Prospective study of the efficacy and utility of TP53 mutations in circulating tumor DNA as a non-invasive biomarker of treatment response monitoring in patients with high-grade serous ovarian carcinoma

2019 ◽  
Vol 154 ◽  
pp. 270
Author(s):  
Y.J. Lee ◽  
Y.M. Kim ◽  
S.W. Lee
Keyword(s):  
Prospective Study ◽  
Ovarian Carcinoma ◽  
Treatment Response ◽  
Circulating Tumor Dna ◽  
Response Monitoring ◽  
High Grade ◽  
Tp53 Mutations ◽  
Non Invasive ◽  
Serous Ovarian Carcinoma ◽  
Tumor Dna

Identification of epigenetic markers in circulating tumor DNA for early detection of high-grade serous ovarian carcinoma

2020 ◽  
Vol 159 ◽  
pp. 98-99
Author(s):  
H. Miller ◽  
D.N. Buckley ◽  
G.C. Gooden ◽  
M.A. Spillman ◽  
L.D. Roman ◽  
...  
Keyword(s):  
Early Detection ◽  
Ovarian Carcinoma ◽  
Circulating Tumor Dna ◽  
High Grade ◽  
Epigenetic Markers ◽  
Serous Ovarian Carcinoma ◽  
Tumor Dna

Μελέτη δεικτών μεθυλίωσης στον καρκίνο των ωοθηκών

2019 ◽  
Author(s):  
Λυδία Γιαννοπούλου
Keyword(s):  
Overall Survival ◽  
Ovarian Carcinoma ◽  
Real Time ◽  
Tumor Cells ◽  
Progression Free Survival ◽  
Circulating Tumor Dna ◽  
High Grade ◽  
Free Survival ◽  
Serous Ovarian Carcinoma ◽  
Tumor Dna

Ο καρκίνος των ωοθηκών αποτελεί τον τέταρτο συχνότερα εμφανιζόμενο γυναικολογικό καρκίνο και την πέμπτη αιτία θανάτου σχετιζόμενη με καρκίνο στις γυναίκες. Χαρακτηρίζεται από αξιοσημείωτη ιστολογική και μοριακή ετερογένεια, με κυριότερο υπότυπο τον ορώδη καρκίνο ωοθηκών υψηλού βαθμού κακοήθειας (high grade serous ovarian carcinoma, HGSC), που μελετήθηκε στη διατριβή. Η παρούσα διατριβή έχει σκοπό τη μελέτη της μεθυλίωσης επιλεγμένων γονιδίων στον ορώδη καρκίνο ωοθηκών υψηλού βαθμού κακοήθειας. Τα κλινικά δείγματα που χρησιμοποιήθηκαν είναι δείγματα πρωτοπαθών όγκων, αντίστοιχα δείγματα παρακείμενων ιστών, καθώς και αντίστοιχα δείγματα κυκλοφορούντος καρκινικού DNA (circulating tumor DNA, ctDNA) από τις ίδιες ασθενείς. Οι μεθοδολογίες που εφαρμόστηκαν συνιστούν την real-time MSP για την ανίχνευση της μεθυλίωσης σε δείγματα πρωτοπαθών όγκων, παρακείμενων ιστών και πλάσματος, καθώς και την MS-HRMA για τον ημιποσοτικό προσδιορισμό της μεθυλίωσης σε δείγματα πρωτοπαθών όγκων και παρακείμενων ιστών. Αρχικά εξετάστηκε η μεθυλίωση του ογκοκατασταλτικού γονιδίου RASSF1A, όπου πραγματοποιήθηκε μία συγκριτική μελέτη σε δείγματα πρωτοπαθών όγκων, παρακείμενων ιστών και ctDNA ασθενών με HGSC. Η μεθυλίωση του γονιδίου στα δείγματα πρωτοπαθών όγκων και παρακείμενων ιστών συσχετίστηκε με σημαντικά μειωμένη ολική επιβίωση (overall survival, OS) των ασθενών. Τα συνολικά αποτελέσματα της μελέτης υπέδειξαν για πρώτη φορά την προγνωστική σημασία της μεθυλίωσης του γονιδίου στον HGSC. Στη συνέχεια, ακολούθησε μελέτη μεθυλίωσης του γονιδίου ESR1, όπου πραγματοποιήθηκε μελέτη σε δείγματα πρωτοπαθών όγκων και ctDNA ασθενών με HGSC. Η μεθυλίωση του γονιδίου στα δείγματα πρωτοπαθών όγκων συσχετίστηκε με σημαντικά αυξημένα OS και διάστημα επιβίωσης χωρίς εξέλιξη της νόσου (progression free survival, PFS) των ασθενών. H παρούσα μελέτη αποτέλεσε μία προσπάθεια αποσαφήνισης του ρόλου της μεθυλίωσης του γονιδίου στον HGSC. Ακολούθησαν οι μελέτες μεθυλίωσης γονιδίων που εμπλέκονται σε μοριακά μονοπάτια που διαταράσσονται στον HGSC, όπως τα γονίδια BRCA1 και MGMT που συμμετέχουν σε διαφορετικές πορείες επιδιόρθωσης του DNA, το γονίδιο NR2F1 που συμμετέχει ενεργά στην κυτταρική αδράνεια, τα γονίδιο RASSF10 που εμπλέκεται στην ανάπτυξη χημειοαντίστασης, καθώς και το γονίδιο RKIP που συμμετέχει στην ΕΜΤ διαδικασία. Ύστερα από τη συνολική επεξεργασία των αποτελεσμάτων, παρατηρήθηκε στατιστικά σημαντική συσχέτιση της μεθυλίωσης του γονιδίου NR2F1 στα δείγματα πρωτοπαθών όγκων, με μειωμένο PFS. Επιπλέον, η μεθυλίωση του γονιδίου BRCA1 στο ctDNA συσχετίστηκε με σημαντικά αυξημένο PFS. Τέλος, πραγματοποιήθηκε μελέτη της έκφρασης του γονιδίου PD-L1 σε δείγματα κυκλοφορούντων καρκινικών κυττάρων (circulating tumor cells, CTCs) ασθενών με HGSC, με την εφαρμογή RT-qPCR. Με βάση τα αποτελέσματα της μελέτης, παρατηρήθηκε στατιστικά σημαντική συσχέτιση της έκφρασης του γονιδίου με μειωμένη OS των ασθενών, υποδεικνύοντας μία πιθανή προγνωστική σημασία στον HGSC.

