Biocompatible fluorinated polyglycerols for droplet microfluidics as an alternative to PEG-based copolymer surfactants

Lab on a Chip ◽  
2016 ◽  
Vol 16 (1) ◽  
pp. 65-69 ◽  
Author(s):  
Olaf Wagner ◽  
Julian Thiele ◽  
Marie Weinhart ◽  
Linas Mazutis ◽  
David A. Weitz ◽  
...  
Keyword(s):  
Gene Expression ◽  
Cell Encapsulation ◽  
Droplet Microfluidics ◽  
Side Chain ◽  
Expression Studies ◽  
Chain Composition ◽  
Gene Expression Studies

Polyglycerol-based triblock surfactants with tailored side-chain composition are exemplified in cell encapsulation and in vitro gene expression studies in droplet-based microfluidics as alternative to PEG-based surfactants.

Establishment and characterization of a piscean PCF cell line for toxicity and gene expression studies as in vitro model

2014 ◽  
Vol 46 (3) ◽  
pp. 206-212 ◽  
Author(s):  
M. Goswami ◽  
B.S. Sharma ◽  
Kamalendra Yadav ◽  
S.N. Bahuguna ◽  
W.S. Lakra
Keyword(s):  
Gene Expression ◽  
Cell Line ◽  
In Vitro Model ◽  
Expression Studies ◽  
Gene Expression Studies ◽  
Vitro Model

scholarly journals Effect of Ambient pH on Growth, Pathogenicity, and Patulin Production of Penicillium expansum

Toxins ◽  
2021 ◽  
Vol 13 (8) ◽  
pp. 550
Author(s):  
Carelle Kouasseu Jimdjio ◽  
Huali Xue ◽  
Yang Bi ◽  
Mina Nan ◽  
Lan Li ◽  
...  
Keyword(s):  
Gene Expression ◽  
Growth Factors ◽  
Soft Rot ◽  
Penicillium Expansum ◽  
Expression Of Genes ◽  
Transmission Electron ◽  
Expression Studies ◽  
Gene Expression Studies

Penicillium expansum is an important postharvest pathogen of pomaceous fruit and a causal agent of blue mold or soft rot. In this study, we investigated the effect of ambient pH on growth, ultrastructure alteration, and pathogenicity of P. expansum, as well as accumulation of patulin and expression of genes involved in patulin biosynthesis. Under different pH, the fungus was routinely cultured and collected for growth, pathogenicity, patulin production, and gene expression studies using transmission electron microscopy, apple inoculation, HPLC, and RT-qPCR methods. Different ambient pH had significant impact on expression of genes and growth factors involved in patulin biosynthesis. Under same range of pH, gene expression profile, growth factors, and patulin accumulation (in vivo and in vitro) all showed similar changing trends. A well-developed cell was observed in addition to upregulation of genes at pH between pH 5.0 and 7.0, while the opposite was observed when pH was too basic (8.5) or too acid (2.5). Additionally, ambient pH had direct or indirect influence on expression of PecreaA, PelaeA, and PepacC. These findings will help in understanding the effect of ambient pH on growth, pathogenicity, and patulin production and support the development of successful methods for combating P. expansum infection on apple fruits.

Gene Regulation during the Erythrocytic Differentiation of Embryonic Stem Cells.

Blood ◽  
2005 ◽  
Vol 106 (11) ◽  
pp. 4255-4255
Author(s):  
Ewa Carrier ◽  
Shermila Kausal ◽  
Anand S. Srivastava
Keyword(s):  
Gene Expression ◽  
Gene Regulation ◽  
Growth Factors ◽  
Es Cells ◽  
Embryonic Stem ◽  
Globin Genes ◽  
Rt Pcr ◽  
Expression Studies ◽  
Gene Expression Studies

