scholarly journals Identification of an Emergent Pathogen, Bartonella vinsonii, Using Next-Generation Sequencing in a Patient With Culture-Negative Endocarditis

2020 ◽  
Author(s):  
Rachel D Downey ◽  
Susan M Russo ◽  
Sarmistha B Hauger ◽  
Donald K Murphey ◽  
Grace Marx ◽  
...  
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Immunohistochemical Staining ◽  
Next Generation ◽  
Chain Reaction ◽  
Valve Tissue ◽  
Free Dna ◽  
Emergent Pathogen ◽  
Polymerase Chain ◽  
Culture Negative ◽  
Generation Sequencing

Abstract Diagnosis and treatment of culture negative endocarditis remains a challenge. This report describes a rare cause of endocarditis in humans, Bartonella vinsonii, identified through next generation sequencing of plasma microbial cell-free DNA with confirmation of cardiac valve tissue infection through immunohistochemical staining and polymerase chain reaction.

Next-generation sequencing ofHLA-Gbased on long-range polymerase chain reaction

HLA ◽  
2018 ◽  
Vol 92 (3) ◽  
pp. 144-153 ◽  
Author(s):  
L. L. Nilsson ◽  
T. Funck ◽  
N. D. Kjersgaard ◽  
T. V. F. Hviid
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Next Generation Sequencing ◽  
Long Range ◽  
Next Generation ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain ◽  
Generation Sequencing

scholarly journals Diagnosis and Genotyping of Coxiella burnetii Endocarditis in a Patient with Prosthetic Pulmonary Valve Replacement Using Next-Generation Sequencing of Plasma Microbial Cell-Free DNA

2019 ◽  
Vol 6 (6) ◽  
Author(s):  
Maiko Kondo ◽  
Sudeb C Dalai ◽  
Shivkumar Venkatasubrahmanyam ◽  
Nell Eisenberg ◽  
Brian D Robinson ◽  
...  
Keyword(s):  
Next Generation Sequencing ◽  
Valve Replacement ◽  
Coxiella Burnetii ◽  
Pulmonary Valve ◽  
Microbial Cell ◽  
Next Generation ◽  
Cell Free Dna ◽  
Free Dna ◽  
Culture Negative ◽  
Generation Sequencing

Abstract Determining the causative etiology of culture-negative endocarditis can be challenging. We performed next-generation sequencing of plasma microbial cell-free DNA to facilitate rapid diagnosis and genotyping of Coxiella burnetii in a patient with culture-negative endocarditis of a prosthetic pulmonary valve, enabling early targeted treatment prior to valve replacement surgery.

Diagnostik der Sepsis – Teil 2: Erregeridentifikation

2019 ◽  
Vol 54 (01) ◽  
pp. 38-48 ◽  
Author(s):  
Daniel Richter ◽  
Alexandra Heininger ◽  
Karsten Schmidt ◽  
Thomas Schmoch ◽  
Michael Bernhard ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Next Generation Sequencing ◽  
Next Generation ◽  
Chain Reaction ◽  
Antimikrobielle Therapie ◽  
Polymerase Chain ◽  
Next Generation Sequencing Ngs ◽  
Generation Sequencing ◽  
Kritisch Kranker

ZusammenfassungIm Rahmen der Sepsis und des septischen Schocks spielen, trotz der zunehmenden Verbreitung von neuen molekularbiologischen Verfahren, der kulturelle Erregernachweis und die Resistenztestung weiterhin die entscheidende Rolle in der antimikrobiellen Therapie auf der Intensivstation. Hierbei kann der Erregernachweis für die antimikrobielle Therapie einerseits direkt aus dem Patientenblut, andererseits aber auch aus diversen anderen Probenmaterialien (respiratorische Sekrete, Punktat, intraoperative Abstriche etc.) geführt werden. Ein Nachteil konventioneller kultureller Verfahren im Kontext kritisch kranker Patienten ist die zeitliche Latenz bis zum Erregernachweis bzw. zum Ergebnis der Resistenztestung. Molekularbiologische Verfahren wie Techniken der Erregerdiagnostik und Resistenztestung, die auf Polymerase Chain Reaction (PCR) oder vor allem Next-Generation Sequencing (NGS) basieren, versprechen hier zwar kürzere Umlaufzeiten, sind aber aktuell noch kein klinischer Standard. Trotzdem besitzen diese Verfahren das Potenzial, einen Paradigmenwechsel in der Erregerdiagnostik herbeizuführen.

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