scholarly journals Aplicaciones biológicas de la teoría QSAR en el control del mosquito Aedes aegypti L.

2020 ◽  
Author(s):  
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Laura Marcela Saavedra Reyes

Los continuos avances en biología, química y computación han contribuido al desarrollo acelerado de los estudios de simulación por computadora o también conocidos como estudios in silico; los cuales fueron propuestos inicialmente para orientar la búsqueda de nuevos fármacos o identificar los agentes contaminantes presentes en el ambiente, mediante el ajuste de un modelo. Entre los diferentes métodos in silico existentes, la teoría de las Relaciones Cuantitativas Estructura-Actividad (QSAR) propuesta por Corwin Hansch y Toshio Fujita en el año 1964, se ha destacado por ofrecer elementos útiles para abordar diferentes cuestiones químicas involucradas en los complejos procesos y mecanismos de los sistemas bióticos y abióticos. El fundamento de teoría QSAR reside en elucidar la respuesta química de un compuesto en términos de sus características estructurales. Por ello, los modelos matemáticos QSAR proponen un paralelismo racional entre la estructura molecular de una sustancia, que es representada por diversos descriptores moleculares y el efecto final que dicha sustancia produce sobre un determinado organismo o entorno. Es así como el formalismo QSAR permite estimar diferentes parámetros de respuesta como la actividad, toxicidad o propiedad de nuevas moléculas, a partir del conocimiento de la estructura molecular involucrada. Por más de 55 años el crecimiento exponencial del número de publicaciones científicas basadas en la teoría QSAR ha sido muestra de su constante evolución, atribuida principalmente al aumento de las bases de datos químicas de acceso público y a la inclusión de múltiples técnicas estadísticas sencillas y complejas, capaces de establecer correlaciones entre numerosas características estructurales de las moléculas y diversas propiedades fisicoquímicas, organolépticas, biológicas o toxicológicas. A raíz de esto, los estudios QSAR han sido ampliamente utilizados en la academia, la industria y las agencias gubernamentales como una herramienta computacional que permite realizar predicciones de los posibles efectos que los productos químicos, los materiales y los nanomateriales provocan sobre la salud humana y los ecosistemas. Sin embargo, cabe destacar que la hipótesis principal de la teoría QSAR no consiste en explicar el mecanismo de acción, la toxico-cinética o toxico-dinámica de las sustancias químicas; por el contrario, se enfoca en calcular el efecto final que una estructura química produce sobre un individuo o ambiente definido. Aunque, si el modelo logra una cuantificación acertada de la actividad del compuesto, puede brindar información del fenómeno involucrado; tal como especificar si una molécula es activa o inactiva, tóxica o no tóxica; esto según los límites de detección propuestos a nivel experimental. Por otra parte, en aquellos casos que se cuenta con información de la conformación molecular del compuesto, dada por las técnicas de cristalografía de rayos X o Resonancia Magnética Nuclear (RMN), es posible establecer modelos de regresión QSAR basados en descriptores geométricos, que interpretan la actividad involucrada con base en la disposición tridimensional de la molécula; a este enfoque se le conoce como QSAR-3D. A partir de numerosas aplicaciones de los modelos QSAR, se logró evidenciar su eficacia para tratar grandes conjuntos moleculares y predecir cuantiosos efectos finales definidos por protocolos de ensayo de difícil medición. Estas condiciones permitieron a los investigadores discernir tendencias en los datos existentes más relevantes para la salud pública o el ambiente, y luego extrapolar tendencia a compuestos no sintetizados o carentes de información química, física o biológica. Es así como el enfoque QSAR ha contribuido en novedosas investigaciones orientadas en los compuestos químicos provenientes o inspirados en la naturaleza, reconocidos por presentar distintas propiedades biológicas plausibles como: antioxidante, antibacterial, anticonvulsiva, anticancerígena, inhibición enzimática, larvicida, repelente, entre otras propiedades de gran importancia para el diseño de nuevos productos químicos de interés comercial, medicinal, agrícola y sanitario. No obstante, el paradigma de la teoría QSAR no solo proporciona modelos que cuantifican propiedades fisicoquímicas o biológicas. También se enfatiza en orientar la síntesis de nuevas moléculas conforme a los 12 principios de la química verde, reducir el tiempo y los gastos que implican los ensayos in vivo e in vitro, y minimizar los experimentos en animales. Por lo anterior, la presente Tesis Doctoral se fundamenta en el estudio, diseño y aplicación de modelos de la teoría QSAR que proporcionen una guía computacional en el diseño sustentable, racional y selectivo de nuevos compuestos con actividad específica, inocuos en mamíferos y de alta eficiencia en el control de enfermedades neurológicas e infecciosas que afectan la salud pública mundial. Actualmente, entre los compuestos químicos más utilizados en el tratamiento de diversos trastornos neurodegenerativos, como la enfermedad de Alzheimer (AD), se destacan los inhibidores de la enzima acetilcolinesterasa (IsAChE). Este tipo de compuestos químicos actúan en el Sistema Nervioso Central (CNS), incrementado la actividad colinérgica cerebral. Este modo de acción también se encuentra en los pesticidas más novedosos y eficientes para controlar las plagas y los vectores de enfermedades. Conforme a lo anterior, se examinó la capacidad inhibitoria in vitro de la enzima acetilcolinesterasa (AChE) de diferentes conjuntos moleculares basados en derivados de Tacrina, los cuales representan una alternativa en el diseño de nuevos fármacos de bajo costo para tratar las enfermedades neurológicas y reducir los efectos secundarios producidos por los medicamentos actuales. Asimismo, estas moléculas proveen información estructural relevante en el desarrollo de fitosanitario selectivos y eficaces contra los vectores de enfermedades. Ante las múltiples ventajas que tienen los productos de origen natural y sus derivados semi-sintéticos sobre la salud y el cuidado de los ecosistemas; se evaluó la actividad antifúngica medida a través de la Inhibición del Crecimiento (IG) de un conjunto molecular conformado por derivados de cinamato; los cuales representan una novedosa librería molecular bioactiva e inocua para la salud humana, obtenida a través de procedimientos ecocompatibles Por último, se abordó a través del modelado QSAR el estudio de diferentes conjuntos moleculares constituidos por diversas moléculas naturales o semi-sintéticas con prominente actividad larvicida sobre el mosquito Aedes aegypti L., el principal vector de diversas enfermedades endémicas, como el dengue, la fiebre amarilla, la fiebre de chikungunya y el zika.

