Se analizaron las características de una cepa de Bacillus amyloliquefaciens aislada del intestino de Arapaima gigas, seleccionada por su capacidad para generar inhibición de múltiples bacterias patógenas de peces, mediante el uso de herramientas moleculares como PCR y espectrometría de masas - MALDI TOF/TOF. Los resultados mostraron a través de PCR que esta cepa cuenta con genes claves para la generación de péptidos antimicrobianos como bmyB (bacillomycin L synthetase B), fenD (fengycin sintetasa), srfAA (subunidad 1 surfactin sintetasa), bacA (proteína de biosíntesis de bacilysin) e iturin (iturin A). Además, mediante el análisis por espectrometría de masas se detectaron bacteriocinas (plipastatin, gramicidin, fengycin, surfactin), proteínas de fijación al intestino (like-enolase), proteinas transportadoras de péptidos antimicrobianos (ABC-transporters) y proteínas de estimulación del sistema inmunitario como flagelin. También se detectaron proteínas tipo colagenasas, chitinasas e xilosa-isomerasas que contribuyen con el proceso de digestión y asimilación. Todos estos resultados permiten considerar los múltiples beneficios de esta cepa para ser utilizada como probiótico en el cultivo de peces.