Eine genetische Prädisposition, Ernährungs- und Umweltfaktoren, intestinale Keime, psychischer Stress und eine Störung der Permeabilität des Dünndarms sind schon lange als wichtige Faktoren bei der Pathogenese chronisch entzündlicher Darmerkrankungen bekannt. Als gemeinsame Endstrecke wurde eine Störung des Immunsystems mit überschiessender entzündlicher Reaktion durch T-Zellen und proinflammatorische Zytokine erkannt. Die Entdeckung von Mutationen des NOD2-Gens bei einem Teil der Patienten mit M. Crohn hat die Forschung nach den molekularen Ursachen chronisch entzündlicher Darmerkrankungen entscheidend vorangebracht. NOD2 fungiert als intrazellulärer Sensor für Bruchstücke der bakteriellen Zellmembran und ist ein wichtiger Bestandteil des angeborenen Immunsystems. Es hat eine Funktion bei der Induktion proinflammatorischer Reaktionen. Ein weiterer Pathomechanismus, den man kürzlich gefunden hat, weist darauf hin, dass zumindest bei einem Teil der Patienten mit M. Crohn eine Störung der Bildung von Defensinen, körpereigenen antimikrobiellen Peptiden, vorliegt. Ob beide Mechanismen letztlich zu vereinheitlichen sind, bleibt abzuwarten. Wahrscheinlich gibt es noch eine ganze Reihe weiterer genetisch determinierter Störungen des Immunsystems (z.B. Polymorphismen im Bereich der Toll-like-Rezeptoren), die letztlich alle zu gleichen oder ähnlichen Störungen der Abwehr luminaler Bakterien, einer Durchbrechung der intestinalen Barrierefunktion und zur klinischen Manifestation als M. Crohn oder Colitis ulcerosa führen. Die molekularen Mechanismen bei der Colitis ulcerosa sind allerdings zurzeit noch weniger gut erforscht als beim M. Crohn.