scholarly journals Two single nucleotide polymorphisms in the caprine GnIH gene are associated with litter size

2017 ◽  
Vol 62 (No. 7) ◽  
pp. 269-275 ◽  
Author(s):  
X. An ◽  
L. Bao ◽  
J. Hou ◽  
Y. Bai ◽  
X. Zhao ◽  
...  
Keyword(s):  
Single Nucleotide Polymorphisms ◽  
Litter Size ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Dairy Goat ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Single Nucleotide ◽  
Pcr Rflp ◽  
Polymerase Chain ◽  
Gonadotropin Inhibitory Hormone ◽  
Direct Suppression

Gonadotropin-inhibitory hormone (GnIH) can decrease luteinizing hormone and/or follicle-stimulating hormone levels in rat, mouse, sheep, and cattle by the direct suppression of gonadotropin-releasing hormone (GnRH). The present study investigated polymorphisms in the GnIH genes of two dairy goat breeds and their association with litter size. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) g.1837C&gt;G and g.3195G&gt;A (GenBank Accession Nos. KR778885 and KR819142) were detected in the GnIH genes of Xinong Saanen and Guanzhong dairy goat breeds using DNA sequencing and polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). Furthermore, the g.1837C&gt;G and g.3195G&gt;A loci were closely linked in both breeds (r<sup>2</sup> &gt; 0.33). Association analysis showed that these SNPs had significant effects on the litter size of goats (P &lt; 0.05). In both breeds, individuals with the CC/GG (g.1837C&gt;G/g.3195G&gt;A) genotype showed larger litter sizes in the second and average parities than individuals with the GG/AA genotype (P &lt; 0.05). Known biochemical and physiological functions, along with our results, indicate that the CC/GG genotype may be used in marker-assisted selection to choose individuals with a larger litter size from both breeds.

scholarly journals Effect of porcine IL-6 polymorphism on litter size traits in commercial pig breeds

2020 ◽  
Vol 19 (2) ◽  
pp. 237-246
Keyword(s):  
Polymerase Chain Reaction ◽  
Litter Size ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Chain Reaction ◽  
Large White ◽  
Single Nucleotide ◽  
Pcr Rflp ◽  
Polymerase Chain ◽  
Restriction Fragment Length

This study aimed to verify the polymorphisms in the porcine IL-6 gene and to elucidate its effects on litter size traits in Large White and Landrace sows. Four single nucleotide polymorphisms (SNPs) of the porcine IL-6 gene (g.91506415A>G, g.91507983A>G, g.91508173C>T, and g.91508716C>T) were genotyped using the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. There was no polymorphism observed on the three SNPs (g.91506415A>G, g.91507983A>G, and g.91508716C>T) of the porcine IL-6 gene. The porcine IL-6 g.91508173C>T polymorphism was found to be segregating in Large White and Landrace sows. The porcine IL-6 g.91508173C>T polymorphism was significantly associated with the total number born (TNB) and the number of piglets weaned alive (NWA) traits in Large White sows (P<0.05). Moreover, the porcine IL-6 g.91508173C>T polymorphism was significantly associated with the TNB, number born alive (NBA), and NWA traits in Landrace sows (P<0.05). These results indicated that the porcine IL-6 g.91508173C>T polymorphism was associated with litter size traits. These findings confirmed the importance of the IL-6 gene as a candidate gene for litter size traits in pigs.

scholarly journals Association of non-synonymous SNPs of <i>OPN</i> gene with litter size traits in pigs

2015 ◽  
Vol 58 (2) ◽  
pp. 317-323 ◽  
Author(s):  
T. Kumchoo ◽  
S. Mekchay
Keyword(s):  
Litter Size ◽  
Reproductive Traits ◽  
Snp Markers ◽  
Strong Linkage Disequilibrium ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Large White ◽  
Single Nucleotide ◽  
Pcr Rflp ◽  
Polymerase Chain ◽  
Acid Exchange

