Dynamics of gene expression patterns during early development of the European seabass (Dicentrarchus labrax)

2015 ◽  
Vol 47 (5) ◽  
pp. 158-169 ◽  
Author(s):  
E. Kaitetzidou ◽  
J. Xiang ◽  
E. Antonopoulou ◽  
C. S. Tsigenopoulos ◽  
E. Sarropoulou

Larval and embryonic stages are the most critical period in the life cycle of marine fish. Key developmental events occur early in development and are influenced by external parameters like stress, temperature, salinity, and photoperiodism. Any failure may cause malformations, developmental delays, poor growth, and massive mortalities. Advanced understanding of molecular processes underlying marine larval development may lead to superior larval rearing conditions. Today, the new sequencing and bioinformatic methods allow transcriptome screens comprising messenger (mRNA) and microRNA (miRNA) with the scope of detecting differential expression for any species of interest. In the present study, we applied Illumina technology to investigate the transcriptome of early developmental stages of the European seabass ( Dicentrarchus labrax). The European seabass, in its natural environment, is a euryhaline species and has shown high adaptation processes in early life phases. During its embryonic and larval phases the European seabass lives in a marine environment and as a juvenile it migrates to coastal zones, estuaries, and lagoons. Investigating the dynamics of gene expression in its early development may shed light on factors promoting phenotypic plasticity and may also contribute to the improvement and advancement of rearing methods of the European seabass, a species of high economic importance in European and Mediterranean aquaculture. We present the identification, characterization, and expression of mRNA and miRNA, comprising paralogous genes and differentially spliced transcripts from early developmental stages of the European seabass. We further investigated the detection of possible interactions of miRNA with mRNA.

Mycologia ◽  
2011 ◽  
Vol 103 (2) ◽  
pp. 291-306 ◽  
Author(s):  
Suzanne Joneson ◽  
Daniele Armaleo ◽  
François Lutzoni

Reproduction ◽  
2010 ◽  
Vol 140 (6) ◽  
pp. 787-801 ◽  
Author(s):  
Claude Robert

The rise of the ‘omics’ technologies started nearly a decade ago and, among them, transcriptomics has been used successfully to contrast gene expression in mammalian oocytes and early embryos. The scarcity of biological material that early developmental stages provide is the prime reason why the field of transcriptomics is becoming more and more popular with reproductive biologists. The potential to amplify scarce mRNA samples and generate the necessary amounts of starting material enables the relative measurement of RNA abundance of thousands of candidates simultaneously. So far, microarrays have been the most commonly used high-throughput method in this field. Microarray platforms can be found in a wide variety of formats, from cDNA collections to long or short oligo probe sets. These platforms generate large amounts of data that require the integration of comparative RNA abundance values in the physiological context of early development for their full benefit to be appreciated. Unfortunately, significant discrepancies between datasets suggest that direct comparison between studies is difficult and often not possible. We have investigated the sample-handling steps leading to the generation of microarray data produced from prehatching embryo samples and have identified key steps that significantly impact the downstream results. This review provides a discussion on the best methods for the preparation of samples from early embryos for microarray analysis and focuses on the challenges that impede dataset comparisons from different platforms and the reasons why methodological benchmarking performed using somatic cells may not apply to the atypical nature of prehatching development.


Development ◽  
2002 ◽  
Vol 129 (5) ◽  
pp. 1143-1154 ◽  
Author(s):  
Detlev Arendt ◽  
Kristin Tessmar ◽  
Maria-Ines Medeiros de Campos-Baptista ◽  
Adriaan Dorresteijn ◽  
Joachim Wittbrodt

The role of Pax6 in eye development in insects and vertebrates supports the view that their eyes evolved from simple pigment-cup ocelli present in their last common ancestors (Urbilateria). The cerebral eyes in errant polychaetes represent prototype invertebrate pigment-cup ocelli and thus resemble the presumed ancestral eyes. We have analysed expression of conserved eye specification genes in the early development of larval and adult pigment-cup eyes in Platynereis dumerilii (Polychaeta, Annelida, Lophotrochozoa). Both larval and adult eyes form in close vicinity of the optic anlagen on both sides of the developing brain ganglia. While pax6 is expressed in the larval, but not in the developing, adult eyes, expression of six1/2 from trochophora stages onwards specifically outlines the optic anlagen and thus covers both the developing larval and adult eyes. Using Platynereis rhabdomeric opsin as differentiation marker, we show that the first pair of adult eye photoreceptor cells is detected within bilateral clusters that transitorily express ath, the Platynereis atonal orthologue, thus resembling proneural sensory clusters. Our data indicate that – similar to insects, but different from the vertebrates – polychaete six1/2 expression outlines the entire visual system from early developmental stages onwards and ath-positive clusters generate the first photoreceptor cells to appear. We propose that pax6-, six1/2- and ath-positive larval eyes, as found in today’s trochophora, were present already in Urbilateria.