Abstract We have studied the in vitro differentiation of murine embryonic stem cells (ES cells) towards erythropoiesis and expression of genes during this process. It has been reported that dexamethasone directs ES cells towards erythrocytic differentiation but the mechanism of gene regulation induced by dexamethasone is not well understood. We hypothesized that dexamethasone induces upregulation of erythropoietic genes such as GATA-1, FLK-1, EPO-R and directs ES cells towards erythropoietic differentiation. Murine ES cells (129 CCE) obtained from Dr. Nagy laboratory, Canada (Nagy et al., Histochem Cell Biol., 2001; 115:49–58) were subjected to the in vitro primary hematopoietic differentiation media containing methylcellulose, IMDM, IL -3, IL-6 and SCF (stem cell factor) without LIF (leukemia inhibitory factor) to promote embryoid body (EB) formation. Total RNA was collected on day 3, 5 and 9 EBs for gene expression studies using RT-PCR. On day 9 EBs were subjected to secondary differentiation using three different cytokines and growth factors combination 1) SCF, EPO, dexamethasone, IGF, 2) SCF, IL-3, IL-6, TPO, 3) SCF IL-3, IL-6, TPO, EPO. Total RNA from day12 of secondary differentiated ES cells was collected to study cytokines and growth factors dependent erythrocytic differentiation and gene regulation, using RT-PCR. Our results demonstrate upregulation of Gata-1, Flk-1, HoxB-4, Epo-R and globin genes (α-globin, BH-1 globin, β-major globin, e -globin and z-globin) in the 9 days old EBs, whereas, RNA collected from 5 days old EBs showed expression of HoxB-4, e-globin, γ-globin, BH1-globin and FLK-1. Three days old EBs showed only HoxB-4 and FLK-1 gene expression and lack of expression of globin genes, indicating that erythtropoiesis-specific genes activate later. Gene expression studies of RNA collected from secondary differentiated ES cells and media containing dexamethasone showed downregulation of GATA-3 and upregulation of GATA-1, Flk-1 and Epo-R in comparison to the two other cytokines and growth factors media combination. These results confirm our hypothesis that dexamethasome induces erythropoiesis by down regulating GATA -3 and upregulating erythropoietic-related genes such as GATA-1, Flk-1 and Epo-R. The morphological characteristics of cells after secondary differentiation showed enhanced production of erythrocytic precursors in dexamethasone containing media, which corresponded with molecular studies. Further studies will address the role of wnt/β-catenin and E-cadherin in this process.

Establishment and Characterization of a New Muscle Cell Line of Zebrafish (Danio rerio) as an In Vitro Model for Gene Expression Studies

2016 ◽  
Vol 27 (3) ◽  
pp. 166-173 ◽  
Author(s):  
Amit Kumar ◽  
Neha Singh ◽  
Mukunda Goswami ◽  
J. K. Srivastava ◽  
Akhilesh K. Mishra ◽  
...  
Keyword(s):  
Gene Expression ◽  
Cell Line ◽  
Danio Rerio ◽  
In Vitro Model ◽  
Expression Studies ◽  
Gene Expression Studies ◽  
Vitro Model ◽  
Muscle Cell Line

scholarly journals Monitoring of ochratoxin A production of aspergillus carbonarius isolates from greek grapes through gene expression studies under different ecophysiological factors

2018 ◽  
Author(s):  
Ιλιάδα Λάππα
Keyword(s):  
Gene Expression ◽  
Ochratoxin A ◽  
Lactobacillus Plantarum ◽  
Aspergillus Carbonarius ◽  
Aspergillus Section Nigri ◽  
Expression Studies ◽  
Gene Expression Studies ◽  
Aspergillus Section