Abstract. Osteopontin (OPN) gene is a secreted phosphoprotein which appears to play a key function in the conceptus implantation, placentation and maintenance of pregnancy in pigs. The objectives of this study were to verify the non-synonymous single nucleotide polymorphisms (SNPs) and their association with litter size traits in commercial Thai Large White pigs. A total of 320 Thai Large White sows were genotyped using the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. Three SNPs at c.425G> A, c.573T> C and c.881C> T revealed amino acid exchange rates of p.110Ala> Thr, p.159Val> Ala and p.262Pro> Ser, respectively, and were then segregated. These three SNPs were significantly associated with total number born (TNB) and number born alive (NBA) traits. No polymorphisms of the two SNP markers (c.278A> G and c.452T> G) were observed in this study. Moreover, the SNPs at c.425G> A and c.573T> C were found to be in strong linkage disequilibrium. The association of OPN with litter size emphasizes the importance of porcine OPN as a candidate gene for reproductive traits in pig breeding.

Effects of prolactin receptor genotype on the litter size of Mangalica

2011 ◽  
Vol 59 (2) ◽  
pp. 269-277 ◽  
Author(s):  
Károly Tempfli ◽  
Gergely Farkas ◽  
Zsolt Simon ◽  
Ágnes Bali Papp
Keyword(s):  
Litter Size ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Prolactin Receptor ◽  
Hair Follicles ◽  
Nucleotide Polymorphism ◽  
Allelic Discrimination ◽  
Single Nucleotide ◽  
Breed Group ◽  
Pcr Rflp ◽  
Polymerase Chain

The aim of this study was to detect different alleles of the prolactin receptor (PRLR) gene and to examine their effects on the litter size of the indigenous Hungarian pig, the Mangalica. G1789A single nucleotide polymorphism (SNP) was investigated as a candidate for litter size. Samples from 80 purebred Mangalica sows and data of their 335 litters were provided by Olmos & Tóth Ltd. Hair follicles were used to isolate the required DNA. Allelic discrimination was performed by means of the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method using the AluI restriction enzyme and agarose gel electrophoresis. In the population examined, the A allele was found to be preferable in the Mangalica breed group. The most advantageous AA genotype was the least prevalent (8.75%), while the frequencies of AB and BB were 40% and 51.25%, respectively. Remarkably, the average number of piglets born alive per litter was 1.11 ± 0.39 higher in sows with AA as compared to those with BB genotype. By raising the frequency of the AA genotype, the litter size is likely to increase. However, the effect of PRLR genotypes can differ among pig breeds and even lines. Further studies may be required to observe and estimate possible pleiotropic effects of this polymorphism on other traits.

scholarly journals A Protocol for Rapid and Inexpensive Genotyping of Mutant Mice from Dried Blood Spots: An Update

2021 ◽  
Author(s):  
Antonella Romano ◽  
Candida Zuchegna ◽  
Giuseppa Zannini ◽  
Roberta Grillo ◽  
Samantha Messina ◽  
...  
Keyword(s):  
Dna Extraction ◽  
Genomic Dna ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Dna Amplification ◽  
Dried Blood Spots ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Single Nucleotide ◽  
Pcr Rflp ◽  
Polymerase Chain ◽  
Sensitivity Specificity

Abstract Background: Dried blood spot (DBS) testing is a well-known method of bio-sampling by which blood samples are blotted and dried on filter paper. The dried samples can then be analyzed by several techniques such as DNA amplification and HPLC. We have developed a homemade DBS method followed by an alternative protocol for genomic DNA extraction from a drop of blood adsorbed on paper support. This protocol consists of two separate steps: (1) organic DNA extraction from the DBS, followed by (2) DNA amplification by polymerase chain reaction (PCR). The PCR-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) is an advantageous and simple approach to detect single nucleotide polymorphisms (SNPs). Results: We have evaluated the efficiency of our method for the extraction of genomic DNA from DBS by testing its performance in genotyping mouse models of obesity and herein discuss the sensitivity, specificity and feasibility of this novel procedure. Conclusions: Our protocol is easy to perform, fast and inexpensive and allows the isolation of pure DNA from a miniscule amount of sample.

