A União Africana estabeleceu uma Arquitetura de Paz e Segurança para prevenção e resolução de conflitos que permaneceram de forma endêmica no continente. A iniciativa também serve para distinguir a UA de sua antecessora, a Organização de Unidade Africana, que teve um terrível histórico na resolução de conflitos. No entanto, além dos antigos desafios de restrições financeiras e conflitos perenes, a APS enfrenta um novo desafio na forma de posturas contraditórias da África do Sul sobre questões críticas de segurança. Juntos, esses desafios viciam a capacidade da UA de conter conflitos rapidamente. Também, posições contraditórias da África do Sul sobre certas questões de segurança minaram a unidade dos membros da UA. Este último foi demonstrado na falta inicial de consenso na eleição do Presidente da Comissão da UA.