scholarly journals Νέες τεχνικές ανάλυσης ειδικών αλληλουχιών DNA και RNA

2006 ◽  
Author(s):  
Δέσποινα Καλογιάννη

Οι μέθοδοι ανίχνευσης και προσδιορισμού ειδικών αλληλουχιών νουκλεϊκών οξέων βασίζονται στην υβριδοποίηση (μοριακή αναγνώριση) του αναλύτη με συμπληρωματικό μόριο DNA/RNA, το οποίο είναι συνδεδεμένο, άμεσα ή έμμεσα, με κατάλληλο ιχνηθέτη για παραγωγή σήματος. Το φάσμα εφαρμογών των μεθόδων υβριδοποίησης συνεχώς διευρύνεται, κυρίως ως αποτέλεσμα της προόδου των προγραμμάτων προσδιορισμού της αλληλουχίας του γονιδιώματος του ανθρώπου και άλλων οργανισμών. Σκοπός της παρούσας διατριβής είναι αφενός η ανάπτυξη μεθόδων υβριδοποίησης που παρέχουν τη δυνατότητα ταυτόχρονου προσδιορισμού πολλών αλληλουχιών νουκλεϊκών οξέων και αφετέρου η απλοποίηση των μεθόδων υβριδοποίησης με τη χρήση βιοαισθητήρα DNA. Στο Κεφάλαιο 1 της διατριβής περιγράφεται η αρχή της αλυσιδωτής αντίδρασης πολυμεράσης (PCR) και η αντίστροφη μεταγραφή-PCR (RT-PCR) ως οι πιο σημαντικές τεχνικές εκθετικού πολλαπλασιασμού ειδικών αλληλουχιών DNA και RNA, οι οποίες αποτελούν αναπόσπαστο μέρος κάθε σύγχρονης μεθόδου ανάλυσης νουκλεϊκών οξέων. Παρουσιάζεται επίσης η τεχνική της ποσοτικής PCR και διάφορες μέθοδοι προσδιορισμού των προϊόντων της PCR. Στο Κεφάλαιο 2 γίνεται παρουσίαση των δοκιμασιών υβριδοποίησης νουκλεϊκών οξέων, οι οποίες αποτελούν και τον ακρογωνιαίο λίθο της αναλυτικής χημείας του DNA και RNA. Περιγράφεται η εξέλιξη των ιχνηθετών από τα ραδιοϊσότοπα μέχρι τους πιο σύγχρονους μη ραδιενεργούς ιχνηθέτες που παρέχουν υψηλή ανιχνευσιμότητα και δυνατότητες αυτοματοποίησης. Παρουσιάζονται οι ομογενείς και ετερογενείς δοκιμασίες υβριδοποίησης και διάφορες παραλλαγές που διευκολύνουν την εκτέλεση τους. Στο Κεφάλαιο 3 παρέχεται σύντομη περιγραφή της αρχής λειτουργίας και της οργανολογίας της κυτταρομετρίας ροής, η οποία αποτελεί ένα ισχυρό αναλυτικό εργαλείο για τη διερεύνηση ιδιοτήτων μικροσωματιδίων (π.χ. κυττάρων αλλά και συνθετικών μικροσφαιριδίων). Αντικείμενο του Κεφαλαίου 4 είναι η ανάπτυξη πολλαπλών φθορισμομετρικών δοκιμασιών υβριδοποίησης DNA και RNA σε εναιώρημα φασματικά διακριτών μικροσφαιριδίων πολυστυρενίου. Κάθε μικροσφαιρίδιο περιέχει δύο φθορίζουσες χρωστικές σε συγκεκριμένη αναλογία και με αυτό τον τρόπο έχει καταστεί ένα φασματικά κωδικοποιημένο στερεό υπόστρωμα για την εκτέλεση δοκιμασιών υβριδοποίησης. Ειδικά ολιγονουκλεοτίδια-ανιχνευτές προσδένονται