scholarly journals Structure and mechanism of a cytosine transport protein

2021 ◽  
Author(s):  
Caitlin E Hatton ◽  
Deborah H Brotherton ◽  
Alexander D Cameron

CodB is a cytosine transporter from the Nucleobase-Cation-Symport-1 (NCS1) transporter family, a member of the widespread LeuT superfamily. Previous experiments with the nosocomial pathogen Pseudomonas aeruginosa have shown CodB also to be important in the uptake of 5-fluorocytosine, which has been suggested as a novel drug to combat antimicrobial resistance by suppressing virulence in the organism. Here we solve the crystal structure of CodB from Proteus vulgaris, at 2.4Å resolution in complex with cytosine. We show that the protein carries out the sodium-dependent uptake of cytosine and can bind 5-fluorocytosine. Comparison of the substrate-bound structures of CodB and the hydantoin transporter Mhp1, the only other NCS1 family member for which the structure is known, highlight the importance of the hydrogen bonds that the substrates make with the main chain at the breakpoint in the discontinuous helix, TM6. In contrast to other LeuT superfamily members, neither CodB nor Mhp1 make specific interactions with residues on TM1. Comparison of the structures provides insight into the intricate mechanisms of how these proteins transport substrates across the plasma membrane.

2000 ◽  
Vol 299 (4) ◽  
pp. 1005-1017 ◽  
Author(s):  
Bart Hazes ◽  
Parimi A Sastry ◽  
Koto Hayakawa ◽  
Randy J Read ◽  
Randall T Irvin

2017 ◽  
Vol 1 (2) ◽  
pp. 48-60
Author(s):  
A.G. Salmanov ◽  
A.V. Rudenko

Мета роботи — вивчити резистентність до антибіотиків бактеріальних збудників інфекцій сечових шляхів (ІСШ), виділених у пацієнтів урологічного стаціонару в м. Києві. Матеріали і методи. Досліджено 1612 штамів бактерій, виділених із сечі хворих з ІСШ (цистит, уретрит, пієлонефрит), госпіталізованих в урологічне відділення ДУ «Інститут урології НАМН України» у м. Києві протягом 2016 р. Серед пацієнтів переважали жінки — 1201 (74,5 %). Вік хворих становив від 17 до 74 років. Для збору даних використано медичну документацію лікарні. Мікробіологічні дослідження виконано у лабораторії мікробіології ДУ «Інститут урології НАМН України». Аналізували результати культурального дослідження зразків сечі, зібраних за наявності клінічних ознак ІСШ. Дослідження клінічного матеріалу та інтерпретацію отриманих результатів проводили загальноприйнятими методами. Вивчено чутливість уропатогенів до 31 антибіотика дискодифузійним методом відповідно до рекомендацій Інституту клінічних та лабораторних стандартів США (Clinical and Laboratory Standards Institute (CLSI)). Результати та обговорення. Аналіз мікробного спектра сечі виявив домінування серед уропатогенів штамів Escherichia coli (32,0 %), Enterococcus faecalis (19,5 %), Klebsiella pneumoniae (10,9 %), Staphylococcus epidermidis (8,9 %), S. haemolyticus (6,5 %) та Pseudomonas aeruginosa (6,4 %). Частка Enterococcus faecium, Enterobacter aerogenes і Streptococcus viridans становила відповідно 2,5, 2,2 і 1,6 %, Enterobacter cloacae, Klebsiella oxytoca, Acinetobacter baumannii, Proteus vulgaris та Providencia rettgeri — менше 1,0 %. У більшості випадків (69,7 %) мікроорганізми виділено у монокультурі, у решті випадків — у мікробних асоціа- ціях. Високу резистентність до тестованих антибіотиків виявили штами E. aerogenes (45,1 %), E. cloacae (45,7 %), E. faecium (40,9 %), E. faecalis (40,7 %), E. coli (39,9 %), P. aeruginosa (34,0 %), K. pneumoniae (28,6 %). Найбільш активними до уропатогенів були іміпенем (E. coli — 87,6 %, P. aeruginosa — 75,7 %, E. cloacae — 67,3 %, E. aerogenes — 72,6 %, K. pneumoniae — 93,2 %), меропенем (E. coli — 89,1 %, P. aeruginosa — 76,7 %, K. pneumoniae — 82,6 %), лефлоцин (E. coli — 74,5 %, ентерококи — 78,7 %, P. aeruginosa — 76,7 %, E. cloacae — 73,9 %, E. aerogenes — 80,4 %, K. pneumoniae — 83,5 %), амоксицилін/клавуланат (ентерококи — 84,6 %), фурагін (ентерококи — 82,6 %), цефоперазон (K. pneumoniae — 89,2 %, P. aeruginosa — 73,8 %), цефтріаксон (K. pneumoniae — 80,1 %). Висновки. Антибіотикорезистентність збудників ІСШ — важлива терапевтична проблема. Найбільшою активністю до уропатогенів характеризуються іміпенем, меропенем, лефлоцин, амоксицилін/ клавуланат, фурагін, цефоперазон, цефтріаксон, які можна розглядати як препарат вибору для призначення стартової терапії ІСШ. Необхідно здійснювати постійний моніторинг за резистентністю до дії антибіотиків. Політику використання антибіотиків у кожному стаціонарі слід визначати залежно від локальних даних щодо резистентності до протимікробних препаратів.


