scholarly journals Mapping the biomedical sciences using Medical Subject Headings: a comparison between MeSH co-assignments and MeSH citation pairs

2021 ◽  
Vol 109 (3) ◽  
Author(s):  
Fei Shu ◽  
Junping Qiu ◽  
Vincent Larivière

Objective: This study compares two maps of biomedical sciences using Medical Subject Headings (MeSH) term co-assignments versus MeSH terms of citing/cited articles and reveals similarities and differences between the two approaches. Methods: MeSH terms assigned to 397,475 journal articles published in 2015, as well as their 4,632,992 cited references, were retrieved from Web of Science and MEDLINE databases, respectively, which formed over 7 million MeSH co-assignments and nearly 18 million direct citation pairs. We generated six network visualizations of biomedical science at three levels using Gephi software based on these MeSH co-assignments and citation pairs.Results: The MeSH co-assignment map contained more nodes and edges, as MeSH co-assignments cover all medical topics discussed in articles. By contrast, the MeSH citation map contained fewer but larger nodes and wider edges, as citation links indicate connections to two similar medical topics. Conclusion: These two types of maps emphasize different aspects of biomedical sciences, with MeSH co-assignment maps focusing on the relationship between topics in different categories and MeSH direct citation maps providing insights into relationships between topics in the same or similar category.

2016 ◽  
Vol 109 (3) ◽  
pp. 2077-2091 ◽  
Author(s):  
Loet Leydesdorff ◽  
Jordan A. Comins ◽  
Aaron A. Sorensen ◽  
Lutz Bornmann ◽  
Iina Hellsten

AbstractFor the biomedical sciences, the Medical Subject Headings (MeSH) make available a rich feature which cannot currently be merged properly with widely used citing/cited data. Here, we provide methods and routines that make MeSH terms amenable to broader usage in the study of science indicators: using Web-of-Science (WoS) data, one can generate the matrix of citing versus cited documents; using PubMed/MEDLINE data, a matrix of the citing documents versus MeSH terms can be generated analogously. The two matrices can also be reorganized into a 2-mode matrix of MeSH terms versus cited references. Using the abbreviated journal names in the references, one can, for example, address the question whether MeSH terms can be used as an alternative to WoS Subject Categories for the purpose of normalizing citation data. We explore the applicability of the routines in the case of a research program about the amyloid cascade hypothesis in Alzheimer’s disease. One conclusion is that referenced journals provide archival structures, whereas MeSH terms indicate mainly variation (including novelty) at the research front. Furthermore, we explore the option of using the citing/cited matrix for main-path analysis as a by-product of the software.


2021 ◽  
Author(s):  
Clovis Cechinel ◽  
◽  
Joao Alberto Martins Rodrigues

Review question / Objective: What is the relationship between delirium and frailty in hospitalized elderly people? The objective of this research is to analyze the association between frailty and delirium in hospitalized elderly people, through a systematic literature review. Condition being studied: Frailty and delirium in hospitalized aged. Information sources: A specific search strategy for the language of each database was developed using, initially, the Medical Subject Headings (MEsH) descriptor and later translated to specific descriptors (Descriptors in Health Sciences (DeCS) and Embase Subject Headings (Emtree)). The search strategy will be applied by the researchers in the MEDLINE databases through the Pubmed Portal; Scielo; VHL; EMBASE, CINAHL, Scopus and Web of Science through the CAPES Journal Portal; CENTRAL via Cochrane.


2012 ◽  
Vol 92 (1) ◽  
pp. 124-132 ◽  
Author(s):  
Randy R. Richter ◽  
Tricia M. Austin

Background Evidence-based practice (EBP) is an important paradigm in health care. Physical therapists report lack of knowledge and time constraints as barriers to EBP. Objective The purpose of this technical report is to illustrate how Medical Subject Headings (MeSH), a controlled vocabulary thesaurus of indexing terms, is used to efficiently search MEDLINE, the largest component of PubMed. Using clinical questions, this report illustrates how search terms common to physical therapist practice do or do not map to appropriate MeSH terms. A PubMed search strategy that takes advantage of text words and MeSH terms is provided. Results A search of 139 terms and 13 acronyms was conducted to determine whether they appropriately mapped to a MeSH term. The search results were categorized into 1 of 5 outcomes. Nearly half (66/139) of the search terms mapped to an appropriate MeSH term (outcome 1). When a search term did not appropriately map to a MeSH term, it was entered into the MeSH database to search for an appropriate MeSH term. Twenty-one appropriate MeSH terms were found (outcomes 2 and 4), and there were 52 search terms for which an appropriate MeSH term was not found (outcomes 3 and 5). Nearly half of the acronyms did not map to an appropriate MeSH term, and an appropriate MeSH term was not found in the database. Limitations The results are based on a limited number of search terms and acronyms. Conclusions Understanding how search terms map to MeSH terms and using the PubMed search strategy can enable physical therapists to take full advantage of available MeSH terms and should result in more-efficient and better-informed searches.


