scholarly journals Μελέτη παραγόντων της αγγειακής επασβέστωσης σε ασθενείς με διαβητική νεφροπάθεια

2019 ◽  
Author(s):  
Στέφανος Ρουμελιώτης
Keyword(s):  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Matrix Gla Protein ◽  
Enzyme Linked Immunosorbent Assay ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Single Nucleotide ◽  
Pcr Rflp ◽  
Epoxide Reductase ◽  
Polymerase Chain

Η Χρόνια Νεφρική Νόσος (ΧΝΝ) αποτελεί ένα σημαντικό επιδημιολογικό πρόβλημα, με αυξανόμενη συχνότητα και επιπολασμό και υψηλό κόστος στα εθνικά συστήματα υγείας, παγκοσμίως. Η κυριότερη αιτία της ραγδαίας αύξησης του επιπολασμού της νεφρικής νόσου την τελευταία εικοσαετία είναι η αύξηση του επιπολασμού του Σακχαρώδη Διαβήτη Τύπου 2 (ΣΔΤ2), της συχνότερης αιτίας της νεφροπάθειας. Στους ασθενείς με διαβητική νεφροπάθεια (ΔΝ), ακόμα και στα αρχικά στάδια, παρατηρείται επιταχυνόμενη επασβέστωση των αγγείων και συνεπώς η καρδιαγγειακή νόσος αποτελεί την πρώτη αιτία θνητότητας και νοσηρότητας.Η Matrix Gla Protein (MGP) αποτελεί την πρώτη πρωτεΐνη που αναγνωρίστηκε in vitro και in vivo ως ισχυρός αναστολέας αγγειακής επασβέστωσης (ΑΕ). Πρόκειται για μία βιταμινο-Κ εξαρτώμενη πρωτεΐνη 84 αμινοξέων, μοριακού βάρους 12 kDa, που εκφράζεται από τα χονδροκύτταρα και τα λεία μυϊκά κύτταρα του αγγειακού τοιχώματος. Για να γίνει βιολογικά δραστική η MGP πρέπει να υποστεί γ-καρβοξυλίωση και φωσφορυλίωση, διαδικασίες που εξαρτώνται από τις διαθέσιμη ποσότητα βιταμίνης Κ. Η ανενεργός, μη-καρβοξυλιωμένη, μη-φωσφορυλιωμένη μορφή της MGP (dpucMGP) έχει σχετιστεί επανειλημμένως με ανάπτυξη ΑΕ, αλλά και με εξέλιξη της ΧΝΝ.Αρκετές μελέτες έχουν δείξει πως εκτός από διαιτητικούς, εμπλέκονται και γενετικοί παράγοντες στον κύκλο της βιταμίνης Κ (ανακύκλωση της βιταμίνης Κ) και μπορούν να οδηγήσουν σε μειωμένη δραστικότητα της MGP και συνεπώς σε ΑΕ. Η υπομονάδα 1 του συμπλόκου της αναγωγάσης του εποξειδίου της βιταμίνης Κ (Vitamin K Epoxide Reductase Complex Subunit 1 – VKORC1) είναι βασικό συστατικό του κύκλου της βιταμίνης Κ, καθώς είναι το υπεύθυνο ένζυμο για την ολοκλήρωση της μετατροπής του εποξειδίου της βιταμίνης Κ σε βιταμίνη Κ και συνεπώς, της ανακύκλωσής της. Μονονουκλεοτιδικοί γονιδιακοί πολυμορφισμοί (single nucleotide polymorphisms, SNPs) στο γονίδιο που κωδικοποιεί το υπεύθυνο ένζυμο για την ανακύκλωση της βιταμίνης Κ έχουν συσχετιστεί με επιταχυνόμενη ΑΕ της αορτής. Στην περιοχή του υποκινητή του γονιδίου VKORC1 έχει ταυτοποιηθεί ο πολυμορφισμός -1639G>A. Φορείς του G αλληλομόρφου εμφανίζουν αυξημένη κατά 44% δραστικότητα του υποκινητή και αυξημένα επίπεδα ενζύμου VKORC1. Ένας άλλος παράγοντας που επηρεάζει τα επίπεδα της βιταμίνης Κ είναι η απολιποπρωτεϊνη Ε (apoE) η οποία διευκολύνει την κυτταρική πρόσληψη των χυλομικρών που αποτελούν το φορέα μεταφοράς της βιταμίνης Κ στο αίμα. Τα τρία συνηθισμένα αλληλόμορφα της apoE διαφέρουν στην ικανότητά τους να διευκολύνουν την κάθαρση των πλούσιων σε βιταμίνη Κ λιποπρωτεϊνών από την κυκλοφορία με αποτέλεσμα τα επίπεδα πλάσματος της βιταμίνης Κ να μεταβάλλονται στους φορείς των τριών αλληλομόρφων της apoE. Το γονίδιο που κωδικοποιεί την MGP έχει οκτώ SNPs στον υποκινητή και στις περιοχές κωδικοποίησης. O πολυμορφισμός T-138C (rs 1800802) βρίσκεται σε περιοχή του υποκινητή που είναι απαραίτητος για τη μεταγραφή στα λεία μυϊκά κύτταρα των αγγείων. Αρκετοί ερευνητές έχουν δείξει πως η κυκλοφορούσα dpucMGP είναι ανεξάρτητος παράγοντας κινδύνου για ολική και ΚΑ θνητότητα σε διάφορους πληθυσμούς.