scholarly journals Association of single-nucleotide polymorphisms in <i>NAT9 </i>and <i>MAP3K3</i> genes with litter size traits in Berkshire pigs

2018 ◽  
Vol 61 (4) ◽  
pp. 379-386
Author(s):  
Jung Hye Hwang ◽  
Sang Mi An ◽  
Go Eun Yu ◽  
Da Hye Park ◽  
Deok Gyeong Kang ◽  
...  
Keyword(s):  
Single Nucleotide Polymorphisms ◽  
Litter Size ◽  
Reproductive Traits ◽  
Mitogen Activated Protein Kinase ◽  
Chromosome 12 ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Single Nucleotide ◽  
Pcr Rflp ◽  
Mitogen Activated Protein ◽  
Berkshire Pigs

Abstract. Litter size is an economically important trait in the pig industry. We aimed to identify genetic markers associated with litter size, which can be used in breeding programs for improving reproductive traits. Single-nucleotide polymorphisms (SNPs) of Berkshire pigs in the N-acetyltransferase 9 (NAT9) and Mitogen-activated protein kinase kinase kinase 3 (MAP3K3) genes were from RNA sequencing results, and already exist in the databank (NCBI), and were confirmed by polymerase chain reaction and restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP). A total of 272 Berkshire sows were used to examine the genotype, and their association with litter size traits was analyzed. The NAT9 SNP was located in chromosome 12 exon 640 mRNA (A > G) and the MAP3K3 SNP was located in chromosome 12 intron 11 (80, C > T). Association analysis indicated that the GG genotype of NAT9 and the CT genotype of MAP3K3 had the highest values for litter size traits. The GG genotype expressed higher levels of NAT9 mRNA in the endometrium than the other genotypes did, and a positive correlation was found between litter size traits and NAT9, but not MAP3K3 expression level. These results indicate that the NAT9 and MAP3K3 can be used as candidate genes applicable in breeding program for the improvement of litter size traits in Berkshire pigs.

scholarly journals Identification of Single Nucleotide Polymorphisms in Selenium-Glutathione Peroxidase (GPX1) Gene

2019 ◽  
Vol 7 (3) ◽  
pp. 819-827
Author(s):  
Ala A. Qatatsheh ◽  
Rula Amr ◽  
Murad A. Al-Holy ◽  
Amin N. Olaimat ◽  
R. Ibrahim
Keyword(s):  
Single Nucleotide Polymorphisms ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Human Genetic Variation ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Coding Region ◽  
Single Nucleotide ◽  
Specificity And Sensitivity ◽  
Polymerase Chain ◽  
High Degree ◽  
Rflp Assay

Human genetic variation is quite common with single nucleotide polymorphisms (SNPs) accounting for the majority of the variants. In the present study, primers for amplification of the appropriate part of the human GPX1 gene by polymerase chain reaction (PCR) were designed. The aim of this study was to develop a restriction fragment length polymorphism (RFLP) assay to detect and characterize GPX1 polymorphism in the coding region and validate the assays by sequencing. This study demonstrated that the RFLP method, which can be rapid, is reliable and valid as a tool for identifying the different polymorphisms with a high degree of specificity and sensitivity.

scholarly journals Μελέτη παραγόντων της αγγειακής επασβέστωσης σε ασθενείς με διαβητική νεφροπάθεια

2019 ◽  
Author(s):  
Στέφανος Ρουμελιώτης
Keyword(s):  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Matrix Gla Protein ◽  
Enzyme Linked Immunosorbent Assay ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Single Nucleotide ◽  
Pcr Rflp ◽  
Epoxide Reductase ◽  
Polymerase Chain

