Bước đầu ứng dụng phương pháp giải trình tự gen thế hệ mới trong phát hiện đa tác nhân ở trẻ có triệu chứng tiêu chảy cấp

2021 ◽  
Vol 30 (5) ◽  
pp. 116-124
Author(s):  
Vũ Đình Thiểm ◽  
Nguyễn Thị Hiền Anh ◽  
Nguyễn Vân Trang ◽  
Chử Thị Ngọc Mai ◽  
Lê Thị Khánh Ly ◽  
...  
Keyword(s):  
Viet Nam ◽  
Rt Pcr ◽  
Nextgeneration Sequencing

Bệnh tiêu chảy có tỷ lệ nhiễm và tử vong cao trong nhóm trẻ dưới 5 tuổi, đặc biệt là ở những nước đang phát triển như Việt Nam. Vi rút rota là một tác nhân quan trọng gây tiêu chảy bên cạnh trên 20 tác nhân vi khuẩn, vi rút và ký sinh trùng khác đã được xác định. Tuy nhiên có tới 20% những ca bệnh không xác định được nguyên nhân. Nghiên cứu này nhằm sử dụng phương pháp giải trình tự gen thế hệ mới (Nextgeneration sequencing - NGS) để phát hiện những tác nhân mới trong những ca bệnh tiêu chảy ở trẻ em. Mẫu phân của trẻ uống vắc xin rota mắc tiêu chảy được thu thập và sàng lọc một số tác nhân phổ biến bằng realtime RT-PCR và ELISA. Đồng thời, 3-4 mẫu của trẻ em Việt Nam và Bỉ được trộn lại để phân tích đa tác nhân bằng NGS. 25 và 15 nhóm tác nhân được phát hiện tương ứng ở mẫu bệnh phẩm của trẻ em Việt Nam và Bỉ. Bên cạnh các tác nhân vi rút quen thuộc họ Picornavirdae, Caliciviridae, phương pháp đã phát hiện một số vi rút không thường xuất hiện như vi rút thuộc họ Parvoviridae, một số thực khuẩn thể (bacteriophage) của V.cholera, Samonella trong các ca tiêu chảy ở cả Việt Nam và Bỉ. Như vậy phương pháp giải trình tự gen thế hệ mới có thể dùng để phát hiện đa tác nhân, bao gồm cả các tác nhântiềm năng.

Tìm hiểu sự lưu hành Arboviruses trên muỗi Aedes tại một số địa phương miền Bắc Việt Nam, 2016-2019

2021 ◽  
Vol 30 (6) ◽  
pp. 151-159
Author(s):  
Trần Vũ Phong ◽  
Nguyễn Hải Sơn ◽  
Nguyễn Văn Soái ◽  
Trần Thị Minh Tâm ◽  
Phan Hà Mỵ ◽  
...  
Keyword(s):  
Real Time ◽  
Viet Nam ◽  
Rt Pcr

Trong các vi rút truyền qua muỗi Aedes, bên cạnh vi rút DENV vi rút ZIKAV, CHIKV đang có xu hướng lan rộng ra nhiều quốc gia trên thế giới. Nghiên cứu này được tiến hành nhằm xác định sự lưu hành của muỗi Aedes nhiễm DENV, CHIKV và ZIKAV tại một số địa phương có số ca mắc sốt xuất huyết hàng năm cao ở miền Bắc Việt Nam trong thời gian 2016-2019. Trong năm 2016, nghiên cứu được thực hiện tại 3 xã phường của tỉnh Nam Định và 6 xã phường của Hà Nội. Muỗi Ae. aegypti và Ae. albopictus phát hiện được hầu hết ở các xã phường nghiên cứu. Muỗi Ae. aegypti chiếm tỷ trọng lớn ở các phường nội thành, nơi luôn có các ổ dịch sốt xuất huyết được phát hiện hàng năm. Phân tích tổng số 622 muỗi Ae. aegypti và Ae. albopictus từ các điểm nghiên cứu bằng kỹ thuật real-time RT PCR đa mồi phát hiện DENV/CHIKV/ ZIKAV chưa phát hiện thấy muỗi Aedes nhiễm DENV/CHIKV/ZIKAV. Áp dụng thêm kỹ thuật Pan RT-PCR chi Flaviviruses, Alphaviruses và Phelbovirus phân tích 478 muỗi Ae. aegypti thu thập tại Hà Nội năm 2019 cũng không phát hiện muỗi nhiễm các vi rút này. Vẫn có sự lưu hành của muỗi Aedes tại Nam Định và Hà Nội, chưa phát hiện thấy muỗi Aedes nhiễm DENV, CHIKV và ZIKAV. Các giám sát lưu hành Arbovirus trên muỗi cần tiếp tục duy trì, áp dụng thêm các kỹ thuật sinh học phân tử như Pan RT-PCR sàng lọc các chi/nhóm vi rút sẽ giúp tăng hiệu quả giám sát.