1993 ◽  
Vol 57 (386) ◽  
pp. 157-164 ◽  
Author(s):  
Mitsuyoshi Kimata

AbstractThe crystal structure of KBSi3O8 (orthorhombic, Pnam, with a = 8.683(1), b = 9.253(1), c = 8.272(1) Å,, V = 664.4(1) Å3, Z = 4) has been determined by the direct method applied to 3- dimensional rcflection data. The structure of a microcrystal with the dimensions 20 × 29 × 37 μm was refined to an unweightcd residual of R = 0.031 using 386 non-zero structure amplitudes. KBSi3O8 adopts a structure essentially different from recdmergneritc NaBSi3O8, with the low albite (NaAlSi3O8) structure, and isotypic with danburite CaB2Si2Os which has the same topology as paracelsian BaAl2Si2O8. The chenfical relationship between this sample and danburitc gives insight into a new coupled substitution; K+ + Si4+ = Ca2+ + B3+ in the extraframework and tetrahedral sites. The present occupancy refinement revealed partial disordering of B and Si atoms which jointly reside in two kinds of general equivalent points, T(1) and T(2) sites. Thus the expanded crystal-chemical formula can be written in the form K(B0.44Si0.56)2(B0.06Si0.94)2O8The systematic trend among crystalline compounds with the M+T3+T4+3O8 formula suggests that they exist in one of four structural types; the feldspar structures with T3+/T4+ ordered and/or disordered forms, and the paracelsian and the hollandite structures.


2021 ◽  
Vol 103 (3) ◽  
Author(s):  
Silvie Maskova-Cerna ◽  
Alexandre Kolomiets ◽  
Jiri Prchal ◽  
Itzhak Halevy ◽  
Volodymyr Buturlim ◽  
...  

1956 ◽  
Vol 11 (11) ◽  
pp. 920-934b
Author(s):  
Konrad Schubert

In determining structures we use physical propositions in order to find a likely crystal structure. The same propositions are of value for the ordering of known structures into a natural system. The atomic radii form such a proposition. Another proposition is contained in the spatial correlation of electrons in the electron gas. The question is, whether this correlation is of influence on the crystal structure or not. To gain a first insight into this question, it is useful to know whether the crystal structures are physically compatible with a certain spatial correlation of electrons. Some qualitative rules are given to assess the physical possibility of a spatial correlation of electrons in a crystal structure. For the crystal structures of some chemical elements proposals for electron correlation are given. These proposals account for rationalities existing between some lattice constants, e. g. the axial ratios of the hexagonal close packed structures of Co and Zn. The proposals are also applicable to some binary compounds. With regard to these commensurabilities, it seems possible that the examination of the spatial correlation of electrons may lead to a better understanding of the crystal-chemical empiry.


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document