Molecular discrimination of Ancistrus lineages (Siluriformes: Loricariidae) using barcode DNA tool

2019 ◽  
Vol 30 (4) ◽  
pp. 602-608
Author(s):  
Rafael Splendore de Borba ◽  
Sandra Mariotto ◽  
Liano Centofante ◽  
Claudio Henrique Zawadzki ◽  
Patricia Pasquali Parise-Maltempi
Keyword(s):  
Barcode Dna

A k-mer-based barcode DNA classification methodology based on spectral representation and a neural gas network

2015 ◽  
Vol 64 (3) ◽  
pp. 173-184 ◽  
Author(s):  
Antonino Fiannaca ◽  
Massimo La Rosa ◽  
Riccardo Rizzo ◽  
Alfonso Urso
Keyword(s):  
Spectral Representation ◽  
Gas Network ◽  
Neural Gas ◽  
Barcode Dna

scholarly journals Barcode DNA Edelweis (Anaphalis javanica) Berdasarkan Gen matK

Jurnal MIPA ◽  
2015 ◽  
Vol 4 (2) ◽  
pp. 131
Author(s):  
Muzakir Rahalus ◽  
Maureen Kumaunang ◽  
Audy Wuntu ◽  
Julius Pontoh
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Dna Sequences ◽  
Dna Barcode ◽  
Living Organism ◽  
Chain Reaction ◽  
Base Pairs ◽  
Barcode Dna ◽  
Reverse Primer ◽  
Total Dna ◽  
Polymerase Chain

DNA barcode merupakan metode identifikasi organisme hidup dengan menggunakan urutan DNA pendek (± 500 pasang basa). Tujuan dari penelitian ini adalah memperoleh barcode DNA Edelweis dan menganalisis kemiripan gen matK Edelweis (Anaphalis javanica) dengan kerabat terdekatnya. Isolasi DNA total Edelweis berhasil dilakukan dengan menggunakan  manual prosedur dari InnuPrep Plant DNA Kit yang dimodifikasi. Gen matK parsial telah diisolasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan Primer forward matK-1RKIM-f dan Primer Reverse matK-3FKIM-r. Hasil analisis sekuens menghasilkan barcode DNA edelweis berukuran 843 bp. Hasil analisis kemiripan menunjukkan tingkat kekerabatan terdekat dengan A. margaritaceae yaitu 99.86% pada BOLD System dan 100 % pada NCBI.DNA barcode is a method to identify living organism by using several short sequences of DNA (± 500 base pairs). The purpose of this study was to obtain a DNA barcode and analyze the similarity of matK genes of edelweis (Anaphalis javanica) with its closest relatives. Isolation of total DNA of edelweis has been succesfully done by using modified manual procedures of InnuPrep Plant Kit. matK partial gene has been isolated by the method of Polymerase Chain Reaction (PCR) using forward primer MATK-1RKIM-f and reverse primer MATK-3FKIM-r. Analysis of DNA sequences of edelweis confirmed its DNA barcode size was 843 bp. Furthermore, A. javanica showed similarity 99.86% in BOLD system and 100% in NCBI with A. margaritaceae.

scholarly journals Barcode DNA Tanaman Leilem (Clerodendrum minahassae L.) Berdasarkan Gen matK

Jurnal MIPA ◽  
2014 ◽  
Vol 3 (2) ◽  
pp. 108
Author(s):  
Cindy Kalangi ◽  
Vanda S. Kamu ◽  
Maureen Kumaunang
Keyword(s):  
Dna Barcode ◽  
Plant Dna ◽  
Pcr Product ◽  
Barcode Dna ◽  
Two Samples ◽  
Matk Gene ◽  
Plant Chloroplast ◽  
Reverse Primer ◽  
Total Dna ◽  
Pcr Method

Gen matK merupakan gen pengkode protein maturaseK yang terdapat pada kloroplas tumbuhan. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan urutan nukleotida dari barcode DNA tanaman leilem (Clerodendrum minahassae L.) berdasarkan gen matK. Prosedur penelitian yang dilakukan meliputi: isolasi DNA total tanaman leilem, amplifikasi gen matK melalui PCR, sekuensing hasil PCR, serta penentuan barcode DNA leilem. Isolasi DNA total dari tanaman leilem telah dilakukan berdasarkan prosedur manual dari InnuPrep Plant DNA Kit yang dimodifikasi dengan menghasilkan larutan berwarna hijau kekuningan yang menunjukkan adanya klorofil yang larut. Gen matK parsial telah diisolasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan Primer Forward matK-1RKIM-f dan Primer Reverse matK-3FKIM-r. Analisis urutan nukleotida matK menghasilkan fragmen berukuran 843 pb. Kedua urutan nukleotida matK dari sampel tanaman leilem yang berasal dari Kauditan dan Tomohon menunjukkan hasil barcode DNA yang sama.MaturaseK is a protein encoded by matK gene which is located in plant chloroplast. The aim of this research was to determine the DNA barcode of leilem plant (Clerodendrum minahassae L.) based on matK nucleotides sequence. This research was done by isolating total DNA of leilem, amplified matK gene by PCR, sequencing the PCR product, and determined the DNA barcode of leilem. Total DNA of leilem plant was isolated by using the modified procedure from InnuPrep Plant DNA Kit. The DNA isolation resulted a green-yellowish solution which shows dissolved chlorophyll. Partial matK gene was amplified using PCR method with matK-1RKIM-f as forward primer and matK-3FKIM-r as reverse primer. Amplification by PCR resulted a 843 bp DNA fragment of matK. Both nucleotide sequences of matK from two samples of leilem plant taken from Kauditan and Tomohon showed the same DNA barcode.

