Identification of epigenetic markers in circulating tumor DNA for early detection of high-grade serous ovarian carcinoma

2020 ◽  
Vol 159 ◽  
pp. 98-99
Author(s):  
H. Miller ◽  
D.N. Buckley ◽  
G.C. Gooden ◽  
M.A. Spillman ◽  
L.D. Roman ◽  
...  
Keyword(s):  
Early Detection ◽  
Ovarian Carcinoma ◽  
Circulating Tumor Dna ◽  
High Grade ◽  
Epigenetic Markers ◽  
Serous Ovarian Carcinoma ◽  
Tumor Dna

Μελέτη δεικτών μεθυλίωσης στον καρκίνο των ωοθηκών

2019 ◽  
Author(s):  
Λυδία Γιαννοπούλου
Keyword(s):  
Overall Survival ◽  
Ovarian Carcinoma ◽  
Real Time ◽  
Tumor Cells ◽  
Progression Free Survival ◽  
Circulating Tumor Dna ◽  
High Grade ◽  
Free Survival ◽  
Serous Ovarian Carcinoma ◽  
Tumor Dna

Ο καρκίνος των ωοθηκών αποτελεί τον τέταρτο συχνότερα εμφανιζόμενο γυναικολογικό καρκίνο και την πέμπτη αιτία θανάτου σχετιζόμενη με καρκίνο στις γυναίκες. Χαρακτηρίζεται από αξιοσημείωτη ιστολογική και μοριακή ετερογένεια, με κυριότερο υπότυπο τον ορώδη καρκίνο ωοθηκών υψηλού βαθμού κακοήθειας (high grade serous ovarian carcinoma, HGSC), που μελετήθηκε στη διατριβή. Η παρούσα διατριβή έχει σκοπό τη μελέτη της μεθυλίωσης επιλεγμένων γονιδίων στον ορώδη καρκίνο ωοθηκών υψηλού βαθμού κακοήθειας. Τα κλινικά δείγματα που χρησιμοποιήθηκαν είναι δείγματα πρωτοπαθών όγκων, αντίστοιχα δείγματα παρακείμενων ιστών, καθώς και αντίστοιχα δείγματα κυκλοφορούντος καρκινικού DNA (circulating tumor DNA, ctDNA) από τις ίδιες ασθενείς. Οι μεθοδολογίες που εφαρμόστηκαν συνιστούν την real-time MSP για την ανίχνευση της μεθυλίωσης σε δείγματα πρωτοπαθών όγκων, παρακείμενων ιστών και πλάσματος, καθώς και την MS-HRMA για τον ημιποσοτικό προσδιορισμό της μεθυλίωσης σε δείγματα πρωτοπαθών όγκων και παρακείμενων ιστών. Αρχικά εξετάστηκε η μεθυλίωση του ογκοκατασταλτικού γονιδίου RASSF1A, όπου πραγματοποιήθηκε μία συγκριτική μελέτη σε δείγματα πρωτοπαθών όγκων, παρακείμενων ιστών και ctDNA ασθενών με HGSC. Η μεθυλίωση του γονιδίου στα δείγματα πρωτοπαθών όγκων και παρακείμενων ιστών συσχετίστηκε με σημαντικά μειωμένη ολική επιβίωση (overall survival, OS) των ασθενών. Τα συνολικά αποτελέσματα της μελέτης υπέδειξαν για πρώτη φορά την προγνωστική σημασία της μεθυλίωσης του γονιδίου στον HGSC. Στη συνέχεια, ακολούθησε μελέτη μεθυλίωσης του γονιδίου ESR1, όπου πραγματοποιήθηκε μελέτη σε δείγματα πρωτοπαθών όγκων και ctDNA ασθενών με HGSC. Η μεθυλίωση του γονιδίου στα δείγματα πρωτοπαθών όγκων συσχετίστηκε με σημαντικά αυξημένα OS και διάστημα επιβίωσης χωρίς εξέλιξη της νόσου (progression free survival, PFS) των ασθενών. H παρούσα μελέτη αποτέλεσε μία προσπάθεια αποσαφήνισης του ρόλου της μεθυλίωσης του γονιδίου στον HGSC. Ακολούθησαν οι μελέτες μεθυλίωσης γονιδίων που εμπλέκονται σε μοριακά μονοπάτια που διαταράσσονται στον HGSC, όπως τα γονίδια BRCA1 και MGMT που συμμετέχουν σε διαφορετικές πορείες επιδιόρθωσης του DNA, το γονίδιο NR2F1 που συμμετέχει ενεργά στην κυτταρική αδράνεια, τα γονίδιο RASSF10 που εμπλέκεται στην ανάπτυξη χημειοαντίστασης, καθώς και το γονίδιο RKIP που συμμετέχει στην ΕΜΤ διαδικασία. Ύστερα από τη συνολική επεξεργασία των αποτελεσμάτων, παρατηρήθηκε στατιστικά σημαντική συσχέτιση της μεθυλίωσης του γονιδίου NR2F1 στα δείγματα πρωτοπαθών όγκων, με μειωμένο PFS. Επιπλέον, η μεθυλίωση του γονιδίου BRCA1 στο ctDNA συσχετίστηκε με σημαντικά αυξημένο PFS. Τέλος, πραγματοποιήθηκε μελέτη της έκφρασης του γονιδίου PD-L1 σε δείγματα κυκλοφορούντων καρκινικών κυττάρων (circulating tumor cells, CTCs) ασθενών με HGSC, με την εφαρμογή RT-qPCR. Με βάση τα αποτελέσματα της μελέτης, παρατηρήθηκε στατιστικά σημαντική συσχέτιση της έκφρασης του γονιδίου με μειωμένη OS των ασθενών, υποδεικνύοντας μία πιθανή προγνωστική σημασία στον HGSC.