Στην παρούσα μελέτη, σε διαβητικούς ασθενείς με ΔΝ και σε διαβητικούς χωρίς ΔΝ, μετρήθηκαν τα επίπεδα της κυκλοφορούσας dpucMGP, το πάχος του Ε-ΜΧΚ -ως υποκλινικού δείκτη αθηροσκλήρωσης-, και εκτιμήθηκε η επίδραση γενετικών πολυμορφισμών των γονιδίων των MGP, VKORC1 και apoE σε σχέση με το πάχος του Ε-ΜΧΚ και τα επίπεδα της dpucMGP. Επίσης αξιολογήθηκε η επίδραση των παραπάνω παραγόντων στην ολική και ΚΑ θνητότητα, τα ΚΑ επεισόδια και την εξέλιξη της νεφρικής νόσου στον πληθυσμό αυτό.Η γονοτύπηση των πολυμορφισμών του VKORC1-1639G>A, της MGP -138 T>C και της apoE πραγματοποιήθηκε με τη μέθοδο PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) σε 40 ασθενείς με ΣΔΤ2 και φυσιολογική νεφρική λειτουργία (ομάδα ελέγχου) και 118 ασθενείς με διάφορα στάδια διαβητικής ΧΝΝ (1-5, συμπεριλαμβανομένων ασθενών υπό αιμοκάθαρση με τεχνητό νεφρό- ΤΝ). Τα επίπεδα της dp-ucMGP του πλάσματος υπολογίστηκαν με τη μέθοδο ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay). Σε όλους τους ασθενείς της μελέτης μετρήθηκε υπερηχογραφικά το πάχος του έσω-μέσου χιτώνα της κοινής καρωτίδας αρτηρίας (Ε-ΜΧΚ), με υψηλής ευκρίνειας υπερηχογραφικό μηχάνημα Doppler. Ο πληθυσμός της μελέτης παρακολουθήθηκε για μια 7ετία, με καταληκτικά σημεία την ολική θνητότητα, την ΚΑ θνητότητα και τα ΚΑ συμβάντα (θανατηφόρα και μη).Τα επίπεδα πλάσματος dpucMGP και η τιμή του πάχους Ε-ΜΧΚ σχετίστηκαν στατιστικά σημαντικά με την εξέλιξη της ΔΝ (P<0,0001 και P=0,004 αντιστοίχως). Η συγκέντρωση της dpucMGP ορού δε σχετίστηκε με κανέναν από τους τρεις πολυμορφισμούς ή το πάχος E-MXK. Ενώ οι πολυμορφισμοί VKORC1 -1639G > A και apoE δε σχετίστηκαν, ο πολυμορφισμός MGP T-138C σχετίστηκε με το πάχος του Ε-ΜΧΚ. Οι TT ομοζυγώτες εμφάνιζαν υψηλότερες πάχους Ε-ΜΧΚ συγκριτικά με τους γονότυπους TC και CC μαζί (P=0,006). Ο MGP T-138C ήταν ανεξάρτητος προγνωστικός παράγοντας του πάχους Ε-ΜΧΚ, μετά από προσαρμογή για αρκετούς παράγοντες κινδύνου για ΑΕ (P<0,0001). Επιπλέον, οι ομοζυγώτες ΤΤ εμφάνισαν μεγαλύτερη συχνότητα στην ομάδα των ασθενών υπό ΤΝ σε σύγκριση με την ομάδα της ΧΝΝ σταδίων 1-4 (P= 0,002). Κατόπιν προσαρμογής για αρκετούς παράγοντες κινδύνου, η πολυπαραγοντική ανάλυση Cox έδειξε πως οι ασθενείς με τον γονότυπο TT είχαν σχεδόν 5-πλάσιο κίνδυνο για ολική θνητότητα (Hazard Ratio -HR 4,67, 95% Confidence Interval -CI 1,37-15,94, P=0,01) και ΚΑ θνητότητα (HR 5,07, 95% CI 1,07-24,09, P=0,04) σε σχέση με τους ασθενείς που είχαν τους γονότυπους TC/CC. Στην υπο-ομάδα των ασθενών που μετρήθηκε η dpucMGP, η πολυπαραγοντική ανάλυση Cox έδειξε πως η υψηλή dpucMGP πλάσματος> 646 pM είναι ανεξάρτητος παράγοντας κινδύνου για ολική θνητότητα – [HR 2,97, 95% CI 1,27-6,95, P=0,012], KA θνητότητα - (HR 5,49, 95% CI 1,85-16,33, P=0,002) και εμφάνιση ΚΑ συμβάματος- (HR 2,07 95% CI 1,00-4,20, P=0,047) συγκριτικά με τους ασθενείς στην ομάδα της χαμηλής dpucMGP.Καθώς η MGP αποτελεί σημαντικό αναστολέα της ιστικής και αγγειακής επασβέστωσης, η μελέτη μας υποδεικνύει ότι μάλλον υπάρχει γενετική βάση στην επασβέστωση των ασθενών με διαβητική νεφροπάθεια. Θα μπορούσαμε να υποθέσουμε ότι ο πολυμορφισμός T-138C της MGP ίσως προδιαθέτει γενετικά στην έκφραση της αγγειακής επασβέστωσης.

