Multi-resolution simulation of DNA transport through large synthetic nanostructures

Modeling and simulation has become an invaluable partner in development of nanopore sensing systems. The key advantage of the nanopore sensing method --- the ability to rapidly detect individual biomolecules...

Potensi Kulit Jeruk Bali (Citrus Maxima Merr) Sebagai Antibakteri Propionibacterium acne Penyebab Jerawat

Pendahuluan: Jerawat atau sering disebut juga acne vulgaris merupakan peradangan lapisan polisebaseus disertai penyumbatan bahan keratin akibat bakteri Propionibacterium acnes (P.acne). Prevalensi jerawat di Indonesia sebesar 80%-85% pada remaja. Kemunculan jerawat seringkali menimbulkan rasa minder akan penampilan kita. Obat jerawat yang ada dapat menimbulkan efek samping iritasi dan sudah mulai mengalami resistensi sehingga diperlukan alternatif obat lainnya. Produksi Jeruk Bali (Citrus maxima merr) di Indonesia mencapai 511 kg setiap tahunnya dengan berat kulit Jeruk Bali sejumlah 208 kg. Sebesar 50% kulit Jeruk Bali dibuang tanpa diolah kembali padahal memiliki banyak kandungan antioksidan dan antibakteri. Tujuan: mengetahui potensi kulit Jeruk Bali sebagai alternatif antibakteri P.acne penyebab jerawat. Metode: Studi literatur menggunakan artikel penelitian maupun artikel tinjauan pustaka dari jurnal internasional dan nasional dalam 10 tahun terakhir. Diakses dari Pubmed, Garuda, NCBI, dan Google Scholar dengan mengetikan kata kunci. Digunakan 30 artikel terkait dalam penulisan article review ini. Hasil: Antioksidan kulit Jeruk Bali mengganggu metabolisme bakteri dengan menghambat kinerja enzim reverse transkriptase RNA, topoisomerase DNA, transport aktif bakteri, mengganggu regulasi PH, mendenaturasi protein bakteri, merusak membran sel sehingga menghambat replikasi dan menimbulkan kematian bakteri P.acne. Kesimpulan: Kulit Jeruk Bali berpotensi sebagai antibakteri P.acne penyebab jerawat. Perlu penelitian lebih lanjut terutama dalam konsentrasi ekstrak dan efek samping yang ditimbulkan.

ComF is a key mediator in single-stranded DNA transport and handling during natural transformation

Natural transformation plays a major role in the spreading of antibiotic resistances and virulence factors. Whilst bacterial species display specificities in the molecular machineries allowing transforming DNA capture and integration into their genome, the ComF(C) protein is essential for natural transformation in all Gram- positive and - negative species studied. Despite this, its role remains largely unknown. Here, we show that Helicobacter pylori ComF is not only involved in DNA transport through the cell membrane, but it also required for the handling of the ssDNA once it is delivered into the cytoplasm. ComF crystal structure revealed the presence of a zinc-finger motif and a putative phosphoribosyl transferase domain, both necessary for its in vivo activity. ComF is a membrane-associated protein with affinity for single-stranded DNA. Collectively, our results suggest that ComF provides the link between the transport of the transforming DNA into the cytoplasm and its handling by the recombination machinery.

ATP dependent DNA transport within cohesin: Scc2 clamps DNA on top of engaged heads while Scc3 promotes entrapment within the SMC-kleisin ring

SUMMARYIn addition to extruding DNA loops, cohesin entraps within its SMC-kleisin ring (S-K) individual DNAs during G1 and sister DNAs during S-phase. All three activities require related hook-shaped proteins called Scc2 and Scc3. Using thiol-specific crosslinking we provide rigorous proof of entrapment activity in vitro. Scc2 alone promotes entrapment of DNAs in the E-S and E-K compartments, between ATP-bound engaged heads and the SMC hinge and associated kleisin, respectively. This does not require ATP hydrolysis nor is it accompanied by entrapment within S-K rings, which is a slower process requiring Scc3. Cryo-EM reveals that DNAs transported into E-S/E-K compartments are “clamped” in a sub-compartment created by Scc2’s association with engaged heads whose coiled coils are folded around their elbow. We suggest that clamping may be a recurrent feature of cohesin complexes active in loop extrusion and that this conformation precedes the S-K entrapment required for sister chromatid cohesion.

Udział kompleksów SWI/SNF opartych na aktywności BRG1 w determinowaniu fenotypu komórek nowotworowych

ATP-zależne kompleksy remodelujące chromatynę stanowią ważny element epigenetycznego mechanizmu regulującego transkrypcję. Posiadają one zdolność do wstawiania, usuwania i przesuwania nukleosomów w obrębie elementów regulatorowych genów kontrolując w ten sposób dostępność DNA dla maszynerii transkrypcyjnej. Jednym z czterech zidentyfikowanych i opisanych dotychczas kompleksów jest SWI/SNF, w którym enzymatycznymi „motorami” są białka BRM i BRG1. Rosnąca liczba opublikowanych prac wskazuje na udział BRG1 w patofizjologii niektórych typów nowotworów, ponieważ aktywność tego enzymu odpowiada za ekspresję genów, których produkty odpowiadają za proliferację, naprawę DNA, transport przezbłonowy czy metabolizm. Inhibitory BRG1 i enzymów, które determinują aktywność BRG1 lub znakują histony mające ulec przemieszczeniu przez BRG1 mogą stać się w przyszłości alternatywą dla obecnie stosowanych w terapiach związków hamujących wzrost guzów lub suplementem zwiększającym wrażliwość nowotworów na działanie leków przeciwnowotworowych.

Anomalous and heterogeneous DNA transport in biomimetic cytoskeleton networks

The cytoskeleton, a complex network of protein filaments and crosslinking proteins, dictates diverse cellular processes ranging from division to cargo transport.