2016 ◽  
Author(s):  
Neil R Smalheiser ◽  
Gary Bonifield

In the present paper, we have created and characterized several similarity metrics for relating any two Medical Subject Headings (MeSH terms) to each other. The article-based metric measures the tendency of two MeSH terms to appear in the MEDLINE record of the same article. The author-based metric measures the tendency of two MeSH terms to appear in the body of articles written by the same individual (using the 2009 Author-ity author name disambiguation dataset as a gold standard). The two metrics are only modestly correlated with each other (r = 0.50), indicating that they capture different aspects of term usage. The article-based metric provides a measure of semantic relatedness, and MeSH term pairs that co-occur more often than expected by chance may reflect relations between the two terms. In contrast, the author metric is indicative of how individuals practice science, and may have value for author name disambiguation and studies of scientific discovery. We have calculated article metrics for all MeSH terms appearing in at least 25 articles in MEDLINE (as of 2014) and author metrics for MeSH terms published as of 2009. The dataset is freely available for download and can be queried at http://arrowsmith.psych.uic.edu/arrowsmith_uic/mesh_pair_metrics.html.


2021 ◽  
Vol 10 (6) ◽  
pp. e6710615531
Author(s):  
Gustavo Gonçalves dos Santos ◽  
Luis Henrique de Andrade ◽  
Anna Paula Frassom da Silva Magaton ◽  
Cristina Maria Garcia de Lima Parada

Objetivo: identificar e analisar a produção científica sobre a evolução da COVID-19 em gestantes/puérperas segundo cor da pele/raça. Metodologia: trata-se de Revisão Integrativa da Literatura (RIL), com busca nas bases de dados EMBASE, LILACS, portal PUBMED/MEDLINE e Web of Science realizada em fevereiro de 2021. A partir da estratégia PICO foi construída a pergunta de pesquisa: Há evidências que gestantes/puérperas pretas com COVID-19, tratadas em ambiente hospitalar, quando comparadas às gestantes brancas, evoluem com mais gravidade (necessidade de internação em Unidade de Terapia Intensiva/Óbito)? Foram utilizados os termos indexados no vocabulário estruturado dos Descritores em Ciências da Saúde (DeCS) e Medical Subject Headings (MeSH terms): “COVID-19” OR “2019-nCoV” AND “Gestante” OR “Cuidado pré-natal” OR “gravidez” AND “Raça” OR “Grupos Raciais” OR “Racismo” OR “Iniquidades Sociais” OR “Afro-americano” AND “Hospitalização” OR “Unidade de Internação” AND “Morte” OR “Causas de Morte” OR “Morte Materna” OR “Unidades de Terapia Intensiva”. Resultados: foram identificados seis estudos, realizados nos Estados Unidos da América (três estudos), Reino Unido (um estudo) e Brasil (dois estudos) e apenas um deles foi classificado com nível de evidência 4, sendo os demais de nível 6. Todos os estudos eram observacionais, muitas vezes com amostras pequenas e grupos étnicos variados, não permitindo conclusões efetivas. Dois estudos brasileiros que utilizaram banco de dados secundários e de base populacional encontraram a raça/cor preta como fator de risco para COVID-19 grave. Conclusão: com os estudos analisados, não foi possível estabelecer clara relação entre raça/cor e desfechos negativos (necessidade de internação em Unidade de Terapia Intensiva/óbito) da COVID-19 entre gestantes/puérperas.