BRCA Reversion Mutations in Circulating Tumor DNA Predict Primary and Acquired Resistance to the PARP Inhibitor Rucaparib in High-Grade Ovarian Carcinoma

2018 ◽  
Vol 9 (2) ◽  
pp. 210-219 ◽  
Author(s):  
Kevin K. Lin ◽  
Maria I. Harrell ◽  
Amit M. Oza ◽  
Ana Oaknin ◽  
Isabelle Ray-Coquard ◽  
...  
Keyword(s):  
Ovarian Carcinoma ◽  
Parp Inhibitor ◽  
Acquired Resistance ◽  
Circulating Tumor Dna ◽  
High Grade ◽  
Tumor Dna

Circulating tumor DNA analysis to reveal genomic profiles for epithelial ovarian cancer.

2019 ◽  
Vol 37 (15_suppl) ◽  
pp. 5543-5543
Author(s):  
Yang Xiang ◽  
Shan Zhu ◽  
Weiran Wang ◽  
Dongyan Cao ◽  
Xi-Run Wan ◽  
...  
Keyword(s):  
Ovarian Cancer ◽  
Ovarian Carcinoma ◽  
Epithelial Ovarian Cancer ◽  
Circulating Tumor Dna ◽  
Stage Iii ◽  
Signal Pathways ◽  
Low Grade ◽  
Serous Ovarian Carcinoma ◽  
Ctdna Analysis ◽  
Tumor Dna

5543 Background: Circulating tumor DNA (ctDNA) analysis in epithelial ovarian cancer (EOC) was previously reported, however with limited samples or limited genes. Here, we reported an analysis of ctDNA in EOC cohort using targeted sequencing with a 1021-gene panel. Methods: Patients with EOC were enrolled, and treatment-naïve tumor tissues and blood samples were collected. We utilized a 1021-gene NGS panel in matched tissue DNA and ctDNA to identify somatic mutations with white blood cell DNA as a germline control. Results: Mutations were identified in all of the 65 tissues and in 53 (81.5%) ctDNA. The median ctDNA mutation allelic frequency was 2.5%, ranging from 0.1% to 36.2%. A median of 66.7% (12.5%-100.0%) of tissue derived mutations were observed in ctDNA. Besides, there were 91 ctDNA private mutations, including TP53 gene mutations. The most frequently mutated genes were TP53 (55.4%), PIK3CA (13.8%) and ARID1A (12.3%) in ctDNA analysis, which were consistent with tissue analysis (60.0%, 26.2% and 20.0% of tissues with TP53, PIK3CA and ARID1A mutations, respectively). Mutations of TP53 (37/42) in high-grade serous ovarian carcinoma (HGSOC), PIK3CA (10/11) and ARID1A (8/11) in ovarian clear cell carcinoma, BRAF (4/5) in low-grade serous ovarian carcinoma and PIK3CA (3/5), ARID1A (2/5) and PTEN (2/5) in endometrioid carcinoma were observed as the most commonly genetic aberrations in ctDNA in different sub-types of EOC, which located in different signal pathways and suggested different pathogenesis. In total, 90.5% (38/42) of HGSOC were ctDNA positive, comparing with 65.2% (15/23) of other EOC subtypes (p = 0.012). In addition, 56.5% (13/23) of stage I~II EOC were ctDNA positive, comparing with 94.7% (36/38) of stage III (p = 0.002). No association between ctDNA positivity and other clinic characteristics was observed, including pathological differentiation, CA125, lesion density (solid vs. cystic-solid and cystic). Multivariable analysis suggested FIGO stage III (p = 0.008) as an independent predictor of ctDNA detection. Conclusions: In summary, genomic characterization of EOC may offer insights into tumorigenesis and identify potential therapeutic targets in this disease.

