Για την επίτευξη της ιχνηλασιμότητας των πληθυσμών ιριδίζουσας πέστροφας Oncorhynchus mykiss (Walbaum, 1792) στην Ελλάδα υιοθετήθηκε μια διαθεματική προσέγγιση, η οποία ως αλληλένδετους πυλώνες της περιελάμβανε α) την πληθυσμιακή γενετική μελέτη στο μιτοχονδριακό DNA των ιχθύων, β) την ταυτοποίηση και ποσοτικοποίηση των ελεύθερων αμινοξέων στο μυϊκό ιστό των ιχθύων και γ) τη γεωμετρική μορφομετρία του σώματος των ιχθύων, εκφράζοντας ένα αντιπροσωπευτικό δείγμα των εντατικών εκτροφών της ελληνικής επικράτειας. Η ιριδίζουσα πέστροφα αποτελεί μη γηγενές είδος των ευρωπαϊκών εσωτερικών υδάτων. Εξαιτίας όμως του γεγονότος ότι παρουσιάζει αξιοσημείωτα πλεονεκτήματα, όπως είναι η ταχεία αύξηση και η προσαρμοστικότητά της σε ποικίλα ενδιαιτήματα υπό διαφορετικές συνθήκες, εξελίχθηκε σε κυρίαρχο εντατικά εκτρεφόμενο είδος στα εσωτερικά ύδατα της Ελλάδας. Παρά τη σημαντική οικονομική σημασία της, υφίσταται παντελής έλλειψη πληθυσμιακών γενετικών μελετών αναφορικά με την προέλευση των αθρόων εισαγωγών γόνου που έλαβαν χώρα τις προηγούμενες δεκαετίες στον κλάδο της ελληνικής πεστροφοκαλλιέργειας. Για τη διενέργεια της πληθυσμιακής γενετικής μελέτης πραγματοποιήθηκε πέψη τμημάτων του μιτοχονδριακού DNA (mtDNA) που ενισχύθηκαν με την αλυσιδωτή αντίδραση πολυμεράσης (Polymerase Chain Reaction-PCR) με τη χρήση περιοριστικών ενζύμων (Restriction Fragment Length Polymorphism-RFLP). Τα τμήματα-στόχοι του mtDNA που πολλαπλασιάστηκαν με την τεχνική της PCR ήταν ολόκληρη η περιοχή του βρόχου εκτόπισης, τα tRNA γονίδια της προλίνης και της θρεονίνης, το κυτόχρωμα β, τα γονίδια ND-5 και ND-6 και τμήμα των γονιδίων ATPάση VI και κυτόχρωμα c οξειδάσης 3 (COIII) περιλαμβάνοντας περισσότερα από 5.500 ζεύγη βάσεων DNA από τα περίπου 16.600 ζεύγη βάσεων που απαρτίζουν το συνολικό mtDNA της ιριδίζουσας πέστροφας. Η ανάλυση της πληθυσμιακής δομής αποκάλυψε ότι οι απλότυποι διακρίνονται σε δύο κεντρικούς κλάδους. Η συνύπαρξη απλότυπων και από τους δύο κλάδους σε όλους τους πληθυσμούς ενδέχεται να υποδηλώνει την ύπαρξη κοινής γονιδιακής δεξαμενής. Επίσης, η συνολική γενετική ποικιλότητα οφειλόταν σε σημαντικό βαθμό στην ύπαρξη ποικιλότητας ενδοπληθυσμιακά παρά στην ύπαρξη ποικιλότητας ανάμεσα στους πληθυσμούς. Το ποσοστό γενετικής ποικιλότητας ανάμεσα στους πληθυσμούς σε σύγκριση με τη συνολική παρατηρούμενη ποικιλότητα αντανακλά την πανμιξία δύο αρχικών πληθυσμών (γενεών), υπογραμμίζοντας την ύπαρξη μια κοινής δεξαμενής γονιδίων σε όλες τις εντατικές εκτροφές ιριδίζουσας πέστροφας στην Ελλάδα. Αυτό το γεγονός ενισχύεται και από το δίκτυο απλότυπων που δημιουργήθηκε και αποκάλυψε την ύπαρξη δύο αρχικών κλάδων σε όλο το φάσμα των εντατικών εκτροφών. Παράλληλα, η ταυτοποίηση και ποσοτικοποίηση των ελεύθερων αμινοξέων στο μυϊκό ιστό των ιχθύων διενεργήθηκε με τη χρήση Αντίστροφης Φάσης - Υγρής Χρωματογραφίας Υψηλής Απόδοσης (Reversed Phase – High Performance Liquid Chromatography, RP-HPLC). Τα εξεταζόμενα δείγματα παρουσίασαν διαφορετικά προφίλ ελεύθερων αμινοξέων ανάλογα με τη γεωγραφική τους προέλευση. Η Ανάλυση Κύριων Συνιστωσών (Principal Component Analysis – PCA) αποκάλυψε τον σαφή διαχωρισμό των πληθυσμών μεταξύ ανατολικής και δυτικής Ελλάδας, ο οποίος ενδέχεται να οφείλεται στην ύπαρξη διακυμάνσεων στις κλιματικές συνθήκες που επικρατούν και επηρεάζουν καταλυτικά τους αβιοτικούς παράγοντες κάθε εντατικής εκτροφής. Η γεωμετρική μορφομετρία του σώματος των ιχθύων κατέδειξε την ύπαρξη σημαντικών διαφορών μεταξύ των πληθυσμών διαφορετικής προέλευσης. Η Ανάλυση Κανονικών Μεταβλητών (Canonical Variate Analysis – CVA) διέκρινε τους πληθυσμούς σε δύο ομάδες παρουσιάζοντας σε πολύ μεγάλο βαθμό ομοιότητες με τη διενεργηθείσα πληθυσμιακή γενετική μελέτη. Η διεξαγωγή των Γενικών Γραμμικών Μοντέλων (General Linear Models – GLM) δεν επέδειξε συσχέτιση των απλότυπων και της διατροφής με το σχήμα του σώματος των ιχθύων. Εντούτοις, το σχήμα του σώματος των ιχθύων παρουσίασε σημαντική συσχέτιση με τη γεωγραφική προέλευση, τη θερμοκρασία νερού, τις γεωλογικο-χημικο-κλιματικές ζώνες, την ιστιδίνη και την αργινίνη. Επομένως, η παρατηρούμενη μορφολογική διαφοροποίηση δύναται να οφείλεται στις διαφορές των αβιοτικών παραγόντων που υφίστανται μεταξύ αυτών των ζωνών όντας το αποτέλεσμα του φαινομένου της φαινοτυπικής πλαστικότητας.Συμπερασματικά, οι αβιοτικοί παράγοντες και οι συνθήκες εκτροφής διαδραματίζουν τον κυρίαρχο ρόλο σε σύγκριση με την προέλευση του γόνου. Η παρούσα διαθεματική προσέγγιση αποτελεί ένα πολύτιμο και χρήσιμο εργαλείο στην αποτελεσματική ιχνηλασιμότητα των εντατικά εκτρεφόμενων πληθυσμών ιριδίζουσας πέστροφας, έχοντας καθοριστική συνεισφορά και προάγοντας την έρευνα σε τομείς, όπως η περιβαλλοντική ανάλυση κινδύνων για την αξιολόγηση ενδεχόμενων οικολογικών επιπτώσεων που στοχεύουν στην επίτευξη της αειφορικής διαχείρισης των ιχθυοκαλλιεργειών.