Sharing roosts but not ectoparasites: high host-specificity in bat flies and wing mites of Miniopterus schreibersii and Rhinolophus ferrumequinum (Mammalia: Chiroptera)

Schreiber’s bent-winged bat Miniopterus schreibersii and the greater horseshoe bat Rhinolophus ferrumequinum are widespread and common cavernicolous species across southern Europe that host numerous specialized ectoparasite species. The objective of this study was to characterize the species assemblage, genetic diversity and host specificity of bat flies (Nycteribiidae, Diptera) and wing mites (Spinturnicidae, Acari) found on these bat hosts in Serbia and Bosnia and Herzegovina. Notably, while bat flies lay puparia on the cave walls and can thus be transmitted indirectly, wing mites require direct body contact for transmission. Morphological identification and sequencing of a 710-bp fragment of cytochrome oxidase I gene of 207 bat flies yielded four species, three on M. schreibersii and one on R. ferrumequinum. Sequencing of a 460-bp small subunit ribosomal RNA fragment, in all 190 collected wing mites revealed two species, one per host. In no case was a parasite associated with one host found on the other host. Species and genetic diversity of flies were higher in M. schreibersii, likely reflecting their host’s larger colony sizes and migratory potential. Mite species of both hosts showed similarly low diversity, likely due to their faster life history and lower winter survival. Our findings highlight a remarkably high host-specificity and segregation of ectoparasite species despite direct contact among their hosts in the roost, suggesting a defined host preference in the investigated ectoparasite species. Furthermore, the differences in ectoparasite genetic diversity exemplify the interplay between host and parasite life histories in shaping parasite population genetic structure.

TR Locus Annotation and Characteristics of Rhinolophus ferrumequinum

T-cell antigen receptors (TRs) in vertebrates can be divided into αβ or γδ, encoded by TRA/D, TRG, or TRB loci. TRs play a central role in mammal cellular immunity, which occurs by rearrangement of V, D, J, and C genes in the loci. The bat is the only mammal with flying ability and is considered the main host of zoonotic viruses, an important public health concern. However, at present, little is known about the composition of bat TR genes. Based on the whole genome sequence of the greater horseshoe bat (Rhinolophus ferrumequinum) and referring to the TR/IG annotation rules formulated by the international ImMunoGeneTics information system (IMGT), we present a complete annotation of TRA/D, TRG, and TRB loci of R. ferrumequinum. A total of 128 V segments, three D segments, 85 J segments, and 6 C segments were annotated and compared with other known mammalian data. The characteristics of the TR locus and germline genes of R. ferrumequinum are analyzed.

Relationship among bats, parasitic bat flies, and associated pathogens in Korea

Background Bats are hosts for many ectoparasites and act as reservoirs for several infectious agents, some of which exhibit zoonotic potential. Here, species of bats and bat flies were identified and screened for microorganisms that could be mediated by bat flies. Methods Bat species were identified on the basis of their morphological characteristics. Bat flies associated with bat species were initially morphologically identified and further identified at the genus level by analyzing the cytochrome c oxidase subunit I gene. Different vector-borne pathogens and endosymbionts were screened using PCR to assess all possible relationships among bats, parasitic bat flies, and their associated organisms. Results Seventy-four bat flies were collected from 198 bats; 66 of these belonged to Nycteribiidae and eight to Streblidae families. All Streblidae bat flies were hosted by Rhinolophus ferrumequinum, known as the most common Korean bat. Among the 74 tested bat flies, PCR and nucleotide sequencing data showed that 35 (47.3%) and 20 (27.0%) carried Wolbachia and Bartonella bacteria, respectively, whereas tests for Anaplasma, Borrelia, Hepatozoon, Babesia, Theileria, and Coxiella were negative. Phylogenetic analysis revealed that Wolbachia endosymbionts belonged to two different supergroups, A and F. One sequence of Bartonella was identical to that of Bartonella isolated from Taiwanese bats. Conclusions The vectorial role of bat flies should be checked by testing the same pathogen and bacterial organisms by collecting blood from host bats. This study is of great interest in the fields of disease ecology and public health owing to the bats’ potential to transmit pathogens to humans and/or livestock. Graphical abstract