scholarly journals DNA Barcoding Dalugha (Cyrtosperma Merkusii) di Kepulauan Talaud dan Minahasa Selatan Berdasarkan Gen rbcL

2021 ◽  
Vol 11 (2) ◽  
pp. 134
Author(s):  
Marlin Bernadet Taariwuan ◽  
Jantje Ngangi ◽  
Yermia Mokosuli ◽  
Sukmarayu Gedoan
Keyword(s):  
Dna Barcoding ◽  
Dna Barcode ◽  
Local Alignment ◽  
Rbcl Gene ◽  
Endemic Plant ◽  
Bisphosphate Carboxylase ◽  
Large Gene ◽  
North Sulawesi ◽  
Barcode Dna ◽  
Search Tool

(Article History: Received June 28, 2021; Revised August 30, 2021; Accepted Sept 3, 2021) ABSTRAKDalugha (Cyrtospera merkusii (Hassk.)Schott) merupakan tanaman endemik Sulawesi Utara yang digunakan sebagai pangan alternatif (penganti beras). Penelitian ini bertujuan untuk membandingkan spesies daluga di Kepulauan Talaud dan Minahasa Selatan menggunakan DNA barcode gen rbcL (ribulose 1,5 bisphosphate carboxylase large). Perbandingan barcode DNA yang dilakukan pada empat sampel yang berbeda lokasi tersebut keduanya menghasilkan tingkat kesamaan 100% (identik). Dengan demikian, tidak ada variasi intra spesies yang ditemukan dari semua sampel yang ada. Selanjutnya, kemiripan sampel-sampel ini telusuri kemiripannya dengan kerabat terdekat yang tercatat di GenBank menggunakan BLAST (Basic Local Alignment Search Tool).  Tanaman dalugha dalam penelitian ini memiliki kemiripan 99,82% dengan tumbuhan Anaphyllopsis americana (AM905753.1), dan kemiripannya 99,63% dengan Cyrtosperma macrotum (AM905750.1), Lasimorpha senegalensis (AM905755.1), Pycnospatha arietina (AM905751.1), dan Podolasia stipitata (AM905752.1). Belum ada rekor sekuens DNA gen rbcL dari spesies ini yang dibisa dibandingkan di GenBank.Kata Kunci: Dalugha; DNA barcoding; gen rbcL ABSTRACTDalugha (Cyrtospera merkusii (Hassk.) Schott) is an endemic plant in North Sulawesi that is used as alternative food (substitute for rice). This research aimed to compare the DNA barcode of dalugha in Talaud Islands and in South Minahasa using rbcL (ribulose 1,5 bisphosphate carboxylase large) gene. The DNA barcoding comparison of all four samples in both area resulted in 100% similarity (identical). Therefore, there is no intraspecific variation found in all samples. Furthermore, the similarity of these samples were conducted with BLAST (Basic Local Alignment Search Tool) to compare with its closest relatives in GenBank. The closest relatives of this plant, based on similarity information, are 99.82% with Anaphyllopsis americana (AM905753.1) and all 99.63% with Cyrtosperma macrotum (AM905750.1), Lasimorpha senegalensis (AM905755.1), Pycnospatha arietina (AM905751.1), and Podolasia stipitata (AM905752.1).  There is no record yet of rbcL gene sequence of C. merkusii in GenBank for comparison.Keywords: Dalugha; DNA barcoding; rbcL gene

Barcode DNA high-resolution melting (Bar-HRM) analysis as a novel close-tubed and accurate tool for olive oil forensic use

2013 ◽  
Vol 93 (9) ◽  
pp. 2281-2286 ◽  
Author(s):  
Ioannis Ganopoulos ◽  
Christos Bazakos ◽  
Panagiotis Madesis ◽  
Panagiotis Kalaitzis ◽  
Athanasios Tsaftaris
Keyword(s):  
High Resolution ◽  
Olive Oil ◽  
High Resolution Melting ◽  
Hrm Analysis ◽  
Barcode Dna

scholarly journals Barcode DNA Tumbuhan Pangi (Pangium edule R.) Berdasarkan Gen matK

Jurnal MIPA ◽  
2014 ◽  
Vol 3 (2) ◽  
pp. 113
Author(s):  
Irmi Bangol ◽  
Lidya Irma Momuat ◽  
Maureen Kumaunang
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Dna Sequences ◽  
Dna Barcode ◽  
Chain Reaction ◽  
Closely Related Species ◽  
Plant Dna ◽  
Barcode Dna ◽  
Total Dna ◽  
Polymerase Chain ◽  
Forward Primer