Η Χρόνια Νεφρική Νόσος (ΧΝΝ) αποτελεί ένα σημαντικό επιδημιολογικό πρόβλημα, με αυξανόμενη συχνότητα και επιπολασμό και υψηλό κόστος στα εθνικά συστήματα υγείας, παγκοσμίως. Η κυριότερη αιτία της ραγδαίας αύξησης του επιπολασμού της νεφρικής νόσου την τελευταία εικοσαετία είναι η αύξηση του επιπολασμού του Σακχαρώδη Διαβήτη Τύπου 2 (ΣΔΤ2), της συχνότερης αιτίας της νεφροπάθειας. Στους ασθενείς με διαβητική νεφροπάθεια (ΔΝ), ακόμα και στα αρχικά στάδια, παρατηρείται επιταχυνόμενη επασβέστωση των αγγείων και συνεπώς η καρδιαγγειακή νόσος αποτελεί την πρώτη αιτία θνητότητας και νοσηρότητας.Η Matrix Gla Protein (MGP) αποτελεί την πρώτη πρωτεΐνη που αναγνωρίστηκε in vitro και in vivo ως ισχυρός αναστολέας αγγειακής επασβέστωσης (ΑΕ). Πρόκειται για μία βιταμινο-Κ εξαρτώμενη πρωτεΐνη 84 αμινοξέων, μοριακού βάρους 12 kDa, που εκφράζεται από τα χονδροκύτταρα και τα λεία μυϊκά κύτταρα του αγγειακού τοιχώματος. Για να γίνει βιολογικά δραστική η MGP πρέπει να υποστεί γ-καρβοξυλίωση και φωσφορυλίωση, διαδικασίες που εξαρτώνται από τις διαθέσιμη ποσότητα βιταμίνης Κ. Η ανενεργός, μη-καρβοξυλιωμένη, μη-φωσφορυλιωμένη μορφή της MGP (dpucMGP) έχει σχετιστεί επανειλημμένως με ανάπτυξη ΑΕ, αλλά και με εξέλιξη της ΧΝΝ.Αρκετές μελέτες έχουν δείξει πως εκτός από διαιτητικούς, εμπλέκονται και γενετικοί παράγοντες στον κύκλο της βιταμίνης Κ (ανακύκλωση της βιταμίνης Κ) και μπορούν να οδηγήσουν σε μειωμένη δραστικότητα της MGP και συνεπώς σε ΑΕ. Η υπομονάδα 1 του συμπλόκου της αναγωγάσης του εποξειδίου της βιταμίνης Κ (Vitamin K Epoxide Reductase Complex Subunit 1 – VKORC1) είναι βασικό συστατικό του κύκλου της βιταμίνης Κ, καθώς είναι το υπεύθυνο ένζυμο για την ολοκλήρωση της μετατροπής του εποξειδίου της βιταμίνης Κ σε βιταμίνη Κ και συνεπώς, της ανακύκλωσής της. Μονονουκλεοτιδικοί γονιδιακοί πολυμορφισμοί (single nucleotide polymorphisms, SNPs) στο γονίδιο που κωδικοποιεί το υπεύθυνο ένζυμο για την ανακύκλωση της βιταμίνης Κ έχουν συσχετιστεί με επιταχυνόμενη ΑΕ της αορτής. Στην περιοχή του υποκινητή του γονιδίου VKORC1 έχει ταυτοποιηθεί ο πολυμορφισμός -1639G>A. Φορείς του G αλληλομόρφου εμφανίζουν αυξημένη κατά 44% δραστικότητα του υποκινητή και αυξημένα επίπεδα ενζύμου VKORC1. Ένας άλλος παράγοντας που επηρεάζει τα επίπεδα της βιταμίνης Κ είναι η απολιποπρωτεϊνη Ε (apoE) η οποία διευκολύνει την κυτταρική πρόσληψη των χυλομικρών που αποτελούν το φορέα μεταφοράς της βιταμίνης Κ στο αίμα. Τα τρία συνηθισμένα αλληλόμορφα της apoE διαφέρουν στην ικανότητά τους να διευκολύνουν την κάθαρση των πλούσιων σε βιταμίνη Κ λιποπρωτεϊνών από την κυκλοφορία με αποτέλεσμα τα επίπεδα πλάσματος της βιταμίνης Κ να μεταβάλλονται στους φορείς των τριών αλληλομόρφων της apoE. Το γονίδιο που κωδικοποιεί την MGP έχει οκτώ SNPs στον υποκινητή και στις περιοχές κωδικοποίησης. O πολυμορφισμός T-138C (rs 1800802) βρίσκεται σε περιοχή του υποκινητή που είναι απαραίτητος για τη μεταγραφή στα λεία μυϊκά κύτταρα των αγγείων. Αρκετοί ερευνητές έχουν δείξει πως η κυκλοφορούσα dpucMGP είναι ανεξάρτητος παράγοντας κινδύνου για ολική και ΚΑ θνητότητα σε διάφορους πληθυσμούς.