Record of bats and their echolocation calls from southern Dolakha, central Nepal

With 52 species, bats make up almost a quarter of all the mammal species in Nepal, and yet remains the least understudied group of mammals. Owing to its diverse geography and climate, more species of bats potentially occur in the country, and acoustic surveys could improve the knowledge of their ecology. So, a study was conducted in Sailung and Melung Rural Municipalities of Dolakha district of Nepal, with the objectives of assessing bat species richness and preparing digital records of their echolocation calls. Using mist-netting and roost survey during three periods in 2018 (late March, late May to early June and mid-November), 10 species of bats were recorded: Cynopterus sphinx, Lyroderma lyra, Rhinolophus ferrumequinum, Rhinolophus luctus, Rhinolophus pearsonii, Rhinolophus sinicus, Hipposideros armiger, Myotis formosus, Myotis sp. and Nyctalus noctula. Ten roosts (mostly caves) were located. Echolocation calls of six of these species were documented, including signals of three species described for the first time in Nepal. This study also reports the fifth record of Myotis formosus in Nepal and new locality record of the species after two decades. The echolocation calls documented hereafter may serve as a reference for species identification for non-invasive studies of bats.

The TR locus annotation and characteristics of Rhinolophus ferrumequinum

Rhinolophus ferrumequinumin vertebrate could be divided into αβ or γδ, which are encoded by TRA/D, TRG and TRB loci respectively. TCRs play a central role in mammal cellular immunity, which are functionally produced by rearrangement of V gene, D gene, J gene and C gene in the loci. Bat is the only mammal with flying ability, and is considered as the main host of zoonotic virus, which occupies an important position in the field of public health. At present, little is known about the composition of bat TRs gene. According to the whole genome sequencing results of the Rhinolophus ferrumequinum, and referring to the TR/IG annotation rules formulated by IMGT. We make a complete annotation on the TRA/D, TRG and TRB loci of the Rhinolophus ferrumequinum. A total of 128 V segments, 3 D segments, 85 J segments and 6 C segments were annotated, in addition to compared with the known mammalian, the characteristics of the TRs locus and germline genes of the Rhinolophus ferrumequinum were analyzed.

The TR locus annotation and characteristics of Rhinolophus ferrumequinum

T cell antigen receptors (TCRs) in vertebrate could be divided into αβ or γδ, which are encoded by TRA/D, TRG and TRB loci respectively. TCRs play a central role in mammal cellular immunity, which are functionally produced by rearrangement of V gene, D gene, J gene and C gene in the loci. Bat is the only mammal with flying ability, and is considered as the main host of zoonotic virus, which occupies an important position in the field of public health. At present, little is known about the composition of bat TRs gene. According to the whole genome sequencing results of the Rhinolophus ferrumequinum, and referring to the TR/IG annotation rules formulated by IMGT. We make a complete annotation on the TRA/D, TRG and TRB loci of the Rhinolophus ferrumequinum. A total of 128 V segments, 3 D segments, 85 J segments and 6 C segments were annotated, in addition to compared with the known mammalian, the characteristics of the TRs locus and germline genes of the Rhinolophus ferrumequinum were analyzed.

Urinary creatinine varies with microenvironment and sex in hibernating Greater Horseshoe bats (Rhinolophus ferrumequinum) in Korea

Background In temperate regions many small mammals including bats hibernate during winter. During hibernation these small mammals occasionally wake up (arouse) to restore electrolyte and water balance. However, field data on water stress and concentration of bodily fluids during hibernation is scarce. Urinary creatinine concentration has long been used to calibrate urinary hormone concentration due to its close correlation with urine concentration. Therefore, by investigating urinary creatinine concentration, we can estimate bodily fluid concentration. In this study, we investigated changes in urinary creatinine from greater horseshoe bats (Rhinolophus ferrumequinum) hibernating in abandoned mineshafts in two regions in South Korea. Results We collected 74 urine samples from hibernating greater horseshoe bats from 2018 to 2019. We found that urinary creatinine concentration was higher in February and March and then declined in April. There were also indications of a sex difference in the pattern of change in creatinine concentration over the three months. Bats in the warmer and less humid mineshaft had higher urinary creatinine concentrations than bats in the colder and more humid mineshaft. Conclusions These results indicate that hibernating bats face water stress as urinary concentration increases during winter and that water stress may vary depending on the microenvironment. Sex differences in behaviour during hibernation may influence arousal frequency and result in sex differences in changes in urinary creatinine concentration as hibernation progresses. Although further behavioural and endocrinal investigations are needed, our study suggests that urinary creatinine concentration can be used as a proxy to estimate the hydration status of bats and the effect of sex and environmental factors on arousal patterns during hibernation.

