Puerto Viejo es un humedal costero de importancia para aves residentes y migratorias conformado por varios cuerpos de agua estacionales, naturales y artificiales con altas salinidades. Este ecosistema se encuentra ubicada al sur de Lima, Perú. En junio de 2004 se llevaron a cabo censos de la biodiversidad y abundancia de la comunidad de invertebrados, representando a diferentes cuerpos de agua en 28 estaciones de muestreo litorales distribuidas en cinco lagunas dispersas en toda el área pantanal representando la heterogeneidad espacial del humedal. La distribución de las estaciones por laguna fue: laguna 1 (n=2): estaciones 1 y 2; laguna 2 (n=5): estaciones 3 al 7; laguna 3 (n=6): estaciones 8 al 13; laguna 4 (n=9): estaciones 14 al 22, y finalmente la laguna 5 (n=6): estaciones 23 al 28. Las muestras fueron colectadas usando una red de plancton de 75 de diámetro y preservadas empleando una solución de formol azucarado al 4 %. En adición, fueron determinados algunos parámetros limnológicos como conductividad (Ohms•cm-2), coeficiente de extinción, temperatura del agua (°C), temperatura del aire (°C) en cada punto de muestreo. Los resultados indicaron la presencia de 40 taxa, siendo más abundantes y frecuentes los rotíferos Brachionus calyciflorus (Pallas, 1776) y Lecane lunaris (Ehrenberg, 1831), el nematodo Rhabdolaimus sp, De Man, 1980, el copépodo Cyclops strennus (Fisher, 1851), el insecto Chironomini y el foraminífero Globoratalia scitula Brady, 1877. El número de organismos por litro (N° org. L-1) fue de 14 (4-45) y el número de taxa por estación de muestreo fue de 10 (5-20). El índice de diversidad promedio de Shannon-Wiener fue relativamente alto. Los índices de similaridad mostraron valores mayores al 30% de similaridad entre las 28 estaciones de muestreo. Se concluye que 37 de los 40 taxa son registros nuevos para el humedal de Puerto Viejo, Lima, Perú.