Η ωχρατοτοξίνη Α (ΩΤΑ) είναι ένας δευτερογενής μεταβολίτης που αποτελεί μια από τις πλέον διαδεδομένες μυκοτοξίνες, καθώς η παρουσία της στη διατροφική αλυσίδα προκαλεί σοβαρούς κινδύνους στην ανθρώπινη υγεία. Η επιμόλυνση των σταφυλιών με ΩΤΑ οφείλεται κυρίως στην παρουσία των μαύρων Ασπέργιλλων (Aspergillus section Nigri) μεταξύ των οποίων ο μύκητας Αspergillus carbonarius έχει αναγνωριστεί ως ο κύριος παραγωγός ΩΤΑ στα σταφύλια και στα παράγωγα προϊόντα (χυμός σταφυλιών, σταφίδες και οίνος). Ο μύκητας είναι δυνητικά παθογόνος, παρουσιάζει ευρεία διασπορά στο περιβάλλον και χαρακτηρίζεται από αξιοσημείωτη ικανότητα να ανθίσταται σε διάφορους παράγοντες καταπόνησης, γεγονός που του επιτρέπει να επιβιώνει σε μεγάλο εύρος κλιματολογικών συνθηκών και θρεπτικών υποστρωμάτων. Η συχνή παρουσία του μύκητα οφείλεται στην ταχεία ανάπτυξή του, η οποία συντελεί στην επιμόλυνση των σταφυλιών, ειδικότερα προς το τέλος του σταδίου του περκασμού (veraison). Σήμερα, η ΩΤΑ εξακολουθεί να αποτελεί σημαντική πρόκληση στο πλαίσιο των συνεχών προσπαθειών τήρησης των προδιαγραφών ασφάλειας των τροφίμων για την παραγωγή ποιοτικών οίνων και επιτραπέζιων σταφυλιών. Οι πρόσφατες μελέτες δείχνουν ότι η παραγωγή της ΩΤΑ είναι συνέπεια διαφόρων οικοφυσιολογικών αλληλεπιδράσεων σε μοριακό επίπεδο. Επομένως, τα τελευταία χρόνια το ενδιαφέρον της επιστημονικής κοινότητας έχει εστιαστεί στη μελέτη των γενετικών παραμέτρων που σε συνδυασμό με περιβαλλοντικούς και βιολογικούς παράγοντες επηρεάζουν την παραγωγή ωχρατοξίνης. Στο πλαίσιο της εν λόγω διδακτορικής διατριβής μελετήθηκαν διαφορετικοί φαινότυποι του μύκητα A. carbonarius ως προς το δυναμικό παραγωγής τοξίνης, εστιάζοντας στην έκφραση των γονιδίων εκείνων που σχετίζονται με την παραγωγή ΩΤΑ υπό την επίδραση διαφορετικών οικοφυσιολογικών παραγόντων σε επίπεδο μεταγραφής. Αρχικά μελετήθηκε η συσχέτιση μεταξύ παραγωγής ΩΤΑ και διαφορετικών μεθόδων προσδιορισμού της ανάπτυξης (μεταβολή της διαμέτρου, της βιομάζας, του ξηρού βάρους και της επιφάνειας της μυκηλιακής αποικίας) του μύκητα A. carbonarius σε σχέση με το χρόνο, χρησιμοποιώντας συνθετικό υπόστρωμα χυμού σταφυλιών (SGM) (Κεφάλαιο 3). Τα αποτελέσματα έδειξαν ότι όλες οι μέθοδοι προσδιορισμού της ανάπτυξης που μελετήθηκαν συσχετίστηκαν τόσο με την παραγωγή τοξίνης όσο και μεταξύ τους, τονίζοντας επίσης την ενδο-στελεχιακή παραλλακτικότητα που παρατηρήθηκε. Διαπιστώθηκε επίσης ότι οι απομονώσεις του μύκητα A. carbonarius που παρουσίασαν υψηλότερη παραγωγή τοξίνης συσχετίστηκαν καλύτερα με τις εκάστοτε παραμέτρους ανάπτυξης. Τέλος, έγινε προσπάθεια ανάπτυξης πρωτογενών μοντέλων συσχέτισης της ΩΤΑ με το χρόνο, λαμβάνοντας υπόψη τη διαστελεχική παραλλακτικότητα, τα οποία έδειξαν υψηλή συσχέτιση της κινητικής της ΩΤΑ με την ανάπτυξη του μήκυτα. Στη συνέχεια διερευνήθηκε η έκφραση σε μεταγραφικό επίπεδο των βιοσυνθετικών γονιδίων της ΩΤΑ, AcOTApks, AcOTAnrps και του μεταγραφικού παράγοντα laeA, που σχετίζεται με την παραγωγή της ΩΤΑ, χρησιμοποιώντας τη μέθοδο της αλυσιδωτής αντίδρασης της πολυμεράσης πραγματικού χρόνου (RT-qPCR) (Κεφάλαιο 4). Τα επίπεδα μεταγραφής των παραπάνω γονιδίων εκτιμήθηκαν κατά την ανάπτυξη του μύκητα A. carbonarius σε υγρό θρεπτικό μέσο SGM σε διαφορετικές τιμές θερμοκρασίας, ενεργότητας ύδατος και χρόνου ανάπτυξης. Η γονιδιακή έκφραση προσδιορίστηκε στα ίδια χρονικά σημεία μαζί με τη βιομάζα του μύκητα και την παραγωγή τοξίνης. Τα αποτελέσματα έδειξαν μεμονωμένες συσχετίσεις και όχι κάποια ευκρινή τάση σε σχέση με την επίδραση της θερμοκρασίας, της ενεργότητας ύδατος ή του χρόνου ανάπτυξης επί της γονιδιακής έκφρασης. Επίσης, τα αποτελέσματα εξαρτήθηκαν από το στέλεχος του μήκητα, γεγονός που υποδεικνύει την