scholarly journals Initial characteristics of koi herpesvirus and development of a polymerase chain reaction assay to detect the virus in koi, Cyprinus carpio koi

2002 ◽  
Vol 48 ◽  
pp. 101-108 ◽  
Author(s):  
O Gilad ◽  
S Yun ◽  
KB Andree ◽  
MA Adkison ◽  
A Zlotkin ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Cyprinus Carpio ◽  
Polymerase Chain Reaction Assay ◽  
Chain Reaction ◽  
Koi Herpesvirus ◽  
Polymerase Chain ◽  
Cyprinus Carpio Koi

scholarly journals DETERMINASI MOLEKULER KOI HERPES VIRUS (KHV) YANG DIISOLASI DARI IKAN KOI (Cyprinus carpio koi)

2012 ◽  
Vol 8 (2) ◽  
pp. 64
Author(s):  
Jetti Treslah Saselah ◽  
Reiny A Tumbol ◽  
Henky Manoppo
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Cyprinus Carpio ◽  
Herpes Virus ◽  
Clinical Symptoms ◽  
The Body ◽  
Chain Reaction ◽  
Fish Samples ◽  
Polymerase Chain ◽  
Herpès Virus ◽  
Cyprinus Carpio Koi

Penelitian ini bertujuan untuk mendeterminasi keberadaan Koi Herpes Virus (KHV) pada ikan koi (Cyprinus carpio koi). Sampel ikan diambil dari Kabupaten Kepulauan Sangihe. Penelitian di lakukan di Laboratorium Biologi Fakultas Matematika dan Ilmu Pengetahuan Alam Universitas Sam Ratulangi dengan menggunakan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Hasil pemeriksaan PCR terhadap sampel ikan koi mengindikasikan bahwa sampel ikan koi telah terinfeksi oleh virus KHV, yang ditandai dengan munculnya pita DNA pada hasil visualisasi elektroforesis agarosa. Hasil pemeriksaan pada morfologi ternyata sampel ikan yang digunakan menunjukkan gejala-gejala klinis terserang KHV seperti mata pucat, insang berwarna pucat serta produksi lendir yang berlebihan. Beberapa sampel lainnya walaupun secara morfologi belum menunjukan gejala-gejala klinis tetapi melalui pemeriksaan PCR telah terindikasikan terinfeksi KHV. Kata kunci: KHV, PCR, ikan koi   The purpose of this study was to determine the presence of Koi Herpes Virus (KHV) in Koi (Cyprinus carpio koi). Fish samples were taken from the Sangihe Archipelago Regency. Laboratory work conducted at the Laboratory of Biology Faculty of Mathematics and Natural Sciences University of Sam Ratulangi using Polymerase Chain Reaction (PCR) method. The samples indicated that the koi fish samples were infected with KHV. It is shown by the appearance of DNA bands on agarose electrophore­sis visualization. The morphological examination of the body indicated clinical symptoms of KHV infection, such as pale eyes, pale gills and excessive mucus production. Several other samples, although without clinical symptoms, have shown to be infected as indicated by PCR test. Keywords: KHV, PCR, Koi.

scholarly journals APLIKASI KUANTIFIKASI KOI HERPESVIRUS : REAL TIME – QUANTITATIVE POLYMERASE CHAIN REACTION (RT-Q PCR) MENGGUNAKAN SYBR GREEN PADA IKAN MAS (Cyprinus carpio)

2017 ◽  
Vol 12 (1) ◽  
pp. 45
Author(s):  
Isti Koesharyani ◽  
Lila Gardenia ◽  
Tatik Mufidah ◽  
Ayi Santka
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Viral Load ◽  
Real Time ◽  
Cyprinus Carpio ◽  
Quantitative Polymerase Chain Reaction ◽  
Sybr Green ◽  
Chain Reaction ◽  
Koi Herpesvirus ◽  
Ct Value ◽  
Polymerase Chain