ομοιοπολικά στην επιφάνεια κάθε μικροσφαιριδίου. Η αλληλουχία του DNA- ή RNA-στόχου (αναλύτης) υβριδοποιείται με τα ακινητοποιημένα ολιγονουκλεοτίδια και τα υβρίδια ποσοτικοποιούνται με άλλη φθορίζουσα ουσία. Το εναιώρημα αναλύεται με κυτταρομετρητή ροής με ανιχνευτή φθορισμού επαγώμενου με δύο πηγές λέιζερ. Μελετήθηκε ο προσδιορισμός μονόκλωνου DNA, δίκλωνου DNA και RNA και πραγματοποιήθηκαν πειράματα ανάλυσης γονιδιακής έκφρασης σε ασθενείς με λευχαιμία. Στο Κεφάλαιο 5 παρουσιάζεται ο πρώτος βιοαισθητήρας DNA τύπου εμβαπτιζόμενης ταινίας ξηρών αντιδραστηρίων για την ανίχνευση 7 χρωμοσωμικών αλληλομεταθέσεων, οι οποίες σχετίζονται άμεσα με την οξεία ή τη χρόνια λευχαιμία. Ο βιοαισθητήρας βασίζεται σε ολιγονουκλεοτίδια συζευγμένα με νανοσωματίδια χρυσού και επιτρέπει την ταυτοποίηση των αλληλομεταθέσεων δια γυμνού οφθαλμού, έπειτα από πολλαπλασιασμό με RT-PCR. Σε αντίθεση με τις μέχρι τώρα χρησιμοποιούμενες μεθόδους ανίχνευσης αλληλομεταθέσεων, η ανάλυση με το βιοαισθητήρα είναι απλή, δεν απαιτεί ειδικά όργανα και αποφεύγει πολλά στάδια επωάσεων και εκπλύσεων. Αντικείμενο του Κεφαλαίου 6 της διατριβής είναι η ανάπτυξη μεθόδου υβριδοποίησης DNA για την ταχεία ανίχνευση βακτηριακής επιμόλυνσης σε αρθροπλαστικές επεμβάσεις, ένα σημαντικό πρόβλημα στην ορθοπεδική. Απομονώνεται DNA από δείγματα αρθρικού υγρού, ακολουθεί πολλαπλασιασμός με PCR χρησιμοποιώντας καθολικούς εκκινητές και ανίχνευση των προϊόντων με βιοαισθητήρα DNA. Ανιχνεύονται οι μικροοργανισμοί Escherichia coli, Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Haemophilus influenza, Enterococcus faesium και Streptococcus pneumoniae. Στο Κεφάλαιο 7 περιγράφεται η εφαρμογή του βιοαισθητήρα DNA για την ανίχνευση γενετικά τροποποιημένων οργανισμών (GMO) σε τρόφιμα. Αν και η παρουσία GMO μπορεί να διαπιστωθεί με ανίχνευση είτε της νέας πρωτεΐνης που συνθέτει το διαγονιδιακό φυτό ή της αλληλουχίας DNA που έχει εισαχθεί σ’ αυτό, το DNA είναι ο προτιμότερος αναλύτης λόγω της μεγαλύτερης σταθερότητάς του, ιδιαίτερα σε επεξεργασμένα τρόφιμα. Χαρακτηριστικές αλληλουχίες DNA που περιέχονται στα περισσότερα GMO, δηλαδή ο προαγωγέας 35S και ο τερματιστής NOS, πολλαπλασιάζονται με PCR και τα προϊόντα ανιχνεύονται με δοκιμασία υβριδοποίησης στο βιοαισθητήρα DNA. Η παρούσα εργασία εισάγει, για πρώτη φορά στο πεδίο της ανάλυσης GMO, έναν βιοαισθητήρα DNA τύπου εμβαπτιζόμενης ταινίας ξηρών αντιδραστηρίων.