Στην παρούσα μελέτη, σε διαβητικούς ασθενείς με ΔΝ και σε διαβητικούς χωρίς ΔΝ, μετρήθηκαν τα επίπεδα της κυκλοφορούσας dpucMGP, το πάχος του Ε-ΜΧΚ -ως υποκλινικού δείκτη αθηροσκλήρωσης-, και εκτιμήθηκε η επίδραση γενετικών πολυμορφισμών των γονιδίων των MGP, VKORC1 και apoE σε σχέση με το πάχος του Ε-ΜΧΚ και τα επίπεδα της dpucMGP. Επίσης αξιολογήθηκε η επίδραση των παραπάνω παραγόντων στην ολική και ΚΑ θνητότητα, τα ΚΑ επεισόδια και την εξέλιξη της νεφρικής νόσου στον πληθυσμό αυτό.Η γονοτύπηση των πολυμορφισμών του VKORC1-1639G>A, της MGP -138 T>C και της apoE πραγματοποιήθηκε με τη μέθοδο PCR-RFLP (polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism) σε 40 ασθενείς με ΣΔΤ2 και φυσιολογική νεφρική λειτουργία (ομάδα ελέγχου) και 118 ασθενείς με διάφορα στάδια διαβητικής ΧΝΝ (1-5, συμπεριλαμβανομένων ασθενών υπό αιμοκάθαρση με τεχνητό νεφρό- ΤΝ). Τα επίπεδα της dp-ucMGP του πλάσματος υπολογίστηκαν με τη μέθοδο ELISA (enzyme-linked immunosorbent assay). Σε όλους τους ασθενείς της μελέτης μετρήθηκε υπερηχογραφικά το πάχος του έσω-μέσου χιτώνα της κοινής καρωτίδας αρτηρίας (Ε-ΜΧΚ), με υψηλής ευκρίνειας υπερηχογραφικό μηχάνημα Doppler. Ο πληθυσμός της μελέτης παρακολουθήθηκε για μια 7ετία, με καταληκτικά σημεία την ολική θνητότητα, την ΚΑ θνητότητα και τα ΚΑ συμβάντα (θανατηφόρα και μη).Τα επίπεδα πλάσματος dpucMGP και η τιμή του πάχους Ε-ΜΧΚ σχετίστηκαν στατιστικά σημαντικά με την εξέλιξη της ΔΝ (P<0,0001 και P=0,004 αντιστοίχως). Η συγκέντρωση της dpucMGP ορού δε σχετίστηκε με κανέναν από τους τρεις πολυμορφισμούς ή το πάχος E-MXK. Ενώ οι πολυμορφισμοί VKORC1 -1639G > A και apoE δε σχετίστηκαν, ο πολυμορφισμός MGP T-138C σχετίστηκε με το πάχος του Ε-ΜΧΚ. Οι TT ομοζυγώτες εμφάνιζαν υψηλότερες πάχους Ε-ΜΧΚ συγκριτικά με τους γονότυπους TC και CC μαζί (P=0,006). Ο MGP T-138C ήταν ανεξάρτητος προγνωστικός παράγοντας του πάχους Ε-ΜΧΚ, μετά από προσαρμογή για αρκετούς παράγοντες κινδύνου για ΑΕ (P<0,0001). Επιπλέον, οι ομοζυγώτες ΤΤ εμφάνισαν μεγαλύτερη συχνότητα στην ομάδα των ασθενών υπό ΤΝ σε σύγκριση με την ομάδα της ΧΝΝ σταδίων 1-4 (P= 0,002). Κατόπιν προσαρμογής για αρκετούς παράγοντες κινδύνου, η πολυπαραγοντική ανάλυση Cox έδειξε πως οι ασθενείς με τον γονότυπο TT είχαν σχεδόν 5-πλάσιο κίνδυνο για ολική θνητότητα (Hazard Ratio -HR 4,67, 95% Confidence Interval -CI 1,37-15,94, P=0,01) και ΚΑ θνητότητα (HR 5,07, 95% CI 1,07-24,09, P=0,04) σε σχέση με τους ασθενείς που είχαν τους γονότυπους TC/CC. Στην υπο-ομάδα των ασθενών που μετρήθηκε η dpucMGP, η πολυπαραγοντική ανάλυση Cox έδειξε πως η υψηλή dpucMGP πλάσματος> 646 pM είναι ανεξάρτητος παράγοντας κινδύνου για ολική θνητότητα – [HR 2,97, 95% CI 1,27-6,95, P=0,012], KA θνητότητα - (HR 5,49, 95% CI 1,85-16,33, P=0,002) και εμφάνιση ΚΑ συμβάματος- (HR 2,07 95% CI 1,00-4,20, P=0,047) συγκριτικά με τους ασθενείς στην ομάδα της χαμηλής dpucMGP.Καθώς η MGP αποτελεί σημαντικό αναστολέα της ιστικής και αγγειακής επασβέστωσης, η μελέτη μας υποδεικνύει ότι μάλλον υπάρχει γενετική βάση στην επασβέστωση των ασθενών με διαβητική νεφροπάθεια. Θα μπορούσαμε να υποθέσουμε ότι ο πολυμορφισμός T-138C της MGP ίσως προδιαθέτει γενετικά στην έκφραση της αγγειακής επασβέστωσης.