TP53 mutations in circulating tumor DNA for response monitoring in patients with high grade serous carcinoma of ovary

2015 ◽  
Vol 137 ◽  
pp. 12-13
Author(s):  
Y.M. Kim ◽  
S.W. Lee ◽  
H.Y. Lee ◽  
S.E. Lee ◽  
Y.R. Park ◽  
...  
Keyword(s):  
Circulating Tumor Dna ◽  
Response Monitoring ◽  
Serous Carcinoma ◽  
High Grade ◽  
Tp53 Mutations ◽  
Tumor Dna

BRCA Reversion Mutations in Circulating Tumor DNA Predict Primary and Acquired Resistance to the PARP Inhibitor Rucaparib in High-Grade Ovarian Carcinoma

2018 ◽  
Vol 9 (2) ◽  
pp. 210-219 ◽  
Author(s):  
Kevin K. Lin ◽  
Maria I. Harrell ◽  
Amit M. Oza ◽  
Ana Oaknin ◽  
Isabelle Ray-Coquard ◽  
...  
Keyword(s):  
Ovarian Carcinoma ◽  
Parp Inhibitor ◽  
Acquired Resistance ◽  
Circulating Tumor Dna ◽  
High Grade ◽  
Tumor Dna

Non-Invasive Monitoring of Urinary KRAS Circulating Tumor DNA for Treatment Response and Minimal Residual Disease in Patients with Lung Adenocarcinoma.

2015 ◽  
Vol 33 (15_suppl) ◽  
pp. e19092-e19092 ◽  
Author(s):  
James Michael Randall ◽  
Mark G. Erlander ◽  
Cecile Rose T. Vibat ◽  
Saege Hancock ◽  
Vlada Melnikova ◽  
...  
Keyword(s):  
Lung Adenocarcinoma ◽  
Treatment Response ◽  
Minimal Residual Disease ◽  
Residual Disease ◽  
Circulating Tumor Dna ◽  
Invasive Monitoring ◽  
Non Invasive ◽  
Tumor Dna ◽  
Minimal Residual

Circulating tumor DNA analysis to reveal genomic profiles for epithelial ovarian cancer.

2019 ◽  
Vol 37 (15_suppl) ◽  
pp. 5543-5543
Author(s):  
Yang Xiang ◽  
Shan Zhu ◽  
Weiran Wang ◽  
Dongyan Cao ◽  
Xi-Run Wan ◽  
...  
Keyword(s):  
Ovarian Cancer ◽  
Ovarian Carcinoma ◽  
Epithelial Ovarian Cancer ◽  
Circulating Tumor Dna ◽  
Stage Iii ◽  
Signal Pathways ◽  
Low Grade ◽  
Serous Ovarian Carcinoma ◽  
Ctdna Analysis ◽  
Tumor Dna