πολυπλοκότητα των αποκρίσεων σε επίπεδο γονιδιακής έκφρασης Η πρώιμη ενεργοποίηση των δύο βασικών βιοσυνθετικών γονιδίων της ωχρατοξίνης υπογράμμισε την προρρητική φύση της ανάλυσης RT-qPCR, εφόσον τα εν λόγω γονίδια, ως μοριακοί δείκτες εκφράζονται πριν την φαινοτυπική ανίχνευση της τοξίνης. Επιπλέον, μελετήθηκε η επίδραση των αιθερίων ελαίων γαρίφαλλου, κανέλλας, λεμονόχορτου και μανταρινιού στην ανάπτυξη του μύκητα A. carbonarius και στη βιοσύνθεση της ΩΤΑ (Κεφάλαιο 5). Η έκφραση των σχετιζόμενων με την παραγωγή τοξίνης γονιδίων προσδιορίστηκε σε υγρό υπόστρωμα SGM στο οποίο είχαν προστεθεί διαφορετικές συγκεντρώσεις των ανωτέρω αιθερίων ελαίων. Η αντιμυκητιακή τους δράση επηρεάστηκε από τις διαφορετικές απομονώσεις του μύκητα A. carbonarius καθώς και τα διαφορετικά υποστρώματα (ΜΕΑ, CYA, SGM). Η ανασταλτική δράση των διαφορετικών αιθερίων ελαίων ήταν ανάλογη της συγκέντωσης που χρησιμοποιήθηκε σε κάθε περίπτωση. Στις περισσότερες περιπτώσεις, η γονιδιακή έκφραση παρουσίασε παρόμοια τάση με την παραγωγή τοξίνης μεταξύ των μεταχειρήσεων (παρουσία αιθερίου ελαίου) και του μάρτυρα, γεγονός που μπορεί να υποδεικνύει πιθανή συσχέτιση μεταξύ των επιπέδων μεταγραφής των γονιδίων και της αντι-ωχρατοξινογόνου δράσης. Τα αποτελέσματα υποδηλώνουν την πιθανή επίδραση των συγκεκριμένων αιθερίων ελαίων στην έκφραση των υπό μελέτη γονιδίων και επομένως στην παραγωγή ΩΤΑ. Τέλος, μελετήθηκαν οι επιπτώσεις στην ανάπτυξη του μύκητα Α. carbonarius και στην παραγωγή ΩΤΑ κατά την in vitro συγκαλλιέργεια του μύκητα με διαφορετικά στελέχη του οξυγαλακτικού βακτηρίου Lactobacillus plantarum (Κεφάλαιο 6). Τα αποτελέσματα έδειξαν σημαντική μείωση της ανάπτυξης του μύκητα και της παραγωγής ΩΤΑ σε όλες τις περιπτώσεις συγκαλλιέργειας με τα οξυγαλακτικά βακτήρια. Διερευνήθηκε επίσης in situ η ικανότητα προσκόλλησης των βακτηριακών κυττάρων στην επιφάνεια των σταφυλιών και η επίδρασή τους στην αναστολή της παραγωγής ΩΤΑ με θετικά αποτελέσματα. Τέλος, η μελέτη της γονιδιακής έκφρασης έδειξε μικτές αποκρίσεις για όλα τα εξεταζόμενα γονίδια γεγονός που τονίζει την επίδραση της παραλλακτικότητας του στελέχους, όσον αφορά στις διαφορετικές απομομώσεις του μύκητα A. carbonarius αλλά και τα διαφορετικά στελέχη του βακτηρίου L. plantarum που χρησιμοποιήθηκαν

Female-specific gene expression in Schistosoma mansoni is regulated by pairing

Parasitology ◽  
1997 ◽  
Vol 115 (6) ◽  
pp. 635-640 ◽  
Author(s):  
C. G. GREVELDING ◽  
G. SOMMER ◽  
W. KUNZ
Keyword(s):  
Gene Expression ◽  
Schistosoma Mansoni ◽  
Rna Synthesis ◽  
De Novo ◽  
Transcript Level ◽  
Specific Gene ◽  
Expression Studies ◽  
Gene Expression Studies ◽  
Female Specific

Gene expression studies in adult females of Schistosoma mansoni cultured in vitro revealed that the transcription of female-specifically expressed genes is influenced by pairing. In contrast, the activity of genes that are expressed in both genders was not affected by contact with the male. The transcription of genes was monitored in paired, separated and remated females. The transcript level of female-specifically expressed genes decreases within a few days following separation from males. Remating of uncoupled females with males leads to the reinitiation of transcription. These results provide strong evidence for the influence of the male on gene transcription in the female and contribute a molecular basis for the classical histological observation that the maturation of females is male dependent. The data also show that the culture system is suitable to monitor gene expression and, furthermore, they indicate de novo RNA synthesis in vitro.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document