scholarly journals CD24 GENE POLYMORPHISMS IN EGYPTIAN PATIENTS WITH COLORECTAL CANCER

2021 ◽  
Vol 9 (10) ◽  
pp. 337-348
Author(s):  
Eman Saber Elhennawy ◽  
Abeer Mesbah Abd-El Hamid ◽  
Tharwat Saad Kandil ◽  
Mohammed Mohammed El-Sayed El-Arman ◽  
Rasha Elzehery
Keyword(s):  
Colorectal Cancer ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Multivariate Logistic Regression Analysis ◽  
Control Group ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Single Nucleotide ◽  
Egyptian Patients ◽  
Pcr Rflp ◽  
Polymerase Chain ◽  
Apparently Healthy

Introduction: Early detection of colorectal cancer (CRC) is the key to reduce its related morbidity and mortality. Methods: One hundred CRC patients were included in this study, they were admitted at Mansoura Gastroenterology Center, Mansoura University and diagnosis was confirmed by pathology.100 apparently healthy individuals were served as the control group.CD24 (P170 C/T) and CD24 (P-534 A/C) single nucleotide polymorphisms (SNPs) were analyzed using polymerase chain reaction–restriction fragment length polymorphism (PCR/RFLP). Results: Regarding CD24 P170 C/T SNP, no statistically significant association was found between genotypes, alleles and risk of CRC. While, P-534 A/C; AC, CC, AC+CC genotypes and C allele showed significantly higher frequency in cases when compared to controls. CC and TC haplotypes were significantly associated with risk of CRC when compared to control group. Multivariate logistic regression analysis revealed that higher CEA and P-534 A/C (AC+CC) were considered as independent predictors of higher CRC stages. Conclusion: The current study observed an association between CD24 P-543 A/C SNP and the risk of developing CRC in Egyptian subjects.