Koi Herpes Virus (KHV) di Indonesia sejak tahun 2002 merupakan penyakit mematikan yang menyerang ikan koi Cyprinus carpio koi dan ikan mas Cyprinus carpio carpio, dan sampai saat ini, infeksi KHV dilaporkan sudah menyebar hampir di seluruh dunia. Untuk mengetahui adanya infeksi KHV perlu cara diagnosa yang sangat akurat/sensitif, sehingga keberadaan KHV dapat diketahui secara pasti dengan tingkat sensitivitas yang lebih baik pada ikan budidaya. Tujuan dari penelitian ini adalah untuk mengaplikasikan teknik deteksi dengan real time quantitative polymerase chain reaction (RT- qPCR/qPCR) guna mengetahui adanya infeksi KHV secara kuantitatif pada ikan mas dengan mengetahui kandungan virus (viral load). Sebanyak masing-masing 3 ekor sampel diperoleh dari sentra budidaya ikan mas di Cirata-Jawa Barat, Maninjau-Sumatera Barat, dan Banjarmasin-Kalimantan Selatan. Sampel-sampel tersebut selanjutnya dianalisa keberadaan KHV-nya dengan RT-qPCR menggunakan SYBR Green. Hasil pengujian menunjukkan bahwa jumlah tertinggi (viral load) diperoleh dari ikan mas asal Cirata-3 dengan nilai Threshold Cycle (Ct.) 18,24 atau setara dengan 3,4 x 107 kopi, dan terendah dari ikan mas asal Banjarmasin-3 dengan nilai Ct. 33,39 atau 1,8 x 102 kopi. Dua standar yang digunakan dalam pengujian ini berupa plasmid dengan jumlah kopi 2 x 104 (Ct 27,24) dan 2 x 103 (Ct 30,24) dan kontrol atau Non Template Control (NTC) adalah 3,1 x 10 atau dengan nilai Ct 35,65. Uji aplikasi deteksi KHV dengan metode RT-qPCR ini memberikan hasil yang lebih sensitif, di mana sampel yang tidak terdeteksi dengan metode PCR konvensional dapat dideteksi dan dihitung jumlah kopi DNA (DNA copy). Since 2002, Koi herpesvirus (KHV) in Indonesian has been a malignant diseases, now recognized as a worldwide cause of mortality among populations of koi Cyprinus carpio koi and common carp Cyprinus carpio carpio. To determine the presence of infection is required the KHV diagnosis method with highly accurate and sensitive, so that the existence KHV can be known exactly with high sensitivity level in fish farming.The objective of this study was to develop and evaluate the infection by Real Time Quantitative Polymerase Chain Reaction (RT- qPCR/qPCR). Sample were taken from Carp culture in West Java, West Sumatra, and South Kalimantan. The assay was done by SYBR Green RT-qPCR. The analysis result of KHV in carp revealed that the carp from Cirata-3 had the highest viral load with Ct. value 18.24 equal with 3.4 x 107 copies, and the lowest one was the carp from Banjarmasin-3 at Ct. value 33.39 (1.8 x 102 copies), while two standards plasmid and Non Template Control (NTC) had Ct value of 27.24 (2 x 104copies),30.24 (2 x 103copies), and 35.65 (3.1 x 10 copies), respectively. Application KHV test by q-PCR has more advantages and sensitive than that of conventional PCR, and it can be used to detect and calculate the copy number of DNA.

scholarly journals Identifikasi KHV dengan Uji Immunofluorescence dan Immunocytochemistry Berdasarkan Uji Polymerase Chain Reaction Positif KHV pada Ikan Koi (Cyprinus carpio)

2016 ◽  
Vol 18 (3) ◽  
pp. 267
Author(s):  
Oktarina Surfianti
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Cyprinus Carpio ◽  
Herpes Virus ◽  
Chain Reaction ◽  
Koi Herpesvirus ◽  
Polymerase Chain ◽  
Herpès Virus

AbstrakKoi Herpesvirus (KHV) menyebabkan penyakit parah dan kematian di segala usia ikan mas dan ikan koi (Cyprinus carpio) dan menyebar dengan cepat di seluruh dunia sebagai penyebab mortalitas yang sangat tinggi dengan perkiraan (80-95%) untuk ikan koi dan ikan mas. Identifikasi KHV ini sudah dilakukan dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR). Tetapi, metode tersebut tidak cocok untuk pekerjaan lapangan karena belum efisien dalam hal waktu dan peralatan.  Perlu ada pemeriksaan berbasis imunologis sebagai identifikasi awal (pemeriksaan dini) yang  belum banyak dilakukan dan perlu dikembangkan terutama untuk pemeriksaan KHV yaitu metode Immunofluorescence sebagai pemeriksaan imunologis untuk identifikasi adanya antigen atau dengan menggunakan pewarnaan fluorescent dan immunocytochemistry menggunakan metode imuno histo (sito) kimia ensim yang bersifat spesifik dengan pewarnaan oleh zat chromogen guna mengidentifikasi antigen dalam suspensi organ insang dan darah. Tujuan dari penelitian ini adalah agar mampu mengidentifikasi  KHV (Koi Herpes Virus) yang menginfeksi ikan koi (Cyprinus carpio L) menggunakan metode aplikasi Immunofluorescence serta Immunocytochemistry berdasarkan pemeriksaan menggunakan uji PCR dengan hasil positif KHV.Hasil dari kedua metode diperoleh positif untuk beberapa sampel berdasarkan positif PCR, ditandai dengan adanya pendaran oleh zat fluorescein berwarna hijau pada antigen KHV dengan pemeriksaan metode Imunofluorescence dan adanya ekspresi zat chromogen pada antigen berwarna coklat kemerahan pada antigen KHV dengan pemeriksaan Imunocytochemistry. Sehingga dapat disimpulkan bahwa kedua metode tersebut mampu mengidentifikasi KHV dan dapat digunakan sebagai uji pemeriksaan dini KHV berbasis imunologis.  Kata kunci: Koi Herpesvirus, Ikan koi (Cyprinus carpio), Imunofluorescence, Immunocytochemistry