Quaternary chiroptera (Mammalia) from Loutra Almopias Cave A (Pella, Macedonia, Greece)

Σκοπός τις Διατριβής ήταν η μελέτη της πανίδας Χειρόπτερων που προέκυψαν από τις δυο διαφορετικές χρονολογικά πανίδες του Σπηλαίου Α των Λουτρών Αλμωπίας (Πέλλα, Μακεδονία), κάτι που θα συμβάλλει στη γνώση των Τεταρτογενών νυχτερίδων του Ελληνικού χώρου και της Βαλκανικής Χερσονήσου. Τα απολιθώματα που ανακτήθηκαν από τα ιζήματα του δαπέδου του σπηλαίου (LAC) είναι ηλικίας Άνω Πλειστόκαινου, ενώ τα απολιθώματα που ανακτήθηκαν από τον υπερυψωμένο θάλαμο LAC Ia είναι ηλικίας ανώτατου Πλειστόκαινου. Προσπάθειες για χρονολόγηση δειγμάτων απέτυχαν λόγω απουσίας κολλαγόνου από τα απολιθώματα. Ο σκοπός εξυπηρετήθηκε από την πρώτη ενδελεχή συστηματική ταξινόμηση και φαινετική ανάλυση απολιθωμάτων Χειρόπτερων από τον Ελληνικό χώρο, συσχέτιση των μελετημένων απολιθωμάτων μεταξύ των δυο διαφορετικών χρονολογικά πανίδων του Σπηλαίου Α, αλλά και με άλλες σύγχρονες και απολιθωμένες πανίδες από τον Ελληνικό χώρο και τη Βαλκανική Χερσόνησο, ταφονομική ανάλυση και παλαιοκλιματική/παλαιοοικολογική προσέγγιση βασισμένη. Όλα τα παραπάνω βασίστηκαν στον προσδιορισμό 9004 απολιθωμάτων Χειρόπτερων σύμφωνα με το μορφολογικά και μετρικά τους χαρακτηριστικά, με αποτέλεσμα τον προσδιορισμό 17 ειδών από τον LAC και 20 από τον LAC Ia από τρεις οικογένειες (Rhinolophidae, Vespertilionidae, Miniopteridae) και εννιά γένη (Rhinolophus, Myotis, Nyctalus, Pipistrellus, Vespertilio, Eptesicus, Plecotus, Barbastella, Miniopterus). Οκτώ είδη περιγράφονται για πρώτη φορά σε απολιθωματοφόρο αρχείο από τον Ελληνικό χώρο από το Σπήλαιο Α και ένα είδος περιγράφεται για πρώτη φορά σε απολιθωματοφόρο θέση ηλικίας Άνω Πλειστόκαινου από τη Βαλκανική Χερσόνησο. Δεκαεννιά είδη κάνουν τη νοτιότερη εμφάνισή τους από θέση ηλικίας Άνω Πλειστόκαινου της Βαλκανικής Χερσονήσου. Το Σπήλαιο Α φαίνεται ότι χρησιμοποιήθηκε πρωτευόντως ως χώρος γέννησης και δευτερευόντως ως θερμό καταφύγιο κατά τη διάρκεια ψυχρών περιόδων. Επίσης, παρατηρείται θήρευση από τον Ευρασιατικό Μπούφο, Bubo bubo, η οποία όμως ήταν καιροσκοπική. Αυτό οδηγεί στο συμπέρασμα ότι τα απολιθώματα νυχτερίδων του Σπηλαίου Α προέκυψαν τόσο λόγω θανάτου από φυσικά αίτια, όσο και λόγω θήρευσης. Παράλληλα, το Σπήλαιο Α χρησιμοποιήθηκε ως καταφύγιο κατά τη διάρκεια των παγετωδών περιόδων του Πλειστόκαινου, αλλά και ως αφετηρία για την επανακατοίκηση της Κεντρικής και Βόρειας Ευρώπης μετά το τέλος του τελευταίου παγετώδους μέγιστου. Κατά το ανώτατο Πλειστόκαινο παρατηρείται αύξηση των ψυχρόφιλων ειδών, η οποία συμπίπτει περίπου με την έναρξη της Νεότερης Δρυάδος. Παρ' όλα αυτά, οι πλειοψηφία των αναγνωρισμένων ειδών είναι τρωγλόφιλα με προτίμηση στα θερμά κλίματα. Το περιβάλλον κυνηγιού, προσδιορίζεται ως μικτού τύπου ή/και κλειστού με την παρουσία νερού να είναι απαραίτητη για ένα σημαντικό ποσοστό των αναγνωρισμένων ειδών. Τα μορφολογικά χαρακτηριστικά των απολιθωμάτων Χειρόπτερων από το Σπήλαιο Α είναι παρόμοια με αυτά των αρτίγονων, εμφανίζοντας μόνο μικρές διαφοροποιήσεις στο μέγεθός τους, εκτός από τον Τρανορινόλοφο, Rhinolophus ferrumequinum, του οποίου το μέγεθος μειώνεται από το Άνω στο ανώτατο Πλειστόκαινο, καταδεικνύοντας την εξάρτησή σου από τις κλιματικές συνθήκες. Η φαινετική ανάλυση των νυχτερίδων του Σπηλαίου Α είναι η πρώτη που πραγματοποιείται σε Χειρόπτερα από τον Ελληνικό χώρο και επιβεβαιώνει τη χρησιμότητα της μεθόδου για αναγνώριση ειδών νυχτερίδων του Ευρωπαϊκού χώρου. Συμπερασματικά, η πανίδα των Χειρόπτερων ηλικίας Άνω Πλειστόκαινου από το Σπήλαιο Α, με τα μέχρι τώρα δεδομένα, αποδεικνύεται ως η πλουσιότερη και η πιο ποικίλη τόσο από τον Ελληνικό χώρο, όσο και από τη Βαλκανική Χερσόνησο.