scholarly journals Detection and genome characterization of Potato virus Y isolates infecting potato (Solanum tuberosum L.) in La Union (Antioquia, Colombia)

2016 ◽  
Vol 34 (3) ◽  
pp. 317-328 ◽  
Author(s):  
Pablo Gutiérrez S. ◽  
Mauricio Marín M. ◽  
Daniel Muñoz E.
Keyword(s):  
Solanum Tuberosum ◽  
Potato Virus ◽  
Potato Virus Y ◽  
Seed Tuber ◽  
Rt Pcr ◽  
Potato Plants ◽  
Nextgeneration Sequencing ◽  
Prevalent Strain ◽  
Detailed Molecular Analysis

Potato virus Y (PVY) is one of the most severe viruses affecting the production of potato (Solanum tuberosum) in the world. This study presents a detailed molecular analysis using nextgeneration sequencing (NGS), IC-RT-qPCR and RT-PCR on the PVY isolates infecting seed-tubers and foliage of potato plants cv. Diacol-Capiro in La Union (Antioquia, Colombia). Analysis of incidence by IC-RT-qPCR in 15 random leaf samples of three cultivation plots and fifteen sprouting tuber eye-buds reveal infection levels between 13.4 and 80%; a higher incidence of 86.7% was observed in seed-tuber samples with threshold cycle (Ct) values as low as 24.3. Genome assembly from a bulk of foliage samples resulted in a consensus PVY genome (PVY_LaUnionF) of 9,702 nt and 399 polymorphic sites within the polyprotein ORF; while the assembled genome from sprouts of tubers has 9,704 nt (PVY_LaUnionT) and contained only six polymorphic nucleotide sites. Phylogenetic analysis demonstrates that the PVY isolates from leaf samples are in the recombinant PVYNTN group (sequence identity >99%); while those from tuber sprouts are in the PVYN/NTN group with identities above 95%. Sanger sequencing of viral capsid suggests the presence of a third variant related to PVYO, a prevalent strain reported in potato fields worldwide.

scholarly journals A clinical, laboratory, radiological, and microbiologicalstudy of pneumonia associated with covid-19 indicating person-to-person transmission

2021 ◽  
pp. 43832-43834
Keyword(s):  
Severe Acute Respiratory Syndrome ◽  
Respiratory Tract ◽  
Lower Respiratory Tract ◽  
Clinical Laboratory ◽  
Family Members ◽  
Rt Pcr ◽  
Geographical Regions ◽  
The Family ◽  
Nextgeneration Sequencing ◽  
Novel Coronavirus

Background: Novel coronavirus outbreak that originated in Wuhan, province of China has now been declared as one of the deadliest pandemics inflicting humankind in last hundred years. Method: In the present study, we have inferred the clinical, laboratory, radiological, and microbiological findings of five patients in a family cluster who presented with unexplained pneumonia after coming back from overseas and touchdown right here in India on 1st March 2020 earlier than lockdown and another member of the family who didn’tvisit thiscountry. Results: From March 10, 2020, we enrolled a family of six patients who travelled to SingaporeonJanuary 10th 2020and returned on March 1st 2020. Of six family members who travelled to Singapore, five were recognised as affected with the radical coronavirus (COVID 19). Additionally, one family member, who did not travel to overseas also became infected with the virus post14 days of staying with four of the family members. Five family members (aged 30–55 years) presented with symptoms like fever, upper or lower respiratory tract symptoms, or diarrhoea, or a combination of these 3–6 days after exposure. Phylogenetic evaluation of these five subjects’ RT-PCR amplicons and two full genomes by nextgeneration sequencing presented that this is a novel coronavirus, which is closest to the severe acute respiratory syndrome (SARS)-related coronaviruses. Conclusion: Our findings are steady with person-to-person transmission of this novel coronavirus in hospital (nosocomial) and family settings, and the reports of infected travellers in other geographical regions.