Open Biology ◽  
2017 ◽  
Vol 7 (7) ◽  
pp. 170063 ◽  
Author(s):  
Asmita Dutta ◽  
Deepak Kumar Sinha

In zebrafish embryos, the maternally supplied pool of ATP is insufficient to power even the earliest of developmental events (0–3 hpf) such as oocyte-to-embryo transition (OET). The embryos generate an additional pulse (2.5 h long) of ATP (1.25–4 hpf) to achieve the embryonic ATP homeostasis. We demonstrate that the additional pulse of ATP is needed for successful execution of OET. The maternally supplied yolk lipids play a crucial role in maintaining the embryonic ATP homeostasis. In this paper, we identify the source and trafficking routes of free fatty acids (FFAs) that feed the mitochondria for synthesis of ATP. Interestingly, neither the maternally supplied pool of yolk-FFA nor the yolk-FACoA (fatty acyl coenzyme A) is used for ATP homeostasis during 0–5 hpf in zebrafish embryos. With the help of lipidomics, we explore the link between lipid droplet (LD)-mediated lipolysis and ATP homeostasis in zebrafish embryos. Until 5 hpf, the embryonic LDs undergo extensive lipolysis that generates FFAs. We demonstrate that these newly synthesized FFAs from LDs are involved in the maintenance of embryonic ATP homeostasis, rather than the FFAs/FACoA present in the yolk. Thus, the LDs are vital embryonic organelles that maintain the ATP homeostasis during early developmental stages (0–5 hpf) in zebrafish embryos. Our study highlights the important roles carried on by the LDs during the early development of the zebrafish embryos.