scholarly journals A Protocol for Rapid and Inexpensive Genotyping of Mutant Mice from Dried Blood Spots: An Update

2021 ◽  
Author(s):  
Antonella Romano ◽  
Candida Zuchegna ◽  
Giuseppa Zannini ◽  
Roberta Grillo ◽  
Samantha Messina ◽  
...  
Keyword(s):  
Dna Extraction ◽  
Genomic Dna ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Dna Amplification ◽  
Dried Blood Spots ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Single Nucleotide ◽  
Pcr Rflp ◽  
Polymerase Chain ◽  
Sensitivity Specificity

Abstract Background: Dried blood spot (DBS) testing is a well-known method of bio-sampling by which blood samples are blotted and dried on filter paper. The dried samples can then be analyzed by several techniques such as DNA amplification and HPLC. We have developed a homemade DBS method followed by an alternative protocol for genomic DNA extraction from a drop of blood adsorbed on paper support. This protocol consists of two separate steps: (1) organic DNA extraction from the DBS, followed by (2) DNA amplification by polymerase chain reaction (PCR). The PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) is an advantageous and simple approach to detect single nucleotide polymorphisms (SNPs). Results: We have evaluated the efficiency of our method for the extraction of genomic DNA from DBS by testing its performance in genotyping mouse models of obesity and herein discuss the sensitivity, specificity and feasibility of this novel procedure. Conclusions: Our protocol is easy to perform, fast and inexpensive and allows the isolation of pure DNA from a miniscule amount of sample.

scholarly journals Effect of porcine IL-6 polymorphism on litter size traits in commercial pig breeds