Một số đặc điểm phân tử của vi rút viêm não Nhật Bản phân lập được từ muỗi Culex ở một số tỉnh của khu vực Tây Nguyên, 2005-2018

2021 ◽  
Vol 30 (1) ◽  
pp. 17-26
Author(s):  
Phạm Khánh Tùng ◽  
Phạm Hồng Quỳnh Anh ◽  
Đỗ Phương Loan ◽  
Đặng Tuấn Đạt ◽  
Bùi Minh Trang ◽  
...  
Keyword(s):  
Viet Nam ◽  
Rt Pcr ◽  
Genotype I

Vi rút viêm não Nhật Bản (VNNB) do muỗi Culex truyền, có vật liệu di truyền là ARN sợi đơn dương; Vi rút VNNB chỉ có 1 type huyết thanh, nhưng có 5 genotype. Mục tiêu của nghiên cứu này là mô tả đặc điểm phân tử của vi rút VNNB phân lập từ muỗi Culex ở Tây Nguyên, 2005-2018. Bằng phương pháp sinh học phân tử để phân tích 9 chủng vi rút từ muỗi Culex được phát hiện dương tính bằng RT-PCR với cặp mồi thiết kế từ vùng gen E của vi rút VNNB. Kết quả cho thấy, chỉ có 04 chủng vi rút VNNB phân lập 2007 là vi rút VNNB genotype I, còn 5 chủng vi rút phân lập 2018 không phải là vi rút VNNB mà là vi rút tương tự như vi rút Manglie. Về đặc điểm phân tử, 4 chủng vi rút VNNB ở khu vực Tây Nguyên có sự khác biệt với các chủng vi rút VNNB GI khác tại các tỉnh ở Tây Nguyên, Việt Nam và khu vực với tỷ lệ khác biệt lần lượt là 1,4%-2,7%-4,8%. Các chủng vi rút VNNB này có 8 vị trí thay đổi acid amin, nhưng là kiểu thay thế không bảo tồn với hai kiểu haplotype được phát hiện là NKSS và SKSS. Việc tình cờ phát hiện vi rút mới trong nghiên cứu này ở khu vực Tây Nguyên, cần có nghiên cứu tiếp theo để phân tích.

Detecting SARS-CoV-2 by Realtime RT-PCR in clinical samples collected in the North of Vietnam

2021 ◽  
Vol 30 (9) ◽  
pp. 11-17
Author(s):  
Hoang Vu Mai Phuong ◽  
Ung Thi Hong Trang ◽  
Nguyen Vu Son ◽  
Le Thi Thanh ◽  
Nguyen Le Khanh Hang ◽  
...  
Keyword(s):  
Viral Load ◽  
Average Rate ◽  
Clinical Samples ◽  
Viet Nam ◽  
Rt Pcr ◽  
Ct Value ◽  
The North ◽  
Viral Load Data ◽  
The Mean ◽  
High Level

From January to August 2020, Northern Viet Nam faced a COVID-19 outbreak, up to September 2020, there were 1122 confrmed cases of SARS-CoV-2, of which 465 cases were imported from Europe, America and Asia, 657 cases were identifed domestically. A total of 30,686 samples were collected during the SARS-CoV-2 outbreak in Northern Viet Nam and examined by Real-time RT-PCR using primers and probe from Charite - Berlin protocol. This study showed the initial results of SARS-CoV-2 detection and RNA quantitative in positive samples. The positive rate was 0.8%, ranging from 0.4 to 3.5% according to collection sites. Out of 251 positive samples, the mean Ct value was 28 (IQR: 22.3-32; range 14 - 38). The positive samples had a Ct value below 30 was 68.5%, there was no signifcant difference between the Ct value of the group ≤ 30 and > 30. The mean of the RNA copies/µl was 8.4.107, (IQR: 2.29.106 - 1.83.109 RNA copies/µl, range: 1.95.103 – 4.95.1011). In the group of imported COVID-19 cases, the rate of virus at low level was 29%, an average was 56% and at high level was 15%. In the community groups, the viral load data showed that the average rate at low, intermediate and high level were 20%, 63% and 17% respectively. The proportion of high-level viral load may raise an alert to start the quarantine process to reduce the transmission of SARS-CoV-2

scholarly journals Nhiễm SARS-COV-2 trong thai kỳ: báo cáo trường hợp đầu tiên được mổ lấy thai cấp cứu tại Việt Nam và điểm qua y văn