2003 ◽  
Vol 40 (1) ◽  
pp. 47-54 ◽  
Author(s):  
Ruy Garcia Marques ◽  
Andy Petroianu

RACIONAL: A esplenectomia, em qualquer faixa etária e por qualquer indicação, aumenta o risco de morte por infecção fulminante. OBJETIVO: Avaliar a definição, a etiologia, a incidência, os fatores de risco e a profilaxia da infeção fulminante pós-esplenectomia, bem como os métodos existentes para preservação de tecido esplênico quando a esplenectomia total faz-se necessária. MÉTODO: Revisão bibliográfica. RESULTADOS: Os agentes etiológicos mais freqüentemente encontrados nesse quadro séptico são Streptococcus pneumoniae, Haemophilus influenza e tipo B, e Neisseria meningitidis. Outras bactérias, como Escherichia coli, Streptococcus b-hemolítico, Staphylococcus aureus e Pseudomonas sp, também representam risco significativo. Similarmente, grande variedade de agentes, incluindo outros microrganismos entéricos Gram-negativos e patógenos não-bacterianos, também é relatada esporadicamente. A profilaxia situa-se em três categorias principais: educação dos pacientes, imunoprofilaxia e quimioprofilaxia. Contudo, essas medidas não são suficientes para debelar o grande risco de desenvolvimento dessa enfermidade. Quando a esplenectomia total for necessária, o auto-implante esplênico heterotópico parece constituir a única alternativa para preservação de tecido esplênico. Estudos clínicos e experimentais têm mostrado que, após um período de regeneração, desenvolve-se tecido esplênico viável, com características estruturais similares a um baço normal e com preservação da função imune esplênica. CONCLUSÕES: Com a caracterização mais detalhada da infecção fulminante pós-esplenectomia, a indicação para esplenectomia total, tanto no trauma, como em diversas enfermidades, vem nitidamente decrescendo. Métodos profiláticos foram desenvolvidos visando à minimização dos efeitos dessa grave enfermidade. Muitas pesquisas vêm tentando determinar o grau de imunocompetência que o enxerto esplênico autógeno pode prover ao hospedeiro, em resposta à invasão bacteriana.


2015 ◽  
Vol 17 (4 suppl 3) ◽  
pp. 1142-1149 ◽  
Author(s):  
J.A.L MIRANDA ◽  
J.A. ROCHA ◽  
K.M. ARAÚJO ◽  
P.V. QUELEMES ◽  
S.J. MAYO ◽  
...  

RESUMO O uso de plantas medicinais no tratamento de doenças é uma estratégia antiga utilizada por praticamente todas as populações do mundo, e, embora novos antibióticos tenham sido desenvolvidos para o controle de micro-organismos infecciosos, às vezes são ineficazes. Diversos extratos de plantas medicinais têm efeitos antimicrobianos, principalmente quando associados à antibióticos de uso clínico, representando alternativa terapêutica para doenças infecciosas. Montrichardia linifera, conhecida popularmente como aninga, é espécie macrófita, aquática emergente de hábito herbáceo, pertencente a família Araceae e ocorre em áreas alagáveis. A utilidade farmacológica desta espécie é diversificada tendo sido relatada como cicatrizante, antirreumático, antidiurético e expectorante. Devido à relevância no campo etnofarmacológico, ampla utilização na medicina popular e escassez de trabalhos relacionados à atividade antibacteriana desta espécie, objetivou-se com este trabalho avaliar a atividade antibacteriana de extratos alcoólicos de folhas de Montrichardia linifera, coletadas na margem do rio Igaraçu, Parnaíba-PI. O extrato foi testado em oito cepas de bactérias: Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis, Enterococcus faecalis, Escherichia coli, Klebsiella pneumoniae e Pseudomonas aeruginosa. Foram utilizadas as técnicas de verificação da formação de halos de inibição e determinação das concentrações inibitórias e bactericidas mínimas. Os testes antibacterianos evidenciaram como principais resultados que o extrato metanólico seco (EMS), extrato metanólico fresco (EMF), e o extrato etanólico seco (EES), apresentaram ação antibacteriana, enquanto o extrato etanólico fresco (EEF) não apresentou atividade para as bactérias testadas. O EMS foi o mais eficiente, inibindo o crescimento bacteriano na concentração de 200 μg/mL para E. faecalis, 400 μg/mL para S. aureus, 400 μg/mL para S. epidermidis e 2.000 μg/mL para P. aeruginosa. O EMF obteve CIM de 2.000 μg/mL para E. faecalis e EES obteve CIM de 250 μg/mL para E. faecalis. Os resultados demonstraram que M. linifera constitui fonte eficiente de compostos bioativos antibacterianos. Os estudos sobre as propriedades farmacológicas de plantas da família Araceae são escassos, e os resultados deste trabalho são pioneiros em relação a atividade antibacteriana desta espécie.