Abstract PR02: Epigenetic biomarkers in cell-free DNA for early detection of high-grade serous ovarian carcinoma

2020 ◽  
Author(s):  
Ben Yi Tew ◽  
Gerald Gooden ◽  
David N. Buckley ◽  
Heather Miller ◽  
Monique Spillman ◽  
...  
Keyword(s):  
Early Detection ◽  
Ovarian Carcinoma ◽  
High Grade ◽  
Cell Free Dna ◽  
Epigenetic Biomarkers ◽  
Free Dna ◽  
Serous Ovarian Carcinoma

Identification of a four-gene methylation biomarker panel in high-grade serous ovarian carcinoma

2020 ◽  
Vol 58 (8) ◽  
pp. 1332-1340
Author(s):  
Ivana Baranova ◽  
Helena Kovarikova ◽  
Jan Laco ◽  
Iva Sedlakova ◽  
Filip Vrbacky ◽  
...  
Keyword(s):  
Early Detection ◽  
Ovarian Carcinoma ◽  
Predictive Value ◽  
Early Stage ◽  
Ovarian Tissue ◽  
Total Efficiency ◽  
High Grade ◽  
Gene Methylation ◽  
Serous Ovarian Carcinoma ◽  
Specificity And Sensitivity

AbstractBackgroundThe lack of effective biomarkers for the screening and early detection of ovarian cancer (OC) is one of the most pressing problems in oncogynecology. Because epigenetic alterations occur early in the cancer development, they provide great potential to serve as such biomarkers. In our study, we investigated a potential of a four-gene methylation panel (including CDH13, HNF1B, PCDH17 and GATA4 genes) for the early detection of high-grade serous ovarian carcinoma (HGSOC).MethodsFor methylation detection we used methylation sensitive high-resolution melting analysis and real-time methylation specific analysis. We also investigated the relation between gene hypermethylation and gene relative expression using the 2−ΔΔCt method.ResultsThe sensitivity of the examined panel reached 88.5%. We were able to detect methylation in 85.7% (12/14) of early stage tumors and in 89.4% (42/47) of late stage tumors. The total efficiency of the panel was 94.4% and negative predictive value reached 90.0%. The specificity and positive predictive value achieved 100% rates. Our results showed lower gene expression in the tumor samples in comparison to control samples. The more pronounced downregulation was measured in the group of samples with detected methylation.ConclusionsIn our study we designed the four-gene panel for HGSOC detection in ovarian tissue with 100% specificity and sensitivity of 88.5%. The next challenge is translation of the findings to the less invasive source for biomarker examination, such as plasma. Our results indicate that combination of examined genes deserve consideration for further testing in clinical molecular diagnosis of HGSOC.

scholarly journals A novel multiple biomarker panel for the early detection of high-grade serous ovarian carcinoma

2018 ◽  
Vol 149 (3) ◽  
pp. 585-591 ◽  
Author(s):  
Chanhee Han ◽  
Stefania Bellone ◽  
Eric R. Siegel ◽  
Gary Altwerger ◽  
Gulden Menderes ◽  
...  
Keyword(s):  
Early Detection ◽  
Ovarian Carcinoma ◽  
High Grade ◽  
Biomarker Panel ◽  
Serous Ovarian Carcinoma
Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document