A systematic analysis of ATPase Cation transporting 13A2 (ATP13A2) transcriptional expression and prognostic value in human brain cancer

2022 ◽  
Vol 71 ◽  
pp. 103183
Author(s):  
Rahat Alam ◽  
Sattyajit Biswas ◽  
Farhana Haque ◽  
Mohammad Turhan Pathan ◽  
Raihan Rahman Imon ◽  
...  
2018 ◽  
Author(s):  
Μαριάμ-Ελένη Ωραιοπούλου

Το Γλοιοβλάστωμα (ΓΒ) συνιστά τον πιο κακοήθη και επιθετικό καρκίνο του εγκεφάλου και μέχρι σήμερα, δε θεωρείται ιάσιμη ασθένεια. Ένα διεπιστημονικό πλαίσιο που ολοκληρώνει τόσο τη Βασική όσο και τη Μεταφραστική έρευνα παρουσιάζεται στοχεύοντας στην επαλήθευση υπολογιστικών προβλέψεων για την ανάπτυξη του ΓΒ. Εξατομικευμένες κυτταροκαλλιέργειες εγκαθιδρύθηκαν ανά ασθενή που συνδυάστηκαν σε πειραματικές διεργασίες σε σχέση με παθοφυσιολογικούς παράγοντες του ΓΒ και ακολούθως, προβλεπτικοί αλγόριθμοι παραμετροποιήθηκαν, αρχικοποιήθηκαν και επαληθεύθηκαν, ανάλογα. Επικεντρωνόμενοι αρχικά στον κυτταρικό πολλαπλασιασμό, η συνδυαστική in vitro-in silico προσέγγιση υποστήριξε ότι η ετερογένεια εντός του όγκου μαζί με το συνολικό πολλαπλασιασμό που αντανακλώνται τόσο στο ρυθμό πολλαπλασιασμού όσο και στη μηχανική κυτταρική αναστολή λόγω επαφής, δύνανται να προβλέψουν την εργαστηριακή εξέλιξη των διάφορων κυτταροσειρών ΓΒ που μεγαλώνουν υπό τις ίδιες 3Δ συνθήκες.Παρουσιάσαμε ότι τα πρωτογενή σφαιρίδια υιοθέτησαν ένα νέο, συνεκτικό μοτίβο που φαίνεται να μιμείται την περιαγγειακή διήθηση στον εγκέφαλο, ενώ τα U87MG και τα T98G σφαιρίδια υιοθετούν το τυπικό, ακτινωτό, διηθητικό μοτίβο. Η προτεινόμενη μαθηματική προσέγγιση δεικνύει ότι επιτρέποντας φαινοτυπική ετερογένεια στον καρκινικό πληθυσμό είναι ικανό ώστε να αναδειχτούν διάφορες διηθητικές μορφολογίες.Η επικουρική χημειοθεραπεία κατά του ΓΒ περιλαμβάνει την Τεμοζολαμίδη (ΤΜΖ)- ωστόσο, δεν είναι όλοι οι ασθενείς ευαίσθητοι. Οι πιο πρόσφατες κλινικές μελέτες του ΓΒ συχνά αναφέρονται στη Δοξορουμπικίνη (ΔΟΞ)- ωστόσο, είναι αδύνατο να περάσει επαρκώς τον αιματεγκεφαλικό φραγμό. Ένα εύρος συγκεντρώσεων ΤΜΖ και ΔΟΞ χρησιμοποιήθηκαν σε πρωτογενή σφαιρίδια. Οι αποτελεσματικές συγκεντρώσεις της ΔΟΞ και της ΤΜΖ διαφοροποιήθηκαν κατά τέσσερις τάξεις μεγέθους. Χρησιμοποιήσαμε Απεικόνιση Λεπτής Δέσμης Φθορισμού ώστε να οπτικοποιήσουμε τη διείσδυση του φαρμάκου και τη νέκρωση. Η ΔΟΞ ήταν ικανή να προκαλέσει νέκρωση με σωρευτικό τρόπο. Στα ΤΜΖ-σφαιρίδια, μη σημαντικά ανασταλτικά αυξητικά φαινόμενα παρατηρήθηκαν σε μη συστηματικό δοσοεξαρτώμενο τρόπο. Έχουμε ενδείξεις για ένα θεραπευτικό σχήμα που συνδυάζει ΤΜΖ-ΔΟΞ. Ένα εργαστηριακό εργαλείο διαλογής φαρμάκων προτάθηκε και επιπλέον, προτείνουμε σε επόμενο στάδιο να επεκτείνουμε αυτές τις παρατηρήσεις στο υβριδικό διακριτό-συνεχές υπολογιστικό μοντέλο.Συγκεντρωτικά, ισχυριζόμαστε πως η μελλοντική έρευνα οφείλει να βασίζεται σε πρωτογενή κύτταρα και οι κοινές κυτταροσειρές θα πρέπει να εξυπηρετούν μόνο ως σημεία αναφοράς. Τα υπολογιστικά μοντέλα μπορούν να εξυπηρετήσουν ως προβλεπτικά εργαλεία όχι μόνο της καρκινικής εξέλιξης, αλλά και του σχεδιασμού στοχευμένων βιολογικών πειραμάτων και να επιτρέψουν την καλύτερη κατανόηση των εμπλεκόμενων βιολογικών φαινομένων. Οι προσομοιώσεις της καρκινικής εξέλιξης δεν πρέπει πλέον να εξαρτώνται από θεωρητικές τιμές, ιδίως όσον αφορά την κλινική μεταφραστικότητα.


2020 ◽  
Vol 21 (12) ◽  
pp. 4434
Author(s):  
Velicko Vranes ◽  
Tijana Vujasinović ◽  
Nemanja Rajković ◽  
Ksenija Kanjer ◽  
Nebojša T. Milošević ◽  
...  

Cancer risk prognosis could improve patient survival through early personalized treatment decisions. This is the first systematic analysis of the spatial and prognostic distribution of different pan cytokeratin immunostaining intensities in breast tumors. The prognostic model included 102 breast carcinoma patients, with distant metastasis occurrence as the endpoint. We segmented the full intensity range (0–255) of pan cytokeratin digitized immunostaining into seven discrete narrow grey level ranges: 0–130, 130–160, 160–180, 180–200, 200–220, 220–240, and 240–255. These images were subsequently examined by 33 major (GLCM), fractal and first-order statistics computational analysis features. Interestingly, while moderate intensities were strongly associated with metastasis outcome, high intensities of pan cytokeratin immunostaining provided no prognostic value even after an exhaustive computational analysis. The intense pan cytokeratin immunostaining was also relatively rare, suggesting the low differentiation state of epithelial cells. The observed variability in immunostaining intensities highlighted the intratumoral heterogeneity of the malignant cells and its association with a poor disease outcome. The prognostic importance of the moderate intensity range established by complex computational morphology analyses was supported by simple measurements of its immunostaining area which was associated with favorable disease outcome. This study reveals intratumoral heterogeneity of the pan cytokeratin immunostaining together with the prognostic evaluation and spatial distribution of its discrete intensities.


Author(s):  
A. Winter ◽  
J. Laing ◽  
R. Paglione ◽  
F. Sterzer ◽  
P. Engler
Keyword(s):  

2017 ◽  
Vol 275 (1) ◽  
pp. 225-232 ◽  
Author(s):  
Mercedes Camacho ◽  
Adriana Agüero ◽  
Anna Sumarroca ◽  
Laura López ◽  
Miguel-Ángel Pavón ◽  
...  

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document