about IL17RD function to provide insight into opportunities for future investigation.

Experiences with the marsupial frogs: Reminiscences of a developmental biologist

This article provides a brief account of the career of Eugenia M. del Pino. Casual events and serendipity played important roles in modeling her career as developmental biologist. In collaboration with colleagues and students, she analyzed the biology and development of the marsupial frog Gastrotheca riobambae (family: Hemiphractidae) in comparison with Xenopus laevis and tropical frogs. The emphasis was placed on oogenesis and the early stages of development. Topics include the mono- and multi-nucleated modes of oogenesis. She described two modes of gastrulation in frogs, gastrulation modes one and two according to the timing of notochord elongation. She was able to establish a pioneer laboratory for the comparative analysis of frog development in Ibero America at the Pontifical Catholic University of Ecuador, in Quito. Her contributions to society include her influence in the establishment of the National Academy of Sciences of Ecuador, and efforts toward the conservation of the Galápagos Archipelago. She is part of a pioneer group of professors that placed Biology as an academic discipline in Ecuador. The experiences of her career reveal that we all face difficulties in our jobs. However, nothing is impossible when we follow a passion. Her work reveals that the key to success is to turn obstacles into opportunities.

Keterbatasan dan Kendala-Kendala dalam Prediksi Penggunaan Lahan Masa Depan Menggunakan Metode Cellular Automata (Studi Kasus Pemodelan Prediksi Penggunaan Lahan DAS Darang Tahun 2015)

Perubahan penggunaan lahan merupakan salah satu hal yang sangat penting untuk dianalisis dalam menilai dampak pembangunan terhadap kondisi lingkungan, sumberdaya, dan risiko bencana. Penelitian ini bertujuan untuk (1) melakukan prediksi perubahan penggunaan lahan di DAS Garang pada Tahun 2015, dan (2) mengetahui keterbatasan dan kendala-kendala dalam aplikasi pemodelan perubahan penggunaan lahan menggunakan cellular automata. Data yang digunakan adalah data penggunaan lahan yang diekstrak dari citra Tahun 1994, citra 2001 dan citra 2008 menggunakan software ENVI. Prediksi penggunaan lahan pada Tahun 2015 di DAS Garang dilakukan dengan menggunakan metode Cellular Automata menggunakan software IDRISI, sedangkan analisis keterbatasan dan kendala pemanfaatan metode Cellular Automata dilakukan dengan analisis deskriptif. Hasil analisis menunjukkan bahwa pada Tahun 2015 penggunaan lahan tambak, permukiman dan lahan pertanian memiliki luas yang semakin bertambah, sedangkan penggunaan lahan hutan dan kebun campuran luasnya semakin kecil. Keterbatasan dari metode cellular automata adalah tidak dapat mengakomodasi keberadaan pusat perkembangan kota baru, seperti berdirinya kampus, pusat pertokoan dan sebagainya dan hanya menggunakan regresi linier sehingga hasilnya akan sesuai dengan kecenderungan dari citra multitemporal yang digunakan dalam analisis. Selain itu model ini tidak dapat mengakomodasi perembetan kota meloncat (leap frog development) Kendala dari pemanfaatan metode ini adalah dibutuhkannya data multitemporal, minimal tiga periode. Hal ini cukup mnenyulitkan mengingat perolehan data ini cukup sulit dan mahal.

Perkembangan Urban Sprawl Kota Semarang pada Wilayah Kabupaten Demak Tahun 2001-2012

<p class="Abstract">Urban sprawl merupakan fenomena yang terjadi akibat perkembangan kota yang semakin pesat, tetapi memiliki keterbatasan lahan sehingga perkembangan kota semakin meluas ke wilayah pinggiran (sub-urban). Wilayah sub-urban yang masih tergantung kepada kota inti juga menjadi salah satu pemicu proses urbanisasi terjadi di wilayah pinggiran tersebut (Soetomo, 2009). Fenomena tersebut terjadi di Kota Semarang yang terus berkembang, tetapi memiliki keterbatasan lahan. Kondisi tersebut menyebabkan terjadinya perkembangan kota hingga melewati batas administrasi salah satunya ke arah Kabupaten Demak. Penelitian ini bertujuan untuk mengkaji bagaimana perkembangan sprawl Kota Semarang pada wilayah Kabupaten Demak selama tahun 2001-2012. Urban sprawl pada penelitian ini ditinjau dari dua dimensi yaitu dimensi fisikal dan non fisikal. Dimensi fisikal meliputi pemanfaatan lahan, kepadatan bangunan, fungsi bangunan dan tingkat aksesibilitas. Dimensi non fisikal meliputi kepadatan penduduk dan mata pencaharian agraris penduduk. Sprawl Kota Semarang pada wilayah Kabupaten Demak selama tahun 2001-2012 telah bertambah seluas 498,685 Ha (32,23%), yang terdiri dari perubahan dari urban sprawl menjadi non-urban sprawl sebesar 488,278 ha dan perubahan dari non-urban sprawl menjadi urban sprawl sebesar 986,963 ha. Perkembangan sprawl memiliki pola kombinasi ribbon development dan leap frog development. Wilayah Kabupaten Demak dengan jarak 7,5-10 km dari pusat Kota Semarang (ring 1) merupakan wilayah yang mengalami perkembangan urban sprawl terbesar. Hal ini menunjukan bahwa jarak terhadap pusat kota menjadi salah satu faktor yang berpengaruh terhadap terjadinya sprawl. Untuk mengatasi perkembangan sprawl agar tidak semakin meluas diperlukan kebijakan mengenai arahan pengembangan perumahan pada kawasan urban sprawl, penambahan fasilitas umum dan penyediaan sarana dan prasarana angkutan masal yang terintegrasi dengan terminal terdekat di Kota Semarang.</p><strong></strong>