Osjetljivost suncokreta na biotski stres uvelike određuje vrijednosti agronomskih svojstava. Uzročnici biotskog stresa mogu biti različiti, a u svijetu pa tako i u Hrvatskoj se po svome utjecaju izdvajaju bolesti. Uslijed pojave različitih biljnih bolesti, u pojedinim godinama prinosi zrna i ulja suncokreta mogu biti reducirani i preko 50%. Najčešći uzročnici bolesti suncokreta su gljive, a prema stupnju štete koje prave ističu se Sclerotinia sclerotiorum, Diaporthe/Phomopsis helianthi i Plasmopara halstedii te u nešto manjoj mjeri Alternaria helianthi, Phoma macdonaldii, Puccinia helianthi, Verticillium spp., Botrytis cinerea, Macrophomina phaseolina i Erysiphe cichoracearum. Kreiranje otpornih/tolerantnih linija iz divljih formi suncokreta, a zatim transfer poželjnih gena u komercijalne linije i hibride je najčešći oblik povećanja otpornosti/tolerantnosti linija i hibrida suncokreta na biotski stres. U ovom postupku značajnu ulogu ima primjena molekularnih markera. Pored toga važan je stalni monitoring, ali i pravovremena primjena agrotehničkih, kemijskih i bioloških mjera.