La gran actividad metabólica que caracteriza la microbiota permite mantener una relación de simbiosis con el ser humano, impactando de forma positiva en el desarrollo vital de ambos. Algunos alimentos aportan a la microbiota, entre estos se encuentran los fermentados, verduras, frutas y algas. La biota de diferentes algas ha sido tipificada, sin embargo no se habían realizado estudios del alga roja más consumida en Perú, Chondracanthus chamissoi (Yuyo). En este estudio se tipificó la microbiota de C. chamissoi Ancón y Paracas, las cuales fueron extraídas del mar, compradas del mercado del lugar, además se muestreó agua de mar de Ancón (Lima) y Paracas (Ica) mediante secuenciación de nueva generación (NGS, por sus siglas en inglés) del gen 16S rRNA. Como resultado se obtuvo un total de 153 323 secuencias, las cuales fueron asignadas taxonómicamente en 19 filos, 41 clases, 90 órdenes, 193 familias, 484 géneros y 716 especies mediante la plataforma Base Space de Illumina. El filo más encontrado fue Proteobacterias seguido por Bacteroidetes y Cyanobacterias. Se encontraron 24 especies en común entre las muestras de alga. Además, se encontró un número elevado de especies presentes solo en muestras extraídas de los mercados correspondientes, indicando posible contaminación cruzada. Entre el 55,27%-58,87% de especies bacterianas encontradas resultaron no estar clasificadas. El análisis semi-cuantitativo permitió a su vez asignar la representación relativa de cada bacteria en las algas de Ancón y Paracas. Muchas especies que se encontraron en una abundancia significativa han sido previamente estudiadas, muchas de ellas implicadas en la industria alimentaria y/o salud de humanos y animales. Este es el caso de Psycrobacter namhaensis; empleada como probiótico para la tilapia del Nilo de manera exitosa. Lewinella marina es capaz de utilizar la celulosa como fuente de energía y así degradarla pudiendo ser útil en la industria cervecera. Pseudoalteromonas rubra posee poder probiótico al mejorar el cultivo de las larvas del pez dorado Seriola lalandi y además Loktanella sp. posee ácidos grasos omega 6, 7, 10. En conjunto, el presente estudio describe de manera exhaustiva la riqueza microbiana asociada al yuyo, importante componente de la gastronomía peruana.