2020 ◽  
Vol 19 (2) ◽  
pp. 237-246
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Litter Size ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Chain Reaction ◽  
Large White ◽  
Single Nucleotide ◽  
Pcr Rflp ◽  
Polymerase Chain ◽  
Restriction Fragment Length

This study aimed to verify the polymorphisms in the porcine IL-6 gene and to elucidate its effects on litter size traits in Large White and Landrace sows. Four single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the porcine IL-6 gene (g.91506415A>G, g.91507983A>G, g.91508173C>T, and g.91508716C>T) were genotyped using the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. There was no polymorphism observed on the three SNPs (g.91506415A>G, g.91507983A>G, and g.91508716C>T) of the porcine IL-6 gene. The porcine IL-6 g.91508173C>T polymorphism was found to be segregating in Large White and Landrace sows. The porcine IL-6 g.91508173C>T polymorphism was significantly associated with the total number born (TNB) and the number of piglets weaned alive (NWA) traits in Large White sows (P<0.05). Moreover, the porcine IL-6 g.91508173C>T polymorphism was significantly associated with the TNB, number born alive (NBA), and NWA traits in Landrace sows (P<0.05). These results indicated that the porcine IL-6 g.91508173C>T polymorphism was associated with litter size traits. These findings confirmed the importance of the IL-6 gene as a candidate gene for litter size traits in pigs.

scholarly journals CD24 GENE POLYMORPHISMS IN EGYPTIAN PATIENTS WITH COLORECTAL CANCER

2021 ◽  
Vol 9 (10) ◽  
pp. 337-348
Author(s):  
Eman Saber Elhennawy ◽  
Abeer Mesbah Abd-El Hamid ◽  
Tharwat Saad Kandil ◽  
Mohammed Mohammed El-Sayed El-Arman ◽  
Rasha Elzehery
Keyword(s):  
Colorectal Cancer ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Multivariate Logistic Regression Analysis ◽  
Control Group ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Single Nucleotide ◽  
Egyptian Patients ◽  
Pcr Rflp ◽  
Polymerase Chain ◽  
Apparently Healthy

Introduction: Early detection of colorectal cancer (CRC) is the key to reduce its related morbidity and mortality. Methods: One hundred CRC patients were included in this study, they were admitted at Mansoura Gastroenterology Center, Mansoura University and diagnosis was confirmed by pathology.100 apparently healthy individuals were served as the control group.CD24 (P170 C/T) and CD24 (P-534 A/C) single nucleotide polymorphisms (SNPs) were analyzed using polymerase chain reaction–restriction fragment length polymorphism (PCR/RFLP). Results: Regarding CD24 P170 C/T SNP, no statistically significant association was found between genotypes, alleles and risk of CRC. While, P-534 A/C; AC, CC, AC+CC genotypes and C allele showed significantly higher frequency in cases when compared to controls. CC and TC haplotypes were significantly associated with risk of CRC when compared to control group. Multivariate logistic regression analysis revealed that higher CEA and P-534 A/C (AC+CC) were considered as independent predictors of higher CRC stages. Conclusion: The current study observed an association between CD24 P-543 A/C SNP and the risk of developing CRC in Egyptian subjects.

scholarly journals Two single nucleotide polymorphisms in the caprine GnIH gene are associated with litter size

2017 ◽  
Vol 62 (No. 7) ◽  
pp. 269-275 ◽  
Author(s):  
X. An ◽  
L. Bao ◽  
J. Hou ◽  
Y. Bai ◽  
X. Zhao ◽  
...  
Keyword(s):  
Single Nucleotide Polymorphisms ◽  
Litter Size ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Dairy Goat ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Single Nucleotide ◽  
Pcr Rflp ◽  
Polymerase Chain ◽  
Gonadotropin Inhibitory Hormone ◽  
Direct Suppression