scholarly journals AB0691 ANALYSIS OF SARS-COV-2 ANTIBODIES IN NON-COVID-19 PATIENTS: COMPARISON BETWEEN SYSTEMIC SCLEROSIS PATIENTS AND HEALTHY CONTROLS

2021 ◽  
Vol 80 (Suppl 1) ◽  
pp. 1379.1-1379
Author(s):  
L. Giardullo ◽  
C. Rotondo ◽  
A. Corrado ◽  
N. Maruotti ◽  
R. Colia ◽  
...  
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Systemic Sclerosis ◽  
Autoimmune Disease ◽  
Reverse Transcriptase ◽  
Real Time ◽  
Polymerase Chain Reaction Assay ◽  
Nuclear Antigen ◽  
Healthy Controls ◽  
Chain Reaction ◽  
Polymerase Chain

Background:Previous study evidenced a cross-reactivity between Sars-Cov-2 antibodies and autoimmune tissue antigen involved in connective tissue diseases, as nuclear antigen (NA), extractable nuclear antigen (ENA), histone and collagen (1). No study has been published about the titer of Sars-Cov-2 antibodies in non-infected patients with autoimmune disease.Objectives:To evaluate the titer of SARS-CoV-2 antibodies in non-COVID-19 patients and compare it between systemic sclerosis (SSc) patients and healthy controls (HC).Methods:A total of 58 patients with SSc (who fulfilled ACR/EULAR 2013 SSc classification criteria) and 18 HC were enrolled. Sera of all participants were collected, and SARS-CoV-2 antibodies (IgG and IgM) were evaluated by means ELISA. In all participants swabs for SARS-CoV-2 by real-time reverse-transcriptase-polymerase-chain-reaction assay were reported negative. Demographic, clinical, and autoimmune serological characteristics of SSc patients were recorded. The normal distribution was assessed using the Shapiro–Wilk’s test. Exclusion criteria was previous or actual Sars-Cov-2 infection. Comparisons between study groups of patients were evaluated by the Student’s t-test or Mann – Whitney U-test as appropriate. The differences between categorial variables were assessed by Pearson chi-square or Fisher’s exact test, as opportune. Statistical significance was set at p ≤ 0.05.Results:We observed significant differences between SSc patients and HC in serum levels of Sars-Cov-2 antibodies (IgG: 1,4±2,1 AU/ml vs 0,36±0,19 AU/ml respectively (p=0,001); and IgM: 2,5±3,1 AU/ml vs 0,8±0,7 AU/ml (p=0,022)). In 5 SSc patients was found titer of Sars-Cov-2 antibodies (IgG) exceeding the cut-off, but the control of swabs for SARS-CoV-2 by real-time reverse-transcriptase-polymerase-chain-reaction assay were negative. No significative differences in Sars-Cov-2 autoantibodies titer were found in subgroup of SSc patients with or without ILD or PAH, limited or diffuse skin subset, and different autoantibodies profile. Furthermore, antibodies titer was not associated with different drugs (steroid, methotrexate, mofetil-mycophenolate and bosentan) in use.Conclusion:A cross mimicking between Sars-Cov-2 antibodies and antinuclear antibodies or anti ENA could be hypothesized. Further studies are necessary to unravel the reliability of Sars-Cov-2 antibodies detection in autoimmune disease.References:[1]Vojdani, A., Vojdani, E., & Kharrazian, D. (2021). Reaction of human monoclonal antibodies to SARS-CoV-2 proteins with tissue antigens: Implications for autoimmune diseases. Frontiers in Immunology, 11, 3679Disclosure of Interests:None declared

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document