2021 ◽  
Vol 18 (4) ◽  
pp. 48-52
Author(s):  
Đình Vinh Trần ◽  
Văn Long Vũ ◽  
Chí Kông Phạm
Keyword(s):  
Viet Nam ◽  
Rt Pcr

Ngày 11/3/2020, Tổ chức Y tế thế giới đã chính thức công bố đại dịch COVID-19 trên toàn thế giới. Mặc dù số người nhiễm SARS-CoV-2 ngày càng tăng, nhưng các dữ liệu về SARS-CoV-2 ở phụ nữ mang thai còn hạn chế. Chúng tôi báo cáo trường hợp thai phụ nhiễm SARS-CoV-2 đầu tiên được mổ lấy thai cấp cứu tại Việt Nam. Đây là bệnh nhân số 569 nhiễm SARS-CoV-2 tại Việt Nam, là 01 trong 02 thai phụ nhiễm SARS-CoV-2 đầu tiên tại Việt Nam (cùng với bệnh nhân số 495 mang thai 11 tuần). Bệnh nhân có tiền sử điều trị tại Bệnh viện Đà Nẵng (là ổ dịch tại Thành phố Đà Nẵng) vì nhiễm trùng đường tiểu. Bệnh nhân xuất viện vào ngày 21/7/2020. Do có yếu tố dịch tễ nên được xét nghiệm tầm soát SARS-CoV-2. Ghi nhận lúc vào viện: thai 35 tuần, vết mổ cũ 02 lần, không sốt, ho khan ít, không khó thở. Bệnh nhân vẫn còn tiểu buốt, tiểu rát. Số lượng bạch cầu bình thường. Xét nghiệm SARS-CoV-2 dịch vòm mũi họng bằng kỹ thuật RT-PCR dương tính vào các ngày 5/8, 8/8, 13/8, 15/8 và âm tính vào ngày 17/8. Sau 02 tuần theo dõi, thai phụ có dấu hiệu chuyển dạ và đau vết mổ cũ nên được chỉ định mổ lấy thai, mổ ra bé gái 3000g, IA 8/1’ - 9/5’ vào lúc 21 giờ 10 phút ngày 15/8/2020. Sau mổ, bé và mẹ nằm cùng phòng và bé được nuôi bằng sữa mẹ. Quá trình hậu sản ổn định. Cả mẹ và bé được xuất viện vào ngày 22/8/2020 sau 03 lần xét nghiệm âm tính.

scholarly journals NGHIÊN CỨU TỈ LỆ TYPE VIRUS DENGUE Ở BỆNH NHÂN NHI TRONG MỘT SỐ ĐỢT DỊCH TẠI KHU VỰC MIỀN NAM VIỆT NAM

2021 ◽  
Vol 503 (1) ◽  
Author(s):  
Nguyễn Đức Thuận ◽  
Đặng Thành Chung
Keyword(s):  
Viet Nam ◽  
Type Virus ◽  
Rt Pcr ◽  
Type 3

Mục tiêu: Phân tích tỉ lệ type huyết thanh virus Dengue ở bệnh nhân nhi trong một số đợt dịch tại Thành phố Hồ Chí Minh, Tiền Giang và Đồng Nai. Đối tượng và phương pháp nghiên cứu: 344 bệnh nhân nhi được chẩn đoán sốt xuất huyết Dengue giai đoạn cấp tính trong vòng 3 ngày của sốt, được nhập viện điều trị tại khoa nhi bệnh viện Nhi Đồng 1, bệnh viện Tiền Giang và bệnh viện Nhi Đồng Đồng Nai từ tháng 1-2011 đến tháng 12-2015.Tất cả các bệnh nhân đều được thân nhân và người nhà đồng ý tham gia nghiên cứu. Tiến hành thu thập huyết thanh của bệnh nhân, tách RNA. Sử dụng phản ứng Multiplex RT-PCR xác định các type huyết thanh của virus DENV. Kết quả: Bệnh nhân nhiễm type 1 (DENV-1),  type 2 (DENV-2), type 3 (DENV-3) và  type 4 (DENV-4) chiếm tỉ lệ lần lượt là 34,01%, 19,77%, 5,52% và 40,70%. Kết luận: Xuất hiện đủ cả 4 type huyết thanh virus Dengue ở các đợt dịch trong thời gian nghiên cứu, với type 4 (DENV-4) chiếm tỉ lệ cao nhất và thấp nhất là type 3 (DENV-3.