Author(s):  
Bruna Mendes da Silva ◽  
Lúcia Dias da Silva Guerra

Em 1977 nasceu a primeira lista global de medicamentos essenciais, publicada pela Organização Mundial da Saúde (OMS). A definição proposta em 2002 define medicamentos essenciais como aqueles que satisfazem as necessidades prioritárias em saúde da população e são selecionados devido a sua relevância para a saúde pública, evidências de eficácia e segurança, e relação custo-eficácia comparativa. Embora essa pareça ser uma atitude pioneira, o Brasil deu início à elaboração de listas de medicamentos classificados como essenciais muito antes dessa recomendação, publicando em 26 de fevereiro de 1964 através do Decreto nº 53.612 a Relação Básica e Prioritária de Produtos Biológicos e Materiais para Uso Farmacêutico Humano e Veterinário. Essa lista foi oficializada em 08 de julho de 1975 através da Portaria MPAS nº 233, que a padronizou e a conheceu como Relação Nacional de Medicamentos Essenciais (RENAME), nomenclatura que a acompanha atualmente. Com a Constituição Federal brasileira de 1988 (CF), a saúde passa a ser reconhecida como um direito de todo cidadão, sendo o Estado responsável por garanti-la por meio de políticas públicas econômicas e sociais. É natural que essa definição de direitos e deveres, além das diversas mudanças que aconteceram nessa época, tenha influenciado todas as outras políticas públicas de saúde, incluindo as que envolvem o acesso a medicamentos, que sofreram muitas mudanças nesse período. Mais recentemente em 2011, substituindo a Comissão de Incorporação de Tecnologias (CITEC), foi criada a Comissão Nacional de Incorporação de Tecnologias (CONITEC) para dispor sobre a assistência terapêutica e a incorporação de tecnologias em saúde no âmbito do SUS, e essa também passa a ser responsável por propor a atualização da RENAME. Um dos maiores desafios enfrentados pelo sistema público são os altos custos decorrentes do anseio da população pelos medicamentos mais inovadores disponíveis. O forte apelo promocional atrelado a crescente facilidade no acesso à informação responsabiliza o Estado pelo fornecimento dessas tecnologias, que na maioria das vezes são caras e não necessariamente mais eficazes, tudo em nome da vida e qualidade de vida. A indústria farmacêutica que antes investia em mercados altamente competitivos, passa a adentrar mercados ainda pouco explorados, lançando mão das chamadas drogas órfãs, cujos critérios de precificação são baseados em preços internacionais que não condizem com a realidade do Sistema Único de Saúde. Embora essa seja uma conquista muito relevante para os pacientes, representa um altíssimo custo concentrado em poucos indivíduos e compromete o orçamento da saúde. Tendo em vista esse cenário, a busca pela conciliação da justiça social e da sustentabilidade econômica no processo de incorporação de medicamentos tem sido bastante discutida e é um interesse comum entre todos os atores do SUS. Nesse contexto, o objetivo deste trabalho é compreender os determinantes da regulação de medicamentos que permitem a convergência da justiça social e da sustentabilidade econômica no processo incorporação de medicamentos em sistemas universais e como essa convergência é construída processualmente. Este estudo é uma revisão integrativa da literatura científica, que teve como base inicial a decomposição da pergunta de pesquisa: “A regulação de medicamentos converge justiça social e sustentabilidade econômica no processo de incorporação de medicamentos em sistemas universais?”, nos seguintes termos de busca: “regulação de medicamentos”, “justiça social”, “sustentabilidade econômica”, “incorporação de medicamentos” e “sistemas universais”. A partir desses grupos, realizou-se uma revisão aleatória para identificar bibliografias correlacionadas aos grupos de descritores, através de busca por meio eletrônico, nas bases de dados disponíveis no acervo da Biblioteca Virtual da Saúde (BVS). Realizou-se um mapeamento dos descritores e dos sinônimos utilizados nos DeCS (Descritores em Ciências da Saúde da BVS) e no Mesh Terms (Medical Subject Headings) para a identificação da terminologia padronizada. A partir do mapeamento dos descritores foi elaborada uma expressão de busca com a utilização dos operadores booleanos AND e OR, em seguida, os testes nas bases de dados até se chegar a versão final da expressão de busca que capturasse uma quantidade de artigos que dialogasse com a pergunta norteadora da revisão. As bases de dados selecionadas foram BVS/Lilacs, Scielo, Pubmed/Medline, Scopus, Embase e Web of Science devido à forte presença de artigos de diferentes regiões do mundo, permitindo que diferentes experiências com sistemas universais de saúde sejam mapeadas. A sintaxe final escolhida, que mais se adequou a pergunta de pesquisa e apresentou resultados mais expressivos foi: (regulação e fiscalização em saúde) OR (política* de saúde) AND (desenvolvimento sustentável) OR (financiamento da assistência à saúde) OR (recursos em saúde) OR (alocação de recursos para a atenção à saúde) AND (medicamentos essenciais) OR (avaliação da tecnologia biomédica). Os termos “justiça social” e “sistemas universais” foram excluídos da sintaxe final pois reduziam significativamente a quantidade de artigos capturados durante a fase de testes. Dessa forma, decidiu-se que esses termos serão parte das possíveis categorias analíticas do trabalho. Como critério de inclusão dos artigos, definiu-se: tipo de publicação - artigos científicos; não houve restrição de período de publicação; idiomas – publicações em português, inglês e espanhol. Após a busca nas bases de dados, chegou-se a 1.023 publicações. Destas, foi feita uma revisão no gerenciador Zotero para a retirada das publicações duplicadas e identificação de outros tipos, como por exemplo livros. Por meio do Zotero foi gerada uma planilha em Excel, com todos os artigos científicos para revisão do título e resumo, e após a análise dos artigos, foram selecionados 74 artigos para realização de leitura na integra, onde serão selecionados apenas países que possuam sistemas de saúde universais. Em análise exploratória desses artigos foi possível verificar que o maior período de artigos publicados foi entre 2014–2019 e há a presença de artigos de diferentes continentes [países como Brasil, Inglaterra, Canadá, Itália, Singapura e Coreia].  Espera-se com estudo de revisão sintetizar e sistematizar os resultados da busca bibliográfica sobre o tema investigado, contribuir para o aprofundamento do conhecimento, além de apontar possíveis lacunas ainda presentes na temática em questão.