Gonadotropin-inhibitory hormone (GnIH) can decrease luteinizing hormone and/or follicle-stimulating hormone levels in rat, mouse, sheep, and cattle by the direct suppression of gonadotropin-releasing hormone (GnRH). The present study investigated polymorphisms in the GnIH genes of two dairy goat breeds and their association with litter size. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) g.1837C&gt;G and g.3195G&gt;A (GenBank Accession Nos. KR778885 and KR819142) were detected in the GnIH genes of Xinong Saanen and Guanzhong dairy goat breeds using DNA sequencing and polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). Furthermore, the g.1837C&gt;G and g.3195G&gt;A loci were closely linked in both breeds (r<sup>2</sup> &gt; 0.33). Association analysis showed that these SNPs had significant effects on the litter size of goats (P &lt; 0.05). In both breeds, individuals with the CC/GG (g.1837C&gt;G/g.3195G&gt;A) genotype showed larger litter sizes in the second and average parities than individuals with the GG/AA genotype (P &lt; 0.05). Known biochemical and physiological functions, along with our results, indicate that the CC/GG genotype may be used in marker-assisted selection to choose individuals with a larger litter size from both breeds.

An association of the MCP-1 and CCR2 single nucleotide polymorphisms with colorectal cancer prevalence

2017 ◽  
Vol 89 (5) ◽  
pp. 1-5 ◽  
Author(s):  
Anna Walczak ◽  
Karolina Przybyłowska-Sygut ◽  
Andrzej Sygut ◽  
Adrianna Cieślak ◽  
Michał Mik ◽  
...  
Keyword(s):  
Colorectal Cancer ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Nucleotide Polymorphism ◽  
Single Nucleotide ◽  
Cancer Prevalence ◽  
Pcr Rflp ◽  
Study Support ◽  
Polymorphic Variants ◽  
Polymerase Chain

The aim of the study: We evaluated the connection between the presence of the -2518 A/G MCP-1 as well as 190 G/A CCR2 polymorphic variants and colorectal cancer (CRC) occurrence. Material and methods: Study group consisted of subjects with different stages of CRC as well as healthy controls. Genotypes were determined by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. Results: W observed an association between the colorectal cancer and the GG genotype of the -2518 A/G MCP-1 single nucleotide polymorphism. No statistically significant correlation was found between CRC and the 190 G/A CCR2 polymorphism. Conclusion: The results of this study support the hypothesis that polymorphism in the MCP-1 gene may contribute to the etiology of colorectal cancer.

scholarly journals Identifikasi Keragaman Gen DGAT1 serta Asosiasinya terhadap Karakteristik Karkas dan Sifat Perlemakan Domba

2019 ◽  
Vol 6 (2) ◽  
pp. 259
Author(s):  
Asep Gunawan ◽  
Ratna Sholatia Harahap ◽  
Kasita Listyarini ◽  
Cece Sumantri
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Single Nucleotide Polymorphism ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Nucleotide Polymorphism ◽  
Chain Reaction ◽  
Single Nucleotide ◽  
Dgat1 Gene ◽  
Pcr Rflp ◽  
Polymerase Chain ◽  
Restriction Fragment Length