2021 ◽  
Author(s):  
Thalita Barcelos Silva ◽  
Luiza Helena Angarten Ferraz De Carvalho ◽  
Dhullya Eduarda Resende Santos ◽  
Júlia Emanuelle Macedo Noleto ◽  
Hanstter Hallison Alves Rezende

Introdução: Flavivírus é um gênero de vírus que apresenta grande incidência de infecção em todo o mundo, como Dengue, Febre Amarela e Zika, sendo elas doenças emergentes. Eles são arbovírus, o hospedeiro intermediário é um artrópode responsável por transmitir os vírus, sendo o principal vetor o mosquito Aedes aegypti. Diversos estudos buscam encontrar fármacos que possam agir como antivirais e uma das formas utilizadas é a partir da bioinformática. Ela analisa de maneira tridimensional, por estudo computacional, sequências estruturais importantes, buscando proteínas chave, enzimas e inibidores na tentativa de encontrar formas de interações entre elas e fármacos, possibilitando o desenvolvimento de potenciais antivirais para um tratamento eficaz. Objetivo: Realizar uma revisão bibliográfica sobre a importância da bioinformática nas buscas por fármacos que possam tratar doenças causadas por Flavivírus. Material e métodos: Trata-se de uma revisão de literatura realizada a partir da seleção e análise de 5 artigos, publicados entre os anos de 2015 a 2020, sendo coletados nas plataformas de pesquisa Google Acadêmico e Scielo, encontrados utilizando os descritores: Antivirais, Bioinformática, Dengue e Flavivírus. Resultados: Infecções como Dengue, Zika e Febre Amarela causam preocupação, principalmente por serem sazonais e com grande índice de infecção. A epidemia dessas doenças, preocupa os pesquisadores em decorrência ao alto número de infectados na última década e por não haver um tratamento eficaz e definitivo, somente paliativo. Estudos têm sido realizados com maior intensidade, principalmente com a utilização de modelagem molecular para determinar os sítios de ligação e o complexo droga-receptor. Um estudo in sílico utilizou o complexo protease NS3-NS2B em conjunto com uma molécula inibidora (BznKRR-H cristalografada), e por meio da bioinformática, calculou a energia de ligação existente entre cada aminoácido da estrutura e a interação do inibidor BznKRR-H, a fim de determinar a viabilidade de uma ação farmacológica eficiente contra o vírus, para partir para um estudo in vitro e in vivo. Conclusão: A bioinformática tem grande importância na busca por tratamentos, pois as inovações tecnológicas possibilitam a avaliação de possíveis antivirais, principalmente com a busca dos complexos droga-inibidor, analisando quais apresentariam uma maior eficácia contra o vírus.