DNA barcoding merupakan suatu teknik yang digunakan untuk mempercepat dan mempermudah proses identifikasi organisme dengan menggunakan potongan gen tertentu. Penelitian ini bertujuan untuk menentukan sekuens DNA barcode tumbuhan pangi berdasarkan gen standar matK dan membandingkannya dengan spesies yang berkerabat dekat di GenBank. DNA total daun pangi diisolasi menggunakan Innuprep plant DNA kit dan berhasil diamplifikasi dengan proses Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer berdasarkan gen matK. Hasil sekuensing fragmen DNA yang menunjukkan panjang 720 bp yang teramplifikasi oleh primer forward dan 780 bp untuk yang teramplifikasi oleh primer reverse. Hasil analisis BLASTn menunjukkan tingkat kemiripan tumbuhan pangi sangat tinggi dengan Trichadenia zeylanical, yaitu 99%, dan diikuti spesies lainnya (Kiggelaria africanal, 98%; Guthriea capensis, 96%; Acharia tragodes, 92%; Erythrospermum phytolaccoides, 92%; Hydnocarpus sp. Chase 1301, 90%; Carpotroche longifolia, 89%; Moultonianthus leembruggianus, 89% dan Pimelodendron zoanthogyne, 88%). Analisis komposisi asam amino menunjukkan bahwa matK Pangium edule dan kesembilan spesies tumbuhan lainnya bersifat hidrofobik.DNA barcoding is a technical used to accelerate and simplify the process identification of organism with by using a snipping of specific genes. This study aimed to determine the DNA sequences of plant barcoding standard pangi based gene matK and compare with closely related species in GenBank. Total DNA was isolated using Innuprep pangi leaf plant DNA kit and successfully amplified by the Polymerase Chain Reaction (PCR) using primers based on the gene matK. The results of sequencing long DNA fragments showed7 20 bp are amplified by the forward primer and 780 bp were amplified by the primer for reverse. Blast analysis of the results showed very extremely high the plant pangi degree of similarity with Trichadenia zeylanical, namely99%, and followed by other species (Kiggelaria africanal, 98%; Guthriea capensis, 96%; Acharia tragodes, 92%; Erythrospermum phytolaccoides, 92%; Hydnocarpus sp. Chase 1301, 90%; Carpotroche longifolia, 89%; Moultonianthus leembruggianus, 89% dan Pimelodendron zoanthogyne, 88%). Analysis of aminoacid composition showed that matK Pangium edule and nine other plant species are hydrophobic.

scholarly journals Isolasi dan Karakterisasi Barcode DNA Tanaman Nusa indah putih (Mussaenda frondosa) Berdasarkan Gen matK

Jurnal MIPA ◽  
2015 ◽  
Vol 4 (2) ◽  
pp. 111
Author(s):  
Jein Damanis ◽  
Lidya Irma Momuat ◽  
Meiske S. Sangi ◽  
Maureen Kumaunang
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
In Silico ◽  
Dna Barcode ◽  
In Silico Analysis ◽  
Chain Reaction ◽  
Plant Dna ◽  
Barcode Dna ◽  
Reverse Primer ◽  
Polymerase Chain ◽  
Silico Analysis

Telah dilakukan penelitian untuk menentukan urutan nukleotida dari barcode DNA tanaman Nusa indah putih berdasarkan gen matK dan mengkarakterisasi matK tanaman nusa indah putih dengan analisis in-silico. Isolasi DNA dari tanaman Nusa indah putih telah dilakukan berdasarkan manual prosedur dari InnuPrep Plant DNA kit yang dilanjutkan dengan amplifikasi dengan metode Polymerase Chain Reaction (PCR) menggunakan primer forward matK-1RKIM-f dan primer reverse matK-3FKIM-r kemudian dielektroforesis dan disekuensing. Sekuensing tanaman  Nusa  indah  putih  menghasilkan  kromatogram  yang  berkualitas  tinggi, dengan panjang sekuens 843 bp. Hasil Analisis in-silico menunjukan matK tanaman nusa indah putih bersifat basa, stabil, dan berinteraksi baik dengan air.A study to determine the nucleotide sequence of the DNA barcode Nusa indah putih plants based on gene matK and to characterize the matK of Nusa indah putih plant using in-silico analysis had been done. Isolation of DNA from Nusa indah putih plant was conducted by manual procedures of InnuPrep Plant DNA kit, followed by amplification using Polymerase Chain Reaction (PCR) method using matK-1RKIM-f as forward primer and matK-3FKIM-r as reverse primer then electrophoresis and sequenced. Nusa indah putih plants sequencing produced a high-quality chromatogram produce, with a length of 843 bp sequences. Results of in-silico analysis showed that matK Nusa indah putih plant is a base, stable, and well-interacted with water.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document