2015 ◽  
Author(s):  
Αλεξάνδρα Τσαλαφούτα

Σκοπός αυτής της διατριβής ήταν η μελέτη της οντογένεσης της ενδοκρινικής απόκρισης στην καταπόνηση (stress), ο χαρακτηρισμός των μοριακών μηχανισμών που εμπλέκονται στην ρύθμιση του άξονα υποθαλάμου-υπόφυσης-επινεφρίδιων (HPI) και ο προσδιορισμός της επίδρασης του χρόνιου ήπιου στρες κατά τα πρώτα αναπτυξιακά στάδια της ζωής στην ανάπτυξη και την επίδοση των ψαριών σε μετέπειτα αναπτυξιακά στάδια, χρησιμοποιώντας ως μοντέλο ένα μεσογειακό θαλάσσιο τελεόστεο ιχθύ, το ευρωπαϊκό λαβράκι (Dicentrarchus labrax). Έμβρυα, προ-νύμφες και νύμφες λαβρακιού σε συγκεκριμένα αναπτυξιακά στάδια εκτέθηκαν σε οξύ στρες και προσδιορίστηκαν τα χρονικά πρότυπα των συγκεντρώσεων της κορτιζόλης και της α-MSH του σώματος, καθώς επίσης και η έκφραση γονιδίων που εμπλέκονται στη βιοσύνθεση και την αποικοδόμηση των κορτικοστεροειδών καθώς και στη σηματοδότηση τόσο της κορτιζόλης όσο και της α-MSH. Η έκφραση των γονιδίων που συμμετέχουν στην ρύθμιση της κορτικοειδούς απόκρισης (gr1, gr2, mr, crf) σε συνδυασμό με ιστολογικά δεδομένα, υποδεικνύουν ότι παρόλο που η απόκριση της κορτιζόλης στο στρες είναι εμφανής για πρώτη φορά στο στάδιο του πρώτου ταΐσματος, το πρότυπο της απόκρισης εγκαθιδρύεται σταδιακά στις νύμφες που βρίσκονται στις φάσεις της κάμψης της νωτοχορδής και μέχρι το σχηματισμό όλων των πτερυγίων. Η απόκριση της α-MSH στο στρες, ένα πρόσθετο μονοπάτι ρύθμισης του στρες πέραν της κορτιζόλης, είναι εμφανής για πρώτη φορά στο στάδιο του ανοίγματος του στόματος, εμφανίζοντας ένα συγκεκριμένο πρότυπο που χαρακτηρίζεται από αυξημένα επίπεδα, το οποίο εγκαθιδρύεται σταδιακά γύρω στο σχηματισμό όλων των πτερυγίων. Τα επίπεδα των mRNA μεταγράφων των pomc και mc2r μεταβλήθηκαν από την εφαρμογή του οξέως στρες παρουσιάζοντας ένα συνεπές πρότυπο αυξημένων επιπέδων, ειδικά με την πορεία της ανάπτυξης από την κάμψη της νωτοχορδής μέχρι το σχηματισμό όλων των πτερυγίων, εμφανίζοντας επίσης παρόμοιο πρότυπο με αυτό της μεταβολής των συγκεντρώσεων της α-MSH του σώματος. Το οξύ στρες δεν είχε καμία επίδραση στα επίπεδα έκφρασης του mc1r, ενώ στην περίπτωση του mc4r είχε ως αποτέλεσμα την αύξηση των επιπέδων μεταγραφής ήδη από το στάδιο του ανοίγματος του στόματος.Στα ψάρια, η έρευνα του στρες είναι επικεντρωμένη στη μελέτη της επίδρασης οξέως ή χρόνιου επιβλαβούς ερεθίσματος σωματικής, χημικής ή διαχειριστικής φύσεως σε νεαρά ή ενήλικα άτομα, ενώ δεν υπάρχουν πληροφορίες για την επίδραση της πρώιμης έκθεσης σε ήπια χρόνια στρεσογόνα ερεθίσματα στην ανάπτυξη και επίδοση των ψαριών σε επόμενες φάσεις του κύκλου-ζωής, ενώ επίσης δεν επίσης δεν υπάρχει κάποιο έγκυρο πρωτόκολλο ήπιου χρόνιου στρες για την πρώιμη ανάπτυξη των ψαριών. Για το σκοπό αυτό αναπτύχθηκε και εκτιμήθηκε για πρώτη φορά στην πρώιμη ανάπτυξη του λαβρακιού, ένα πρωτόκολλο μη προβλέψιμου, χρόνιου και ήπιας έντασης στρες (UCLIS). Η εφαρμογή του UCLIS διήρκησε 14 συνεχόμενες ημέρες, ξεκινώντας σε τρεις διαφορετικές φάσεις της πρώιμης οντογένεσης (πρώτο τάισμα, κάμψη της νωτοχορδής και σχηματισμός όλων των πτερυγίων). Η αξιολόγηση του πρωτοκόλλου UCLIS βασίστηκε στον προσδιορισμό των συγκεντρώσεων της κορτιζόλης που απελευθερώνονταν στο νερό των νυμφικών δεξαμενών εκτροφής ανά τακτά χρονικά διαστήματα, στην καταγραφή της θνησιμότητας και της επίδοσης στην ανάπτυξη. Επιπρόσθετα, έγινε εκτίμηση της επίδραση του UCLIS σε μετέπειτα αναπτυξιακές φάσεις μέσω της καταγραφής των αναπτυξιακών χαρακτηριστικών και του προσδιορισμού της κορτιζόλης του πλάσματος σε νεαρά ψάρια, πριν και 30 λεπτά μετά την εφαρμογή ενός οξέως στρες. Τα δεδομένα δείχνουν ότι οι νύμφες του λαβρακιού είναι ευαίσθητες σε ήπια διαχειριστικά ερεθίσματα με συνέπειες ακόμα και σε μετέπειτα φάσεις του κύκλου ζωής, με τα στάδια του πρώτου ταΐσματος και της ανάπτυξης όλων των πτερυγίων να είναι τα πιο κρίσιμα, επισημαίνοντας της αναγκαιότητα αναθεώρησης των συνηθισμένων πρακτικών εκτροφής. Συγκεκριμένα, η εφαρμογή του UCLIS είχε σαν αποτέλεσμα τον υψηλότερο ρυθμό απελευθέρωσης της κορτιζόλης στο νερό σε όλες ομάδες που εφαρμόστηκε το στρες σε σύγκριση με τις ομάδες αναφοράς, αποδεικνύοντας ότι είναι ένας αξιόπιστος μη-επεμβατικός δείκτης του στρες ακόμη και κατά την πρώιμη οντογένεση. Επίσης, η εφαρμογή του πρωτοκόλλου στρες επηρέασε και την επίδοση των ψαριών, υπό την έννοια της του ρυθμού ανάπτυξης, καθώς οι νύμφες που είχαν εκτεθεί στο UCLIS στην αρχή των σταδίων του πρώτου ταΐσματος και του σχηματισμού όλων των πτερυγίων επέδειξαν χειρότερη επίδοση από τα ψάρια που είχαν εκτεθεί στο UCLIS στο στάδιο της κάμψης της νωτοχορδής και από τα ψάρια που άνηκαν στην ομάδα αναφοράς. Το στρες στα πρώιμα στάδια της ζωής δεν επηρέασε τα επίπεδα της κορτιζόλης του πλάσματος σε νεαρά ψάρια όταν αυτά εκτέθηκαν σε οξύ στρες. Παρόλα αυτά, τα ψάρια ήταν πολύ ευαίσθητα σε κοινές διαχειριστικές πρακτικές και επιπλέον, στα νεαρά ψάρια που είχαν εκτεθεί στο UCLIS στα στάδια του πρώτου ταΐσματος και του σχηματισμού όλων των πτερυγίων βρέθηκαν σημαντικά υψηλότερες συγκεντρώσεις της κορτιζόλης του πλάσματος σε σύγκριση με τις άλλες δύο ομάδες, σε συμφωνία με τις παρατηρούμενες διαφορές στους ρυθμούς ανάπτυξης. Καταλήγοντας, τα δεδομένα που προέκυψαν από αυτή τη μελέτη παρέχουν μια βαθύτερη γνώση σχετικά με την οντογένεση και τη ρύθμιση της απόκρισης στο στρες στα πρώτα αναπτυξιακά στάδια στο λαβράκι και αποδεικνύεται για πρώτη φορά ότι το στρες, υπό τη μορφή κοινών διαχειριστικών πρακτικών, κατά τα πρώιμα στάδια της ζωής έχει επίδραση τόσο στην αναπτυξιακή επίδοση των νυμφών όσο και σε μετέπειτα στάδια της ανάπτυξης σε αυτό το είδος, καθώς η «ιστορία» των ψαριών επηρέασε την ανάπτυξη και την απόκριση στην κορτιζόλη στο στάδιο των νεαρών ψαριών.


