scholarly journals Simultaneous Detection of Ascaris lumbricoides, Trichuris trichiura and Strongyloides stercoralis using Modified Stool DNA Extraction Method

2020 ◽  
Vol 16 (1) ◽  
pp. 1-8
Author(s):  
Mehru Nisha ◽  
Pang Jyh Chyang ◽  
Jannah Arifin ◽  
Nurhannan Nadia ◽  
Amirul Fayyad ◽  
...  
Keyword(s):  
Dna Extraction ◽  
Ascaris Lumbricoides ◽  
Extraction Method ◽  
Simultaneous Detection ◽  
Strongyloides Stercoralis ◽  
Trichuris Trichiura ◽  
Dna Extraction Method ◽  
Stool Dna

Sensitivity detection of Abacavir in human through SNP detection of HLA-B*5701 allele

2016 ◽  
Vol 5 (08) ◽  
pp. 4754
Author(s):  
Tanushree Mitra* ◽  
Shivshankar Kumdale ◽  
Sameer Chowdhary ◽  
Amol D. Raut
Keyword(s):  
Blood Sample ◽  
Dna Extraction ◽  
Genomic Dna ◽  
Extraction Method ◽  
Snp Detection ◽  
Dna Extraction Method ◽  
Sensitivity Detection

The main objective of this study was to make sure whether randomly taken 12 samples were sensitive to abacavir. The genomic DNA from 12 blood sample were extracted by phenol chloroform DNA extraction method, extracted genomic DNA were amplified and sequenced, thereafter SNPs were detected. Every sample had shown the presence of normal base at SNP position. This study indicated, those randomly taken 12 patients were sensitive to abacavir, so they can consume abacavir if they get infected with HIV.

A high-throughput plant DNA extraction method for marker analysis

2003 ◽  
Vol 21 (1) ◽  
pp. 95-95 ◽  
Author(s):  
Angelo Karakousis ◽  
Peter Langridge
Keyword(s):  
Dna Extraction ◽  
High Throughput ◽  
Extraction Method ◽  
Plant Dna ◽  
Dna Extraction Method ◽  
Marker Analysis

Development of a rapid DNA extraction method and one-step nested PCR for the detection of Naegleria fowleri from the environment

2011 ◽  
Vol 45 (16) ◽  
pp. 5211-5217 ◽  
Author(s):  
Arine Fadzlun Ahmad ◽  
James Lonnen ◽  
Peter W. Andrew ◽  
Simon Kilvington
Keyword(s):  
Dna Extraction ◽  
Nested Pcr ◽  
Extraction Method ◽  
Naegleria Fowleri ◽  
Dna Extraction Method ◽  
One Step ◽  
Nægleria Fowleri

scholarly journals Choice of bacterial DNA extraction method from fecal material influences community structure as evaluated by metagenomic analysis

Microbiome ◽  
2014 ◽  
Vol 2 (1) ◽  
pp. 19 ◽  
Author(s):  
Agata Wesolowska-Andersen ◽  
Martin Bahl ◽  
Vera Carvalho ◽  
Karsten Kristiansen ◽  
Thomas Sicheritz-Pontén ◽  
...  
Keyword(s):  
Community Structure ◽  
Dna Extraction ◽  
Extraction Method ◽  
Metagenomic Analysis ◽  
Fecal Material ◽  
Bacterial Dna ◽  
Dna Extraction Method ◽  
Bacterial Dna Extraction

scholarly journals Evaluating the Impact of DNA Extraction Method on the Representation of Human Oral Bacterial and Fungal Communities

PLoS ONE ◽  
2017 ◽  
Vol 12 (1) ◽  
pp. e0169877 ◽  
Author(s):  
Anna Vesty ◽  
Kristi Biswas ◽  
Michael W. Taylor ◽  
Kim Gear ◽  
Richard G. Douglas
Keyword(s):  
Dna Extraction ◽  
Extraction Method ◽  
Fungal Communities ◽  
Dna Extraction Method ◽  
The Impact

scholarly journals Um estudo sôbre a eosinofilia nas helmintoses

1968 ◽  
Vol 2 (4) ◽  
pp. 169-214 ◽  
Author(s):  
Ruy Gomes de Moraes
Keyword(s):  
Schistosoma Mansoni ◽  
Ascaris Lumbricoides ◽  
Rio De Janeiro ◽  
Taenia Solium ◽  
Strongyloides Stercoralis ◽  
Trichuris Trichiura ◽  
Enterobius Vermicularis ◽  
Hymenolepis Nana ◽  
Necator Americanus ◽  
Ancylostoma Duodenale