2001 ◽  
Vol 45 (9) ◽  
pp. 2432-2435 ◽  
Author(s):  
Peter Margolis ◽  
Corinne Hackbarth ◽  
Sara Lopez ◽  
Mita Maniar ◽  
Wen Wang ◽  
...  

ABSTRACT Resistance to peptide deformylase inhibitors in Escherichia coli or Staphylococcus aureus is due to inactivation of transformylase activity. Knockout experiments in Streptococcus pneumoniae R6x indicate that the transformylase (fmt) and deformylase (defB) genes are essential and that adef paralog (defA) is not. Actinonin-resistant mutants of S. pneumoniae ATCC 49619 harbor mutations indefB but not in fmt. Reintroduction of the mutated defB gene into wild-type S. pneumoniaeR6x recreates the resistance phenotype. The altered enzyme displays decreased sensitivity to actinonin.


2019 ◽  
Vol 12 (2) ◽  
pp. 159-165
Author(s):  
Francheska Coricaza-Cuaresma ◽  
Moisés Apolaya-Segura ◽  
Cristian Díaz-Vélez

Objetivo: Describir el perfil microbiológico y de resistencia antibiótica en el servicio de pediatría de la Clínica Jesús del Norte, 2016. Material y métodos: Se diseñó un estudio descriptivo de serie de casos. El estudio se desarrolló en el Servicio de Pediatría de la Clínica Jesús del Norte. Resultados: Se analizaron 1264 muestras de pacienres <15 años con cultivos positivos de orina, heces, sangre y secreción faríngea. El 67,7% fue en <5 años y predomino en mujeres con 59,22%. El germen aislado en mayor frecuencia fue Escherichia coli con 46,68%. Por tipo de muestra el más frecuente fueron: En Coprocultivo: Escherichia coli enteropatógena, Urocultivo: Escherichia coli, Hemocultivo: Staphylococcus epidermidis y en secreción faríngea: Staphylococcus aureus. Llamó la atención la presencia de 105 casos (7,27%) de E. coli BLEE en urocultivos. Conclusiones: Los cultivos positivos fueron más frecuentes en mujeres, en menores de 5 años, atendidos en emergencia y de muestra de heces. Apreciándose alta frecuencia de resistencia a fármacos de primera y segunda línea en diversos agentes etiológicos aislados en las muestras.


Author(s):  
Liliana Giordano ◽  
Flora Marzia Liotti ◽  
Giulia Menchinelli ◽  
Giulia De Angelis ◽  
Tiziana D’Inzeo ◽  
...  

The bacteremia level as well as the administration of antibiotics before blood collection may significantly affect the recovery of bacterial pathogens from pediatric blood cultures in BacT/Alert Virtuo or Bactec FX BC systems, which remain the common techniques to diagnose bacteremia in pediatric patients. We simulated pediatric blood cultures with low or intermediate bacteremia level to evaluate BacT/Alert PF Plus and Bactec Peds Plus blood culture bottles for resin-based inactivation of 16 antibiotic–bacterium combinations. Overall, 105/192 (54.7%) of BacT/Alert PF Plus bottles and 69/192 (36.0%) of Bactec Peds Plus bottles allowed organisms to grow when exposed to antibiotics. In particular, both BacT/Alert PF Plus and Bactec Peds Plus bottles proved to be effective with piperacillin/tazobactam and Pseudomonas aeruginosa or with oxacillin and methicillin-susceptible Staphylococcus aureus (100% growth), whereas no effectiveness was apparent with ceftriaxone and Escherichia coli, Streptococcus agalactiae, or Streptococcus pneumoniae or with cefepime and E. coli (0% growth). In some relevant instances (e.g., with vancomycin and methicillin-resistant S. aureus or Streptococcus pneumoniae), BacT/Alert PF Plus bottles were superior to Bactec Peds Plus bottles. Together, these findings underscore the potentiality of resin-containing bottles to enhance diagnosis of bacteremia in pediatric patients on antimicrobial therapy. This is particularly true with one of the evaluated BC systems and with simulated intermediate bacteremia level only.