2020 ◽  
Vol 21 (11) ◽  
pp. 3975 ◽  
Author(s):  
Yasuko Honjo ◽  
Tatsuo Ichinohe

Early embryonic cells are sensitive to genotoxic stressors such as ionizing radiation. However, sensitivity to these stressors varies depending on the embryonic stage. Recently, the sensitivity and response to ionizing radiation were found to differ during the preimplantation period. The cellular and molecular mechanisms underlying the change during this period are beginning to be elucidated. In this review, we focus on the changes in radio-sensitivity and responses to ionizing radiation during the early developmental stages of the preimplantation (before gastrulation) period in mammals, Xenopus, and fish. Furthermore, we discuss the underlying cellular and molecular mechanisms and the similarities and differences between species.


2019 ◽  
Author(s):  
Ελισάβετ Καϊτετζίδου

Η εμβρυογένεση είναι μία από τις κρισιμότερες περιόδους για τη ζωή όλων των οργανισμών, στη διάρκεια της οποίας υλοποιείται μία σειρά από σημαντικές διεργασίες. Η ύπαρξη ενός επιπλέον γύρου πολλαπλασιασμού του γονιδιώματος στους τελεόστεους ιχθείς καθώς και το υψηλό ποσοστό διατήρησης παράλογων γονιδίων σχετικών με την ανάπτυξη, καθιστά την εμβρυογένεσή τους ένα ιδιαίτερα ενδιαφέρον ερευνητικό πεδίο. Στην παρούσα διατριβή, διερευνήθηκε η μοριακή βάση της ανάπτυξης σε ένα μοντέλο (ακανθερό, Gasterosteus aculeatus) και ένα μη μοντέλο (Ευρωπαϊκό λαβράκι, Dicentrarchus labrax) είδος τελεόστεων. Μετά την συλλογή των προφίλ έκφρασης εξετάστηκε η έκφραση παράλογων γονιδίων και ο ρόλος τους κατά την εμβρυογένεση. Επιπλέον, μελετήθηκαν τα διαφορετικά προφίλ έκφρασης των miRNAs σε όλα τα πρώιμα αναπτυξιακά στάδια των δύο εξεταζόμενων ειδών. Από την μελέτη των μεταγραφωμάτων έγινε φανερό ότι οι βασικές περίοδοι πρώιμης ανάπτυξης χαρακτηρίζονται από την έκφραση συγκεκριμένων ομάδων γονιδίων. Από την αναζήτηση παράλογων γονιδίων στο μεταγράφωμα του Ευρωπαϊκού λαβρακιού και του ακανθερού, προέκυψε ένας κατάλογος γονιδίων που βρέθηκαν είτε διπλασιασμένα είτε σε ένα αντίγραφο αποκαλύπτοντας ειδο-ειδικές ιδιαιτερότητες. Η διερεύνηση των miRNAs που εκφράστηκαν κατά την ανάπτυξη του λαβρακιού οδήγησε στην αναγνώριση, για πρώτη φορά για αυτό το είδος, 42 miRNAs. Επιπλέον, η διερεύνηση του miRNome του ακανθερού έδειξε ότι τα πρώιμα αναπτυξιακά στάδια εξυπηρετήθηκαν από ένα μικρό σύνολο miRNAs εκφραζόμενα σε χαμηλές ποσότητες, ενώ στο τελευταίο υπό μελέτη σταδίο τόσο η ποικιλότητα όσο και ο αριθμός των αναγνώσεων των miRNA ήταν υψηλά.


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document