2020 ◽  
Vol 26 ◽  
Author(s):  
John Chen ◽  
Andrew Martin ◽  
Warren H. Finlay

Background: Many drugs are delivered intranasally for local or systemic effect, typically in the form of droplets or aerosols. Because of the high cost of in vivo studies, drug developers and researchers often turn to in vitro or in silico testing when first evaluating the behavior and properties of intranasal drug delivery devices and formulations. Recent advances in manufacturing and computer technologies have allowed for increasingly realistic and sophisticated in vitro and in silico reconstructions of the human nasal airways. Objective: To perform a summary of advances in understanding of intranasal drug delivery based on recent in vitro and in silico studies. Conclusion: The turbinates are a common target for local drug delivery applications, and while nasal sprays are able to reach this region, there is currently no broad consensus across the in vitro and in silico literature concerning optimal parameters for device design, formulation properties and patient technique which would maximize turbinate deposition. Nebulizers are able to more easily target the turbinates, but come with the disadvantage of significant lung deposition. Targeting of the olfactory region of the nasal cavity has been explored for potential treatment of central nervous system conditions. Conventional intranasal devices, such as nasal sprays and nebulizers, deliver very little dose to the olfactory region. Recent progress in our understanding of intranasal delivery will be useful in the development of the next generation of intranasal drug delivery devices.


2018 ◽  
Vol 21 (3) ◽  
pp. 215-221
Author(s):  
Haroon Khan ◽  
Muhammad Zafar ◽  
Helena Den-Haan ◽  
Horacio Perez-Sanchez ◽  
Mohammad Amjad Kamal

Aim and Objective: Lipoxygenase (LOX) enzymes play an important role in the pathophysiology of several inflammatory and allergic diseases including bronchial asthma, allergic rhinitis, atopic dermatitis, allergic conjunctivitis, rheumatoid arthritis and chronic obstructive pulmonary disease. Inhibitors of the LOX are believed to be an ideal approach in the treatment of diseases caused by its over-expression. In this regard, several synthetic and natural agents are under investigation worldwide. Alkaloids are the most thoroughly investigated class of natural compounds with outstanding past in clinically useful drugs. In this article, we have discussed various alkaloids of plant origin that have already shown lipoxygenase inhibition in-vitro with possible correlation in in silico studies. Materials and Methods: Molecular docking studies were performed using MOE (Molecular Operating Environment) software. Among the ten reported LOX alkaloids inhibitors, derived from plant, compounds 4, 2, 3 and 1 showed excellent docking scores and receptor sensitivity. Result and Conclusion: These compounds already exhibited in vitro lipoxygenase inhibition and the MOE results strongly correlated with the experimental results. On the basis of these in vitro assays and computer aided results, we suggest that these compounds need further detail in vivo studies and clinical trial for the discovery of new more effective and safe lipoxygenase inhibitors. In conclusion, these results might be useful in the design of new and potential lipoxygenase (LOX) inhibitors.


2019 ◽  
Vol 18 (26) ◽  
pp. 2209-2229 ◽  
Author(s):  
Hai Pham-The ◽  
Miguel Á. Cabrera-Pérez ◽  
Nguyen-Hai Nam ◽  
Juan A. Castillo-Garit ◽  
Bakhtiyor Rasulev ◽  
...  

One of the main goals of in silico Caco-2 cell permeability models is to identify those drug substances with high intestinal absorption in human (HIA). For more than a decade, several in silico Caco-2 models have been made, applying a wide range of modeling techniques; nevertheless, their capacity for intestinal absorption extrapolation is still doubtful. There are three main problems related to the modest capacity of obtained models, including the existence of inter- and/or intra-laboratory variability of recollected data, the influence of the metabolism mechanism, and the inconsistent in vitro-in vivo correlation (IVIVC) of Caco-2 cell permeability. This review paper intends to sum up the recent advances and limitations of current modeling approaches, and revealed some possible solutions to improve the applicability of in silico Caco-2 permeability models for absorption property profiling, taking into account the above-mentioned issues.