Author(s):  
Nur Aishah Abdul Wahab ◽  
Hairul Shahril Muhamad ◽  
Nabilah Ahmad Alhadi ◽  
Salina Mat Radzi ◽  
Maryam Mohamed Rehan ◽  
...  

Combination effects between Cymbopogon flexuosus and Cymbopogon nardus essential oils were studied to determine whether the combination could emerge as better and more powerful antimicrobial agents against six selected bacteria includes Bacillus subtilis, Escherichia coli, Salmonella typhimurium, Serratia marcescens, Staphylococcus aureus, and Staphylococcus epidermidis. This combination study exhibited 40.67% additive, 28.67% antagonistic, 16.00% indifferent and 14.66% synergistic effects. C. flexuosus and C. nardus essential oils in combination showed a high inhibitory activity against S. aureus with 16% synergistic, 64% additive and 20% indifferent effects.


2020 ◽  
Vol 16 (2) ◽  
pp. 73
Author(s):  
Nurhafizah Rafiani ◽  
Renny Aditya ◽  
Noor Muthmainah

Abstract: A cesarean delivery increases the risk of wound infection it should be prevented by using antibiotics. This study was to determine the pattern of bacterial sensitivity in surgical wounds of cesarean section patients for selected antibiotics, i.e ceftriaxone, cefixime, sulbactam ampicillin, ciprofloxacin, clindamycin and gentamicin.This observational study was conducted at the Ulin Public Hospital in Banjarmasin from July to September 2019. Using a cross sectional approach Samples of bacteria were identidied from 36 that were pusposively sampled, i.e., Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis and Escherichia coli. Antibiotic sensitivity test showed that Staphylococcus aureus was sensitive against gentamicin (100%),whereas Staphylococcus epidermidis and Escherichia coli. Were intermediately sensitive towards gentamicin (62.5%) and ceftriaxone (80%) Keywords: Antibiotic susceptibility, caesarean section, surgical wound


2021 ◽  
Vol 31 (5) ◽  
pp. 25-31
Author(s):  
Nguyễn Thị Thu Phương ◽  
Trần Thị Ngân ◽  
Ngô Thị Quỳnh Mai

Nghiên cứu đã tiến hành phân tích kết quả xét nghiệm của 4722 mẫu bệnh phẩm vi sinh tại bệnh viện Đa khoa Quốc tế Hải Phòng từ năm 2018 đến năm 2020 nhằm mô tả một số đặc điểm kháng kháng sinh nhóm beta-lactam của một số vi khuẩn điển hình. Qua phân tích nhóm nghiên cứu thấy các vi khuẩn chủ yếu phân lập được là Escherichia coli (26,2%), Staphylococcus aureus (12,5%), và Haemophilus influenzae (8,6%). Vi khuẩn Escherichia coli kháng kháng sinh nhóm Beta-lactam với tỷ lệ khá cao (từ 1% (Imipenem) đến 29% (cefuroxime)). Tuy nhiên, vi khuẩn Streptococcus pneumoniae còn nhạy cảm với nhóm kháng sinh này với tỷ lệ kháng là 0%. Cefuroxime là kháng sinh có tỷ lệ bị kháng cao nhất với 42,7%. Các chủngvi khuẩn tại bệnh viện còn khá nhạy cảm với các kháng sinh thuộc nhóm carbapenem với tỷ lệ kháng thấp. Trong đó vi khuẩn là Acinetobacter baumannii và Pseudomonas aeruginosa có tỉ lệ kháng kháng sinh nhóm này từ 4,2% đến 5,2%. Kết quả nghiên cứu đã cung cấp dữ liệu về tính đề kháng kháng sinh betalactam của các vi khuẩn điển hình tại bệnh viện nhằm hỗ trợ các bác sĩ trong việc lựa chọn và sử dụng kháng sinh an toàn và hiệu quả