An association of the MCP-1 and CCR2 single nucleotide polymorphisms with colorectal cancer prevalence

2017 ◽  
Vol 89 (5) ◽  
pp. 1-5 ◽  
Author(s):  
Anna Walczak ◽  
Karolina Przybyłowska-Sygut ◽  
Andrzej Sygut ◽  
Adrianna Cieślak ◽  
Michał Mik ◽  
...  
Keyword(s):  
Colorectal Cancer ◽  
Fragment Length Polymorphism ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Nucleotide Polymorphism ◽  
Single Nucleotide ◽  
Cancer Prevalence ◽  
Pcr Rflp ◽  
Study Support ◽  
Polymorphic Variants ◽  
Polymerase Chain

The aim of the study: We evaluated the connection between the presence of the -2518 A/G MCP-1 as well as 190 G/A CCR2 polymorphic variants and colorectal cancer (CRC) occurrence. Material and methods: Study group consisted of subjects with different stages of CRC as well as healthy controls. Genotypes were determined by polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. Results: W observed an association between the colorectal cancer and the GG genotype of the -2518 A/G MCP-1 single nucleotide polymorphism. No statistically significant correlation was found between CRC and the 190 G/A CCR2 polymorphism. Conclusion: The results of this study support the hypothesis that polymorphism in the MCP-1 gene may contribute to the etiology of colorectal cancer.

scholarly journals Association of IL-4 and IL-4R Polymorphisms with Litter Size Traits in Pigs

Animals ◽  
2021 ◽  
Vol 11 (4) ◽  
pp. 1154
Author(s):  
Worrarak Norseeda ◽  
Guisheng Liu ◽  
Tawatchai Teltathum ◽  
Pantaporn Supakankul ◽  
Korawan Sringarm ◽  
...  
Keyword(s):  
Litter Size ◽  
Reproductive Traits ◽  
Snp Markers ◽  
Interleukin 4 ◽  
Nucleotide Polymorphisms ◽  
Single Nucleotide ◽  
Pcr Rflp ◽  
Polymerase Chain ◽  
Interleukin 4 Receptor ◽  
Coding Snp

The interleukin-4 (IL-4) and interleukin-4 receptor (IL-4R) are cytokines that are involved in the immune and reproductive systems. This study aimed to verify the polymorphisms in the porcine IL-4 and IL-4R genes and to assess their effects on litter size traits in commercial pigs. Single nucleotide polymorphisms (SNPs) in the porcine IL-4 and IL-4R genes were genotyped by the polymerase chain reaction-restriction fragment length polymorphism (PCR-RFLP) method. A non-coding SNP of IL-4 g.134993898T > C and a non-synonymous SNP of IL-4R c.1577A > T (amino acid change at position 526, Q526L) were found to be segregating in Landrace sows. The IL-4 g.134993898T > C polymorphism was significantly associated with the number of piglets weaned alive (NWA) trait. The IL-4R c.1577A > T polymorphism was significantly associated with the number born alive (NBA) and NWA traits. Moreover, the accumulation of favorable alleles of these two SNP markers revealed significant associations with the NBA, NWA, and mean weight of piglets at weaning (MWW) traits. These findings indicate that the porcine IL-4 and IL-4R genes may contribute to the reproductive traits of pigs and could be used as candidate genes to improve litter size traits in the pig breeding industry.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document