5543 Background: Circulating tumor DNA (ctDNA) analysis in epithelial ovarian cancer (EOC) was previously reported, however with limited samples or limited genes. Here, we reported an analysis of ctDNA in EOC cohort using targeted sequencing with a 1021-gene panel. Methods: Patients with EOC were enrolled, and treatment-naïve tumor tissues and blood samples were collected. We utilized a 1021-gene NGS panel in matched tissue DNA and ctDNA to identify somatic mutations with white blood cell DNA as a germline control. Results: Mutations were identified in all of the 65 tissues and in 53 (81.5%) ctDNA. The median ctDNA mutation allelic frequency was 2.5%, ranging from 0.1% to 36.2%. A median of 66.7% (12.5%-100.0%) of tissue derived mutations were observed in ctDNA. Besides, there were 91 ctDNA private mutations, including TP53 gene mutations. The most frequently mutated genes were TP53 (55.4%), PIK3CA (13.8%) and ARID1A (12.3%) in ctDNA analysis, which were consistent with tissue analysis (60.0%, 26.2% and 20.0% of tissues with TP53, PIK3CA and ARID1A mutations, respectively). Mutations of TP53 (37/42) in high-grade serous ovarian carcinoma (HGSOC), PIK3CA (10/11) and ARID1A (8/11) in ovarian clear cell carcinoma, BRAF (4/5) in low-grade serous ovarian carcinoma and PIK3CA (3/5), ARID1A (2/5) and PTEN (2/5) in endometrioid carcinoma were observed as the most commonly genetic aberrations in ctDNA in different sub-types of EOC, which located in different signal pathways and suggested different pathogenesis. In total, 90.5% (38/42) of HGSOC were ctDNA positive, comparing with 65.2% (15/23) of other EOC subtypes (p = 0.012). In addition, 56.5% (13/23) of stage I~II EOC were ctDNA positive, comparing with 94.7% (36/38) of stage III (p = 0.002). No association between ctDNA positivity and other clinic characteristics was observed, including pathological differentiation, CA125, lesion density (solid vs. cystic-solid and cystic). Multivariable analysis suggested FIGO stage III (p = 0.008) as an independent predictor of ctDNA detection. Conclusions: In summary, genomic characterization of EOC may offer insights into tumorigenesis and identify potential therapeutic targets in this disease.

scholarly journals BIOM-12. CIRCULATING TUMOR DNA IN ADULTS WITH GLIOMA: A SYSTEMATIC REVIEW AND META-ANALYSIS OF BIOMARKER SENSITIVITY

2020 ◽  
Vol 22 (Supplement_2) ◽  
pp. ii3-ii4
Author(s):  
James McMahon ◽  
Matthew Studer ◽  
Bryan Ulrich ◽  
Gustavo Pradilla
Keyword(s):  
Systematic Review ◽  
Meta Analysis ◽  
Circulating Tumor Dna ◽  
Low Grade ◽  
High Grade ◽  
Who Grade ◽  
Targeted Next Generation Sequencing ◽  
Non Invasive ◽  
Performance Statistics ◽  
Tumor Dna

Abstract BACKGROUND Circulating tumor DNA (ctDNA) has emerged as a promising non-invasive biomarker to capture tumor genetics in patients with primary brain tumors. Research into its clinical utility, however, has not been standardized, as performance statistics of ctDNA remain undefined and optimal ctDNA assay and biospecimen sources for its evaluation have not been conclusively identified. We sought to determine a pooled sensitivity of the detection ctDNA in both CSF in plasma when compared to detecting the same mutant DNA in tumor tissue of gliomas. We then sought to compare ctDNA sensitivity between these two reservoirs, as well as between individual WHO grades of glioma. METHODS Following PRISMA guidelines, systematic review and meta-analysis was performed using published studies that assessed circulating tumor DNA in either plasma or CSF among adult patients with histopathology-confirmed glioma. Weighting of individual studies was conducted to reach an overall pooled sensitivity of ctDNA detection in both CSF and plasma. Chi-squared tests of independence were performed to compare overall sensitivity of ctDNA in CSF versus plasma, as well as to estimate the sensitivity of ctDNA for each WHO grade of glioma. RESULTS The overall reported sensitivity of ctDNA in CSF was found to be 77.4%, significantly higher than the 38.8% sensitivity in plasma (p< 0.0001). Sensitivity was significantly higher for high grade (82.8%) than low grade (60.5%) tumors in CSF (p=0.0023), and sensitivity was found to sequentially increase with increasing WHO grade. Qualitative analysis revealed evidence of greater sensitivity among single-allele PCR or small targeted next generation sequencing (NGS) panels, and increased sensitivity among larger tumors and those in proximity to cisternal or ventricular CSF. CONCLUSION Circulating tumor DNA is potentially a highly sensitive non-invasive biomarker among adults with gliomas. To maximize its sensitivity, CSF should be studied with targeted genetic analysis platforms, particularly in suspected high-grade gliomas.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document