2002 ◽  
Vol 3 (2) ◽  
Author(s):  
P. D. MONTRUCCHIO ◽  
O. G. MIGUEL

A espécie Ptychopetalum olacoides Bentham, popularmente conhecida como “marapuama” ou “muirapuama”, é uma Olacaceae nativa da região norte do Brasil, há muito conhecida e utilizada por suas propriedades estimulantes e afrodisíacas, sendo inclusive exportada para diversos países. O estudo fitoquímico do lenho desta árvore, neste trabalho representado pelos galhos da planta, revelou a presença majoritária de vários ácidos graxos, esteróides e xantinas, sendo eles: ácido palmítico, ácido esteárico, -sitosterol, estigmasterol, lupeol, glutinol, a-amirina, cafeína, teobromina e adenina, sendo que as três últimas não haviam ainda sido reportadas na espécie. O estudo das atividades antimicrobianas revelou que os extratos da planta não apresentam atividade inibitória sobre o desenvolvimento de cepas de Escherichia coli, Staphylococcus aureus ou Staphylococcus epidermidis. Porém, o resíduo do extrato alcoólico apresenta uma significativa ação inibitória do crescimento micelial de Colletotrichum acutatum, e ação menos pronunciada sobre o crescimento de Fusarium oxysporum. PHYTOCHEMICAL STUDY AND ANTIMICROBIAL ACTIVITY OF Ptychopetalumolacoides Bentham Abstract Ptychopetalum olacoides Bentham, popularly known as “marapuama” or “muirapuama”, is an Olacaceae native from north Brazil, known and used for its stimulating and aphrodisiac properties for a long time, being also exported to several countries all over the world. The phytochemical study of the wood of this tree, represented by its stems, revealed the presence of several fatty acids, sterols and xanthines, including palmitic acid, stearic acid, -sitosterol, stigmasterol, lupeol, glutinol, a-amirin, caffeine, theobromine and adenine, and the latest three substances have not been reported in this specie yet. The study of antimicrobial properties revealed that the plant extracts don’t have any inhibitory activity against strains of Escherichia coli, Staphylococcus aureus or Staphylococcus epidermidis. However, the alcoholic extract residue does have a remarkable inhibitory action on the mycelial growth of Colletotrichum acutatum and Fusarium oxysporum.26


Author(s):  
Miladys Esther Torrenegra Alarcón ◽  
Nerlis Paola Pájaro ◽  
Glicerio León Méndez

Se evaluó la actividad antibacteriana in vitro de aceites esenciales de diferentes especiesdel género Citrus frente a cepas ATCC de Staphylococcus aureus, Staphylococcus epidermidis,Klebsiella pneumoniae, Pseudomonas aeruginosa y Escherichia coli, determinandola concentración mínima inhibitoria (CMI) y la concentración mínima bactericida(CMB). Las bacterias se replicaron en medios de agar y caldos específicos. Se determinóel momento de máxima densidad óptica (DO620) para emplearlo como tiempode incubación; luego se hicieron pruebas de evaluación de sensibilidad con la exposiciónde las cepas a concentraciones a 1000 g/mL del extracto en caldo. Para solubilizarse empleó dimetilsulfóxido (DMSO) al 1%. Posteriormente, se le determinó laconcentración mínima inhibitoria mediante metodologías de microdilución en caldoy la concentración mínima bactericida. Encontrándose una actividad de los aceitesesenciales del género Citrus, con valores de CMI ≥ 600 mg/mL frente a S. aureus,S. epidermidis, K. pneumoniae, P. aeruginosa y E. coli. En función a los resultados obtenidos,se concluye que las diferentes especies del género Citrus son consideradas comopromisorias para el control del componente bacteriano.


Sign in / Sign up

Export Citation Format

Share Document