2021 ◽  
Author(s):  
Raisa Ferreira Costa ◽  
Claúdia Malheiros Coutinho Camillo

Introdução: Tumores de glândula salivares são raros e poucos frequentes, e apresentam quantidade de lesões diferentes dificultando o diagnóstico desta doença. O tratamento para essas neoplasias requer cirurgia e radioterapia e para o tratamento metastático, a quimioterapia. Essas poucas opções de tratamento ainda apresentam baixa taxa de sobrevida. Objetivos: O presente estudo de revisão narrativa objetivou abordar mecanismos possíveis envolvidos na gênese dos tumores, usando como base o uso de modelos experimentais como o modelo PDX e cultura de célula para o tratamento e diagnóstico precoce, possível para esses tumores. Materiais e métodos: Foi realizado um levantamento na literatura, no período de 2015 a 2021, em diferentes bases de dados, SciELO, da U.S. National Library of Medicine e do National Institutes Health (PubMed) e das bases de dados Web of Science. Como estratégia de busca, foram utilizados os seguintes termos: "Salivary gland tumors" and "model experiments" selecionados em consulta com o Medical Subject Headings (MeSH). 19 artigos foram selecionados para esta revisão. Resultados: Estudos apontam que há poucos modelos celulares disponíveis e considerando as opções de terapia personalizada e terapias-alvo, torna-se fundamental o desenvolvimento de novos modelos para identificação das alterações moleculares e a elucidação do papel delas nestes tumores, permitindo o delineamento de terapêuticas mais adequadas para cada caso e o entendimento da fisiopatologia da tumorigênese. Conclusão: Sendo assim, sugere-se que esses modelos conseguem replicar a heterogeneidade dos tumores com o dos pacientes, podendo ser uma ferramenta importante de pesquisa para se melhor entender os eventos da tumorigênese, a morfologia e biologia tumoral e a identificação de perfis de expressão gênica e alterações moleculares para o desenvolvimento de novas abordagens terapêuticas para os tumores de glândulas salivares.


2021 ◽  
Vol 10 (14) ◽  
pp. e521101422252
Author(s):  
Júlio César Guimarães Freire ◽  
Jessyka Hellem de Melo Pereira ◽  
Paulo Henrique Lucas do Nascimento ◽  
Pedro Antônio Medeiros da Silva ◽  
Aparecida Borges ◽  
...  

