The conflict in the Southern Region of the Philippines has been going on for decades with no viable solution to be seen. This is due to the clash of interests, identities and aspirations between both parties. The opposition of the Moro people towards the political domination of the central government has its roots in the colonial times. Their aspirations towards rights of self -determination goes against the interests of the Philippines Government in defending the nation’s sovereignty, security and territorial integrity. The Bangsamoro’s claim to political autonomy and socio-economic development and the removal of discrimination against them is still yet to be properly addressed by the central government, thus reducing their trust in the central government’s sincerity in achieving a peaceful solution to the conflict. Agreements reached during the peace process were not properly implemented, thus adding pressure to both parties. Peace negotiations are also stunted due to the refusal of both parties to compromise on their stances. Should this conflict continue to drag on, both parties will face negative consequences, especially for the Bangsamoro. The way forward in achieving peace must ensure the survival of the Bangsamoro identity and culture, without being excluded from the Filipino national mould.Keywords: Bangsamoro, conflict of interests, identity, roots of conflict, Southern Region of the PhilippinesCite as: Harun, R. (2017). Konflik Selatan Filipina: Isu, cabaran dan penyelesaian [Conflict in the Southern Region of the Philippines: Issues, challenges, and solutions]. Journal of Nusantara Studies, 2(2), 66-78. AbstrakKonflik yang melanda selatan Filipina antara kerajaan pusat dengan wilayah selatan negara tersebut sejak berdekad lamanya masih gagal menemui sebarang titik penyelesaian disebabkan pertembungan kepentingan, identiti dan aspirasi yang berbeza kedua pihak. Penentangan orang-orang Moro terhadap dominasi kuasa politik kerajaan pusat berakar umbi sejak zaman kolonial lagi. Cita-cita Bangsamoro untuk mendapat hak menentukan masa depan sendiri sebagai sebuah komuniti bebas bertentangan dengan kepentingan dan hak kerajaan Filipina mempertahankan kedaulatan, keselamatan dan keutuhan wilayahnya. Dasar-dasar yang dilaksanakan oleh kerajaan untuk mengintegrasi Bangsamoro ke dalam acuan nasional Filipina mengancam kelangsungan identiti mereka. Tuntutan Bangsamoro untuk mendapatkan autonomi politik, pembangunan sosio-ekonomi serta penghapusan diskriminasi masih belum diberi layanan yang sewajarnya oleh kerajaan pusat. Ini secara tidak langsung menghakis kepercayaan Bangsamoro terhadap keikhlasan pihak kerajaan pusat mengenai proses damai dan kemampuan rundingan yang diadakan bagi mencapai penyelesaian secara aman. Segala persetujuan yang dicapai di sepanjang proses damai tidak dapat dilaksanakan dengan berkesan sekaligus menambah tekanan kepada kedua pihak. Rundingan damai juga menghadapi kebuntuan disebabkan keengganan berkompromi akan pendirian masing-masing. Hakikatnya jika konflik selatan Filipina ini berlanjutan, ia akan merugikan kedua pihak, terutamanya Bangsamoro. Halatuju penyelesaian perlu menjamin penerusan identiti dan budaya Bangsamoro sebagai satu golongan minoriti tanpa meminggirkan mereka dari acuan nasional Filipina.Kata Kunci: Bangsamoro, identiti, punca konflik, pertembungan kepentingan, Selatan Filipina