1 - Foram examinadas as fezes de 2.666 indivíduos, operários e funcionários de duas Emprésas industriais, situadas, uma na cidade do Rio de Janeiro e outra no Estado do Rio (Brasil); 2 - Dos 2.666 indivíduos, 1941 (72.80%) estavam parasitados por um ou mais helmintos e 725 (27,20%) tinham seus exames de fezes negativos; 3 - De cada um dos 2.666 indivíduos foi feito um hemograma completo, tendo sido aproveitada a taxa de eosinófilos que, em associação com os exames de fezes, constituiu o objeto principal dêste trabalho. 4 - Na Tabela A observa-se o número de vêzes em que cada um dos vermes foi observado e seus respectivos percentuais. Embora não seja um trabalho de epidemiologia, verifica-se que 46,81% são infestados pelo Trichuris trichiura; 23,85% pelo Strongyloides stercoralis; 22,46% pelo Necator americanus e/ou Ancylostoma duodenale; 20,51% pelo Ascaris lumbricóides; 1,65% pelo Schistosoma mansoni; 0.67% pelo Enterobius vermicularis; 0,26% por Taenia solium ou T. saginata e 0,11% por Hymenolepis nana; 5 - Os exames de fezes foram feitos pelos métodos de Faust (ou de Ritchie), de Willis, de Baermann e de sedimentação; 6 - A eosinofilia anotada foi a relativa ou em seu percentual, sendo considerada hipereosinofilia uma taxa de eosinófilos igual ou superior a 5% (Eo > 5%); 7 - Foram abordados de modo conciso os fatores que provocam oscilações na eosinofilia normal tais como a idade, a raça, as horas do nictêmero, os fatores físicos, o sexo, os fatores químicos e outros; 8 - Tratou-se de modo mais extenso das diferenças entre as hipereosinofilias parasitárias e não parasitárias, tendo sido focalizada a dinâmica da eosinofilia traduzida na curva de Lavier. 9 - A distribuição dos 2.666 casos foi feita pelos diferentes graus de eosinofilia, tendo sido levantados gráficos e traçadas curvas sôbre a distribuição de cada helminto e de suas associações. 10 - Por ser necessário à explanação do assunto, foi criado o "índice eosinofilico", o qual corresponde à relação entre o número de casos de um determinado grupo com Eo > 5% e Eo < 5%. Para o total de casos positivos, ao "índice eosinofílico" denominamos "índice eosinofílico médio" em para o total dos negativos "índice eosinofílico residual"; 11 - Estabelecendo-se o "índice eosinofílico", pode-se ajuizar a capacidade eosinofilogênica de cada helminto isoladamente, bem como a de suas associações; 12 - Atenção especial foi dada aos problemas da existência da hipereosinofilia nos casos com exames coprológicos negativos para helmintos, tendo-se passado em revista vários dos aspectos biológicos que o assunto comporta; 13 - Outra questão de grande importância clínica explanada neste trabalho é a do encontro de casos de parasitismo por vermes, sem hipereosinofilia. O autor, baseado em seus dados e em outros colhidos na literatura sôbre o assunto, discute a fisiopatologia da eosinopoiese nas helmintoses e ojerece uma interpretação para êste fato ainda não defintivamente esclarecido.

scholarly journals Optimized Protocol for Cyanobacterial 16S rRNA Analysis in Danube Delta Lakes

2021 ◽  
Author(s):  
Maria Iasmina Moza ◽  
Carmen Postolache
Keyword(s):  
16S Rrna ◽  
Dna Extraction ◽  
Phytoplankton Biomass ◽  
Extraction Method ◽  
Seasonal Difference ◽  
Danube Delta ◽  
16S Rrna Analysis ◽  
Dna Extraction Method ◽  
Optimized Protocol ◽  
Cyanobacterial Biomass

AbstractMolecular biology protocols have been more and more accessible to researchers for ecological investigations, however, these protocols always require optimization steps for the analysis of specific types of samples. The purpose of this study was to optimize a molecular protocol for the analysis of cyanobacterial 16S rRNA in Danube Delta shallows lakes. In this regard, several commercial DNA extraction kits were tested in comparison with potassium ethyl xanthogenate extraction method on different matrices. The obtained DNA was further used for 16S rRNA PCR optimization. Finally, an optimized protocol is proposed for the molecular analysis of cyanobacteria group in freshwater samples. The best DNA extraction method was the potassium xanthogenate extraction from dried cyanobacterial biomass. A dynamic in total genomic eDNA was observed, reflecting the seasonal difference in phytoplankton biomass from the studied lakes. The PCR protocol optimized by us can be successfully applied for the identification of a broad range of cyanobacterial genetic markers.

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