Hasil survei potensi yang dilakukan IUCN dan LPSPL Sorong menunjukkan nilai kelimpahan ikan napoleon (Cheilinus undulatus) di Kabupaten Raja Ampat termasuk dalam kategori rendah. Walaupun demikian, nelayan tetap menginginkan ada kuota untuk pemanfaatannya karena merupakan salah satu sumber mata pencaharian utama. Aktivitas pemanfaatan harus disertai dengan upaya pengendalian untuk menjaga kelestarian sumberdaya. Penerapan upaya fishing control dan manajemen kebijakan belum dilakukan secara optimal, sehingga diperlukan penetapan berdasarkan skala prioritas. Tujuan penelitian ini adalah untuk mengidentifikasi kondisi pemanfaatan dan menentukan skala prioritas upaya untuk mengendalikan pemanfaatan ikan napoleon di Kabupaten Raja Ampat. Penentuan skala prioritas dianalisis dengan model Analytical Hierarchy Process (AHP) dengan melibatkan pakar di bidang konservasi dalam penilaian. Berdasarkan hasil identifikasi, kondisi pemanfaatan ikan napoleon di Kabupaten Raja Ampat dilakukan belum sesuai dengan ketentuan regulasi yang telah ditetapkan. Hasil penilaian dengan model AHP menunjukkan bahwa kriteria yang paling penting untuk mengendalikan pemanfaatan ikan napoleon adalah sumberdaya ikan lestari, dan urutan prioritas alternatif adalah sosialisasi kepada nelayan/pengusaha (bobot 0,2935), pengawasan (bobot 0,2715), survei kelimpahan secara berkala (bobot 0,2181) dan penerapan lalu lintas perdagangan melalui bandara (bobot 0,2169).The results of potential survey by IUCN and LPSPL Sorong showed the abundance value of napoleon fish (Cheilinus undulatus) in Raja Ampat Regency was low category. Nonetheless, the fisher quota for its utilization because it is one of the main sources of livelihood. The utilization activities should be followed by control of effort to maintain resource sustainability. Implementation of fishing control and management decisions has not been done optimally, therefore it need to be set based on priority scale. The purpose of this study were to identify conditions of utilization and to determine the priority scale to control utilization of napoleon wrasse fishery in Raja Ampat Regency. Determination of priority scale were analyzed with Analytical Hierarchy Process (AHP) model by involving experts in the field of conservation in the assessment. Based on the results of identification, the condition of the utilization of napoleon fish in Raja Ampat Regency was not with the regulation. The results of the assessment with AHP model showed that the most important criteria to control utilization of napoleon wrasse fishery is sustainable fish resources, and alternatives priority order are socialization/awareness program to fishers/live fish buyer (value 0.2935), surveillance (value 0.2715), periodic density surveys (value 0.2181) and implementation of trade air-only (value 0.2169).