2020 ◽  
Vol 17 (2) ◽  
pp. 125-132
Author(s):  
Marjanu Hikmah Elias ◽  
Noraziah Nordin ◽  
Nazefah Abdul Hamid

Background: Chronic Myeloid Leukaemia (CML) is associated with the BCRABL1 gene, which plays a central role in the pathogenesis of CML. Thus, it is crucial to suppress the expression of BCR-ABL1 in the treatment of CML. MicroRNA is known to be a gene expression regulator and is thus a good candidate for molecularly targeted therapy for CML. Objective: This study aims to identify the microRNAs from edible plants targeting the 3’ Untranslated Region (3’UTR) of BCR-ABL1. Methods: In this in silico analysis, the sequence of 3’UTR of BCR-ABL1 was obtained from Ensembl Genome Browser. PsRNATarget Analysis Server and MicroRNA Target Prediction (miRTar) Server were used to identify miRNAs that have binding conformity with 3’UTR of BCR-ABL1. The MiRBase database was used to validate the species of plants expressing the miRNAs. The RNAfold web server and RNA COMPOSER were used for secondary and tertiary structure prediction, respectively. Results: In silico analyses revealed that cpa-miR8154, csi-miR3952, gma-miR4414-5p, mdm-miR482c, osa-miR1858a and osa-miR1858b show binding conformity with strong molecular interaction towards 3’UTR region of BCR-ABL1. However, only cpa-miR- 8154, osa-miR-1858a and osa-miR-1858b showed good target site accessibility. Conclusion: It is predicted that these microRNAs post-transcriptionally inhibit the BCRABL1 gene and thus could be a potential molecular targeted therapy for CML. However, further studies involving in vitro, in vivo and functional analyses need to be carried out to determine the ability of these miRNAs to form the basis for targeted therapy for CML.


2021 ◽  
Vol 7 (6) ◽  
pp. 439
Author(s):  
Tecla Ciociola ◽  
Walter Magliani ◽  
Tiziano De Simone ◽  
Thelma A. Pertinhez ◽  
Stefania Conti ◽  
...  

It has been previously demonstrated that synthetic antibody-derived peptides could exert a significant activity in vitro, ex vivo, and/or in vivo against microorganisms and viruses, as well as immunomodulatory effects through the activation of immune cells. Based on the sequence of previously described antibody-derived peptides with recognized antifungal activity, an in silico analysis was conducted to identify novel antifungal candidates. The present study analyzed the candidacidal and structural properties of in silico designed peptides (ISDPs) derived by amino acid substitutions of the parent peptide KKVTMTCSAS. ISDPs proved to be more active in vitro than the parent peptide and all proved to be therapeutic in Galleria mellonella candidal infection, without showing toxic effects on mammalian cells. ISDPs were studied by circular dichroism spectroscopy, demonstrating different structural organization. These results allowed to validate a consensus sequence for the parent peptide KKVTMTCSAS that may be useful in the development of novel antimicrobial molecules.


2021 ◽  
pp. 088391152199784
Author(s):  
Loveleen Kaur ◽  
Ajay Kumar Thakur ◽  
Pradeep Kumar ◽  
Inderbir Singh

Present study was aimed to synthesize and characterize Chitosan-Catechol conjugates and to design and develop mucoadhesive pellets loaded with lafutidine. SEM images indicated the presence of fibrous structures responsible for enhanced mucoadhesive potential of Chitosan-Catechol conjugates. Thermodynamic stability and amorphous nature of conjugates was confirmed by DSC and XRD studies respectively. Rheological studies were used to evaluate polymer mucin interactions wherein strong interactions between Chitosan-Catechol conjugate and mucin was observed in comparison to pristine chitosan and mucin. The mucoadhesion potential of Chitosan-Catechol (Cht-C) versus Chitosan (Cht) was assessed in silico using molecular mechanics simulations and the results obtained were compared with the in vitro and ex vivo results. Cht-C/mucin demonstrated much higher energy stabilization (∆E ≈ −65 kcal/mol) as compared to Cht/mucin molecular complex. Lafutidine-loaded pellets were prepared from Chitosan (LPC) and Chitosan-Catechol conjugates (LPCC) and were evaluated for various physical properties viz. flow, circularity, roundness, friability, drug content, particle size and percent mucoadhesion. In vitro drug release studies on LPC and LPCC pellets were performed for computing t50%, t90% and mean dissolution time. The values of release exponent from Korsmeyer-Peppas model was reported to be 0.443 and 0.759 for LPC and LPCC pellets suggesting Fickian and non-Fickian mechanism representing drug release, respectively. In vivo results depicted significant controlled release and enhanced residence of the drug after being released from the chitosan-catechol coated pellets. Chitosan-Catechol conjugates were found to be a promising biooadhesive polymer for the development of various mucoadhesive formulations.


2021 ◽  
Author(s):  
Suat Sari ◽  
Burak Barut ◽  
Monika Marcinkowska ◽  
Suna Sabuncuoğlu ◽  
Ahmet Avci ◽  
...  
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