Genetic Diversity of Pyricularia oryzae, the Causal Agent of Rice Blast Disease, Based on Repetitive Element–Based Polymerase Chain Reaction

Author(s):  
Danar Wicaksono ◽  
Arif Wibowo ◽  
Ani Widiastuti
Bragantia ◽  
1985 ◽  
Vol 44 (1) ◽  
pp. 311-329
Author(s):  
Jaciro Soave ◽  
Luiz Ernesto Azzini ◽  
Octávio Bento de Almeida Camargo ◽  
Armando Pettinelli Júnior ◽  
Mauro Sakai

Este trabalho apresenta os resultados das pesquisas realizadas para a avaliação da resistência à brusone (Pyricularia oryzae Cav.) dos principais materiais de sequeiro e irrigado do programa de melhoramento genético do Instituto Agronômico do Estado de São Paulo, e de genótipos exóticos, introduzidos de diversos países, visando à obtenção de cultivares de arroz resistentes àquela limitante doença fúngica. Os testes foram realizados em condições de campo, em canteiros padronizados para reação uniforme a P. oryzae, e a avaliação das plantas foi feita através da observação dos sintomas visuais deixados pela doença, aos quais foram atribuídas notas de 1 a 7, conforme a escala de notas adotadas no "Symposium on the rice blast disease", em 1963. Sessenta e três germoplasmas de arroz de sequeiro e trinta de cultivo irrigado foram testados quanto à resistência à brusone na folha, nas seguintes localidades paulistas: Itararé, Mococa, Pariquera-Açu, Pindamonhangaba, Pindorama e Ribeirão Preto. Foram ainda avaliados 102 genótipos exóticos de arroz visando à detecção de fontes de resistência à brusone nas mesmas localidades, além de Campinas. Somente cinco cultivares de sequeiro, GS-73-164, GS-73-165, GS-73-94, IAC-25 e GS-73-17, e dois cultivares de arroz irrigado, IAC-120 e Pinda F-3-7, embora suscetíveis, apresentaram comportamento satisfatório quanto à brusone. Dos genótipos exóticos testados, vinte e sete foram indicados como fontes de resistência à brusone no Estado de São Paulo.


2018 ◽  
Vol 24 (4) ◽  
pp. 341-350 ◽  
Author(s):  
Jasmine Kaur ◽  
Anshul Sharma ◽  
Sulhee Lee ◽  
Young-Seo Park

Lactobacillus brevis is a part of a large family of lactic acid bacteria that are present in cheese, sauerkraut, sourdough, silage, cow manure, feces, and the intestinal tract of humans and rats. It finds its use in food fermentation, and so is considered a “generally regarded as safe” organism. L. brevis strains are extensively used as probiotics and hence, there is a need for identifying and characterizing these strains. For identification and discrimination of the bacterial species at the subspecific level, repetitive element-polymerase chain reaction method is a reliable genomic fingerprinting tool. The objective of the present study was to characterize 13 strains of L. brevis isolated from various fermented foods using repetitive element-polymerase chain reaction. Repetitive element-polymerase chain reaction was performed using three primer sets, REP, Enterobacterial Repetitive Intergenic Consensus (ERIC), and (GTG)5, which produced different fingerprinting patterns that enable us to distinguish between the closely related strains. Fingerprinting patterns generated band range in between 150 and 5000 bp with REP, 200–7500 bp with ERIC, and 250–2000 bp with (GTG)5 primers, respectively. The Jaccard’s dissimilarity matrices were used to obtain dendrograms by the unweighted neighbor-joining method using genetic dissimilarities based on repetitive element-polymerase chain reaction fingerprinting data. Repetitive element-polymerase chain reaction proved to be a rapid and easy method that can produce reliable results in L. brevis species.


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