scholarly journals ĐÁNH GIÁ SỰ BIỂU HIỆN MỘT SỐ GEN LIÊN QUAN ĐẾN SỰ RA HOA Ở CÂY CÚC FARM (Chrysanthemum morifolium) DƯỚI ĐIỀU KIỆN CHIẾU SÁNG BỔ SUNG ÁNH SÁNG LED ĐỎ

2021 ◽  
Vol 226 (10) ◽  
pp. 129-137
Author(s):  
Hoàng Thị Huyền Trang ◽  
Trần Thị Huyền ◽  
Nguyễn Quang Trữ ◽  
Phạm Bích Ngọc ◽  
Chu Hoàng Hà ◽  
...  
Keyword(s):  
Chrysanthemum Morifolium ◽  
Viet Nam ◽  
Rt Pcr

Để kéo dài thời gian sinh trưởng và ức chế việc ra hoa sớm của hoa cúc thương phẩm, nghiên cứu đã sử dụng các nguồn sáng nhân tạo. Chiếu sáng trong canh tác hoa cúc, chủ yếu dựa trên hai phương pháp: Chiếu sáng bổ sung kéo dài ngày và dùng ánh sáng để phá đêm. Nghiên cứu này giúp lựa chọn được nguồn sáng và thời gian chiếu sáng bổ sung phù hợp giúp giảm chi phí năng lượng, tăng hiệu quả kinh tế. Dưới điều kiện chiếu sáng LED đỏ 660 nm với thời gian chiếu sáng 1-2 h/1 đêm, cây cúc Farm có được hiệu quả kìm hãm quá trình ra hoa tương đương với đèn compact truyền thống. Mức độ biểu hiện gen CO, TFL được ghi nhận thông qua phản ứng RT- PCR định lượng với các cặp mồi đặc hiệu. Tại nhóm chiếu sáng, gen TFL, gen ức chế quá trình ra hoa có biểu hiện gấp 1,27 lần, trong khi đã gây ức chế sự biểu hiện của gen CO, gen cảm ứng sự hình thành nụ còn 0,83 lần so với đối chứng không chiếu đèn. Kết quả này là tiền đề cho các nghiên cứu tiếp theo về đánh giá biểu hiện gen của các giống cúc tại Việt Nam.

Detection of Nucleic Acids in Cells or Tissue Sections Using In situ Polymerase Chain Reaction (PCR)

1996 ◽  
Vol 54 ◽  
pp. 16-17
Author(s):  
J. R. Hully ◽  
K. R. Luehrsen ◽  
K. Aoyagi ◽  
C. Shoemaker ◽  
R. Abramson
Keyword(s):  
Nucleic Acids ◽  
Viral Infections ◽  
Anatomical Location ◽  
Rt Pcr ◽  
Reverse Transcription Pcr ◽  
Cellular Source ◽  
Gene Transcripts ◽  
Initial Description ◽  
In Cells

The development of PCR technology has greatly accelerated medical research at the genetic and molecular levels. Until recently, the inherent sensitivity of this technique has been limited to isolated preparations of nucleic acids which lack or at best have limited morphological information. With the obvious exception of cell lines, traditional PCR or reverse transcription-PCR (RT-PCR) cannot identify the cellular source of the amplified product. In contrast, in situ hybridization (ISH) by definition, defines the anatomical location of a gene and/or it’s product. However, this technique lacks the sensitivity of PCR and cannot routinely detect less than 10 to 20 copies per cell. Consequently, the localization of rare transcripts, latent viral infections, foreign or altered genes cannot be identified by this technique. In situ PCR or in situ RT-PCR is a combination of the two techniques, exploiting the sensitivity of PCR and the anatomical definition provided by ISH. Since it’s initial description considerable advances have been made in the application of in situ PCR, improvements in protocols, and the development of hardware dedicated to in situ PCR using conventional microscope slides. Our understanding of the importance of viral latency or viral burden in regards to HIV, HPV, and KSHV infections has benefited from this technique, enabling detection of single viral copies in cells or tissue otherwise thought to be normal. Clearly, this technique will be useful tool in pathobiology especially carcinogenesis, gene therapy and manipulations, the study of rare gene transcripts, and forensics.

Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document