SRAS-CoV-2 ET LES ANIMAUX DOMESTIQUES

Les CoV (coronavirus) appartiennent à la des virus de l’acide ribonucléique (ARN) et sont connus sous le nom de coronavirus parce que la particule virale a une caractéristique « couronne ». Les infections au CoV sont courantes chez les humains et les animaux, dont certaines sont zoonotiques. Le CoV peut provoquer des pathologies allant du rhume à des maladies plus graves, telles que le syndrome respiratoire du Moyen-Orient (causé par le MERS-CoV) et le syndrome respiratoire aigu sévère (causé par le SRAS-CoV) chez l'homme. Certains travaux scientifiques montrent que le SRAS-CoV a été transmis des civettes aux humains et le MERS-CoV des dromadaires aux humains. Le CoV qui cause le COVID-19 a été nommé SARS-CoV-2 par le Comité international de taxonomie des virus (ICTV). Selon la recherche scientifique, les preuves actuelles suggèrent que le SRAS-CoV-2 a émergé d'une source animale, et les informations sur la séquence génétique révèlent que le SRAS-CoV-2 est similaire à d'autres CoV trouvés dans les populations de chauves-souris fer à cheval (Rhinolophus Ferrumequinum). Pas encore assez de preuves scientifiques pour mettre en évidence la source réelle du SRAS-CoV-2 ou pour expliquer quelle était la voie initiale de transmission de celui-ci aux humains (qui peut avoir impliqué un hôte intermédiaire). Étant donné que l'infection par le SRAS-CoV-2 est si largement répandue dans la population humaine, on observe qu'il est possible que certaines espèces animales soient infectées par contact avec des humains infectés. Les animaux infectés par le SRAS-CoV-2 peuvent créer des situations inattendues pour la santé animale et humaine, ainsi que pour le bien-être animal, la préservation de la faune et la recherche biomédicale. Quant aux animaux domestiques tels que les chats et les chiens, ils ont été testés positifs pour le SRAS-CoV-2 après avoir eu des contacts avec des êtres humains infectés par ce virus. Au cours des travaux d'observation réalisés avec ces animaux, les chats ont présenté des signes cliniques de la maladie tels que des problèmes respiratoires et gastro-intestinaux. Bien qu'il ait été confirmé que des animaux ont été infectés par le SRAS-CoV-2, il n'est pas confirmé, à ce jour, que ces animaux aient transmis le COVID 19 à l'homme, mais il est bien observé que la pandémie est due à la transmission de l’homme à l’homme. Comme les animaux et les humains peuvent être affectés par ce virus zoonotique, il est recommandé aux personnes suspectées ou confirmées d'infection par le SRAS-CoV-2 de limiter le contact avec leurs animaux de compagnie.