ABSTRAK Karakteristik karkas dan sifat perlemakan pada daging domba dikontrol oleh banyak gen salah satunya gen DGAT1 (Diacylglycerol Acyltransferasel 1). Penelitian ini bertujuan mengidentifikasi SNP (Single Nucleotide Polymorphism) gen DGAT1 pada titik mutasi g.8539 C>T dan asosiasinya terhadap karakteristik karkas dan sifat perlemakan pada domba Indonesia. Total sampel domba yang digunakan sebanyak 150 buah terdiri dari 35 sampel domba compass agrinak (DCA), 36 sampel domba barbados cross (DBC), 41 sampel domba komposit garut (DKG), 20 sampel domba ekor gemuk (DEG), dan 18 sampel domba ekor tipis (DET). Karakteristik karkas dan sifat perlemakan diukur dari domba jantan berumur 10-12 bulan. Identifikasi keragaman DGAT1|ALuI dianalisis dengan metode PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism). Hasil keragaman gen DGAT1 bersifat polimorfik dalam DET dan DEG, sedangkan DCA, DBC, dan DKG bersifat monomorfik. Dua genotipe disebut CC dan  CT ditemukan dalam DET dan DEG. Titik mutasi gen DGAT1 berasosiasi (P<0.05) dengan karakteristik karkas, yaitu bobot dan panjang karkas. Selain itu, keragaman gen DGAT1 juga berasosiasi signifikan (P<0.05) dengan asam lemak jenuh, yaitu asam stearat (C18:0) dan asam arakidat (C20:0) dan asam lemak tak jenuh tunggal, yaitu asam oleat (C18:1n9c). Gen DGAT1 memiliki kontribusi dalam karakteristik karkas dan komposisi asam lemak pada domba.Kata Kunci: domba, gen DGAT1, karakteristik karkas, PCR-RFLP, sifat perlemakan                                                              ABSTRACT            Characteristic of carcass and fatness traits of sheep is regulated by many genes such as DGAT1 (Diacylglycerol Acyltransferasel 1) gene. The research was aimed to investigate SNP (Single Nucleotide Polymorphism) of DGAT1 and its association with characteristic of carcass and fatness traits in Indonesian sheep. A total sample of sheeps used 150 rams of 10–12 months consisted 35 samples of compas agrinak sheep (CAS), 36 of barbados cross (BCS), 41 of garut composite (GCS), 20  of javanese fat tailed (JFT), and 18 of javanese thin tailed (JTT). Identification variant of DGAT1|ALuI were performed by PCR-RFLP (Polymerase Chain Reaction-Restriction Fragment Length Polymorphism). The results of polymorphism of DGAT1 were found in JTT and JFT. However, SNP of DGAT1 in CAS, BCS and GCS were monomorfic. Two genotype namely CC and CT were found in JTT and JFT populations. A SNP of the DGAT1 was associated (P<0.05) with characteristic of carcass, including weight and length of carcass. The variant of DGAT1 was associated too with saturated fatty acids (SFA) including stearic acid (C18:0) and arachidic acid (C20:0), and mono unsaturated fatty acid (MUFA) including oleic acid (C18:1n9c). The DGAT1 gene was contribute to characteristic carcass and fatty acid composition in sheep.Keywords: DGAT1 gene, characteristic carcass, fatness traits, PCR-RFLP, sheep

scholarly journals Association of non-synonymous SNPs of <i>OPN</i> gene with litter size traits in pigs

2015 ◽  
Vol 58 (2) ◽  
pp. 317-323 ◽  
Author(s):  
T. Kumchoo ◽  
S. Mekchay
Keyword(s):  
Litter Size ◽  
Reproductive Traits ◽  
Snp Markers ◽  
Strong Linkage Disequilibrium ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Large White ◽  
Single Nucleotide ◽  
Pcr Rflp ◽  
Polymerase Chain ◽  
Acid Exchange

Abstract. Osteopontin (OPN) gene is a secreted phosphoprotein which appears to play a key function in the conceptus implantation, placentation and maintenance of pregnancy in pigs. The objectives of this study were to verify the non-synonymous single nucleotide polymorphisms (SNPs) and their association with litter size traits in commercial Thai Large White pigs. A total of 320 Thai Large White sows were genotyped using the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. Three SNPs at c.425G> A, c.573T> C and c.881C> T revealed amino acid exchange rates of p.110Ala> Thr, p.159Val> Ala and p.262Pro> Ser, respectively, and were then segregated. These three SNPs were significantly associated with total number born (TNB) and number born alive (NBA) traits. No polymorphisms of the two SNP markers (c.278A> G and c.452T> G) were observed in this study. Moreover, the SNPs at c.425G> A and c.573T> C were found to be in strong linkage disequilibrium. The association of OPN with litter size emphasizes the importance of porcine OPN as a candidate gene for reproductive traits in pig breeding.

scholarly journals Single-Nucleotide-Polymorphism-Specific PCR for Quantification and Discrimination of Chlamydia pneumoniae Genotypes by Use of a “Locked” Nucleic Acid

2006 ◽  
Vol 72 (5) ◽  
pp. 3785-3787 ◽  
Author(s):  
Jan Rupp ◽  
Werner Solbach ◽  
Jens Gieffers
Keyword(s):  
Single Nucleotide Polymorphism ◽  
Chlamydia Pneumoniae ◽  
Locked Nucleic Acid ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Nucleotide Polymorphism ◽  
Single Nucleotide ◽  
Specific Pcr ◽  
Intraspecies Diversity

ABSTRACT Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) are targets to discriminate intraspecies diversity of bacteria and to correlate a genotype with a potential pathotype. Quantification of polygenotypic populations supports this task for in vitro and in vivo applications. We present a novel assay capable of quantifying mixtures of two genotypes differing by only one SNP.

