Ekosistem lamun merupakan salah satu ekosistem penting di laut, disamping terumbu karang dan mangrove sebagai pendukung kehidupan biota. Ekosistem lamun memiliki fungsi ekologi diantaranya adalah sebagai habitat, tempat pemijahan, pengasuhan, pembesaran, dan mencari makanan dari berbagai biota. Berkembangnya kegiatan manusia di wilayah pesisir khususnya di perairan Teluk Ambon seperti kegiatan pariwisata, pemukiman, dan aktivitas lainnya memungkinkan adanya pengaruh terhadap ekosistem lamun, sehingga diduga mengalami perubahan fisik, kelimpahan, maupun sebarannya. Tujuan dari penelitian ini untuk mengetahui keanekaragaman jenis dan persentase tutupan, serta kualitas air di ekosistem lamun Teluk Ambon. Penelitian ini dilakukan pada bulan September 2019 di Teluk Ambon dengan 7 (tujuh) stasiun yaitu Tanjung Tiram, Halong, Galala, Lateri, Passo, Waiheru, dan Tawiri. Data diperoleh menggunakan teknik transek dengan mengadopsi protocol dari UNESCO pada ekositem lamun yang kontinu atau koleksi bebas pada vegetasi lamun yang sepenggal-sepenggal. Parameter kualitas air yang diukur meliputi parameter fisika (suhu dan salinitas) dan parameter kimia (pH, DO, nitrat, silikat dan fosfat. Suhu, salinitas, pH, dan Do diukur secara in situ dengan menggunakan Water Quality Checker (WQC) WTW 3430 Set F. Sampel air dibawa ke laboratorium kimia Pusat Penelitian Laut Dalam LIPI Ambon untuk analisa nitrat, silikat dan fosfat dengan menggunakan metode spektrofotometri. Hasil yang diperoleh terdapat enam jenis lamun yang ditemukan di Teluk Ambon yaitu Enhalus acoroides, Thalassia hemprichii, Halophila ovalis, Halophina minor, Cymonocea rotundata, dan Halodule pinifolia. Persentase tutupan lamun pada setiap stasiun Galala : E. acroides (34,41%), T. hemprichii (28,37%), H. ovalis (1,40 %) dan H. pinifolia (35.81%); Halong : E. acroides (29,42%), T. hemprichii (7,95%), H. ovalis (1,77 %), C. rotundata (10.58%) dan H. pinifolia (35.81%); Tj. Tiram : E. acroides (41.51%), T. hemprichii (52,72%), H. ovalis (0,61 %) dan H. pinifolia (5.16%); Lateri : E. acroides (76.25%) dan T. hemprichii (52,72%); Passo : H. minor (100%); Waiheru : E. acroides (100%); Tawiri H. ovalis (46,45%) dan H. pinifolia (53.55%). Suhu perairan lebih rendah dari suhu optimum. Salinitas perairan dan DO masih dalam bakumutu yang diperolehkan. Berdasarkan nilai pH maka perairan Teluk Ambon tergolong perairan tidak produktif. Kadar fosfat dan nitrat lebih tinggi dari bakumutu berdasarkan KMNLH 2004.