O envelhecimento da população faz surgir a necessidade de cuidados especiais com a saúde. O edentulismo, por exemplo, é uma condição bucal que afeta, principalmente, os idosos, sendo comum o uso de próteses dentárias que muitas vezes geram lesões orais. Este protocolo propõe uma revisão de escopo sobre a prevalência de lesões na mucosa oral em decorrência do uso de prótese dentária na população idosa. Desse modo, o objetivo do referido protocolo é apresentar a metodologia que será adotada, de acordo com as recomendações de estruturação do Joanna Briggs Institute para revisões de escopo, sendo este documento previamente registrado no repositório Open Science Framework. A estratégia de busca será elaborada de modo a identificar as possíveis fontes de evidências publicadas nas seguintes bases de dados: Cochrane, PubMed via MEDLINE, LILACS, Web of Science e Scopus. No que se refere à literatura cinzenta, serão feitas buscas através do Google Scholar. Serão utilizados os seguintes descritores do vocabulário controlado Descritores em Ciências da Saúde/Medical Subject Headings: idoso/aged, prótese dentária/dental prosthesis e manifestações bucais/oral manifestations, seus sinônimos e variações ortográficas. A estratégia PCC (População, Conceito, Contexto) servirá de base para elaboração da pergunta de pesquisa e definição dos critérios de inclusão e exclusão. Os resultados da revisão de escopo proposta deverão mostrar os fatores que influenciam a prevalência de lesões em mucosa oral de pessoas idosas que fazem uso de prótese dentária.


Author(s):  
Tsair-Wei Chien ◽  
Hing-Man Wu ◽  
Hsien-Yi Wang ◽  
Willy Chou

Aims: We visualized the current state of research on publication outputs and citations in the field of medicine and health to uncover topic burst and citations among medical subject headings (MeSH) clusters. Study Design: A bibliometric analysis. Place and duration of Study: Using Pubmed indexed articles to inspect the characteristics of topics on medicine and health since 1969. Methodology: Selecting 156 abstracts, author names, countries, and MeSH terms on January 10, 2019, from Pubmed Central (PMC) based on the terms of medicine and health in the title since 1969, we applied the x-index and impact factor to evaluate author individual research achievements and compute MeSH bibliometric performances. The bootstrapping method was used to estimate the median and its 95% confidence intervals and make differences in metrics among MeSH clusters. The dominant nations were selected using the x-index to display on a dashboard. We programmed Microsoft Excel VBA routines to extract data. Google Maps and Pajek software were used for displaying graphical representations. Results: We found that (1)the dominant countries/areas are the Unlited States, Taiwan, and Australia; (2) the author Grajales, Francisco Jose 3rd form Canada has the most cited metrics such as author IF=39.46 and x-index=6.28; (3)the MeSH terms of organization & administration, standards, and prevention & control gain the top three degree centralities among MeSH clusters; (4) No any differences in metrics were found among MeSH clusters; (5) the article(PMID= 24518354) with three MeSH term of delivery of health care, social media, and software and published in 2014 was cited most at least 62 times. Conclusion: Social network analysis provides wide and deep insight into the relationships among MeSH terms. The MeSH weighted scheme and x-index were recommended to academics for computing MeSH citations in the future.


2016 ◽  
Vol 18 (4) ◽  
pp. 630 ◽  
Author(s):  
Gisele Graziele Bento ◽  
Franciele Cascaes Silva ◽  
Elizandra Gonçalves ◽  
Patrícia Domingos Santos ◽  
Rudney Silva

Objetivo Revisar, de forma sistemática, a literatura sobre a prevalência e fatores associados ao nível de atividade física e ao estado nutricional de crianças brasileiras.Método Foram selecionadas as bases de dados eletrônicas MEDLINE via Pubmed, Scielo, Web of Science e SCOPUS. A estratégia de busca incluiu os descritores propostos no Medical Subject Headings (MeSH): “Motor Activity”, “Activities, “Nutritional Status”, “Overweight”, “Obesity”, “Body Mass Index”, “Child”, “Brazil”.Resultados A busca permitiu identificar 141 artigos, sendo que 16 estudos foram considerados potencialmente relevantes e foram incluídos na revisão.Conclusão Estudos com as temáticas: estado nutricional e nível de atividade física em crianças brasileiras ainda são escassos, mas vem aumentando nos últimos anos, especialmente aqueles com delineamentos transversais, bem como a utilização de questionários para mensuração da atividade física e do IMC para o estado nutricional ainda é amplamente utilizada. Além disso, nos estudos analisados a quantidade de horas atribuídas em comportamentos sedentários como: televisão, vídeo-game e computador foi superior a 2 horas diárias.


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