Effects of prolactin receptor genotype on the litter size of Mangalica

2011 ◽  
Vol 59 (2) ◽  
pp. 269-277 ◽  
Author(s):  
Károly Tempfli ◽  
Gergely Farkas ◽  
Zsolt Simon ◽  
Ágnes Bali Papp
Keyword(s):  
Litter Size ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Prolactin Receptor ◽  
Hair Follicles ◽  
Nucleotide Polymorphism ◽  
Allelic Discrimination ◽  
Single Nucleotide ◽  
Breed Group ◽  
Pcr Rflp ◽  
Polymerase Chain

The aim of this study was to detect different alleles of the prolactin receptor (PRLR) gene and to examine their effects on the litter size of the indigenous Hungarian pig, the Mangalica. G1789A single nucleotide polymorphism (SNP) was investigated as a candidate for litter size. Samples from 80 purebred Mangalica sows and data of their 335 litters were provided by Olmos & Tóth Ltd. Hair follicles were used to isolate the required DNA. Allelic discrimination was performed by means of the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method using the AluI restriction enzyme and agarose gel electrophoresis. In the population examined, the A allele was found to be preferable in the Mangalica breed group. The most advantageous AA genotype was the least prevalent (8.75%), while the frequencies of AB and BB were 40% and 51.25%, respectively. Remarkably, the average number of piglets born alive per litter was 1.11 ± 0.39 higher in sows with AA as compared to those with BB genotype. By raising the frequency of the AA genotype, the litter size is likely to increase. However, the effect of PRLR genotypes can differ among pig breeds and even lines. Further studies may be required to observe and estimate possible pleiotropic effects of this polymorphism on other traits.

scholarly journals Strain and Virulence Diversity in the Mouse Pathogen Chlamydia muridarum

2009 ◽  
Vol 77 (8) ◽  
pp. 3284-3293 ◽  
Author(s):  
Kyle H. Ramsey ◽  
Ira M. Sigar ◽  
Justin H. Schripsema ◽  
Cecele J. Denman ◽  
Anne K. Bowlin ◽  
...  
Keyword(s):  
Model Organism ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Single Nucleotide ◽  
Deletion Mutations ◽  
Chlamydia Muridarum ◽  
Adenocarcinoma Cells ◽  
Tract Infections ◽  
Virulence Diversity

ABSTRACT The mouse chlamydial pathogen Chlamydia muridarum has been used as a model organism for the study of human Chlamydia trachomatis urogenital and respiratory tract infections. To date, two commonly used C. muridarum isolates have been used interchangeably and are essentially taken to be identical. Herein, we present data that indicate that this is not the case. The C. muridarum Weiss isolate and C. muridarum Nigg isolate varied significantly in their virulences in vivo and possessed different growth characteristics in vitro. Distinct differences were observed in intravaginal 50% infectious doses and in challenge infections, with the Weiss isolate displaying greater virulence. Respiratory infection by the intranasal route also indicated a greater virulence of the Weiss isolate. In vitro, morphometric analysis revealed that the Weiss isolate produced consistently smaller inclusions in human cervical adenocarcinoma cells (HeLa 229) and smaller plaques in monolayers of mouse fibroblasts (L929) than did the Nigg isolate. In addition, the Weiss isolate possessed significantly higher replicative yields in vitro than did the Nigg isolate. In plaque-purified isolates derived from our stocks of these two strains, total genomic sequencing identified several unique nonsynonymous single nucleotide polymorphisms and insertion/deletion mutations when our Weiss (n = 4) and Nigg (n = 5) isolates were compared with the published Nigg sequence. In addition, the two isolates shared 11 mutations compared to the published Nigg sequence. These results prove that there is genotypic and virulence diversity among C. muridarum isolates. These findings can be exploited to determine factors related to chlamydial virulence and immunity.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document